genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.39.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  39  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10150648--10150693	21	2.2	21	100	0	92	39	30	4	26	1.75
10151292--10151419	43	3.0	44	80	5	163	32	25	13	29	1.93
10158981--10159024	21	2.1	21	87	8	63	72	4	9	13	1.24
10159431--10159466	18	2.1	18	89	5	56	41	0	25	33	1.55
10159862--10159894	15	2.2	15	100	0	66	45	0	21	33	1.52
10159896--10159941	19	2.5	19	85	3	58	47	0	19	32	1.50
10167768--10167829	25	2.5	25	89	0	88	24	30	17	27	1.97
10170167--10170443	48	5.8	47	74	8	209	28	19	27	24	1.98
10170170--10170445	96	2.9	96	80	4	297	28	18	27	25	1.98
10170158--10170443	144	2.0	144	80	5	328	27	18	27	25	1.98
10172289--10172374	29	3.0	29	74	5	86	38	13	5	41	1.69
10175143--10175313	51	3.4	50	82	3	198	29	21	12	36	1.90
10178062--10178129	28	2.7	23	76	20	73	17	4	32	45	1.68
10178006--10178118	29	4.0	29	94	1	185	18	3	30	47	1.65
10178006--10178118	57	2.0	57	91	3	183	18	3	30	47	1.65
10178335--10178429	21	4.5	21	84	4	102	13	22	26	37	1.91
10179511--10179660	46	3.1	46	72	14	131	26	15	27	30	1.96
10182920--10183023	26	4.0	26	89	0	154	33	6	24	35	1.82
10184508--10184560	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
10186234--10186272	14	2.8	14	84	7	53	56	5	0	38	1.22
10186897--10186968	25	3.0	25	84	8	78	47	0	2	50	1.15
10189728--10189754	14	1.9	14	100	0	54	37	7	3	51	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10190526--10190558	15	2.2	15	94	0	57	15	0	24	60	1.35
10190525--10190557	8	4.2	8	88	7	50	15	0	21	63	1.30
10190722--10191035	131	2.4	130	87	2	454	28	17	19	35	1.94
10205384--10205409	13	2.0	13	100	0	52	53	7	7	30	1.57
10211848--10211911	31	2.1	31	93	0	110	29	21	9	39	1.85
10211992--10212038	22	2.1	22	84	11	60	65	2	8	23	1.31
10212358--10212389	16	1.9	17	93	6	57	53	3	0	43	1.16
10212391--10212452	19	3.3	19	73	15	56	29	1	3	66	1.17
10213204--10213270	21	3.3	20	74	14	66	62	4	2	29	1.29
10213831--10213903	20	3.8	19	77	12	69	27	2	4	65	1.24
10215174--10215299	66	1.9	65	82	9	157	13	25	16	44	1.84
10220793--10220864	31	2.3	33	81	11	89	19	26	40	13	1.89
10221818--10221871	27	2.0	27	100	0	108	33	18	11	37	1.86
10234458--10234712	55	4.8	53	79	8	261	36	17	24	21	1.95
10234465--10234665	108	1.8	110	88	4	309	34	17	24	22	1.96
10234781--10234825	23	1.9	24	86	4	65	42	8	24	24	1.83
10236844--10236881	4	9.2	4	88	5	58	73	0	2	23	0.95
10236846--10236881	17	2.1	17	94	0	63	75	0	2	22	0.94
10237111--10237487	191	2.0	190	93	0	646	30	10	15	43	1.80
10237799--10237840	6	7.0	6	84	10	59	19	0	2	78	0.86
10243552--10243617	35	1.9	34	81	9	80	56	1	3	39	1.24
10243558--10243614	28	2.1	27	80	9	62	57	0	3	38	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10247258--10247290	2	16.5	2	93	0	57	51	0	3	45	1.16
10247701--10247744	23	1.9	24	90	9	74	54	0	20	25	1.45
10249678--10249739	25	2.5	25	81	0	70	29	12	40	17	1.87
10250400--10250626	114	2.0	112	94	1	400	36	13	18	31	1.90
10250540--10250722	98	1.9	98	91	0	303	36	14	15	34	1.87
10252035--10252074	20	2.0	20	85	9	55	37	5	27	30	1.78
10261974--10262011	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
10265094--10265134	17	2.5	17	82	17	52	60	0	0	39	0.96
10277724--10278006	18	15.3	18	69	11	124	37	15	11	35	1.83
10277715--10278006	36	7.9	36	70	11	178	38	15	10	35	1.83
10278174--10278293	45	2.5	45	85	8	141	40	21	20	17	1.91
10278166--10278278	45	2.5	45	84	1	156	41	21	19	17	1.90
10279880--10279909	13	2.3	13	94	0	51	0	20	0	80	0.72
10279985--10280014	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
10280191--10280235	3	15.0	3	100	0	90	66	0	0	33	0.92
10284195--10284246	21	2.5	21	84	6	61	38	0	19	42	1.51
10284373--10284428	22	2.5	23	77	16	64	32	3	19	44	1.68
10284700--10284748	26	1.9	26	87	4	73	22	22	18	36	1.95
10284700--10284771	25	2.8	25	83	4	81	18	25	20	36	1.95
10284725--10284827	25	4.2	24	69	15	77	15	23	23	37	1.93
10284856--10284983	49	2.5	51	74	13	129	22	21	21	34	1.97
10284867--10284948	25	3.3	25	70	3	85	20	24	19	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10286780--10286821	14	2.9	15	83	16	54	19	4	21	54	1.62
10288171--10288535	202	1.8	201	90	1	588	23	26	26	23	2.00
10294402--10294447	3	15.7	3	95	4	85	65	0	34	0	0.93
10310038--10310105	19	3.6	18	78	9	73	66	0	1	32	1.01
10310037--10310105	28	2.4	27	75	15	68	65	0	1	33	1.02
10310764--10310836	32	2.3	33	79	15	82	46	2	1	49	1.24
10314875--10314934	22	2.6	23	86	5	77	43	0	0	56	0.99
10318529--10318567	10	4.0	10	90	3	62	0	10	0	89	0.48
10320157--10320237	35	2.4	34	81	6	83	24	12	32	30	1.92
10329817--10329891	32	2.4	31	84	8	89	57	6	5	30	1.47
10332863--10332922	26	2.3	26	80	8	68	45	18	15	21	1.86
10334281--10334381	27	3.6	27	69	19	89	31	13	29	24	1.94
10335898--10335922	7	3.6	7	100	0	50	12	16	28	44	1.83
10351068--10351124	25	2.3	25	78	6	62	26	14	43	15	1.85
10352548--10352573	7	3.7	7	100	0	52	46	15	11	26	1.80
10352709--10352756	22	2.2	22	88	3	71	29	22	18	29	1.98
10353527--10353852	170	1.9	170	88	1	492	26	23	20	28	1.99
10356522--10356578	28	2.0	28	100	0	114	43	21	0	35	1.52
10362710--10362746	6	6.3	6	96	3	67	35	0	0	64	0.94
10369952--10370006	13	4.5	12	73	26	53	63	1	0	34	1.05
10370209--10370246	16	2.2	18	86	9	53	10	5	7	76	1.15
10373717--10373756	21	1.9	21	89	0	62	57	0	12	30	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10375397--10375686	117	2.5	117	94	0	517	33	13	24	27	1.93
10376768--10376807	21	1.9	21	94	0	71	32	17	12	37	1.87
10378661--10378702	2	21.0	2	95	0	75	52	0	0	47	1.00
10393996--10394320	46	7.0	46	89	2	402	40	13	23	21	1.89
10394601--10394633	17	2.0	17	88	5	50	48	0	12	39	1.40
10395832--10395871	20	2.1	19	86	13	55	62	7	0	30	1.23
10395980--10396012	14	2.4	14	90	10	50	72	9	9	9	1.28
10396449--10396500	17	3.3	16	74	20	56	17	0	51	30	1.45
10400311--10400352	21	2.0	21	100	0	84	23	4	14	57	1.56
10402055--10402134	22	4.0	21	73	18	71	36	25	18	20	1.95
10402045--10402127	38	2.2	38	89	4	123	32	26	20	20	1.97
10405677--10405730	17	3.1	17	82	10	56	68	0	0	31	0.90
10405687--10405736	18	2.7	19	76	20	52	70	0	0	30	0.88
10406876--10406923	24	2.0	24	95	0	87	33	14	16	35	1.89
10417335--10417402	24	2.8	24	91	4	84	20	4	8	66	1.37
10417348--10417391	14	3.4	14	70	23	51	15	4	6	72	1.22
10417342--10417402	24	2.6	24	97	2	115	16	3	8	72	1.23
10417397--10417421	13	1.9	13	100	0	50	32	0	4	64	1.12
10420946--10421411	51	9.8	49	71	12	233	33	18	15	33	1.92
10420946--10421215	95	2.8	94	82	7	287	32	19	15	32	1.93
10421136--10421264	45	2.9	45	81	9	156	33	18	15	32	1.92
10421052--10421360	141	2.2	140	79	4	345	34	18	15	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10421208--10421492	96	3.0	95	77	6	306	32	16	14	35	1.90
10427853--10427904	20	2.6	20	76	14	54	61	1	0	36	1.07
10427859--10427901	22	1.9	22	86	13	61	60	2	0	37	1.10
10428274--10428332	30	2.0	30	82	0	73	59	6	13	20	1.57
10429533--10430102	44	13.0	44	85	2	675	29	25	14	30	1.95
10430088--10430168	33	2.5	33	97	0	153	28	28	20	22	1.99
10442245--10442291	20	2.3	20	75	17	53	59	2	0	38	1.09
10449296--10449337	21	2.0	20	82	13	50	35	23	19	21	1.96
10453759--10453816	26	2.3	26	82	11	68	22	12	1	63	1.37
10458648--10458675	13	2.2	13	100	0	56	60	0	0	39	0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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