genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  79  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23232890--23233088	30	6.6	30	84	8	235	48	13	18	20	1.81
23232890--23233063	36	5.0	36	85	8	234	48	13	17	20	1.80
23233225--23233326	27	3.8	26	81	5	105	38	20	22	18	1.94
23233485--23233549	22	3.0	22	77	8	69	33	21	23	21	1.97
23233976--23234332	27	13.3	27	86	2	468	26	20	19	33	1.96
23234326--23234401	27	2.9	27	82	2	82	32	6	26	34	1.82
23234317--23234628	54	5.8	53	83	3	324	31	8	21	39	1.83
23234290--23234619	107	3.1	104	79	5	302	31	9	20	38	1.85
23234351--23234628	27	10.3	27	85	0	324	30	8	20	39	1.83
23236599--23236779	6	29.8	6	75	14	167	48	13	18	19	1.81
23236599--23236754	30	5.4	30	83	10	216	48	14	17	19	1.81
23236916--23237017	27	3.8	26	81	5	105	38	20	21	19	1.94
23237667--23238023	27	13.3	27	85	1	475	25	20	19	35	1.96
23238008--23238293	27	10.6	27	83	2	243	31	9	21	38	1.85
23238116--23238293	27	6.6	27	90	0	259	31	9	19	39	1.84
23240939--23241216	46	6.0	46	87	0	378	41	13	23	21	1.89
23240939--23241211	138	2.0	138	89	0	420	41	13	23	21	1.88
23243741--23243789	22	2.2	23	85	7	66	32	4	4	59	1.35
23247237--23247290	16	3.3	16	72	23	58	51	16	11	20	1.74
23247227--23247294	33	2.1	33	100	0	136	52	14	11	20	1.73
23251742--23251779	14	2.9	13	81	11	51	57	10	13	18	1.63
23253116--23253199	28	3.0	28	80	0	96	54	9	14	21	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23254166--23254212	23	2.0	23	83	0	58	25	4	21	48	1.68
23257180--23257211	15	2.1	15	100	0	64	21	34	6	37	1.79
23262103--23262464	156	2.3	154	83	4	451	31	16	24	27	1.97
23265576--23265678	26	4.0	26	90	0	170	33	24	9	33	1.88
23265575--23265682	52	2.1	52	96	0	198	34	24	9	32	1.87
23266230--23266304	7	10.9	7	76	8	64	16	1	38	44	1.56
23266227--23266304	21	3.8	21	73	14	72	16	1	37	44	1.56
23266331--23266362	15	2.1	15	94	0	55	65	0	6	28	1.16
23267139--23267277	44	3.1	44	80	8	129	23	45	0	30	1.58
23267198--23267292	44	2.2	44	92	0	154	20	42	1	36	1.59
23269376--23269412	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
23270656--23270801	9	15.6	9	72	8	112	46	21	1	30	1.60
23270662--23270786	27	4.5	27	77	5	124	46	21	1	30	1.61
23270691--23270768	39	2.0	39	92	5	131	46	21	1	30	1.60
23270673--23270799	57	2.2	57	85	0	164	45	22	1	29	1.62
23276356--23276400	21	2.1	21	91	0	72	24	20	55	0	1.43
23276694--23276810	42	2.8	42	89	3	173	27	19	23	29	1.98
23276694--23276826	42	3.1	42	84	7	128	27	20	23	29	1.99
23278179--23278235	25	2.3	25	100	0	114	19	35	26	19	1.95
23278273--23278353	42	1.9	42	82	5	101	20	33	27	18	1.96
23280297--23280441	40	3.6	40	86	4	202	22	26	25	25	2.00
23288298--23288442	40	3.6	40	86	4	202	22	26	25	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23290958--23291172	40	5.4	40	93	2	348	22	22	28	25	1.99
23295940--23296107	40	4.2	40	76	6	160	25	21	28	25	1.99
23299850--23299889	20	2.0	21	90	5	64	25	22	35	17	1.95
23300301--23300339	21	1.9	20	89	5	60	35	5	2	56	1.35
23300676--23300731	26	2.2	26	96	0	103	35	10	25	28	1.89
23316237--23316261	5	5.0	5	100	0	50	0	20	40	40	1.52
23318504--23318532	4	7.5	4	92	7	51	51	0	0	48	1.00
23319916--23319974	29	2.0	29	100	0	118	40	33	6	18	1.77
23325940--23326069	40	3.3	39	75	8	127	24	27	23	24	2.00
23325956--23326107	40	3.8	40	77	6	139	23	26	23	27	2.00
23325956--23326105	80	1.9	80	82	8	189	22	26	23	27	2.00
23331788--23331833	22	2.1	22	91	0	74	41	19	8	30	1.82
23335606--23335712	40	2.7	40	79	7	126	31	28	14	25	1.95
23336120--23336184	29	2.3	28	83	2	76	30	24	1	43	1.64
23336882--23336950	36	1.9	36	82	5	86	20	14	20	44	1.86
23346227--23346257	15	2.1	15	93	0	53	51	6	16	25	1.68
23348311--23348336	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
23351397--23351491	42	2.3	42	90	3	147	21	22	17	38	1.93
23351939--23352012	3	24.7	3	94	0	112	33	5	0	60	1.19
23352392--23352634	51	4.9	51	69	19	138	43	4	9	42	1.57
23352480--23352529	22	2.4	21	83	9	66	44	0	6	50	1.26
23352330--23352640	148	2.1	145	86	4	446	43	3	9	42	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23352597--23352661	21	3.2	21	77	10	64	44	3	12	40	1.57
23352330--23352663	145	2.3	146	86	6	421	44	3	9	42	1.56
23353239--23353346	26	4.2	26	90	0	162	34	8	21	36	1.83
23360099--23360205	26	4.2	26	91	2	180	32	7	23	36	1.83
23360099--23360205	51	2.1	52	94	1	189	32	7	23	36	1.83
23363231--23363312	43	1.9	43	82	5	103	35	8	12	43	1.72
23369341--23369458	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
23369309--23369472	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
23376910--23377027	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
23376878--23377041	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
23387702--23387802	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
23395655--23395755	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
23406258--23406283	13	2.0	13	100	0	52	53	0	7	38	1.30
23406354--23406465	9	13.0	9	67	16	58	43	18	2	34	1.64
23406372--23406467	27	3.8	26	76	19	112	45	17	1	35	1.56
23406367--23406463	49	2.0	49	100	0	194	44	18	2	35	1.62
23406372--23406446	22	3.2	22	73	22	64	46	17	1	34	1.56
23408184--23408627	46	9.9	45	83	6	474	21	23	14	41	1.89
23408400--23408473	36	2.1	36	97	0	139	22	24	13	39	1.90
23408319--23408626	128	2.3	128	90	5	463	22	23	13	40	1.89
23409844--23409914	35	2.0	35	100	0	142	29	25	22	22	1.99
23410792--23410836	21	2.1	21	100	0	90	22	11	22	44	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23417127--23417315	40	4.8	39	77	6	150	24	23	28	22	1.99
23417179--23417316	38	3.5	39	82	5	145	25	24	28	21	1.99
23417127--23417308	77	2.3	80	81	7	212	24	24	28	23	2.00
23425154--23425338	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
23425155--23425346	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
23425154--23425371	79	2.7	79	79	6	183	24	23	27	24	2.00
23433089--23433137	3	16.3	3	100	0	98	34	0	0	65	0.93
23435463--23436199	374	2.0	374	96	0	1366	35	15	15	33	1.89
23436636--23436666	16	2.0	15	93	6	53	41	0	0	58	0.98
23440283--23440467	86	2.2	86	79	5	187	24	17	28	29	1.97
23440318--23440482	44	3.8	43	79	8	165	23	18	29	29	1.97
23440317--23440526	43	4.9	43	79	6	192	25	17	28	28	1.98
23440322--23440491	85	2.0	86	82	5	211	22	18	30	28	1.97
23440535--23440591	30	1.9	30	96	0	105	40	19	17	22	1.91
23443788--23443835	25	1.9	25	86	0	69	35	22	14	27	1.93
23443862--23443937	20	3.9	20	81	8	86	36	7	19	35	1.81
23443987--23444109	26	4.8	26	90	1	178	27	23	21	26	1.99
23444254--23444343	42	2.1	42	95	0	162	27	11	21	40	1.87
23444369--23444443	31	2.4	31	97	0	141	26	18	26	28	1.98
23448189--23448236	21	2.3	21	78	7	53	39	12	4	43	1.62
23460442--23460476	16	2.2	16	100	0	70	34	17	17	31	1.93
23459221--23462149	727	4.0	727	97	1	5579	40	19	8	32	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23462259--23462337	22	3.6	22	82	0	104	35	15	27	21	1.93
23463232--23463264	17	2.0	17	88	5	50	45	0	30	24	1.53
23468161--23468213	24	2.1	25	93	6	90	35	28	7	28	1.84
23473686--23473897	106	2.0	106	99	0	415	26	13	17	41	1.87
23479379--23479540	42	3.9	41	75	5	139	42	16	22	18	1.89
23481529--23481598	34	2.1	34	100	0	140	31	14	8	45	1.75
23482112--23482141	8	3.8	8	95	0	51	46	0	10	43	1.37
23487805--23487882	36	2.2	36	95	0	138	24	35	21	17	1.95
23496005--23496040	18	2.0	18	88	0	54	41	19	5	33	1.75
23500262--23500290	14	2.1	14	100	0	58	65	6	13	13	1.45

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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