genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.302.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   

This is table  302  of  433  ( 51894 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94296314--94296378	29	2.2	29	97	0	121	29	16	27	26	1.97
94304053--94304126	29	2.6	29	88	0	112	24	16	33	25	1.95
94308160--94308298	40	3.5	40	77	6	120	23	25	24	25	2.00
94308190--94308300	40	2.8	40	84	1	132	25	27	23	24	2.00
94309041--94309163	40	3.1	40	95	0	210	26	30	21	22	1.99
94309142--94309185	22	2.0	22	95	0	79	34	29	18	18	1.94
94309102--94309225	62	2.0	62	95	0	221	29	29	19	21	1.98
94309164--94309247	40	2.1	40	100	0	168	26	28	20	25	1.99
94309062--94309254	102	1.9	102	95	0	350	27	28	19	24	1.98
94311079--94311164	36	2.3	36	88	7	129	25	32	20	20	1.97
94311233--94311682	49	9.2	49	93	3	762	29	28	9	32	1.88
94319338--94319522	40	4.6	39	81	5	185	24	21	27	26	1.99
94319338--94319520	79	2.3	81	81	7	205	24	21	27	26	2.00
94319391--94319557	79	2.1	79	80	6	178	26	19	26	27	1.99
94322958--94323091	29	4.7	29	81	6	130	24	30	14	29	1.95
94322933--94323087	57	2.7	58	76	2	150	24	32	14	28	1.95
94329500--94329648	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
94329541--94329648	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
94337577--94337725	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
94337618--94337725	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
94345743--94345792	23	2.2	23	86	13	68	42	18	14	26	1.87
94345827--94345893	27	2.5	27	85	2	82	22	25	14	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94345906--94346210	27	11.3	27	88	0	423	37	16	15	30	1.89
94355378--94355429	19	2.6	21	87	6	72	17	36	32	13	1.89
94358310--94358360	20	2.7	20	77	19	56	35	21	0	43	1.53
94360848--94360889	20	2.1	20	86	0	57	35	11	2	50	1.52
94364802--94365008	53	3.8	53	73	3	171	37	16	25	20	1.94
94368399--94368495	28	3.5	28	91	4	153	20	8	25	45	1.79
94369124--94369185	27	2.3	27	91	0	97	27	16	16	40	1.89
94369168--94369264	27	3.6	27	80	5	115	30	7	18	43	1.77
94369141--94369256	54	2.1	54	80	3	135	30	10	18	41	1.83
94369168--94369271	54	1.9	54	90	0	163	31	7	18	42	1.78
94374298--94374419	53	2.3	53	84	5	156	40	17	24	18	1.91
94375613--94375699	43	2.0	43	88	0	129	37	25	10	26	1.88
94377444--94377484	21	1.9	22	90	5	66	31	12	21	34	1.91
94378092--94378128	18	2.1	18	89	0	56	21	24	0	54	1.45
94379639--94379689	27	2.0	26	88	7	77	33	13	19	33	1.91
94387284--94387413	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
94387300--94387451	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
94387300--94387449	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
94391522--94391649	39	3.2	40	76	8	129	25	26	22	25	2.00
94394802--94394839	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
94396446--94396514	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
94402772--94402809	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94404424--94404492	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
94413291--94413400	26	4.2	26	92	0	175	33	5	23	37	1.78
94413910--94414019	26	4.2	26	92	0	175	33	5	23	37	1.78
94412984--94414220	619	2.0	618	98	0	2411	36	10	22	31	1.87
94415789--94416074	136	2.1	137	97	0	538	24	19	25	31	1.98
94419837--94419945	26	4.2	25	90	5	164	33	5	22	37	1.78
94421727--94422013	137	2.1	137	97	0	538	25	19	24	31	1.98
94424016--94424047	17	1.9	17	93	6	57	37	0	18	43	1.51
94429060--94429269	48	4.2	48	83	9	276	36	6	24	32	1.81
94429058--94429271	104	2.1	104	93	0	365	36	6	24	33	1.80
94429406--94429511	37	2.9	37	91	4	178	25	17	31	25	1.97
94432971--94433034	30	2.2	29	88	8	94	26	17	20	35	1.94
94434751--94434781	8	3.9	8	91	0	53	41	22	0	35	1.54
94441169--94441393	40	5.7	39	87	3	272	24	27	24	23	2.00
94441169--94441392	79	2.8	80	85	3	283	24	27	24	23	2.00
94449490--94449640	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
94449527--94449656	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
94470335--94470383	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
94471203--94471369	40	4.2	40	78	6	160	26	22	26	23	2.00
94475760--94475990	114	2.0	114	88	0	336	23	23	25	26	2.00
94479181--94479405	124	1.8	124	86	1	326	30	10	24	35	1.88
94479400--94479529	40	3.2	40	83	4	165	22	25	29	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94482390--94482561	93	1.8	93	94	0	308	27	30	21	20	1.98
94482382--94482557	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
94484939--94484988	15	3.4	15	86	2	66	60	12	18	10	1.59
94484950--94484997	15	3.2	15	79	5	53	56	14	16	12	1.68
94487919--94488090	93	1.8	93	94	0	308	27	30	21	20	1.98
94487911--94488086	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	21	1.98
94488522--94488578	28	2.0	28	83	6	71	28	26	10	35	1.89
94491698--94491833	66	2.1	66	100	0	272	27	25	15	31	1.96
94494527--94494579	27	2.0	27	84	0	70	41	20	13	24	1.88
94503511--94503549	18	2.2	18	100	0	78	25	15	15	43	1.86
94503703--94503763	25	2.5	24	76	10	61	62	1	1	34	1.15
94503726--94503775	13	3.5	14	78	15	50	64	2	2	32	1.16
94516424--94516547	40	3.1	40	80	4	126	25	24	28	21	1.99
94524380--94524503	40	3.1	40	80	4	126	25	24	28	21	1.99
94534220--94534249	15	1.9	15	93	6	51	60	0	0	40	0.97
94535902--94535943	21	2.0	21	90	0	66	40	50	4	4	1.45
94538578--94538700	27	4.6	27	91	0	192	34	17	21	27	1.95
94538578--94538714	27	5.1	27	82	7	145	34	15	21	29	1.94
94539211--94539300	28	3.3	28	85	4	130	21	22	21	35	1.96
94539211--94539323	54	2.1	53	82	9	131	22	22	18	37	1.94
94545043--94545080	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
94548191--94548232	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94557983--94558204	124	1.8	122	83	3	293	31	11	23	32	1.90
94558163--94558313	40	3.8	40	77	11	141	26	24	27	21	2.00
94558164--94558313	80	1.9	80	84	5	205	26	24	27	21	1.99
94569439--94569481	16	2.5	17	81	11	52	34	6	25	32	1.83
94572400--94572483	26	3.3	26	80	9	104	25	23	21	29	1.99
94572533--94572587	20	2.8	20	86	10	71	34	16	9	40	1.80
94590661--94590777	47	2.5	47	88	0	180	29	29	17	23	1.97
94599695--94599764	31	2.3	31	100	0	140	14	32	35	17	1.90
94605639--94605722	31	2.7	31	92	1	134	29	27	15	27	1.96
94605746--94605879	42	3.2	42	96	0	250	34	20	14	31	1.92
94606743--94606767	12	2.1	12	100	0	50	24	28	8	40	1.83
94606872--94606936	27	2.4	27	79	5	69	21	21	18	38	1.93
94606894--94606945	27	1.9	27	84	7	70	17	19	23	40	1.91
94606993--94607097	27	3.8	27	73	14	79	28	9	20	41	1.83
94607039--94607176	27	5.1	27	76	6	100	28	7	22	41	1.82
94607212--94607405	27	7.2	27	88	1	255	39	8	24	27	1.84
94607212--94607405	81	2.4	81	91	1	300	39	8	24	27	1.84
94632681--94632769	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
94632681--94632760	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
94632692--94632769	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
94635716--94635887	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
94635708--94635883	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94640915--94641058	40	3.6	39	84	8	150	26	27	21	25	1.99
94640915--94641058	39	3.6	39	84	6	148	26	27	21	25	1.99
94648757--94648982	40	5.7	40	89	4	273	26	26	20	26	1.99
94651645--94651678	17	2.0	17	88	0	50	41	5	47	5	1.52
94653630--94653804	46	3.8	46	78	13	223	27	28	22	22	1.99
94654229--94654288	30	2.0	30	90	0	93	31	25	5	38	1.77
94656698--94656756	7	7.6	8	73	21	54	83	3	11	1	0.85
94656691--94656756	15	4.4	14	85	10	87	83	3	12	1	0.83
94656687--94656756	16	4.5	16	79	15	76	82	4	11	1	0.86
94656687--94656755	22	2.9	23	77	16	70	82	4	11	1	0.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433