genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.341.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  341  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106929990--106930060	28	2.5	28	80	13	83	30	26	12	29	1.93
106932783--106932885	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
106940040--106940109	28	2.5	28	90	4	106	32	27	12	27	1.93
106942294--106942477	23	7.7	23	78	13	185	28	20	23	27	1.99
106942294--106942477	49	3.9	46	82	10	169	28	20	23	27	1.99
106942294--106942477	72	2.6	72	87	1	262	28	20	23	27	1.99
106942619--106942661	22	2.0	22	86	13	63	46	18	0	34	1.50
106952961--106952992	15	2.0	17	88	11	50	25	0	31	43	1.55
106954802--106954871	27	2.6	27	95	2	122	30	27	12	30	1.93
106963411--106963517	54	2.0	54	100	0	214	25	16	26	31	1.97
106976844--106976989	40	3.7	40	87	0	195	26	26	23	22	2.00
106980775--106980958	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
106980815--106981003	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
106988887--106989070	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
106988927--106989115	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
106996001--106996167	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
107009282--107009462	72	2.5	71	85	2	247	32	25	17	23	1.97
107016530--107016659	29	4.5	29	85	6	156	27	26	14	31	1.95
107019336--107019368	13	2.5	13	100	0	66	9	42	36	12	1.74
107023856--107023924	15	4.7	15	70	8	52	56	15	15	11	1.67
107026858--107026989	45	2.9	46	81	3	122	31	23	22	21	1.98
107026859--107027024	47	3.6	45	79	6	136	32	24	20	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107029840--107029995	43	3.6	44	79	5	158	25	15	26	32	1.95
107032098--107032183	42	2.0	42	91	4	138	17	27	33	20	1.95
107032158--107032210	27	2.0	27	92	0	88	9	24	35	30	1.87
107041291--107041321	14	2.2	14	94	0	53	25	0	16	58	1.38
107041749--107041865	24	4.9	24	72	8	94	21	11	30	35	1.90
107049112--107049335	40	5.6	40	81	8	260	25	27	21	24	1.99
107049114--107049336	119	1.9	120	83	8	294	26	27	21	24	2.00
107057280--107057503	40	5.7	40	82	6	217	26	27	21	24	2.00
107057300--107057503	79	2.6	80	78	8	211	26	27	22	23	1.99
107060563--107060703	24	5.9	24	77	9	126	21	12	32	34	1.90
107060563--107060703	48	2.9	49	75	5	144	21	12	32	34	1.90
107065434--107065462	3	9.7	3	100	0	58	68	0	31	0	0.89
107068518--107068587	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
107068518--107068599	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
107076547--107076640	27	3.6	26	91	8	147	28	13	27	29	1.94
107076547--107076652	51	2.0	53	83	10	137	29	15	25	30	1.95
107081228--107081290	27	2.3	28	94	2	110	30	11	25	33	1.90
107082643--107082690	20	2.4	20	92	0	78	33	16	18	31	1.94
107082741--107082882	23	6.1	23	93	0	230	27	21	20	30	1.98
107083092--107083151	31	1.9	31	89	0	93	38	16	20	25	1.93
107095592--107095723	52	2.6	51	82	2	149	34	25	14	25	1.94
107103112--107103154	21	2.0	22	82	13	54	32	9	16	41	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107107819--107108050	40	5.8	40	86	2	299	27	20	26	26	1.99
107115650--107115834	40	4.7	40	89	3	286	25	22	27	24	2.00
107115650--107115841	79	2.4	79	88	4	280	25	22	27	24	2.00
107118016--107118114	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96
107119681--107119871	39	4.9	39	95	0	328	21	31	22	24	1.98
107125732--107125824	48	1.9	49	93	2	161	25	19	30	24	1.98
107125785--107125883	40	2.5	40	81	1	119	22	23	32	22	1.98
107133677--107133708	14	2.3	14	100	0	64	21	21	28	28	1.99
107133642--107133744	53	1.9	53	96	0	188	23	21	32	23	1.98
107133701--107133798	40	2.5	40	83	1	117	21	23	32	22	1.98
107143636--107143698	30	2.1	30	100	0	126	12	12	15	58	1.63
107145380--107145536	39	4.0	39	91	0	242	26	21	28	23	1.99
107150730--107150797	33	2.1	33	100	0	136	33	14	17	33	1.91
107151668--107151730	30	2.1	30	96	0	117	12	11	17	58	1.62
107153407--107153596	39	4.9	39	93	2	310	26	20	29	23	1.99
107156686--107156821	43	3.2	43	76	10	127	28	17	22	31	1.96
107158566--107158651	29	3.0	29	85	6	115	26	33	13	25	1.94
107158561--107158634	28	2.6	28	89	2	112	29	32	13	24	1.93
107161522--107161702	46	3.9	46	81	9	233	20	21	29	27	1.98
107161524--107161694	93	1.8	93	96	0	315	20	22	29	27	1.98
107164651--107164719	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
107164642--107164729	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107167105--107167285	46	3.9	46	81	9	233	20	21	29	27	1.98
107167107--107167277	93	1.8	93	96	0	315	20	22	29	27	1.98
107174675--107174851	40	4.4	40	80	4	180	24	20	27	27	1.99
107174675--107174842	80	2.1	80	84	3	214	24	20	27	27	1.99
107181026--107181337	49	6.4	49	94	0	489	32	8	29	30	1.87
107181406--107181492	37	2.3	36	94	5	147	20	19	33	26	1.97
107187415--107187466	20	2.8	18	76	21	54	51	7	1	38	1.42
107187923--107187952	9	3.3	9	90	0	51	40	0	3	56	1.16
107194637--107194707	35	2.0	35	100	0	142	25	8	33	32	1.86
107195621--107195647	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
107198268--107198359	29	3.2	29	86	4	125	27	14	28	30	1.95
107198646--107198697	27	1.9	27	84	0	68	40	21	13	25	1.89
107203236--107203293	5	12.0	5	76	20	61	77	1	0	20	0.86
107203239--107203290	10	5.3	10	84	11	72	78	1	0	19	0.84
107203236--107203290	19	2.8	19	84	13	76	78	1	0	20	0.85
107203235--107203295	28	2.2	28	88	11	90	75	1	0	22	0.89
107211103--107211180	27	2.9	27	90	0	120	23	20	19	37	1.95
107211177--107211253	27	2.9	27	84	0	91	29	6	28	35	1.82
107211203--107211486	27	10.5	27	88	1	347	29	9	22	38	1.86
107222257--107222414	42	3.8	42	78	7	151	32	22	14	30	1.94
107222573--107222600	12	2.3	12	100	0	56	46	25	0	28	1.53
107226767--107226799	13	2.5	13	95	0	57	18	12	36	33	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107229423--107229452	14	2.1	14	93	0	51	36	10	13	40	1.78
107229739--107229900	85	1.9	84	83	3	209	29	25	14	30	1.95
107229746--107229900	42	3.7	41	81	5	175	29	25	14	30	1.95
107241788--107241887	27	3.5	28	84	5	121	34	28	13	25	1.93
107242729--107242753	7	3.6	7	100	0	50	60	28	0	12	1.32
107249653--107249752	27	3.5	28	84	5	121	34	28	13	25	1.93
107250600--107250624	7	3.6	7	100	0	50	60	28	0	12	1.32
107252577--107252699	49	2.5	49	86	2	176	22	29	20	27	1.98
107260362--107260476	49	2.3	49	84	0	149	27	27	15	28	1.96
107260450--107260511	22	2.8	22	69	16	56	35	32	12	19	1.90
107276095--107276271	40	4.4	40	90	0	273	43	7	15	32	1.76
107276833--107276865	17	1.9	17	100	0	66	36	0	0	63	0.95
107277104--107277158	16	3.5	15	85	5	65	27	25	7	40	1.82
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107277545--107277628	27	3.2	27	60	13	66	40	20	23	15	1.90
107277541--107277644	52	2.0	52	100	0	208	40	17	25	17	1.90
107280523--107280567	22	2.0	22	86	4	63	60	4	2	33	1.29
107280826--107280898	28	2.6	29	80	8	78	35	4	1	58	1.25
107281037--107281250	85	2.4	88	81	6	256	38	11	15	34	1.84
107283355--107283412	30	1.9	30	82	10	73	60	15	5	18	1.53
107291880--107291908	8	3.6	8	100	0	58	48	0	0	51	1.00
107293287--107293411	29	4.3	29	86	1	124	44	6	19	30	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107293313--107293411	29	3.4	29	87	0	144	46	6	19	28	1.73
107299991--107300112	37	3.3	37	96	0	217	21	34	19	24	1.96
107300214--107300428	49	4.4	49	95	0	358	28	33	9	28	1.88
107303725--107304062	29	11.7	29	98	0	622	23	31	17	27	1.97
107306156--107306277	37	3.3	37	96	0	217	21	34	19	24	1.96
107306379--107306642	49	5.4	49	96	0	447	29	33	9	28	1.88
107309256--107309297	19	2.2	20	86	4	59	45	16	9	28	1.79
107311277--107311387	47	2.4	47	84	6	154	35	23	16	25	1.95
107318527--107318637	47	2.4	47	84	6	154	35	23	16	25	1.95
107319394--107319429	4	9.2	4	87	6	56	0	22	0	77	0.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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