genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.257.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  257  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80032012--80032070	20	3.0	20	92	0	100	35	11	20	32	1.89
80032121--80032261	24	6.0	24	89	7	191	28	21	22	26	1.99
80032121--80032261	45	3.0	47	86	9	189	28	21	22	26	1.99
80032122--80032262	69	2.0	71	87	5	207	28	21	22	26	1.99
80032453--80032547	31	3.1	31	98	0	181	38	15	22	23	1.92
80035889--80035919	15	2.1	14	94	5	53	19	3	19	58	1.53
80037613--80037788	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
80037610--80037780	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
80040733--80040811	15	5.4	15	77	10	83	10	17	13	58	1.63
80040724--80040810	29	3.0	29	81	8	95	10	17	16	56	1.67
80043188--80043363	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
80043185--80043355	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
80055850--80055874	12	2.1	12	100	0	50	16	32	16	36	1.90
80057016--80057329	96	3.3	94	83	3	324	27	17	27	27	1.98
80057016--80057285	48	5.6	48	80	3	301	27	18	26	27	1.98
80057016--80057285	144	1.9	144	86	0	387	27	18	26	27	1.98
80057022--80057329	144	2.1	144	82	0	364	27	18	27	27	1.98
80060249--80060296	23	2.0	24	92	4	80	45	10	22	20	1.81
80060372--80060402	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
80064477--80064614	40	3.5	39	80	6	145	23	27	23	25	2.00
80064484--80064667	78	2.3	81	82	7	216	25	26	23	25	2.00
80070529--80070783	55	4.8	52	76	13	204	36	16	24	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80070536--80070736	108	1.8	110	87	4	300	35	16	24	22	1.95
80070852--80070896	23	1.9	24	90	4	74	42	11	24	22	1.86
80070975--80071005	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
80076683--80077918	626	2.0	627	91	1	2030	26	15	22	34	1.94
80080945--80081110	48	3.5	47	88	5	228	24	18	31	25	1.98
80083551--80083742	40	4.8	40	93	1	264	24	28	23	23	1.99
80083558--80083780	40	5.6	40	88	4	247	23	28	25	22	1.99
80084484--80084509	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
80086124--80086283	39	4.1	40	86	0	171	23	33	21	22	1.98
80086154--80086283	39	3.3	39	90	1	206	23	33	20	22	1.97
80086255--80086309	26	2.1	26	100	0	110	29	36	16	18	1.92
80086216--80086348	65	2.0	65	91	0	212	22	34	20	22	1.97
80086281--80086420	39	3.6	39	93	0	244	22	33	20	22	1.97
80086178--80086387	104	2.0	104	100	0	420	22	34	20	22	1.97
80086154--80086420	143	1.9	144	91	0	446	23	33	20	22	1.97
80103638--80103741	29	3.6	28	87	5	145	30	16	25	27	1.96
80103640--80103775	58	2.4	57	82	6	159	33	16	22	28	1.95
80107723--80107823	41	2.4	43	80	8	109	29	23	17	28	1.97
80116504--80116551	17	2.6	18	75	15	53	79	2	14	4	0.98
80117705--80117787	29	2.9	29	100	0	166	30	14	28	26	1.95
80117701--80117836	58	2.4	58	82	6	161	27	15	32	25	1.95
80117705--80117836	29	4.6	29	86	4	135	26	15	32	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80125415--80125605	79	2.4	80	81	4	226	26	21	28	23	1.99
80125415--80125605	40	4.8	40	80	6	176	26	21	28	23	1.99
80132002--80132048	24	2.0	24	83	8	60	42	21	6	29	1.77
80132344--80132459	41	2.7	43	84	7	166	30	26	17	25	1.97
80132344--80132489	41	3.4	43	82	9	165	29	28	17	24	1.98
80133153--80133201	26	1.9	25	83	4	62	55	14	0	30	1.40
80141230--80141412	40	4.6	40	92	0	285	27	26	22	22	2.00
80143895--80144084	30	6.5	30	87	6	264	33	14	25	26	1.94
80143895--80144084	89	2.2	87	88	7	278	33	14	25	26	1.94
80151835--80152024	30	6.5	30	86	6	255	33	13	25	27	1.94
80153879--80153903	11	2.3	11	100	0	50	0	8	0	92	0.40
80153878--80153915	15	2.6	15	87	4	51	0	15	0	84	0.63
80157586--80157672	44	2.0	44	86	4	122	35	13	26	24	1.93
80157809--80158085	47	5.6	47	68	18	195	35	14	25	24	1.93
80157862--80158161	54	5.8	52	67	19	191	35	15	25	23	1.94
80157809--80158140	101	3.3	101	94	0	583	35	14	25	24	1.94
80159704--80159857	48	3.2	48	89	1	229	27	16	28	27	1.97
80160327--80160352	13	2.0	13	100	0	52	30	23	23	23	1.99
80161684--80162049	48	7.6	48	73	4	317	27	17	27	27	1.98
80161673--80162049	96	3.9	96	87	0	529	27	17	27	27	1.98
80164198--80164331	48	2.8	48	87	1	180	28	16	29	25	1.97
80164306--80164413	42	2.4	45	84	9	132	26	14	27	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80164346--80164463	42	2.8	41	84	2	137	26	16	27	30	1.96
80164306--80164547	132	1.8	131	80	6	292	26	17	27	28	1.98
80164384--80164550	89	1.9	90	82	6	214	25	18	28	26	1.98
80167970--80168019	24	2.1	24	96	0	91	34	8	26	32	1.85
80172060--80172191	48	2.8	48	84	5	160	27	18	28	26	1.98
80176328--80176356	15	2.0	15	93	6	51	55	20	17	6	1.65
80177039--80177082	15	2.9	15	89	0	70	56	13	13	15	1.67
80179733--80179775	19	2.3	19	95	0	77	53	13	11	20	1.71
80186799--80187029	40	5.8	40	88	1	329	23	19	29	28	1.98
80186786--80187033	80	3.1	80	90	1	365	23	19	28	28	1.98
80192581--80192758	40	4.5	39	83	10	184	25	25	22	26	2.00
80192579--80192762	80	2.3	80	80	12	209	25	26	22	25	2.00
80200565--80200750	40	4.7	40	86	5	227	25	26	22	25	2.00
80208572--80208724	40	3.8	40	83	6	141	24	26	22	26	2.00
80209429--80209461	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
80215892--80216006	42	2.7	41	82	5	115	24	14	29	31	1.95
80219850--80219907	29	1.9	29	83	13	73	32	18	1	46	1.60
80222067--80222114	22	2.2	21	85	14	62	45	25	20	8	1.79
80222288--80222349	22	2.8	22	80	9	81	33	24	24	17	1.96
80222492--80222655	41	4.0	41	92	0	238	25	24	23	26	2.00
80222899--80223251	27	13.1	27	80	3	307	29	9	20	40	1.83
80223228--80223288	26	2.3	27	91	2	97	36	9	14	39	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80223275--80223350	27	2.8	27	87	0	98	32	22	10	34	1.88
80223410--80223443	17	2.1	16	88	5	50	11	32	32	23	1.91
80227117--80227332	48	4.5	48	79	0	180	27	30	16	25	1.97
80227113--80227337	96	2.3	96	79	4	238	28	29	17	25	1.97
80229659--80229687	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
80237115--80237217	18	5.7	18	71	8	57	39	19	5	34	1.76
80237177--80237220	18	2.4	18	92	0	70	43	20	4	31	1.72
80237227--80237286	18	3.3	18	76	0	66	36	16	16	30	1.91
80237399--80237522	52	2.3	54	86	8	166	40	19	20	20	1.92
80238635--80238679	15	2.8	16	76	10	56	40	6	2	51	1.41
80238772--80238815	17	2.4	19	81	11	65	38	6	0	54	1.27
80243431--80243558	18	7.1	18	69	7	62	36	14	13	35	1.86
80245007--80245060	18	2.9	19	78	10	67	44	7	0	48	1.31
80245237--80245273	19	1.9	20	88	5	58	35	8	5	51	1.55
80248431--80248646	38	5.2	38	68	18	153	31	23	13	31	1.93
80248438--80248644	85	2.4	85	92	0	351	31	23	14	30	1.94
80248556--80248686	48	2.8	47	84	1	181	30	22	14	32	1.94
80252239--80252387	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
80252280--80252387	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
80254665--80254726	6	10.7	6	87	1	74	16	1	3	79	0.95
80257841--80257896	29	1.9	29	100	0	112	21	12	7	58	1.57
80260345--80260473	24	5.5	23	80	8	127	24	22	20	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80260344--80260449	46	2.3	45	88	6	151	25	22	18	33	1.97
80260345--80260459	23	4.9	24	80	6	121	25	23	18	33	1.97
80260345--80260473	23	5.5	24	78	10	115	24	22	20	31	1.98
80277150--80277200	25	2.0	25	100	0	102	37	19	15	27	1.92
80279172--80279301	40	3.3	39	79	6	154	23	23	28	24	2.00
80290561--80290595	2	17.5	2	87	0	52	48	5	0	45	1.26
80290871--80290934	20	3.2	20	68	14	51	43	1	1	53	1.19
80294245--80294273	5	5.8	5	100	0	58	79	0	0	20	0.74
80295746--80295794	19	2.5	19	83	9	55	55	6	2	36	1.37
80295740--80295794	10	5.6	10	77	16	53	56	7	1	34	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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