genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  89  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26688541--26688593	22	2.4	23	81	6	65	30	3	26	39	1.74
26690093--26690161	34	2.0	34	97	0	129	37	7	26	28	1.83
26695013--26695044	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
26695245--26695291	21	2.4	19	82	10	58	46	23	2	27	1.63
26698578--26698684	26	4.2	25	91	5	169	33	7	22	36	1.82
26700290--26700420	27	4.9	27	88	7	189	16	25	23	34	1.95
26700290--26700420	54	2.5	52	93	2	217	16	25	23	34	1.95
26705500--26705667	40	4.2	40	80	12	184	23	22	28	26	1.99
26705500--26705667	80	2.1	79	87	4	239	23	22	28	26	1.99
26713508--26713675	40	4.2	40	80	12	184	23	22	28	26	1.99
26713508--26713675	80	2.1	79	87	4	239	23	22	28	26	1.99
26717572--26717757	40	4.7	40	88	5	218	25	21	26	26	1.99
26719230--26719760	44	11.8	44	72	12	278	33	17	20	28	1.96
26719149--26719396	88	2.7	89	71	14	220	31	15	24	29	1.96
26719261--26719848	138	4.3	138	78	5	564	32	17	20	29	1.95
26719149--26719428	94	3.0	93	71	14	254	30	16	23	29	1.96
26719149--26719502	182	2.0	181	85	5	482	31	16	22	29	1.96
26719539--26719786	44	5.6	44	80	6	218	32	20	18	28	1.96
26720504--26720719	115	1.9	116	91	2	355	30	12	18	39	1.87
26721825--26722054	49	4.7	49	75	9	207	25	17	27	29	1.98
26721832--26722054	100	2.3	98	79	6	234	26	17	26	30	1.97
26724842--26724886	15	2.9	15	86	3	63	17	15	13	53	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26727346--26727577	49	4.7	49	81	3	284	24	16	28	30	1.97
26727345--26727623	150	1.9	150	87	3	418	25	16	27	30	1.97
26732932--26732974	16	2.7	16	96	0	77	48	20	23	6	1.73
26732932--26732974	8	5.4	8	85	0	59	48	20	23	6	1.73
26733193--26733337	29	5.1	29	76	7	127	24	13	35	26	1.92
26740448--26740614	40	4.2	40	87	4	239	25	19	25	29	1.98
26744560--26744662	29	3.6	29	85	0	125	22	16	35	25	1.94
26751388--26751554	40	4.2	40	88	1	237	26	20	25	27	1.99
26751426--26751597	80	2.2	80	81	5	188	27	20	25	26	1.99
26756895--26756945	25	2.0	25	100	0	102	27	15	31	25	1.96
26757922--26758073	79	1.9	80	95	1	279	33	23	21	21	1.97
26781452--26781676	47	4.8	47	71	12	142	24	28	18	28	1.98
26786591--26786769	40	4.5	40	83	8	215	25	21	26	25	2.00
26786591--26786768	78	2.2	80	83	6	220	25	21	26	25	2.00
26793296--26793475	40	4.6	40	82	8	226	25	21	27	26	1.99
26793296--26793473	78	2.2	80	86	6	247	25	21	26	25	1.99
26817229--26817331	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
26825227--26825298	28	2.5	29	84	2	92	29	33	16	20	1.95
26828897--26828999	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
26836892--26836964	29	2.5	29	84	4	94	28	32	16	21	1.95
26850676--26850721	12	4.3	11	78	15	51	78	0	2	19	0.86
26858940--26858969	13	2.3	13	94	0	51	30	46	16	6	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26866484--26866519	18	2.0	18	100	0	72	44	27	0	27	1.55
26871069--26871323	40	6.5	40	87	3	315	25	28	22	23	1.99
26879127--26879380	40	6.5	40	90	4	342	25	28	23	22	1.99
26879127--26879380	79	3.2	78	87	5	345	25	28	23	22	1.99
26880666--26880694	12	2.5	12	94	5	51	0	13	0	86	0.58
26884562--26884622	26	2.3	27	86	13	92	37	19	16	26	1.93
26890966--26891128	43	3.8	43	76	5	152	30	15	23	30	1.96
26898061--26898191	40	3.3	40	87	4	140	27	26	19	25	1.99
26898089--26898246	40	4.0	40	86	4	187	26	25	21	25	2.00
26898067--26898246	80	2.2	80	79	9	197	26	26	21	25	2.00
26900519--26900612	40	2.3	40	80	7	102	36	26	13	23	1.92
26901019--26901084	29	2.3	29	81	5	71	30	25	1	42	1.64
26906423--26906523	28	3.5	28	87	6	123	29	25	13	30	1.94
26908152--26908252	28	3.6	29	87	4	143	24	33	15	25	1.95
26908161--26908271	57	2.0	56	80	5	125	26	32	14	27	1.95
26916142--26916244	29	3.6	29	87	0	143	25	33	15	26	1.95
26924164--26924265	29	3.6	29	87	2	143	24	33	15	26	1.95
26924173--26924284	57	2.0	57	80	3	127	25	32	14	27	1.95
26932796--26932957	39	4.2	39	91	2	263	22	20	32	24	1.98
26932796--26932988	39	4.9	39	89	1	253	22	21	32	23	1.98
26940520--26940552	17	2.1	16	88	11	50	30	0	0	69	0.88
26940600--26940658	21	2.8	22	85	7	70	23	0	6	69	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26940629--26940688	26	2.4	24	83	8	75	28	0	3	68	1.05
26941429--26941591	39	4.2	39	91	0	263	22	20	33	23	1.97
26941429--26941622	39	4.9	39	89	0	253	22	21	32	23	1.98
26945580--26945680	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
26948931--26948966	17	2.1	17	89	0	54	22	5	0	72	1.05
26952741--26952779	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
26959637--26959668	14	2.3	15	89	10	50	43	0	0	56	0.99
26959659--26959722	18	3.7	18	67	28	50	56	1	0	42	1.09
26959660--26959740	34	2.2	37	83	12	98	53	1	0	45	1.08
26959686--26959740	18	2.8	19	73	26	53	50	0	0	49	1.00
26992766--26992817	18	2.8	18	86	11	70	50	0	23	26	1.50
26992766--26992813	19	2.5	19	90	6	71	52	0	22	25	1.48
26994369--26994486	42	2.8	42	79	3	121	30	21	17	30	1.96
26994370--26994504	43	3.2	42	73	16	118	33	21	17	27	1.96
26995300--26995342	14	3.1	14	90	3	70	51	11	2	34	1.51
26997374--26997403	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
26997917--26998138	40	5.6	40	91	1	349	22	22	26	28	1.99
27003802--27004000	82	2.4	81	81	7	233	28	21	18	31	1.97
27003802--27004000	41	4.9	41	76	7	181	28	21	18	31	1.97
27006129--27006167	20	1.9	21	89	5	62	35	23	0	41	1.55
27017455--27017504	22	2.3	22	83	16	61	58	6	2	34	1.34
27019700--27019745	11	4.1	11	88	5	65	54	6	2	36	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27019700--27019745	23	2.0	22	87	4	65	54	6	2	36	1.39
27019978--27020067	20	4.7	19	70	13	69	26	0	8	64	1.23
27019947--27020067	56	2.2	56	92	4	201	24	0	12	62	1.29
27019951--27020043	30	3.2	29	65	11	75	25	0	12	61	1.32
27022386--27022548	39	4.2	39	91	0	263	23	33	20	22	1.97
27029021--27029211	39	4.8	40	87	0	208	23	32	21	21	1.98
27029057--27029219	39	4.2	39	90	0	254	23	33	20	22	1.98
27032788--27032838	23	2.3	22	86	13	77	66	3	0	29	1.09
27036024--27036199	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
27036020--27036192	93	1.9	93	96	0	319	20	21	30	27	1.98
27051388--27051820	82	5.3	81	86	3	530	44	11	12	31	1.78
27052522--27052568	16	2.9	17	78	9	53	57	10	6	25	1.56
27058614--27058692	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
27059788--27059825	19	2.1	18	85	9	51	13	18	2	65	1.37
27062567--27062667	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
27062596--27062667	29	2.5	28	91	6	110	30	13	26	29	1.94
27070367--27070467	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
27070396--27070467	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
27074734--27074834	28	3.5	29	86	6	125	29	26	13	29	1.94
27081779--27081857	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
27084072--27084182	27	4.1	26	87	9	143	34	22	23	19	1.97
27093461--27093561	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27093490--27093565	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
27095075--27095189	27	4.3	26	82	9	115	35	19	22	22	1.96
27095099--27095188	28	3.3	28	83	7	105	35	20	22	22	1.96
27095291--27095365	26	2.9	26	97	0	141	24	13	26	36	1.92
27107448--27107629	48	3.8	48	85	4	260	24	16	30	29	1.96
27107448--27107675	48	4.7	47	83	5	253	24	15	30	29	1.96
27110378--27110404	12	2.2	12	100	0	54	25	44	22	7	1.79
27113241--27113335	43	2.2	43	94	0	163	23	15	25	35	1.94
27115663--27115718	28	2.0	29	89	3	87	25	16	32	26	1.96
27115702--27115805	29	3.6	28	76	13	97	25	14	34	25	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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