genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.301.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  301  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93997151--93997261	31	3.6	31	92	0	186	18	16	16	48	1.81
93997151--93997266	19	6.3	18	71	16	94	18	16	15	49	1.80
94002484--94002524	17	2.3	18	87	8	66	43	7	4	43	1.53
94005991--94006031	18	2.2	19	86	13	66	53	4	31	9	1.55
94005996--94006031	18	2.0	18	100	0	72	50	5	33	11	1.61
94010480--94010605	45	2.9	44	80	9	132	29	27	18	24	1.98
94014470--94014547	28	2.8	27	88	3	102	30	23	15	30	1.95
94019100--94019132	12	2.5	14	85	14	52	12	27	0	60	1.32
94019523--94019636	59	1.9	59	96	0	210	32	9	26	31	1.88
94020579--94020651	34	2.2	33	82	7	94	26	24	21	27	2.00
94030308--94030347	18	2.2	19	86	4	55	72	2	7	17	1.19
94036121--94036296	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
94036117--94036288	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
94042775--94042924	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
94042799--94042982	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
94055719--94055788	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
94055719--94055800	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
94063644--94063713	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
94063644--94063725	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
94067982--94068198	40	5.6	40	89	9	333	24	22	27	25	2.00
94067983--94068198	79	2.8	81	92	6	349	24	22	27	25	2.00
94070280--94070344	28	2.3	29	86	2	96	21	15	35	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94072258--94072439	40	4.6	40	92	2	296	23	23	26	27	2.00
94080422--94080601	40	4.6	40	91	4	287	22	22	26	27	1.99
94080422--94080601	79	2.3	80	92	4	296	22	22	26	27	1.99
94087667--94087711	23	2.0	23	86	0	63	22	13	15	48	1.79
94087490--94087953	255	1.8	255	84	0	633	31	17	21	30	1.96
94090060--94090086	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
94090185--94090219	14	2.6	13	86	8	52	22	5	0	71	1.07
94093403--94093435	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
94095423--94095483	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
94100233--94100495	143	1.8	143	78	3	296	29	20	22	27	1.98
94100497--94100548	23	2.3	23	96	0	95	25	15	17	42	1.88
94100632--94100754	45	2.8	45	79	6	124	30	19	25	24	1.98
94101777--94101815	16	2.4	17	82	4	53	74	5	17	2	1.12
94101999--94102034	18	1.9	19	88	5	56	19	5	5	69	1.29
94103023--94103057	14	2.6	13	86	8	52	22	5	0	71	1.07
94108301--94108346	20	2.4	19	85	10	58	56	6	0	36	1.25
94108391--94108429	20	1.9	20	84	5	51	15	25	2	56	1.52
94109562--94109597	18	2.0	18	100	0	72	16	11	38	33	1.84
94114728--94114778	16	3.2	15	75	20	50	68	1	0	29	1.00
94114739--94114789	24	2.1	24	89	7	77	70	3	0	25	1.04
94114729--94114779	9	6.0	9	80	15	56	66	1	0	31	1.03
94115305--94115329	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94118723--94118787	29	2.2	29	86	0	85	32	16	9	41	1.80
94121534--94121618	42	2.0	42	86	6	118	50	1	22	25	1.56
94124369--94124394	4	6.5	4	100	0	52	53	0	0	46	1.00
94127064--94127152	6	15.5	6	77	11	80	77	4	2	15	1.03
94127064--94127152	30	3.1	28	81	12	101	77	4	2	15	1.03
94127064--94127153	22	4.0	22	76	12	85	76	4	2	16	1.05
94131071--94131474	204	2.0	204	91	0	646	35	15	19	29	1.93
94137634--94137741	26	4.2	26	95	0	198	29	6	27	36	1.82
94142497--94142859	198	1.8	198	83	2	478	27	25	29	17	1.97
94142886--94142958	15	4.8	15	70	12	51	32	5	1	60	1.28
94142956--94143009	20	2.7	19	86	8	72	22	1	0	75	0.89
94142958--94143053	6	15.0	6	72	19	54	15	6	2	76	1.09
94142958--94143046	20	4.6	19	81	12	67	15	5	2	76	1.07
94143006--94143044	17	2.2	18	86	4	53	7	10	5	76	1.13
94143094--94143132	3	13.3	3	83	5	53	25	0	0	74	0.82
94143093--94143129	17	2.2	17	95	0	65	24	0	0	75	0.80
94143094--94143123	11	2.6	11	94	5	51	26	0	0	73	0.84
94155356--94155414	30	2.0	30	89	0	91	23	33	25	16	1.96
94156436--94156579	72	2.0	72	86	0	198	31	13	12	41	1.82
94157796--94157846	24	2.1	24	96	0	93	21	31	7	39	1.82
94159105--94159144	20	2.0	20	95	0	71	40	17	10	32	1.83
94161824--94161889	27	2.4	28	80	16	84	59	0	10	30	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94161824--94161890	14	4.9	13	75	15	64	58	0	11	29	1.34
94163413--94163606	43	4.5	43	82	0	228	22	17	29	30	1.96
94165053--94165094	20	2.1	20	86	0	57	40	7	2	50	1.43
94165749--94165845	43	2.2	44	89	3	144	30	27	15	25	1.96
94165845--94165989	42	3.4	42	79	4	130	31	25	17	25	1.97
94166006--94166062	22	2.6	21	71	17	53	36	3	1	57	1.26
94166209--94166234	2	13.0	2	100	0	52	50	50	0	0	1.00
94169678--94169704	12	2.2	12	100	0	54	48	14	14	22	1.81
94169863--94169922	15	4.0	15	80	6	68	28	0	3	68	1.05
94169873--94169914	7	6.0	7	83	10	50	28	0	0	71	0.86
94169859--94169946	8	10.9	8	74	20	58	31	0	4	63	1.14
94170563--94170603	20	2.0	20	90	9	66	46	29	2	21	1.64
94170567--94170611	20	2.2	20	81	11	56	42	35	2	20	1.64
94170616--94170642	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
94170658--94170759	50	2.0	50	94	0	177	47	13	4	34	1.65
94170891--94171264	154	2.4	154	85	3	486	29	21	20	29	1.98
94171157--94171277	40	3.0	40	84	4	154	28	22	20	28	1.99
94171650--94171706	28	2.0	28	100	0	114	31	7	10	50	1.63
94171794--94171879	43	2.0	43	97	0	163	32	8	11	47	1.69
94177159--94177208	18	2.8	18	81	9	66	78	2	0	20	0.86
94180415--94180527	33	3.4	33	81	4	120	40	35	8	15	1.78
94181041--94181087	17	2.7	18	77	12	53	40	12	0	46	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94182599--94182646	19	2.5	19	96	0	87	35	20	12	31	1.90
94195135--94195164	12	2.5	12	94	0	51	26	30	30	13	1.94
94203023--94203047	13	1.9	13	100	0	50	4	40	24	32	1.73
94206527--94206663	46	3.0	46	91	0	220	25	31	8	34	1.86
94206637--94207062	47	9.1	47	92	0	656	26	28	10	34	1.89
94206774--94206849	22	3.3	22	65	28	59	25	30	13	31	1.93
94206697--94207003	25	13.0	25	62	25	116	26	27	12	34	1.91
94217103--94217182	33	2.5	33	89	2	108	38	31	11	18	1.86
94217113--94217182	33	2.1	33	94	0	122	40	30	11	18	1.86
94219013--94219288	26	10.5	27	75	10	191	31	13	23	32	1.92
94219016--94219293	53	5.3	53	79	9	268	31	12	23	32	1.92
94219192--94219313	26	4.6	27	81	8	99	31	13	23	30	1.94
94219454--94219517	27	2.4	27	74	10	67	37	9	26	26	1.87
94219466--94219522	27	2.1	27	83	0	69	38	7	28	26	1.82
94235773--94236062	40	7.2	40	91	1	465	25	23	28	22	1.99
94243920--94244208	40	7.2	40	91	1	456	25	23	29	22	1.99
94254209--94254254	21	2.2	21	88	7	67	43	2	13	41	1.55
94255854--94255954	30	3.4	30	87	0	139	19	21	33	24	1.97
94257307--94257496	24	8.0	24	90	5	262	26	22	22	28	1.99
94257554--94257630	9	7.9	9	70	16	55	33	20	10	35	1.87
94257550--94257632	20	4.2	20	93	0	148	31	19	13	36	1.90
94257550--94257621	11	7.1	11	67	17	57	30	19	13	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94265320--94265484	23	7.0	24	89	6	232	27	21	22	28	1.99
94265341--94265483	23	6.1	23	93	4	234	28	20	22	28	1.98
94265542--94265618	9	7.9	9	70	16	55	33	20	10	35	1.87
94265538--94265620	20	4.2	20	93	0	148	31	19	13	36	1.90
94265538--94265609	11	7.1	11	67	17	57	30	19	13	36	1.91
94265657--94265704	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
94274077--94274110	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
94283734--94283770	14	2.8	13	88	11	58	62	10	5	21	1.48
94288738--94288786	13	3.7	13	86	2	62	40	12	2	44	1.53
94289824--94289900	34	2.3	34	93	0	127	32	18	19	29	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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