genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.54.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  54  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15059003--15059350	81	4.3	81	83	5	366	38	20	9	31	1.84
15059385--15059573	27	7.0	27	88	0	254	34	17	22	24	1.96
15059382--15059577	81	2.4	81	87	0	302	35	18	21	24	1.96
15059822--15059873	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
15060088--15060255	6	27.3	6	73	15	130	18	19	14	48	1.81
15060091--15060198	25	4.6	25	76	19	106	18	20	14	46	1.84
15060118--15060246	37	3.3	37	86	6	150	17	18	13	49	1.79
15060091--15060246	43	3.7	43	78	12	164	17	19	14	48	1.81
15060118--15060246	43	3.1	43	86	6	171	17	18	13	49	1.79
15063679--15063722	20	2.2	20	87	0	61	34	31	4	29	1.78
15069464--15069679	39	5.5	39	89	1	317	29	27	23	19	1.98
15069736--15069769	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
15075729--15075815	38	2.2	40	79	4	97	34	32	18	14	1.92
15076031--15076084	18	3.3	18	66	28	57	22	50	7	20	1.73
15076021--15076119	30	3.3	30	95	0	171	25	50	6	18	1.69
15076686--15076769	30	2.8	30	80	5	80	30	7	3	58	1.42
15076750--15076790	21	1.9	22	90	5	66	26	2	7	63	1.33
15080916--15081069	40	3.8	40	79	1	148	26	20	26	25	1.99
15089989--15090127	71	2.0	70	84	5	185	35	15	28	21	1.93
15099081--15099198	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
15099049--15099212	71	2.3	71	98	0	319	34	17	28	18	1.94
15100884--15100919	17	2.1	18	89	5	56	36	8	5	50	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15108025--15108051	14	1.9	14	100	0	54	59	11	7	22	1.56
15114795--15114978	40	4.7	40	84	8	173	25	27	20	26	1.99
15114823--15114965	39	3.6	40	87	9	188	25	26	18	28	1.98
15125252--15125504	68	3.8	65	76	10	194	30	15	28	25	1.95
15128241--15128291	22	2.3	22	96	0	75	49	19	11	19	1.79
15137476--15137518	21	2.0	21	100	0	86	39	18	4	37	1.72
15137788--15137893	43	2.5	43	87	3	153	30	23	18	27	1.98
15139489--15139577	40	2.2	40	91	0	142	19	22	24	33	1.97
15142165--15142280	43	2.7	44	77	4	128	30	15	23	31	1.95
15155373--15155473	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
15163335--15163435	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
15168554--15168611	29	2.0	29	100	0	116	55	3	10	31	1.50
15169439--15169484	19	2.3	20	96	3	85	23	10	17	47	1.79
15170842--15170921	32	2.5	32	79	4	90	52	17	3	26	1.61
15171539--15171657	35	3.4	35	83	2	141	26	12	26	34	1.92
15179591--15179634	18	2.5	18	89	10	65	13	4	20	61	1.50
15181252--15181502	27	9.3	27	84	6	303	28	23	8	39	1.84
15181263--15181591	27	12.2	27	80	2	86	31	23	8	36	1.85
15181252--15181501	54	4.6	54	90	0	392	28	23	8	40	1.84
15181252--15181502	81	3.1	81	84	5	355	28	23	8	39	1.84
15181495--15181648	27	5.7	27	85	0	218	38	20	8	31	1.83
15181495--15181645	54	2.8	54	93	0	257	39	21	7	31	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15184716--15184753	19	2.0	19	94	0	67	42	2	2	52	1.29
15190969--15191051	25	3.3	25	81	3	87	30	20	28	20	1.98
15190987--15191058	25	2.9	25	91	0	108	31	20	30	16	1.95
15193775--15193807	17	1.9	17	88	11	50	0	18	3	78	0.87
15197296--15197346	26	1.9	27	84	4	68	39	11	1	47	1.52
15201053--15201082	5	6.0	5	100	0	60	0	20	0	80	0.72
15204124--15204206	11	7.4	11	69	18	55	65	28	2	3	1.22
15204096--15204193	22	4.4	23	74	13	80	62	27	3	7	1.36
15204582--15204618	18	2.0	19	89	5	58	32	13	27	27	1.94
15207030--15207089	10	6.1	10	71	11	52	35	1	3	60	1.23
15211668--15211704	6	6.2	6	87	0	56	0	32	0	67	0.91
15215427--15215454	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
15218880--15218919	21	1.9	21	84	0	53	32	0	2	65	1.06
15237265--15237312	25	1.9	25	86	0	69	25	22	0	52	1.48
15242970--15242999	15	2.0	15	93	0	51	20	30	13	36	1.90
15255062--15255157	47	2.0	47	86	11	135	25	23	5	45	1.73
15260400--15260443	12	3.8	12	79	11	56	61	0	0	38	0.96
15260403--15260447	16	2.7	16	93	6	72	62	0	0	37	0.96
15265588--15266017	74	5.9	73	86	6	575	27	7	3	61	1.41
15265825--15265968	69	2.2	61	79	17	189	25	4	5	65	1.32
15265595--15266018	220	1.9	222	89	5	662	27	7	4	61	1.41
15265595--15266044	73	6.1	74	80	12	423	27	7	4	60	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15268140--15268225	42	2.0	42	100	0	172	54	12	11	20	1.69
15271378--15271472	43	2.2	43	94	3	165	43	4	25	27	1.73
15271405--15271472	21	3.2	21	69	19	68	44	4	26	25	1.73
15275782--15275820	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
15276074--15276139	33	1.9	35	81	6	82	53	4	3	39	1.37
15276223--15276292	12	5.4	13	70	26	51	55	4	0	40	1.19
15282223--15282262	20	2.0	20	95	0	71	10	7	15	67	1.41
15283397--15283457	30	2.0	30	83	0	77	31	21	8	39	1.82
15285633--15285679	20	2.4	19	76	13	51	29	8	0	61	1.25
15286008--15286053	14	3.4	14	82	11	60	2	23	0	73	0.94
15286007--15286045	20	1.9	19	85	10	51	5	23	0	71	1.05
15286005--15286078	27	2.7	27	83	4	96	6	18	4	70	1.26
15296818--15296842	10	2.5	10	100	0	50	68	0	0	32	0.90
15297365--15297421	28	2.0	28	100	0	114	28	21	0	50	1.48
15297735--15297789	21	2.6	21	88	0	83	30	5	32	30	1.80
15301249--15301297	21	2.3	21	89	0	71	28	24	22	24	1.99
15305759--15305788	7	4.3	7	91	0	51	43	0	40	16	1.48
15311806--15311835	14	2.1	14	93	0	51	30	23	16	30	1.96
15312574--15312640	16	4.2	16	73	14	59	46	0	2	50	1.16
15319771--15319826	15	3.9	14	75	17	53	83	0	8	7	0.80
15319781--15319817	6	6.7	6	82	17	53	86	0	13	0	0.57
15319771--15319826	21	2.7	20	86	5	76	83	0	8	7	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15321415--15321460	23	2.0	23	87	8	67	78	2	4	15	1.01
15325119--15325145	14	1.9	14	100	0	54	74	0	11	14	1.08
15332116--15332246	46	2.8	46	85	1	190	32	25	21	21	1.98
15339351--15339413	30	2.1	29	85	2	81	44	4	6	44	1.50
15340460--15340509	22	2.2	22	78	3	55	60	2	0	38	1.09
15346664--15346752	42	2.1	42	95	0	160	51	14	5	28	1.65
15346665--15346774	42	2.6	42	85	7	107	51	13	5	29	1.63
15351865--15353788	959	2.0	959	92	0	3195	31	15	22	31	1.94
15360865--15361103	50	4.8	50	82	5	286	30	27	17	24	1.97
15360868--15361103	101	2.4	99	85	4	296	30	27	17	24	1.97
15377332--15377522	50	3.9	49	82	5	215	28	26	18	26	1.98
15380573--15380614	21	2.0	22	86	13	61	16	4	30	47	1.67
15381963--15382013	16	3.2	16	78	10	59	11	23	23	41	1.87
15382690--15382821	66	2.0	66	83	5	169	15	25	17	41	1.89
15386709--15386790	22	3.7	21	75	12	67	31	20	24	23	1.98
15386727--15386790	22	2.9	23	77	13	71	31	21	26	20	1.98
15393657--15393685	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
15396631--15396686	28	2.0	28	96	0	103	23	14	8	53	1.68
15398476--15398665	49	3.8	49	82	2	236	27	25	20	25	1.99
15398476--15398663	100	1.9	100	94	0	331	28	25	20	26	1.99
15404341--15404526	49	3.8	49	79	8	218	30	25	17	26	1.97
15404340--15404531	99	1.9	98	89	5	298	29	25	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15404777--15404828	27	2.0	25	85	7	68	40	13	5	40	1.68
15405123--15405181	30	2.0	30	86	6	84	32	18	10	38	1.84
15408880--15408911	13	2.5	13	100	0	64	31	31	37	0	1.58
15428953--15428998	19	2.3	20	96	3	85	23	10	17	47	1.79
15429519--15429565	21	2.2	22	92	3	78	31	8	12	46	1.72
15429907--15429970	18	3.6	18	77	8	60	35	14	18	31	1.91
15444942--15444966	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
15452837--15452869	3	10.7	3	93	6	57	3	30	0	66	1.06
15458159--15458374	81	2.7	80	82	7	253	27	29	17	25	1.98
15460977--15461087	47	2.4	47	81	6	136	36	22	15	26	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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