genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.271.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  271  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84381497--84381570	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
84381554--84381629	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
84381497--84381629	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
84389371--84389445	30	2.5	30	93	2	134	26	14	30	28	1.95
84389371--84389504	59	2.3	58	80	3	135	24	17	32	25	1.96
84396293--84396456	40	4.2	40	81	6	176	24	26	22	26	2.00
84404275--84404441	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
84407259--84407330	36	2.0	36	83	5	92	18	5	37	38	1.74
84408895--84408994	29	3.5	29	81	8	107	24	17	34	25	1.96
84408895--84408958	27	2.3	27	91	5	101	26	17	29	26	1.97
84408982--84409082	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
84416678--84416741	29	2.2	29	94	0	110	26	18	31	23	1.98
84416686--84416749	29	2.2	29	100	0	128	21	17	35	25	1.95
84416766--84416866	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
84422148--84422249	43	2.4	41	80	9	123	27	24	19	28	1.99
84422168--84422330	43	3.8	42	75	11	152	28	26	19	25	1.99
84428616--84428741	39	3.2	39	88	0	180	23	20	28	26	1.99
84428616--84428777	78	2.1	78	80	4	175	23	21	27	27	1.99
84435119--84435197	38	2.1	37	95	2	140	34	3	21	40	1.71
84438686--84438848	39	4.2	39	91	0	263	22	20	33	23	1.97
84438686--84438879	39	4.9	39	89	0	253	22	21	32	23	1.98
84446608--84446770	39	4.2	39	91	0	263	22	20	33	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84446608--84446800	39	4.9	39	89	1	253	22	21	32	23	1.98
84446625--84446838	78	2.7	78	84	5	218	23	22	31	22	1.99
84448227--84448385	43	3.7	44	78	4	180	26	14	25	33	1.94
84453210--84453247	17	2.3	16	95	4	67	5	23	5	65	1.34
84456605--84456687	39	2.1	39	91	4	132	25	13	28	32	1.93
84461397--84461482	31	2.8	31	89	1	138	24	26	16	32	1.96
84461700--84461795	25	3.8	25	90	2	129	28	21	23	26	1.99
84461700--84461795	51	1.9	50	84	2	129	28	21	23	26	1.99
84463703--84463745	2	21.5	2	95	0	77	51	2	0	46	1.13
84470244--84470326	27	3.3	27	63	22	70	33	3	28	33	1.75
84470217--84470762	49	11.1	49	97	0	912	32	9	29	28	1.88
84470831--84470917	37	2.3	36	94	5	147	20	19	33	26	1.97
84473143--84473254	55	2.0	55	98	0	215	33	10	16	38	1.84
84474926--84475264	168	2.0	168	98	0	651	30	18	18	32	1.95
84479799--84479969	25	7.0	24	78	4	144	26	20	23	28	1.99
84482113--84482292	40	4.5	40	86	0	245	40	20	27	11	1.87
84482131--84482276	20	7.3	20	67	3	96	40	19	28	11	1.87
84490891--84490924	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
84492547--84492689	49	3.0	49	65	17	120	29	17	25	27	1.97
84492547--84492750	94	2.2	94	94	1	365	26	18	25	28	1.98
84492578--84492734	45	3.4	45	71	13	156	26	17	26	29	1.98
84499486--84499522	18	2.1	18	94	0	65	13	10	13	62	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84501826--84501998	94	1.8	94	93	2	303	26	19	26	28	1.98
84501777--84501971	45	4.2	45	73	15	193	25	19	25	29	1.99
84501718--84501971	139	1.8	139	94	1	456	26	19	25	28	1.99
84509112--84509214	29	3.6	29	90	2	145	26	31	15	27	1.96
84512880--84512906	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
84514181--84514425	89	2.8	89	87	1	359	27	28	20	24	1.99
84514122--84514420	44	6.9	44	80	7	301	26	29	19	24	1.98
84520721--84520847	28	4.5	28	80	3	130	26	19	30	22	1.98
84520721--84520847	56	2.3	56	88	2	184	26	19	30	22	1.98
84520732--84520882	56	2.7	56	83	10	166	28	17	30	23	1.97
84520925--84521019	32	3.0	32	87	0	127	33	9	26	30	1.88
84527616--84527823	38	5.0	38	67	21	114	30	24	14	30	1.95
84527662--84527788	47	2.7	47	83	2	157	32	22	15	29	1.95
84527937--84527985	23	2.1	23	85	7	64	59	6	0	34	1.22
84530595--84530705	37	3.0	37	93	0	186	28	30	18	22	1.97
84530595--84530735	74	1.9	75	83	1	185	27	29	17	25	1.98
84530890--84531026	46	3.0	46	89	0	202	25	31	8	34	1.86
84531000--84531425	47	9.1	47	92	3	669	26	31	11	31	1.91
84535609--84535828	40	5.6	40	78	10	213	25	24	27	23	2.00
84535609--84535793	80	2.3	81	87	6	252	24	24	28	22	2.00
84543707--84543930	40	5.6	40	83	6	267	24	24	27	23	2.00
84543707--84543966	79	3.3	79	84	4	319	25	24	26	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84543707--84543966	119	2.2	119	84	8	325	25	24	26	23	2.00
84547417--84547601	40	4.6	40	80	8	198	24	24	27	22	2.00
84547417--84547601	80	2.3	81	86	6	243	24	24	27	22	2.00
84552134--84552305	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
84552158--84552340	67	2.8	64	78	8	201	28	16	31	23	1.96
84559038--84559128	37	2.4	37	92	1	155	24	32	18	24	1.97
84559224--84559503	49	5.5	49	87	7	398	30	29	7	32	1.86
84559305--84559476	58	3.1	57	85	12	243	31	29	6	32	1.83
84559403--84559427	9	2.8	9	100	0	50	32	32	0	36	1.58
84559305--84559503	107	1.9	107	92	0	335	30	29	7	32	1.85
84562430--84562516	37	2.3	36	90	5	138	25	33	20	20	1.97
84562585--84562930	49	7.1	49	95	0	595	28	26	10	34	1.89
84562678--84562760	27	3.3	26	65	22	68	33	24	4	37	1.77
84566799--84566990	40	4.8	40	96	0	330	26	29	20	24	1.99
84568970--84569316	49	7.1	49	96	0	622	27	26	11	34	1.91
84572375--84572591	40	5.5	40	86	6	275	22	23	28	25	1.99
84572375--84572591	79	2.7	80	86	7	275	22	23	28	25	1.99
84580480--84580694	40	5.5	40	86	6	282	22	23	28	25	1.99
84580480--84580694	79	2.7	80	86	7	282	22	23	28	25	1.99
84584587--84584717	38	3.2	38	68	21	111	31	25	14	29	1.95
84584639--84584765	48	2.7	48	83	1	148	33	22	14	29	1.94
84586430--84586455	12	2.2	12	100	0	52	42	7	0	50	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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84591630--84591736	31	3.5	31	92	2	180	14	28	36	20	1.92
84592982--84593217	94	2.5	94	88	2	357	29	25	18	26	1.98
84593058--84593207	49	3.1	47	69	14	128	27	26	18	28	1.98
84595537--84595667	48	2.8	46	80	4	138	29	19	25	26	1.98
84595497--84595667	94	1.8	92	85	5	236	29	18	25	26	1.98
84595703--84595822	49	2.4	49	84	6	145	30	21	26	21	1.99
84604365--84604551	40	4.7	40	81	4	180	28	23	25	21	1.99
84604365--84604518	80	1.9	80	86	0	218	27	22	26	22	1.99
84604369--84604551	80	2.3	80	81	0	213	28	24	26	21	1.99
84604369--84604586	80	2.7	80	77	3	181	27	24	26	21	1.99
84612412--84612598	40	4.7	40	81	4	180	28	23	25	21	1.99
84612412--84612565	80	1.9	80	86	0	218	27	22	26	22	1.99
84612416--84612598	80	2.3	80	81	0	213	28	24	26	21	1.99
84612416--84612633	80	2.7	80	77	3	181	27	24	26	21	1.99
84614488--84614553	23	2.9	23	67	20	57	33	13	28	24	1.93
84614488--84614699	46	4.5	47	78	10	159	28	18	28	24	1.98
84614488--84614842	48	7.5	46	72	13	208	27	19	28	24	1.99
84614488--84614699	94	2.3	94	83	4	250	28	18	28	24	1.98
84618434--84618470	6	6.2	6	100	0	74	48	16	16	18	1.81
84622788--84622827	2	20.5	2	94	5	73	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84629056--84629094	20	2.0	20	94	0	69	64	10	7	17	1.48
84629056--84629105	20	2.5	20	87	6	57	64	12	6	18	1.47
84629503--84629556	28	1.9	28	88	0	81	46	0	11	42	1.39
84629535--84629651	34	3.4	34	80	8	121	42	0	13	42	1.50
84629709--84630099	124	3.1	125	88	2	545	36	17	16	29	1.92
84633297--84633565	46	5.7	45	76	11	195	26	18	30	25	1.98
84637537--84637639	35	2.9	34	86	2	125	27	11	18	42	1.85
84639232--84639450	40	5.5	40	92	2	345	23	23	27	25	2.00
84647247--84647393	64	2.3	60	79	17	147	31	15	29	23	1.95
84654751--84654923	68	2.5	66	92	5	258	33	15	28	23	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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