genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.147.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  147  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45651251--45651355	50	2.1	50	98	0	201	40	6	13	39	1.71
45657452--45657516	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
45657632--45657701	27	2.5	27	86	4	95	24	27	17	31	1.97
45657622--45657711	28	3.2	27	81	7	101	22	24	21	32	1.98
45657632--45657722	27	3.2	28	81	4	76	24	26	17	31	1.97
45657622--45657736	55	2.1	56	80	8	128	20	24	20	34	1.96
45658175--45658213	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
45659570--45659882	27	11.6	27	83	4	382	28	23	9	39	1.85
45659551--45659918	81	4.6	81	80	3	206	30	23	8	36	1.85
45659874--45659964	27	3.4	27	81	3	94	41	20	13	24	1.88
45661611--45661923	156	2.0	157	87	1	459	25	22	21	30	1.99
45664147--45664176	14	2.1	15	93	6	53	26	3	20	50	1.64
45670235--45670301	33	2.0	33	100	0	134	20	32	20	25	1.97
45672163--45672226	30	2.1	30	97	0	119	31	3	18	46	1.65
45672570--45672723	43	3.6	42	74	13	145	24	19	26	29	1.98
45674787--45675140	184	1.9	184	96	0	654	31	25	21	22	1.98
45677287--45677494	55	3.9	54	82	4	231	36	18	23	22	1.95
45688152--45688263	41	2.6	42	77	5	120	24	15	25	34	1.94
45689620--45689685	32	2.1	32	100	0	132	34	6	9	50	1.59
45689953--45690129	48	3.7	48	81	6	214	21	29	19	29	1.98
45689952--45690132	96	1.9	96	89	2	283	21	29	19	29	1.98
45694529--45694553	13	1.9	13	100	0	50	8	40	32	20	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45702318--45702455	55	2.5	55	79	0	168	29	32	23	14	1.94
45709606--45709788	79	2.3	81	84	7	232	26	27	21	24	1.99
45709585--45709788	40	5.1	40	81	8	238	25	27	21	24	1.99
45712827--45712880	24	2.2	24	84	12	67	29	38	16	14	1.89
45718430--45718561	65	2.0	65	98	0	255	32	12	20	34	1.89
45718895--45718969	30	2.5	30	86	0	105	16	29	32	22	1.95
45726732--45726771	14	2.9	14	85	7	55	60	0	2	37	1.11
45731855--45731885	16	1.9	16	93	0	53	38	22	22	16	1.92
45733177--45733204	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
45734078--45734285	40	5.2	40	84	2	249	25	21	26	26	1.99
45735903--45735962	22	2.7	22	84	7	77	25	1	1	71	1.04
45735900--45735953	15	3.6	15	82	7	74	24	1	1	72	1.05
45735926--45735987	7	7.4	8	73	22	56	32	0	1	66	1.02
45735926--45735961	15	2.4	15	90	0	54	30	0	0	69	0.89
45736731--45736794	21	3.0	22	84	8	80	37	39	1	21	1.63
45736833--45736877	14	3.2	14	83	0	63	48	26	0	24	1.51
45736971--45737091	7	17.0	7	70	9	57	42	38	1	18	1.60
45737043--45737091	21	2.3	21	86	6	64	36	46	0	16	1.47
45737069--45737116	25	1.9	25	83	8	62	37	43	0	18	1.51
45737097--45737131	15	2.4	15	90	4	54	45	34	0	20	1.51
45737092--45737136	22	2.0	22	82	0	54	44	33	0	22	1.53
45739419--45739503	40	2.1	40	80	8	93	24	23	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45740968--45741070	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
45742711--45742814	40	2.6	39	88	8	147	23	19	29	27	1.98
45746314--45746371	27	2.2	27	96	3	109	32	13	10	43	1.78
45747353--45747409	29	2.0	28	83	12	73	33	5	26	35	1.79
45747828--45747978	42	3.5	43	73	13	132	30	17	23	28	1.97
45751038--45751221	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
45751078--45751266	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
45759155--45759337	40	4.6	39	75	7	138	26	23	27	22	1.99
45759198--45759346	80	1.9	80	81	2	183	22	24	30	22	1.99
45759194--45759365	80	2.1	81	77	5	179	23	24	29	22	1.99
45760985--45761009	13	1.9	13	100	0	50	16	16	0	68	1.22
45761090--45762103	72	12.9	85	79	14	674	28	17	20	33	1.95
45761321--45762212	72	11.8	72	76	14	773	29	17	19	33	1.95
45761763--45761791	14	2.1	14	100	0	58	13	13	6	65	1.45
45761634--45762250	163	3.9	161	89	6	853	28	17	20	34	1.95
45761926--45761954	14	2.1	14	100	0	58	13	13	6	65	1.45
45762601--45762699	44	2.2	45	80	3	103	38	17	15	29	1.90
45763009--45763069	32	1.9	32	96	0	113	14	47	9	27	1.76
45764071--45764107	3	12.3	3	88	11	58	35	0	0	64	0.94
45764208--45764255	3	16.0	3	100	0	96	33	0	0	66	0.92
45764465--45764533	31	2.4	28	79	13	84	36	5	1	56	1.32
45764489--45764535	15	3.1	16	74	20	55	34	8	0	57	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45764487--45764557	31	2.2	31	82	9	81	35	9	2	52	1.49
45771495--45771656	39	4.2	39	88	2	236	24	30	19	24	1.98
45775707--45775914	40	5.2	40	83	2	222	25	26	22	25	2.00
45782497--45782668	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
45782489--45782664	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
45786584--45786791	40	5.2	40	78	2	186	25	25	21	27	1.99
45789335--45789477	39	3.7	39	88	2	225	21	30	21	26	1.99
45789295--45789476	77	2.3	79	88	2	260	22	29	23	24	1.99
45806929--45806958	15	2.0	15	100	0	60	13	26	20	40	1.89
45814226--45814445	46	5.0	46	81	9	233	21	23	15	39	1.92
45814360--45814435	38	2.0	38	97	0	143	22	23	19	34	1.97
45816556--45816622	27	2.5	28	72	16	77	55	4	1	38	1.29
45818343--45818657	48	6.6	48	90	2	402	26	31	17	24	1.97
45823098--45823177	38	2.1	38	90	0	124	20	22	28	28	1.98
45823170--45823409	128	1.9	129	89	0	374	10	23	34	31	1.89
45823170--45823409	85	2.8	86	90	1	392	10	23	34	31	1.89
45823149--45823422	43	6.4	43	88	1	374	12	22	34	31	1.91
45823739--45823846	45	2.5	42	83	8	119	23	23	26	26	2.00
45829338--45829564	48	4.7	48	96	1	402	24	18	29	28	1.98
45832891--45832929	19	2.1	19	95	0	69	28	15	17	38	1.91
45838137--45838562	48	8.6	48	82	9	518	24	18	29	28	1.98
45838214--45838332	59	2.0	59	95	0	211	21	15	31	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45843362--45843483	43	2.9	42	79	2	136	31	14	23	30	1.95
45846420--45846603	67	2.8	64	75	8	176	28	15	32	23	1.96
45848873--45848922	21	2.4	22	80	10	59	24	38	24	14	1.92
45851892--45852149	40	6.5	40	91	2	351	22	23	28	25	2.00
45857816--45857848	17	1.9	17	88	11	50	36	15	0	48	1.45
45863850--45863959	40	2.8	40	81	0	130	26	21	27	24	1.99
45869876--45869913	18	2.1	18	100	0	76	13	23	15	47	1.81
45873382--45873415	15	2.3	15	89	0	50	11	2	41	44	1.56
45882505--45882592	20	4.8	18	68	23	51	52	3	3	40	1.35
45885962--45885987	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
45886460--45886560	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
45886489--45886560	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
45892217--45892423	27	7.8	28	78	12	143	31	10	18	39	1.84
45892219--45892421	54	3.8	53	79	11	211	32	9	17	40	1.83
45892215--45892421	81	2.6	81	80	8	221	31	9	18	39	1.83
45895444--45895517	17	4.6	16	70	14	53	54	1	1	43	1.17
45895544--45895611	29	2.4	28	75	20	68	25	13	10	51	1.72
45895935--45895982	20	2.4	20	89	0	69	33	14	18	33	1.91
45898811--45898850	21	2.0	20	85	5	53	22	30	35	12	1.91
45900401--45900532	29	4.5	29	95	1	228	25	22	14	37	1.92
45900401--45900532	59	2.3	59	94	1	230	25	22	14	37	1.92
45901008--45901041	8	4.2	8	96	0	59	41	0	8	50	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45910545--45910739	39	4.9	39	89	0	264	23	21	32	23	1.98
45913956--45914033	30	2.7	29	80	7	86	23	23	14	39	1.90
45913940--45914087	59	2.5	58	78	7	147	25	24	12	37	1.91
45913940--45914052	29	3.9	28	79	6	109	22	24	14	38	1.91
45914043--45914116	29	2.6	29	89	4	105	29	24	9	36	1.87
45914176--45914201	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
45918726--45918923	43	4.6	43	98	0	369	30	34	24	10	1.89
45918713--45918944	129	1.8	128	90	1	369	29	34	23	12	1.91
45918916--45918999	38	2.2	38	89	0	132	30	27	21	20	1.98
45921757--45921795	18	2.2	17	86	4	51	53	5	0	41	1.23

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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