genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.375.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  375  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117411547--117411578	14	2.3	14	94	0	55	46	28	0	25	1.53
117411824--117411951	40	3.2	40	85	4	170	25	21	19	32	1.97
117412644--117412810	83	2.0	83	83	5	212	23	14	31	29	1.95
117416502--117416544	23	1.9	23	90	4	70	62	6	6	23	1.45
117416938--117417105	22	7.2	22	73	16	117	61	4	5	28	1.38
117416993--117417105	26	4.6	26	78	14	98	61	5	5	27	1.39
117417910--117417944	17	2.0	18	88	5	54	71	0	2	25	1.00
117424428--117424546	42	2.8	42	79	5	134	26	21	25	26	1.99
117425745--117425818	37	2.0	37	89	0	112	37	21	18	21	1.94
117426042--117426074	13	2.7	12	90	9	57	72	3	6	18	1.18
117426641--117426687	6	7.8	6	100	0	94	17	14	0	68	1.22
117426687--117426784	6	16.7	6	80	11	69	5	5	8	81	0.97
117426685--117426779	15	6.4	14	72	18	59	4	5	8	82	0.95
117426685--117426737	28	1.9	27	88	11	81	1	3	9	84	0.81
117426680--117426784	30	3.6	28	79	13	81	5	5	7	80	1.00
117426622--117426784	6	27.3	6	81	11	68	10	7	5	76	1.14
117428648--117429013	41	9.0	41	84	3	350	35	21	22	20	1.96
117428649--117429013	122	3.0	123	84	2	432	35	21	23	20	1.96
117428712--117429013	163	1.9	163	89	1	471	34	21	23	20	1.96
117429171--117429210	14	2.9	14	88	0	53	30	0	22	47	1.52
117430085--117430116	15	2.1	15	94	0	55	59	0	9	31	1.29
117430103--117430148	10	4.3	10	79	15	56	56	0	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117433533--117433782	132	1.9	132	97	1	475	20	9	18	51	1.73
117441860--117442207	42	8.4	40	80	9	281	25	20	23	31	1.98
117441860--117442204	83	4.2	83	77	11	237	24	20	23	31	1.98
117441948--117442181	126	1.9	122	85	5	326	22	21	24	31	1.98
117453414--117453638	40	5.6	40	87	3	308	23	22	28	25	2.00
117453418--117453638	83	2.7	80	87	5	295	23	23	28	25	1.99
117460750--117460995	49	5.0	49	80	3	258	28	27	18	25	1.98
117463279--117463310	15	2.1	16	94	5	57	59	15	12	12	1.61
117466009--117466197	49	3.8	49	83	4	236	30	26	19	23	1.98
117466009--117466195	100	1.9	100	95	0	338	30	26	19	24	1.98
117469223--117469539	48	6.6	48	80	5	198	22	26	18	31	1.97
117469223--117469539	96	3.3	95	80	5	291	22	26	18	31	1.97
117470900--117470966	28	2.4	28	95	2	118	19	8	26	44	1.80
117472596--117472633	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
117485287--117485415	38	3.3	39	84	2	145	34	27	19	18	1.95
117485302--117485417	38	3.0	38	87	2	160	31	25	21	21	1.98
117488916--117488963	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
117489007--117489065	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
117489011--117489065	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
117489116--117489282	24	7.0	24	91	3	239	29	22	22	25	1.99
117489116--117489283	71	2.3	71	88	4	239	29	22	22	25	1.99
117489462--117489525	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117499423--117499593	93	1.8	93	89	0	270	29	27	21	22	1.99
117499418--117499590	46	3.8	45	76	13	172	30	26	20	22	1.99
117499468--117499609	46	3.1	44	75	14	128	28	28	19	23	1.98
117500013--117500072	30	2.0	30	87	6	86	31	25	6	36	1.82
117507346--117507407	29	2.1	29	93	0	106	30	27	17	24	1.97
117523364--117523686	41	8.0	41	83	7	358	35	23	22	18	1.95
117523427--117523686	121	2.1	122	90	5	420	34	24	23	17	1.96
117526369--117526411	18	2.4	17	84	7	59	23	6	27	41	1.80
117528198--117528449	133	1.9	133	98	0	486	20	10	18	51	1.75
117534484--117534534	25	1.9	28	84	11	72	33	1	21	43	1.64
117535606--117535643	19	2.1	19	90	9	62	42	5	0	52	1.24
117536538--117536729	85	2.3	84	87	1	267	31	19	21	27	1.98
117536538--117536856	127	2.5	127	82	4	349	26	20	23	30	1.99
117536531--117536881	42	8.3	41	82	4	261	24	20	23	30	1.99
117536618--117536857	127	1.9	127	87	1	356	22	21	24	31	1.98
117541228--117541258	6	5.2	6	100	0	62	67	0	16	16	1.23
117541222--117541274	18	2.9	19	83	10	67	64	1	15	18	1.38
117549322--117549595	49	5.7	47	93	2	413	32	8	30	28	1.87
117564988--117565014	6	4.5	6	100	0	54	0	14	0	85	0.61
117566472--117566501	13	2.3	13	100	0	60	30	23	16	30	1.96
117567713--117567760	11	4.2	11	76	10	51	54	2	4	39	1.32
117568015--117568052	20	1.9	20	84	10	51	7	13	31	47	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117572379--117572698	46	7.0	46	92	0	453	40	15	23	21	1.91
117572984--117573016	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
117573979--117574036	26	2.2	26	93	0	98	44	13	3	37	1.61
117580974--117581001	13	2.2	13	100	0	56	28	32	14	25	1.94
117581118--117581142	13	1.9	13	100	0	50	28	48	16	8	1.74
117587247--117587299	17	3.0	17	91	8	88	39	13	5	41	1.68
117587245--117587305	19	3.3	19	90	6	99	37	14	6	40	1.72
117587699--117587863	87	1.9	86	81	9	201	26	22	18	32	1.97
117587589--117588101	261	2.0	256	86	3	715	26	22	17	32	1.97
117587933--117588460	205	2.6	200	94	2	914	28	21	18	31	1.97
117588409--117588557	46	3.1	46	69	12	129	30	20	18	30	1.96
117588366--117588557	97	2.0	97	95	0	348	31	20	17	30	1.96
117588161--117588762	302	2.0	302	96	0	1096	29	20	18	31	1.96
117589726--117589780	24	2.2	24	90	9	85	0	16	0	83	0.64
117589726--117589791	29	2.2	30	89	5	98	0	16	0	83	0.65
117589726--117589790	8	8.9	7	76	20	62	0	16	0	83	0.66
117589726--117589791	30	2.2	31	89	5	100	0	16	0	83	0.65
117595484--117595536	17	3.0	17	91	8	88	39	13	5	41	1.68
117595482--117595542	19	3.3	19	90	6	99	37	14	6	40	1.72
117596696--117596764	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
117598577--117598620	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
117600594--117600758	87	1.9	87	82	5	208	27	22	18	32	1.97
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117600828--117601359	205	2.6	202	94	2	926	28	21	18	31	1.97
117601304--117601452	46	3.1	46	67	11	120	30	20	17	30	1.96
117601261--117601456	97	2.0	97	95	2	349	31	21	16	30	1.96
117601056--117601661	302	2.0	302	95	0	1095	29	21	17	31	1.97
117602621--117602691	7	9.9	7	82	13	74	0	15	0	84	0.62
117602623--117602692	25	2.7	26	85	14	101	0	15	0	84	0.63
117608420--117608499	19	4.3	19	93	4	137	36	16	10	37	1.82
117608860--117609016	43	3.6	42	74	12	140	25	16	26	31	1.96
117610025--117610130	55	1.9	55	84	3	142	26	26	26	20	1.99
117611710--117611740	14	2.2	14	94	0	53	9	25	32	32	1.88
117617489--117617545	27	2.1	27	80	6	62	70	1	8	19	1.23
117623814--117623838	13	1.9	13	100	0	50	40	8	12	40	1.72
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117631406--117631436	15	2.1	15	93	0	53	51	0	6	41	1.27
117632728--117632800	19	3.8	19	80	8	69	49	0	26	24	1.51
117642302--117642366	21	3.2	21	68	12	55	12	23	21	43	1.86
117642284--117642368	39	2.2	39	93	0	143	12	23	23	40	1.89
117642833--117642858	12	2.2	12	100	0	52	46	15	7	30	1.74
117642994--117643123	64	2.0	64	100	0	260	38	4	10	46	1.60
117647275--117647449	46	3.8	46	80	15	207	27	21	29	21	1.98
117647278--117647448	94	1.8	92	90	5	272	28	19	29	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117649022--117649181	29	5.5	30	88	8	222	33	13	25	27	1.94
117649022--117649181	59	2.8	57	89	4	223	33	13	25	27	1.94
117656823--117656925	28	3.6	28	84	6	100	30	14	27	28	1.95
117656823--117656987	29	5.5	29	80	13	172	32	15	25	26	1.95
117656879--117656979	35	3.1	35	90	8	151	36	16	22	23	1.94
117660035--117660074	20	2.0	20	100	0	80	35	5	30	30	1.79
117670331--117670427	39	2.5	39	91	0	149	13	25	22	38	1.91
117674900--117675014	27	4.3	26	86	5	140	36	22	23	17	1.95
117674900--117675014	54	2.1	54	87	3	160	36	22	23	17	1.95
117676631--117676740	26	4.2	26	95	2	177	36	24	4	34	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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