genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.245.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  245  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76331502--76331606	29	3.6	29	77	2	86	25	33	17	23	1.96
76331540--76331662	58	2.1	59	87	3	178	25	30	15	28	1.96
76331561--76331662	29	3.5	29	95	0	186	26	29	14	29	1.95
76336957--76337141	40	4.7	40	76	6	153	24	27	23	24	2.00
76339751--76339779	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
76340863--76341063	99	2.0	101	85	1	271	28	24	18	27	1.98
76341869--76341929	30	2.0	30	87	0	86	29	22	8	39	1.83
76346434--76346584	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
76346471--76346600	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
76357016--76357088	29	2.5	29	97	0	137	24	15	31	28	1.95
76363700--76363730	15	2.1	15	93	0	53	83	0	16	0	0.64
76365127--76365199	29	2.5	29	97	0	137	24	15	31	28	1.95
76367139--76367289	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
76367176--76367305	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
76370910--76370985	28	2.7	28	97	0	143	27	35	13	23	1.92
76375171--76375223	24	2.2	23	83	9	70	45	11	22	20	1.83
76386022--76386072	16	3.2	16	78	10	68	21	23	0	54	1.44
76394881--76394914	17	2.0	17	100	0	68	29	35	11	23	1.90
76396087--76396192	42	2.5	42	96	0	194	23	34	26	15	1.94
76397868--76397917	20	2.5	20	86	3	64	36	12	2	50	1.51
76400715--76400922	45	4.6	45	84	0	263	44	13	19	22	1.85
76401074--76401125	27	1.9	27	84	0	68	38	11	21	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76403135--76403334	53	3.7	54	77	5	190	37	17	23	22	1.94
76409435--76409483	24	2.0	24	100	0	98	59	4	4	32	1.35
76409887--76409925	6	6.5	6	100	0	78	82	0	0	17	0.68
76414671--76414801	27	4.9	27	90	0	181	28	21	8	41	1.82
76414642--76415081	27	16.3	27	77	7	167	37	20	8	33	1.84
76414642--76414838	81	2.4	81	77	0	205	32	22	8	36	1.84
76414779--76415081	79	3.7	80	73	8	220	40	20	8	30	1.82
76414794--76415025	79	2.9	81	79	6	242	40	20	9	29	1.83
76414793--76415102	54	5.7	54	77	4	214	40	19	9	30	1.83
76414779--76415087	27	11.4	27	77	7	180	39	20	9	31	1.83
76415128--76415220	27	3.5	27	76	13	79	35	22	19	22	1.96
76416014--76416107	25	3.8	25	87	4	120	27	23	21	27	1.99
76416014--76416120	25	4.4	24	85	5	110	29	21	21	27	1.98
76416326--76416466	31	4.5	31	93	0	246	29	17	24	27	1.97
76416327--76416494	93	1.8	93	87	5	225	30	19	24	25	1.98
76419976--76420163	20	9.4	20	63	14	75	17	30	17	34	1.93
76419980--76420214	40	5.9	40	86	3	287	18	30	16	35	1.93
76420120--76420183	20	3.2	20	65	18	53	20	35	10	32	1.87
76428481--76428594	28	4.1	27	84	7	149	35	20	24	20	1.96
76433708--76433867	29	5.5	29	82	4	180	26	16	31	25	1.97
76439190--76439214	12	2.1	12	100	0	50	92	0	8	0	0.40
76440595--76440812	40	5.5	40	83	4	221	23	23	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76447633--76447790	43	3.7	43	84	0	199	25	14	27	32	1.95
76447633--76447817	86	2.2	86	80	2	210	25	14	25	33	1.94
76447776--76447954	56	3.2	56	85	0	241	27	13	24	34	1.94
76451385--76451567	67	2.8	64	76	8	183	30	16	30	23	1.96
76457945--76458111	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
76457961--76458111	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
76465985--76466138	40	3.8	40	78	6	141	23	27	23	25	2.00
76466752--76466917	88	1.9	88	92	0	278	27	22	12	37	1.89
76472429--76472603	40	4.4	40	82	5	214	25	27	23	23	2.00
76472429--76472592	79	2.1	79	86	6	226	26	27	23	23	2.00
76480684--76480847	40	4.1	40	85	3	231	25	28	21	23	1.99
76482779--76482841	32	2.0	32	87	0	90	30	22	25	22	1.99
76482818--76483025	50	4.1	50	75	4	204	27	17	25	29	1.98
76489972--76490554	27	21.6	27	86	2	380	34	21	8	35	1.84
76489983--76490330	81	4.3	81	90	0	507	30	22	8	39	1.83
76489983--76490301	54	5.9	54	89	0	485	29	22	8	40	1.83
76489969--76490554	81	7.2	81	86	1	458	34	21	8	35	1.83
76490294--76490584	54	5.4	54	86	0	375	40	20	8	30	1.82
76490282--76490611	81	4.1	80	81	5	331	39	21	9	29	1.85
76490538--76490621	27	3.1	28	81	6	93	38	19	17	25	1.93
76490831--76490900	25	2.8	25	91	0	113	25	24	22	27	2.00
76494280--76494463	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76494320--76494508	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
76510697--76510875	40	4.4	40	84	3	216	25	23	26	24	2.00
76510697--76510875	80	2.2	81	87	3	254	25	23	26	24	2.00
76512834--76512859	12	2.2	12	100	0	52	23	15	23	38	1.92
76521310--76521490	46	3.9	46	80	9	224	20	22	29	27	1.99
76521312--76521482	93	1.8	93	94	0	306	20	22	29	27	1.99
76524275--76524303	15	1.9	15	100	0	58	58	0	0	41	0.98
76529319--76529528	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
76537383--76537592	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
76545505--76545860	96	3.7	96	93	3	601	27	31	7	33	1.85
76545505--76545860	49	7.4	47	93	3	561	27	31	7	33	1.85
76545686--76545768	27	3.3	27	63	27	72	32	30	4	32	1.79
76552222--76552446	124	1.8	124	86	1	326	30	10	24	35	1.88
76552441--76552570	40	3.2	40	83	4	165	22	25	29	23	1.99
76559798--76560022	124	1.8	124	85	1	317	30	9	24	35	1.88
76560017--76560146	40	3.2	40	83	4	165	22	25	29	23	1.99
76562030--76562131	28	3.5	28	68	19	73	27	28	18	25	1.98
76562019--76562138	60	2.0	60	85	6	154	29	25	18	26	1.98
76562160--76562214	20	2.9	20	76	15	55	34	27	16	21	1.95
76566201--76566246	20	2.3	20	82	14	60	28	28	17	26	1.98
76567167--76567222	25	2.3	23	76	11	58	62	0	33	3	1.12
76568501--76568577	29	2.7	29	89	0	118	24	15	29	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76572543--76572726	40	4.6	40	81	5	165	27	21	26	23	1.99
76574006--76574176	93	1.8	93	89	2	272	27	29	21	21	1.98
76574006--76574172	46	3.6	45	74	15	162	28	29	20	21	1.98
76576906--76576974	15	4.7	15	78	8	70	60	17	13	8	1.56
76576898--76576974	30	2.5	30	79	10	86	61	16	12	9	1.56
76579883--76580140	46	5.6	45	76	12	236	29	28	18	23	1.98
76579883--76580146	93	2.8	92	90	2	393	29	28	18	23	1.98
76579927--76580092	47	3.6	46	77	15	180	30	28	17	23	1.97
76581822--76581848	9	3.0	9	100	0	54	0	22	55	22	1.44
76584144--76584186	8	5.4	8	85	0	59	41	25	23	9	1.84
76584140--76584193	16	3.4	16	86	0	72	50	22	20	7	1.73
76584434--76584498	29	2.2	29	88	0	94	24	13	27	33	1.93
76586567--76586742	38	4.5	38	85	4	219	22	21	25	31	1.98
76588142--76588315	46	3.8	46	78	14	205	28	29	20	20	1.98
76588149--76588319	92	1.8	93	94	1	308	28	29	21	21	1.98
76595672--76595844	46	3.8	46	78	14	196	28	29	21	20	1.98
76595679--76595848	91	1.8	92	93	2	297	27	29	21	21	1.99
76604841--76604924	29	2.9	28	81	8	98	16	20	44	19	1.87
76608229--76608253	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
76609522--76609607	42	2.0	43	90	2	138	22	10	23	44	1.83
76609541--76609605	20	3.2	20	68	8	58	20	9	27	43	1.82
76622375--76622460	42	2.0	43	86	2	120	22	9	23	45	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76624962--76625538	47	12.3	47	90	0	902	32	8	31	27	1.87
76627398--76627784	40	9.7	40	93	0	643	21	22	30	25	1.98
76627392--76627784	159	2.5	160	93	1	673	21	21	30	26	1.99
76631386--76631868	47	10.3	47	90	0	759	32	8	31	27	1.87
76631386--76631868	141	3.4	141	95	0	840	32	8	31	27	1.87
76637720--76637744	13	1.9	13	100	0	50	52	0	8	40	1.31
76638498--76638537	15	2.4	18	80	19	52	42	0	17	40	1.49
76638815--76638986	43	4.0	43	71	13	138	25	19	23	31	1.98
76649448--76649477	15	1.9	16	93	6	53	43	0	0	56	0.99
76651369--76651475	52	2.1	52	96	0	196	28	22	11	37	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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