genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  76  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22075763--22075813	12	4.3	11	79	16	57	39	1	0	58	1.09
22075802--22075833	15	2.1	15	94	0	55	31	9	0	59	1.29
22084616--22084713	29	3.4	29	94	5	166	32	26	12	28	1.92
22085807--22085844	19	2.1	18	85	9	51	13	18	2	65	1.37
22090997--22091180	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
22091037--22091225	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
22099116--22099299	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
22099156--22099344	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
22101966--22102005	14	2.9	14	88	0	53	47	22	0	30	1.52
22102167--22102547	41	9.4	41	90	1	597	18	23	24	33	1.97
22102167--22102547	81	4.7	82	90	2	599	18	23	24	33	1.97
22102167--22102547	122	3.1	122	89	1	604	18	23	24	33	1.97
22102188--22102613	81	5.2	82	84	6	444	18	23	24	34	1.96
22102167--22102613	122	3.7	120	82	7	483	18	22	24	34	1.96
22124917--22124976	27	2.3	26	82	2	66	35	18	23	23	1.96
22125725--22125875	27	5.6	27	87	6	216	25	20	18	35	1.95
22125726--22125875	81	1.9	81	90	2	239	26	20	18	35	1.95
22125725--22125903	27	6.6	27	82	3	101	25	18	18	36	1.94
22125724--22125894	81	2.1	80	84	7	220	26	19	18	35	1.95
22127306--22127469	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
22127306--22127503	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
22130844--22130896	2	26.5	2	96	0	97	0	1	49	49	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22134865--22135140	48	5.9	48	78	11	266	26	16	30	26	1.97
22134920--22135129	96	2.2	96	88	3	307	25	16	30	28	1.97
22134866--22135140	144	1.9	139	82	6	338	26	16	29	26	1.97
22136729--22136769	20	2.0	20	100	0	82	29	0	39	31	1.57
22141327--22141371	22	2.1	21	84	12	56	35	0	11	53	1.37
22149197--22149441	48	5.1	47	95	1	409	35	6	26	30	1.82
22149588--22149695	37	2.9	37	92	0	171	23	18	31	26	1.97
22155783--22155862	29	2.7	29	86	5	108	27	32	15	25	1.95
22163479--22163518	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
22170709--22170760	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
22172698--22172782	29	3.0	29	87	1	118	23	15	34	27	1.95
22175329--22175464	46	2.9	49	76	15	160	28	28	19	22	1.98
22175295--22175464	93	1.8	92	92	3	288	27	28	21	22	1.99
22175292--22175480	46	4.1	44	72	16	134	28	28	20	23	1.99
22180468--22180652	40	4.6	40	81	5	180	25	24	27	22	2.00
22196959--22197127	46	3.7	45	79	14	195	29	27	20	22	1.98
22196964--22197132	91	1.8	93	93	2	297	28	28	20	21	1.98
22199308--22199479	93	1.8	93	97	0	326	28	29	20	20	1.98
22199301--22199476	46	3.8	46	80	12	225	29	29	20	20	1.98
22207602--22207696	29	3.3	29	86	1	138	24	13	31	30	1.94
22209607--22209644	17	2.5	15	80	19	51	39	10	15	34	1.82
22209607--22209696	36	2.3	38	87	9	121	37	8	15	37	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22209607--22209687	19	4.3	19	87	9	121	39	8	16	35	1.79
22215261--22215331	8	8.6	8	77	10	72	83	0	15	1	0.73
22215260--22215332	30	2.4	29	84	10	94	82	0	15	2	0.79
22215261--22215331	22	3.2	23	80	11	87	83	0	15	1	0.73
22216286--22216383	44	2.2	44	84	8	130	30	22	19	27	1.98
22216535--22216750	87	2.4	89	75	13	230	31	16	22	28	1.96
22216458--22217238	220	3.5	220	90	0	1152	33	17	21	27	1.96
22217557--22217642	36	2.4	35	83	14	106	38	10	13	37	1.80
22217573--22217644	36	2.0	36	97	0	135	38	11	12	37	1.79
22217567--22217664	19	5.2	19	88	7	146	36	10	15	37	1.81
22219065--22219090	12	2.2	12	100	0	52	38	0	15	46	1.46
22221810--22221841	14	2.4	13	90	10	55	75	0	0	25	0.81
22223996--22224031	18	2.0	18	88	0	54	27	22	11	38	1.88
22228684--22228854	49	3.5	48	79	9	170	23	27	21	27	1.99
22228730--22228913	97	1.9	97	82	6	230	22	25	20	32	1.98
22228826--22228999	48	3.7	47	75	4	172	24	25	18	31	1.97
22228686--22228996	94	3.2	96	78	6	287	23	26	19	30	1.98
22232654--22232723	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
22232654--22232735	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
22240577--22240646	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
22240577--22240658	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
22251026--22251157	29	4.5	29	97	1	246	24	24	14	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22251026--22251157	59	2.3	59	97	1	248	24	24	14	37	1.92
22255660--22255716	29	2.0	29	96	0	105	24	14	12	49	1.77
22276605--22276629	13	1.9	13	100	0	50	16	36	40	8	1.77
22278063--22278206	40	3.6	40	85	5	184	23	25	25	25	2.00
22278036--22278199	40	4.2	39	82	7	163	24	26	24	24	2.00
22286064--22286206	38	3.6	39	85	8	191	23	25	24	25	2.00
22289839--22289940	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
22300787--22300935	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
22300828--22300935	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
22308229--22308307	31	2.5	31	91	0	131	29	25	17	27	1.98
22308527--22308596	25	2.8	25	93	0	113	25	21	24	28	1.99
22309386--22309472	27	3.3	27	74	7	79	21	18	19	40	1.92
22309482--22309770	83	3.6	80	81	5	278	31	9	19	40	1.83
22309480--22309770	27	10.8	27	76	5	230	31	9	18	39	1.83
22309565--22309838	27	10.2	27	80	5	164	32	8	21	38	1.83
22309735--22309891	54	2.9	53	82	4	136	36	7	22	32	1.83
22309763--22309891	26	4.8	27	86	5	181	37	7	24	31	1.83
22309774--22309891	53	2.2	53	87	4	166	38	8	24	28	1.85
22315757--22315908	39	3.9	39	92	1	234	21	32	22	23	1.98
22325866--22325906	13	3.1	13	85	3	55	9	39	41	9	1.71
22329963--22330000	19	2.0	20	89	5	60	76	2	2	18	1.02
22337095--22337269	38	4.6	38	82	4	199	35	27	18	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22337148--22337298	76	2.0	78	84	5	200	29	26	22	21	1.99
22338488--22338521	2	17.5	2	87	6	52	52	0	0	47	1.00
22343324--22343393	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
22343324--22343405	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
22350879--22350904	12	2.2	12	100	0	52	7	30	38	23	1.83
22351209--22351240	14	2.3	14	94	0	55	34	18	9	37	1.83
22357498--22357627	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
22363396--22363545	40	3.8	40	78	8	139	26	22	28	23	1.99
22376420--22376586	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
22384399--22384565	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
22391453--22391491	14	2.8	14	96	0	69	17	10	12	58	1.61
22398286--22398347	28	2.2	28	88	0	88	33	27	8	30	1.86
22398466--22398554	29	3.2	28	78	7	85	21	26	20	31	1.98
22411564--22411608	20	2.2	20	84	8	54	51	0	4	44	1.21
22411582--22411625	16	2.7	17	83	16	58	47	0	2	50	1.13
22411577--22411625	26	1.9	25	84	12	64	46	0	2	51	1.12
22413665--22413716	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
22420592--22420666	28	2.6	29	78	2	89	22	20	36	21	1.96
22428434--22428509	29	2.6	29	77	4	82	22	21	35	21	1.96
22439405--22439459	29	2.0	27	85	7	74	25	27	3	43	1.71
22439406--22439465	27	2.1	29	81	6	70	28	26	3	41	1.71
22440422--22440484	30	2.1	31	90	3	101	23	23	15	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22440678--22440795	23	5.0	24	89	9	172	27	22	21	27	1.99
22440849--22440911	20	3.2	20	97	0	117	31	19	12	36	1.89
22440853--22440909	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
22440948--22440995	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
22448480--22448542	30	2.1	31	90	3	101	23	23	15	36	1.94
22448755--22448829	23	3.1	25	90	9	129	28	20	20	32	1.97
22448883--22448943	20	3.2	20	95	4	108	32	19	11	36	1.88
22448980--22449027	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
22457311--22457467	43	3.7	43	72	13	117	30	24	19	26	1.98
22457971--22458030	27	2.1	29	81	6	70	28	26	3	41	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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