genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.270.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  270  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84096451--84096487	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
84096982--84097028	22	2.1	22	100	0	94	38	8	4	48	1.53
84100058--84100172	37	3.1	37	100	0	230	23	32	19	25	1.97
84100225--84100328	48	2.2	48	98	0	199	32	27	5	33	1.81
84100320--84100557	49	4.9	49	93	2	417	29	27	9	34	1.88
84100320--84100557	96	2.5	97	94	1	415	29	27	9	34	1.88
84108848--84108950	29	3.6	27	78	5	89	29	32	17	21	1.96
84114290--84114331	20	2.0	21	86	9	59	61	2	11	23	1.42
84114721--84114864	55	2.6	56	78	4	141	13	27	30	28	1.94
84118486--84118517	14	2.4	13	90	10	55	62	12	6	18	1.50
84121585--84121748	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
84121585--84121782	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
84128943--84129105	70	2.3	71	98	1	319	19	28	17	34	1.94
84128943--84129139	70	2.8	70	90	4	249	20	28	17	33	1.95
84146413--84146587	45	3.8	46	79	13	216	20	20	29	29	1.98
84159850--84159882	18	1.9	17	88	11	50	30	15	12	42	1.83
84165458--84165848	27	14.6	27	79	7	161	33	21	10	34	1.87
84165469--84165679	54	3.9	54	87	1	289	27	21	10	40	1.86
84165469--84165680	80	2.6	80	88	0	298	27	21	10	40	1.86
84165472--84165716	134	1.8	134	82	1	312	30	22	9	37	1.86
84165671--84165847	53	3.3	54	83	3	198	40	20	10	28	1.85
84165671--84165851	80	2.3	81	83	5	217	40	21	9	28	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84165671--84165875	53	3.8	53	80	3	173	41	21	9	27	1.83
84165657--84165850	27	7.3	27	80	3	196	38	22	10	29	1.87
84165806--84165931	27	4.6	27	75	12	80	44	18	6	30	1.74
84165853--84165938	27	3.1	27	79	14	95	39	15	9	36	1.79
84165979--84166056	27	2.9	27	75	11	70	37	19	20	23	1.95
84166721--84166796	20	3.9	20	90	8	113	36	9	19	34	1.84
84166741--84166796	11	5.5	11	71	16	57	37	10	19	32	1.86
84166846--84166942	26	3.8	26	93	1	144	26	21	22	28	1.99
84166846--84166942	51	1.9	51	87	4	142	26	21	22	28	1.99
84167087--84167178	42	2.2	42	94	0	157	26	11	21	40	1.88
84167202--84167285	31	2.7	31	88	1	134	27	16	25	30	1.97
84170251--84170401	67	2.2	68	80	11	177	31	17	29	21	1.96
84173539--84173705	46	3.6	46	79	4	183	28	29	20	20	1.98
84173539--84173709	93	1.8	93	91	0	279	28	29	21	21	1.98
84175850--84176021	40	4.3	40	80	4	159	23	25	22	28	1.99
84175868--84176021	80	1.9	80	85	0	209	23	26	22	27	1.99
84179334--84179421	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
84179334--84179412	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
84179345--84179421	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
84182311--84182482	92	1.9	92	95	0	308	27	30	22	19	1.98
84182304--84182478	46	3.8	46	81	6	219	28	30	21	19	1.98
84185666--84185905	27	8.9	27	92	0	345	28	22	9	39	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84185882--84186179	27	11.0	27	74	8	160	39	19	9	31	1.84
84186218--84186294	27	2.9	28	79	11	81	33	19	22	24	1.97
84186820--84186875	20	2.9	20	85	12	73	37	8	19	33	1.83
84186926--84187019	26	3.7	26	92	1	147	27	23	22	26	1.99
84186926--84187022	51	1.9	51	91	4	160	27	22	21	27	1.99
84187167--84187258	42	2.2	42	96	0	166	27	11	21	39	1.89
84187282--84187365	31	2.7	31	92	1	143	27	17	25	29	1.98
84194898--84194990	29	3.2	29	98	0	177	24	27	17	30	1.97
84194832--84194991	29	5.5	29	82	4	171	25	31	17	26	1.97
84206708--84206771	33	2.0	32	87	3	92	21	23	18	35	1.95
84206625--84206764	72	2.0	65	82	9	163	20	27	20	31	1.97
84208418--84208444	13	2.1	13	100	0	54	14	25	37	22	1.93
84208465--84208532	34	2.0	34	97	0	127	29	16	20	33	1.94
84218010--84218205	55	3.6	54	78	13	174	22	25	16	35	1.95
84224569--84224746	40	4.5	40	86	0	232	25	25	23	25	2.00
84231780--84231944	40	4.2	40	89	2	226	27	26	21	24	1.99
84248149--84248241	40	2.3	40	81	0	105	24	16	22	36	1.94
84248230--84248297	28	2.4	28	87	0	100	26	13	29	30	1.94
84250367--84250454	45	2.0	45	95	0	158	26	12	22	38	1.90
84250814--84250841	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
84255130--84255190	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
84260666--84260764	28	3.5	29	79	6	105	29	15	25	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84280439--84280468	14	2.2	13	94	5	51	60	13	6	20	1.55
84281464--84281545	21	3.8	21	66	15	58	23	10	24	41	1.86
84284054--84284232	40	4.4	40	82	3	198	26	24	25	24	2.00
84284054--84284232	80	2.2	81	85	3	236	26	24	25	24	2.00
84284175--84284253	40	2.0	40	82	5	97	27	26	25	20	1.99
84285780--84285951	93	1.8	93	94	0	308	27	29	21	21	1.99
84285773--84285948	46	3.8	46	79	12	207	28	28	21	21	1.98
84285822--84285960	47	3.0	46	75	16	144	29	28	19	22	1.98
84287298--84287478	46	3.9	46	81	9	233	20	21	29	27	1.98
84287300--84287470	93	1.8	93	96	0	315	20	22	29	27	1.98
84290422--84290490	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
84290413--84290500	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
84292858--84293038	46	3.9	46	81	9	233	20	21	29	27	1.98
84292860--84293030	93	1.8	93	96	0	315	20	22	29	27	1.98
84295984--84296061	15	5.4	15	76	11	74	8	17	14	58	1.60
84298415--84298585	46	3.7	46	79	13	208	21	21	28	28	1.99
84299920--84299951	16	2.0	16	93	0	55	46	12	15	25	1.81
84304488--84304659	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
84304480--84304655	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
84307038--84307126	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
84307038--84307117	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
84307049--84307126	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84310072--84310243	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
84310064--84310239	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
84311709--84311890	40	4.6	40	89	3	262	29	26	20	23	1.99
84324018--84324180	70	2.3	71	98	1	319	34	17	28	19	1.94
84331550--84331712	70	2.3	71	98	1	319	34	17	28	19	1.94
84334828--84334936	41	2.6	43	77	8	127	31	23	15	29	1.95
84343408--84343673	46	5.7	46	71	15	188	28	28	19	22	1.98
84343462--84343630	47	3.6	46	75	7	189	28	28	20	22	1.98
84343415--84343679	93	2.8	93	91	0	413	28	28	20	23	1.98
84345791--84345819	15	1.9	15	100	0	58	68	13	6	10	1.37
84348804--84349011	45	4.5	46	80	13	250	27	27	21	22	1.99
84348846--84349014	92	1.8	92	93	2	295	28	27	21	22	1.99
84360184--84360309	39	3.2	39	91	0	198	26	28	21	23	1.99
84363244--84363316	6	11.8	6	69	16	51	47	12	19	20	1.81
84363235--84363316	31	2.6	31	84	0	101	50	12	18	19	1.78
84363491--84363516	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
84363837--84364327	27	18.2	27	86	2	610	41	7	21	29	1.81
84364294--84364398	54	1.9	54	83	7	133	33	7	20	38	1.81
84363848--84364381	81	6.6	81	80	6	374	40	7	21	30	1.81
84364316--84364452	54	2.5	55	81	8	163	31	8	21	38	1.84
84364319--84364452	27	5.0	27	82	3	137	30	8	21	38	1.84
84366436--84366514	6	12.8	6	72	15	63	48	12	18	20	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84366424--84366514	37	2.5	37	85	0	119	50	12	18	18	1.77
84366632--84366691	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
84366688--84366725	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
84367046--84367509	27	17.2	27	87	0	570	40	7	21	30	1.80
84367501--84367655	27	5.8	27	81	8	138	29	10	22	38	1.87
84367502--84367655	54	2.9	53	79	7	177	29	10	22	37	1.87
84367490--84367661	81	2.1	80	79	5	195	30	9	22	38	1.85
84372645--84372674	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
84374549--84374608	30	2.0	30	87	6	86	40	6	25	28	1.80
84376358--84376487	29	4.5	29	86	6	165	28	26	13	31	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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