genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.193.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  193  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60791450--60791526	24	3.3	24	66	30	67	38	23	5	32	1.77
60792268--60792536	48	5.6	48	80	6	285	23	28	21	27	1.99
60792268--60792549	96	2.9	96	86	1	350	24	28	20	26	1.99
60799984--60800207	48	4.7	48	85	3	228	21	28	22	26	1.99
60799983--60800207	96	2.4	95	84	5	276	21	28	22	26	1.99
60809697--60809775	38	2.1	38	97	0	149	36	7	22	32	1.83
60815136--60815245	52	2.1	52	83	6	134	38	15	25	20	1.92
60816890--60816980	29	3.2	29	88	1	139	28	30	12	28	1.92
60821323--60821439	29	4.1	28	85	3	135	27	29	14	28	1.95
60821325--60821438	58	2.0	57	84	5	149	26	29	14	28	1.95
60823238--60823279	21	2.0	21	85	4	57	33	19	7	40	1.78
60828402--60828503	29	3.5	29	90	0	150	27	15	33	23	1.95
60836262--60836363	29	3.5	29	90	0	150	27	15	33	23	1.95
60838391--60838468	31	2.4	34	79	10	92	29	10	8	51	1.66
60838491--60838622	50	2.6	52	83	8	180	34	15	12	38	1.84
60852038--60852070	16	2.1	16	94	0	57	48	24	6	21	1.72
60855632--60855720	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
60855632--60855711	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
60855643--60855720	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
60858642--60858812	93	1.8	93	94	0	306	27	29	21	21	1.98
60858634--60858809	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
60861607--60861724	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60861575--60861738	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
60869135--60869295	69	2.3	71	93	6	285	35	17	27	19	1.94
60879136--60879284	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
60879177--60879284	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
60882432--60882546	40	3.1	40	60	27	99	34	14	28	21	1.93
60882411--60882573	70	2.3	71	97	2	319	35	17	28	19	1.94
60883914--60884014	29	3.5	29	81	6	125	25	15	28	29	1.96
60890028--60890060	16	2.1	16	94	0	57	48	30	6	15	1.69
60891285--60891335	24	2.1	24	88	0	75	50	15	19	13	1.77
60891558--60891659	29	3.6	29	79	11	111	26	16	28	28	1.97
60891558--60891666	58	1.9	57	84	1	146	27	16	28	27	1.97
60894555--60894606	27	2.0	26	84	3	68	26	23	19	30	1.98
60895293--60895352	27	2.3	26	82	2	75	21	21	20	36	1.95
60898238--60898267	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
60902288--60902505	45	4.8	47	76	10	172	22	30	19	27	1.98
60908905--60909025	40	3.0	40	81	0	143	27	19	26	26	1.99
60908908--60909039	40	3.3	40	80	3	142	28	19	25	26	1.99
60916096--60916269	45	3.8	44	80	9	206	21	20	29	28	1.98
60918987--60919078	48	1.9	47	97	2	175	20	16	13	50	1.78
60919231--60919309	15	5.4	15	77	10	83	10	17	13	58	1.63
60919222--60919308	29	3.0	29	81	8	95	10	17	16	56	1.67
60921683--60921858	46	3.8	45	79	11	196	21	20	28	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60921679--60921850	93	1.8	93	92	2	292	20	20	29	28	1.98
60924488--60924723	50	4.7	50	80	3	269	30	24	17	26	1.97
60924475--60924768	101	2.9	101	76	3	290	31	24	17	26	1.97
60927222--60927417	50	3.9	50	79	6	200	29	25	18	26	1.98
60937429--60937467	21	1.9	19	85	10	51	28	15	5	51	1.64
60939942--60940087	39	3.8	39	91	0	222	45	8	8	36	1.65
60941807--60941840	2	17.0	2	87	0	50	47	2	0	50	1.16
60951095--60951148	22	2.5	21	75	3	54	14	31	35	18	1.91
60955713--60956272	27	20.7	27	80	5	320	38	20	10	31	1.86
60955713--60956244	81	6.6	81	75	5	366	38	21	9	31	1.85
60956092--60956314	27	8.3	27	83	5	186	37	21	16	25	1.93
60956737--60956801	22	3.0	22	82	8	87	20	24	21	33	1.97
60956963--60957056	27	3.5	27	84	5	100	20	24	18	37	1.94
60958662--60958793	29	4.6	29	84	1	140	25	17	32	25	1.97
60960298--60960388	6	14.8	6	70	17	62	20	18	14	46	1.84
60960275--60960377	31	3.3	31	87	1	134	21	17	11	49	1.78
60962046--60962144	42	2.3	42	79	5	110	31	24	19	25	1.98
60964735--60964954	49	4.5	49	94	0	341	29	9	32	28	1.89
60965050--60965134	37	2.3	37	95	0	152	24	20	34	21	1.97
60967000--60967035	19	1.9	19	94	5	65	58	5	0	36	1.22
60968682--60968710	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
60978116--60978202	43	2.0	43	100	0	174	34	18	19	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60979270--60979383	43	2.7	42	85	6	149	30	25	18	25	1.98
60982810--60982971	71	2.3	72	86	3	238	36	19	26	17	1.94
60990317--60990478	71	2.3	72	84	5	222	36	19	26	17	1.94
60996971--60997119	40	3.8	40	82	7	162	28	22	26	22	1.99
60997009--60997151	40	3.6	39	84	1	160	25	22	27	23	1.99
60998957--60999065	54	2.0	54	90	0	173	36	11	22	29	1.89
61005161--61005406	40	6.2	40	91	2	365	23	21	29	26	1.99
61005161--61005406	118	2.1	120	89	3	374	23	21	29	26	1.99
61014210--61014370	29	5.6	29	93	0	259	26	14	32	26	1.95
61022303--61022463	29	5.6	29	93	0	259	26	14	32	26	1.95
61024716--61024963	40	6.2	40	90	1	356	23	21	28	26	1.99
61031023--61031123	24	4.2	24	94	0	157	32	1	40	24	1.67
61032083--61032113	8	3.9	8	91	0	53	48	25	22	3	1.66
61032442--61032553	27	4.2	26	84	7	134	16	23	23	37	1.93
61032442--61032553	54	2.1	54	88	3	163	16	23	23	37	1.93
61039580--61039691	42	2.6	43	78	5	111	27	22	20	29	1.98
61046691--61046736	21	2.1	23	84	15	62	17	6	26	50	1.70
61047153--61047185	17	1.9	17	93	0	57	27	39	18	15	1.90
61049107--61049159	26	2.1	25	85	3	70	33	9	15	41	1.79
61049392--61049492	53	1.9	53	91	0	166	27	14	30	26	1.95
61050710--61050738	10	2.9	10	100	0	58	72	6	0	20	1.07
61053883--61053935	26	2.1	25	86	10	72	33	9	13	43	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61054663--61054702	20	1.9	20	85	10	53	37	15	25	22	1.93
61055715--61055739	6	4.2	6	100	0	50	36	16	16	32	1.90
61055919--61055952	14	2.4	14	85	0	50	26	0	8	64	1.22
61058930--61058975	20	2.3	20	92	0	74	28	26	13	32	1.93
61070362--61070537	50	3.5	49	83	7	194	28	28	18	25	1.98
61070362--61070548	101	1.9	99	86	4	268	27	29	18	24	1.98
61075078--61075191	43	2.7	42	85	6	149	30	25	18	25	1.98
61086101--61086258	67	2.3	70	80	9	182	36	18	27	17	1.94
61104692--61104867	45	4.0	45	87	1	230	25	27	22	24	2.00
61104691--61104861	90	1.9	88	89	2	261	24	28	22	24	2.00
61106623--61106761	60	2.3	59	84	8	165	26	26	20	26	1.99
61106754--61106809	20	2.8	20	83	2	69	33	23	16	26	1.95
61108083--61108121	19	2.2	19	86	9	55	74	0	15	10	1.07
61111206--61111344	60	2.3	60	83	6	165	26	25	20	27	1.99
61111337--61111392	20	2.8	20	83	2	69	33	23	16	26	1.95
61112666--61112704	19	2.2	19	86	9	55	74	0	15	10	1.07
61118275--61118369	28	3.4	28	95	1	165	31	27	13	27	1.94
61126241--61126310	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
61128003--61128044	21	2.0	20	86	4	57	50	23	2	23	1.61
61130818--61130959	71	2.0	71	100	0	284	29	9	21	39	1.85
61131659--61131683	13	1.9	13	100	0	50	8	40	20	32	1.81
61141349--61141418	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61147963--61148170	40	5.2	40	83	0	209	26	22	25	25	2.00
61147965--61148170	80	2.6	80	83	1	234	26	22	26	25	2.00
61152446--61152515	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
61155864--61155896	14	2.4	14	100	0	66	24	39	12	24	1.89
61158647--61158872	48	4.7	48	87	0	299	25	19	26	28	1.99
61164452--61164481	16	1.9	16	93	6	53	23	13	33	30	1.93
61170885--61170909	13	1.9	13	100	0	50	28	32	0	40	1.57
61178560--61178673	43	2.7	42	80	4	131	22	16	28	31	1.96
61181938--61182056	58	2.0	59	96	1	222	41	14	16	27	1.87
61194141--61194238	28	3.5	28	80	9	110	29	24	16	29	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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