genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.99.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  99  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30193091--30193116	11	2.4	11	100	0	52	7	0	7	84	0.77
30194634--30194767	42	3.0	42	81	10	126	31	25	11	31	1.92
30194673--30194767	49	2.0	48	89	2	145	32	26	12	28	1.93
30194694--30194851	46	3.4	47	84	5	169	31	24	13	30	1.94
30194866--30195014	31	4.8	31	86	0	208	27	25	18	28	1.98
30194990--30195118	50	2.5	51	91	2	215	24	23	17	34	1.95
30195446--30195600	77	2.0	77	100	0	310	27	27	5	40	1.77
30208404--30208569	84	2.0	83	84	5	219	46	3	0	50	1.21
30211653--30211677	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
30211973--30212014	22	1.9	22	90	0	66	30	26	7	35	1.83
30212078--30212166	22	4.0	22	80	0	88	34	24	7	32	1.84
30211973--30212267	125	2.4	125	80	1	322	31	21	12	34	1.90
30212208--30212265	22	2.6	22	83	0	62	32	31	10	25	1.89
30212095--30212328	103	2.3	103	81	3	256	32	20	12	34	1.91
30227930--30228036	26	4.2	26	90	7	157	32	5	25	36	1.79
30227938--30228034	49	2.0	49	93	0	167	29	6	26	37	1.81
30231211--30231354	40	3.6	40	95	0	252	29	26	20	23	1.99
30239597--30239819	40	5.6	40	88	2	315	28	26	21	23	1.99
30242116--30242263	43	3.4	44	75	11	146	31	26	17	24	1.97
30242499--30242527	7	4.1	7	100	0	58	13	31	13	41	1.84
30247078--30247131	28	2.0	26	82	13	65	40	5	18	35	1.74
30247634--30247772	43	3.3	43	79	9	126	25	18	24	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30252676--30252770	44	2.2	42	83	7	111	31	22	18	27	1.97
30263636--30263701	30	2.2	29	92	7	107	46	4	19	28	1.69
30264049--30264148	24	4.2	24	79	8	91	22	20	18	40	1.92
30264109--30264167	23	2.6	22	78	5	73	23	22	16	37	1.94
30268579--30268763	40	4.6	39	83	9	187	25	23	25	25	2.00
30279088--30279134	22	2.3	19	85	14	58	44	2	0	53	1.12
30279090--30279131	16	2.7	15	79	20	50	45	2	0	52	1.13
30279214--30279261	22	2.1	24	85	14	66	39	6	0	54	1.26
30279478--30279507	15	1.9	16	93	6	53	53	36	3	6	1.44
30281611--30281794	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
30281651--30281839	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
30286687--30286754	34	2.0	34	94	0	118	51	2	4	41	1.37
30288751--30288848	24	4.1	23	83	9	110	20	23	20	35	1.96
30290860--30290885	5	5.2	5	100	0	52	38	0	0	61	0.96
30292148--30292217	19	3.7	19	79	9	63	55	5	0	38	1.24
30296752--30297230	48	10.0	48	81	0	564	27	28	15	28	1.96
30296761--30297230	96	4.9	96	86	1	656	27	28	15	28	1.96
30305097--30305715	47	13.3	47	92	2	991	32	9	30	27	1.88
30305833--30305915	37	2.2	37	91	0	130	24	22	32	20	1.98
30308286--30308473	49	3.8	49	76	7	150	29	14	28	26	1.95
30308723--30308860	44	3.0	46	86	7	190	36	3	18	40	1.69
30311031--30311160	29	4.5	29	82	6	138	33	12	26	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30320208--30320440	39	6.0	39	94	0	403	24	29	24	21	1.99
30323680--30323758	39	2.0	39	97	0	149	35	3	17	43	1.68
30325833--30325877	19	2.4	19	81	7	56	64	2	0	33	1.06
30325852--30325897	21	2.2	21	85	11	60	65	4	2	28	1.23
30326593--30326635	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
30326662--30326718	30	1.9	30	85	3	80	42	0	5	52	1.24
30331027--30331140	57	2.0	57	86	5	158	28	17	6	48	1.71
30342983--30343146	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
30342983--30343180	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
30350224--30350367	39	3.7	39	85	4	166	24	27	22	25	2.00
30350224--30350405	40	4.6	39	82	4	163	23	26	22	27	2.00
30359136--30359215	31	2.5	31	91	2	124	21	23	17	37	1.94
30359407--30359573	24	7.0	24	93	3	257	26	22	22	28	1.99
30359406--30359573	71	2.3	71	90	4	257	26	22	22	29	1.99
30359623--30359683	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
30359726--30359773	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
30367260--30367339	31	2.5	31	95	2	142	20	25	18	36	1.95
30367530--30367648	24	5.0	24	89	5	170	26	22	21	28	1.99
30367530--30367648	47	2.5	48	89	5	170	26	22	21	28	1.99
30367698--30367758	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
30367801--30367848	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
30369563--30369767	40	5.1	40	86	4	254	26	27	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30371505--30371542	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
30374724--30374755	16	2.0	16	100	0	64	37	25	0	37	1.56
30374772--30374955	54	3.4	54	79	5	210	23	25	16	34	1.95
30374934--30375055	47	2.6	46	93	5	208	25	24	13	36	1.91
30374936--30375189	142	1.8	140	81	6	316	22	24	17	35	1.95
30384096--30384311	47	4.7	45	75	13	192	22	29	21	26	1.99
30384042--30384311	94	2.9	92	78	13	300	21	28	21	28	1.99
30387813--30387917	29	3.6	29	77	2	86	25	33	17	23	1.96
30387872--30387940	29	2.4	29	100	0	138	27	27	14	30	1.95
30395763--30395894	29	4.6	29	83	1	88	25	32	16	25	1.96
30395762--30395894	58	2.3	59	80	5	137	25	32	16	25	1.96
30398661--30398764	45	2.3	45	81	6	122	42	20	15	22	1.89
30398970--30399056	40	2.2	40	85	0	111	40	18	8	33	1.80
30398970--30399037	21	3.3	21	68	15	61	38	20	8	32	1.84
30399971--30400025	25	2.2	24	81	9	65	50	0	0	49	1.00
30400004--30400037	16	2.1	17	94	5	61	50	0	0	50	1.00
30400246--30400270	12	2.1	12	100	0	50	56	0	0	44	0.99
30400281--30400318	20	1.9	20	89	10	60	55	5	0	39	1.23
30401417--30401442	9	2.9	9	100	0	52	46	0	34	19	1.50
30403006--30403140	43	3.2	43	84	2	173	30	25	15	28	1.96
30403022--30403141	42	2.9	42	86	2	152	30	26	16	26	1.97
30409461--30409548	24	3.6	25	71	10	76	54	5	23	15	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30417162--30417283	43	2.9	42	77	7	147	30	25	13	30	1.94
30418098--30418150	11	4.8	11	80	13	56	16	1	3	77	1.01
30430011--30430100	43	2.1	43	97	0	171	28	34	25	11	1.90
30430683--30430889	46	4.5	47	85	3	253	19	24	15	40	1.90
30430688--30430889	92	2.2	91	88	0	287	19	24	15	41	1.90
30430871--30430909	20	2.0	20	100	0	78	20	25	15	38	1.92
30430873--30430915	20	2.4	17	85	14	52	20	25	16	37	1.93
30433079--30433129	19	2.7	19	82	11	61	54	5	0	39	1.24
30433582--30433711	43	3.2	41	83	5	140	31	30	23	14	1.94
30433582--30433673	43	2.2	43	90	3	143	31	32	23	11	1.91
30433645--30433752	38	2.8	38	87	0	144	29	26	22	21	1.99
30434727--30434762	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
30445507--30445731	40	5.6	40	83	4	274	23	23	27	25	2.00
30445551--30445705	83	1.9	83	93	0	265	22	22	29	25	1.99
30450312--30450484	43	4.0	43	75	11	174	23	17	27	31	1.97
30457057--30457120	31	2.1	31	96	0	119	39	6	28	26	1.80
30458218--30458265	26	1.9	25	87	8	71	22	4	27	45	1.70
30462564--30462619	27	2.1	27	82	0	67	46	0	28	25	1.53
30463014--30463057	21	2.2	20	84	12	54	25	0	25	50	1.50
30465392--30465467	24	3.1	24	73	1	80	14	5	3	76	1.11
30465418--30465488	21	3.4	20	75	7	70	15	7	5	71	1.26
30482737--30482762	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30487217--30487258	20	2.1	20	100	0	84	21	14	16	47	1.82
30503076--30503105	15	2.0	15	100	0	60	33	6	13	46	1.69
30507542--30507608	35	1.9	34	87	3	98	38	7	10	43	1.67
30510176--30510403	113	2.0	113	93	0	393	35	21	10	32	1.88
30520274--30520333	31	1.9	31	83	6	77	26	16	8	48	1.75
30520985--30521023	19	2.1	19	85	9	53	79	0	7	12	0.93
30532058--30532448	131	3.0	131	84	3	504	27	16	18	37	1.93
30536918--30536956	19	2.1	19	100	0	78	28	10	25	35	1.89
30537924--30537952	14	2.0	15	93	6	51	62	6	0	31	1.22
30539618--30539643	12	2.2	12	100	0	52	15	0	7	76	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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