genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.407.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  407  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125780300--125780369	3	22.7	3	87	8	97	35	1	0	62	1.04
125780738--125780770	17	1.9	17	88	11	50	33	0	3	63	1.10
125780838--125780867	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
125782876--125782990	27	4.3	27	95	0	203	42	20	6	30	1.78
125782876--125783055	54	3.3	54	83	3	175	41	21	7	29	1.81
125782876--125783055	81	2.2	81	83	3	211	41	21	7	29	1.81
125782985--125783044	27	2.2	27	93	0	102	41	18	8	31	1.80
125783051--125783368	27	11.8	27	87	2	406	27	23	8	39	1.84
125784693--125784755	20	3.2	20	86	0	99	33	12	22	31	1.91
125784809--125784997	24	8.0	24	88	4	260	28	22	21	26	1.99
125784809--125784976	47	3.6	47	93	0	291	29	22	20	27	1.99
125785191--125785254	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
125787066--125787097	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
125789680--125789727	23	2.1	22	92	3	78	72	0	0	27	0.84
125789686--125789727	8	5.4	8	78	16	52	73	0	0	26	0.83
125790138--125790195	30	1.9	30	85	0	80	17	39	27	15	1.90
125790259--125790325	33	2.0	33	100	0	134	44	5	14	34	1.70
125790271--125790327	18	3.3	18	65	30	52	45	5	15	33	1.69
125794494--125794536	3	14.3	3	100	0	86	32	0	0	67	0.91
125796535--125796590	23	2.4	23	79	8	60	23	3	1	71	1.11
125796568--125796592	13	1.9	13	100	0	50	32	0	0	68	0.90
125798838--125798879	14	3.1	14	80	13	52	61	0	2	35	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125800294--125800318	11	2.3	11	100	0	50	24	36	8	32	1.84
125801617--125801722	27	3.9	27	87	7	135	35	21	24	17	1.95
125801610--125801724	54	2.1	54	87	3	160	36	22	23	17	1.95
125803342--125803451	26	4.2	26	94	2	186	40	22	3	32	1.71
125803342--125803434	13	7.2	13	65	26	54	41	21	4	32	1.72
125806515--125806651	62	2.2	61	86	1	193	23	29	20	26	1.99
125813994--125814026	15	2.1	16	88	5	50	45	0	0	54	0.99
125814556--125814611	26	2.2	26	93	0	94	33	7	23	35	1.82
125820296--125820403	26	4.2	26	93	0	189	32	4	25	37	1.76
125823363--125823446	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
125827256--125827314	21	2.9	21	87	2	84	13	23	27	35	1.92
125827228--125827314	21	4.1	21	76	5	77	20	20	22	35	1.96
125828718--125828765	24	2.0	24	100	0	96	37	25	8	29	1.85
125830112--125830462	166	2.1	165	80	5	388	43	19	11	24	1.84
125831566--125831599	11	3.0	12	87	12	54	32	0	0	67	0.91
125831815--125831857	22	2.0	22	85	0	59	58	11	11	18	1.63
125831822--125831862	11	3.7	11	80	0	55	56	9	14	19	1.66
125839210--125839269	28	2.1	29	84	3	77	41	3	25	30	1.71
125839210--125839275	29	2.3	28	84	2	78	43	3	24	28	1.69
125839757--125839855	43	2.3	43	80	3	110	29	16	24	30	1.96
125842490--125842531	13	3.2	13	80	12	50	40	2	14	42	1.58
125842589--125842615	12	2.2	12	100	0	54	37	25	7	29	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125844044--125844186	66	2.1	67	83	8	184	32	13	3	49	1.60
125844597--125844650	21	2.6	20	80	8	63	38	14	20	25	1.91
125845784--125845809	13	2.0	13	100	0	52	38	15	7	38	1.76
125847200--125847262	31	2.0	31	100	0	126	63	3	26	6	1.34
125847301--125847335	16	2.1	18	89	10	56	82	0	2	14	0.77
125848500--125848608	26	4.2	26	95	1	184	33	4	24	36	1.76
125850222--125850361	27	5.2	27	85	2	165	18	23	22	35	1.95
125850222--125850361	54	2.6	55	88	2	194	18	23	22	35	1.95
125852014--125852086	33	2.2	33	87	0	101	42	13	17	26	1.87
125852302--125852364	33	1.9	33	83	0	81	39	15	19	25	1.91
125852360--125852406	3	15.7	3	95	0	85	68	2	0	29	1.02
125852587--125852625	17	2.4	17	82	4	53	69	2	0	28	1.02
125852530--125852630	29	3.5	29	68	9	80	63	3	1	30	1.24
125854566--125854616	22	2.2	23	83	13	61	49	5	5	39	1.51
125857042--125857118	31	2.6	29	74	11	75	20	12	9	57	1.63
125857070--125857141	31	2.3	31	80	4	83	20	11	12	55	1.67
125857558--125857865	170	1.8	170	85	4	442	46	11	12	28	1.77
125860492--125860525	12	2.8	12	86	0	50	38	5	35	20	1.77
125869353--125869386	11	3.1	11	91	0	50	70	14	2	11	1.27
125870134--125870188	22	2.5	22	93	0	92	41	16	9	32	1.80
125872454--125872503	26	2.0	26	84	7	68	60	2	0	38	1.09
125872489--125872547	21	2.8	21	78	12	59	69	8	0	22	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125872597--125872622	10	2.6	10	100	0	52	73	0	0	26	0.84
125874691--125874737	24	2.0	24	86	0	67	42	17	6	34	1.74
125877033--125877295	126	2.1	127	81	4	298	35	15	12	35	1.86
125877456--125877807	3	118.3	3	65	15	72	61	3	8	26	1.41
125877544--125877604	25	2.4	25	78	5	70	62	6	4	26	1.40
125877608--125877691	30	2.8	28	76	20	80	63	2	8	26	1.35
125877726--125877778	23	2.3	23	83	0	61	56	1	7	33	1.38
125877724--125877810	20	4.2	20	70	13	59	64	1	6	27	1.26
125877881--125877966	3	29.0	3	90	2	111	65	0	4	30	1.13
125878420--125878446	12	2.2	12	100	0	54	7	0	48	44	1.31
125880668--125880718	14	3.6	14	84	10	61	80	1	0	17	0.81
125880689--125880717	6	4.8	6	100	0	58	86	0	0	13	0.58
125887423--125887511	40	2.2	41	84	6	110	35	6	8	48	1.61
125888509--125888542	15	2.3	15	100	0	68	35	0	11	52	1.38
125889606--125889630	12	2.1	12	100	0	50	8	32	32	28	1.86
125891178--125891207	7	4.4	7	91	8	53	86	0	13	0	0.57
125891179--125891207	13	2.2	13	100	0	58	86	0	13	0	0.58
125892448--125892499	17	3.1	17	86	2	70	50	7	13	28	1.69
125892516--125892550	18	1.9	18	88	0	52	51	11	11	25	1.71
125893031--125893084	26	2.0	27	82	10	67	64	5	5	24	1.36
125893093--125893146	18	3.1	17	79	12	56	59	1	3	35	1.26
125893455--125893500	24	1.9	24	86	8	67	58	2	23	15	1.48
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125893541--125893597	30	1.9	30	85	3	80	59	5	8	26	1.48
125894963--125895012	21	2.4	21	86	6	66	26	30	12	32	1.92
125895288--125895423	26	5.2	26	93	0	227	32	5	25	36	1.80
125896968--125897007	21	1.9	21	85	10	55	15	15	20	50	1.79
125898193--125898410	88	2.5	88	85	4	280	36	19	15	28	1.93
125898343--125898936	75	8.1	73	81	6	596	33	21	15	28	1.95
125898368--125898940	148	3.9	146	80	6	606	33	21	15	29	1.94
125908339--125908368	12	2.6	11	90	10	51	63	0	0	36	0.95
125908565--125908590	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
125910420--125910444	13	1.9	13	100	0	50	64	4	16	16	1.44
125910435--125910675	68	3.5	68	96	1	439	40	17	15	26	1.89
125910646--125910898	74	3.5	71	84	4	310	29	21	17	32	1.96
125910766--125911313	161	3.4	161	96	1	994	32	20	17	30	1.95
125910926--125911059	71	1.9	71	88	0	205	29	22	16	31	1.96
125911087--125911219	71	1.9	70	87	1	194	30	21	16	32	1.95
125924086--125924171	41	2.1	42	86	2	120	30	15	22	32	1.94
125925635--125925676	22	1.9	22	90	0	66	23	7	2	66	1.28
125929100--125929309	75	2.8	75	91	2	325	29	16	18	35	1.93
125930245--125930359	27	4.3	26	84	8	133	35	23	23	17	1.95
125930245--125930359	54	2.1	54	87	3	160	35	23	23	17	1.95
125931959--125932066	26	4.2	26	97	0	180	36	24	5	34	1.79
125932429--125932586	77	2.1	76	81	1	181	26	14	18	39	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125932569--125932603	14	2.5	14	90	0	52	17	17	8	57	1.64
125934631--125934683	17	3.1	17	81	8	54	35	3	5	54	1.42
125934622--125934683	23	2.6	23	75	14	63	35	4	4	54	1.43
125935207--125935279	3	23.7	3	71	15	51	30	4	2	63	1.27
125935204--125935292	27	3.2	27	76	17	85	28	3	3	65	1.25
125935246--125935309	27	2.4	26	82	10	76	28	4	3	64	1.29
125935345--125935378	2	17.5	2	93	6	61	47	0	0	52	1.00
125935769--125935795	14	1.9	14	100	0	54	37	11	0	51	1.37
125935792--125935924	64	2.2	58	80	12	144	34	5	6	54	1.48
125935778--125935861	23	3.3	23	74	17	62	34	8	4	52	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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