genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.107.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  107  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32801543--32801638	47	2.0	47	95	0	174	18	17	16	46	1.84
32807874--32807960	45	2.0	44	81	2	102	45	12	18	22	1.83
32812120--32812245	63	2.0	63	98	0	243	35	3	20	40	1.69
32812709--32812824	35	3.3	35	90	1	160	30	9	18	42	1.82
32814280--32814399	38	3.1	38	84	7	145	29	25	21	24	1.99
32814248--32814399	78	2.0	80	83	7	197	30	25	21	23	1.99
32818593--32818708	43	2.7	43	81	5	144	26	18	25	30	1.98
32823332--32823422	33	2.8	33	98	0	173	18	17	29	34	1.94
32826791--32826815	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
32834095--32834139	3	15.0	3	100	0	90	66	0	0	33	0.92
32834430--32834474	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
32840912--32840943	14	2.3	14	100	0	64	40	12	0	46	1.42
32845915--32845997	41	2.0	41	90	0	130	32	19	13	34	1.90
32847089--32847126	18	2.1	18	85	9	51	42	2	5	50	1.39
32849997--32850117	62	2.0	62	81	3	145	39	25	7	27	1.82
32851726--32851816	47	1.9	47	97	0	173	15	29	14	40	1.86
32856616--32856654	15	2.7	14	84	7	51	58	0	2	38	1.12
32856788--32856846	18	3.3	18	81	11	59	28	28	15	27	1.96
32856800--32856847	12	4.0	12	80	0	51	31	25	14	29	1.95
32861489--32861520	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
32861897--32861925	14	2.1	14	100	0	58	20	31	6	41	1.79
32862382--32862426	24	1.9	23	82	13	56	40	20	0	40	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32863175--32863211	17	2.2	17	90	9	58	13	5	2	78	1.03
32863356--32863410	5	11.0	5	96	0	101	58	0	1	40	1.09
32864418--32864462	23	2.0	23	100	0	90	35	4	4	55	1.40
32869164--32869305	48	3.0	48	82	0	176	29	21	19	28	1.98
32870492--32870564	36	2.0	36	94	0	128	36	5	27	30	1.79
32889987--32890011	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
32891831--32891862	12	2.6	13	90	9	50	18	6	25	50	1.70
32910729--32910768	21	1.9	21	85	10	55	22	2	25	50	1.62
32913955--32914170	46	4.7	44	75	12	132	23	26	19	30	1.98
32913859--32914168	93	3.3	94	76	13	275	23	26	19	30	1.98
32914515--32914571	30	1.9	30	92	0	96	26	22	15	35	1.94
32922918--32922952	13	2.6	13	90	4	52	37	0	17	45	1.48
32934125--32934186	5	12.2	5	98	1	115	58	0	0	41	0.98
32957250--32957282	11	3.0	11	100	0	66	9	0	18	72	1.10
32966749--32966793	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
32966965--32967024	2	32.0	2	87	12	92	48	0	0	51	1.00
32968642--32968666	12	2.1	12	100	0	50	16	24	20	40	1.91
32968644--32968749	45	2.4	45	88	0	149	20	18	18	41	1.91
32968916--32969100	18	10.3	18	71	11	101	35	10	15	38	1.82
32968916--32969100	36	5.1	36	71	13	121	35	10	15	38	1.82
32969035--32969101	17	3.7	19	78	11	68	32	11	14	40	1.83
32968982--32969101	54	2.2	55	82	5	138	34	12	15	37	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32977443--32977490	23	2.1	23	84	3	62	43	6	4	45	1.48
32986039--32986152	54	2.1	54	90	0	174	19	25	24	30	1.98
32987934--32987979	21	2.2	21	92	0	74	21	19	8	50	1.75
32990424--32990661	95	2.5	95	82	12	274	27	18	29	24	1.98
32990437--32990661	50	4.7	50	74	10	152	28	19	29	23	1.98
32991390--32991429	12	3.3	12	80	13	55	32	7	42	17	1.77
32991381--32991429	24	2.0	24	100	0	98	28	8	42	20	1.80
33005384--33005409	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
33005565--33005621	15	3.9	15	88	2	89	35	0	12	52	1.39
33005561--33005619	30	2.0	28	93	6	100	32	0	11	55	1.36
33006005--33006079	21	3.4	23	82	12	95	13	21	26	38	1.90
33006241--33006281	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
33015901--33015952	26	2.0	26	100	0	104	42	15	7	34	1.75
33018035--33018061	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
33018943--33019010	16	4.2	17	73	16	63	36	2	8	51	1.48
33019714--33019740	6	4.5	6	100	0	54	14	0	33	51	1.43
33022425--33022459	10	3.4	10	88	7	52	22	2	0	74	0.95
33025881--33025962	6	13.7	6	96	0	128	26	56	0	17	1.41
33030891--33030971	3	27.0	3	100	0	162	66	0	0	33	0.92
33038586--33038757	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
33038579--33038754	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
33046595--33046705	47	2.4	47	84	6	154	35	23	16	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33051327--33051498	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
33051320--33051495	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
33055386--33055447	25	2.5	25	78	0	70	25	16	27	30	1.96
33057319--33057343	13	1.9	13	100	0	50	32	0	24	44	1.54
33061817--33061842	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
33067300--33067353	27	2.0	27	100	0	108	25	18	22	33	1.97
33068580--33068614	17	2.1	17	88	0	52	34	11	0	54	1.37
33070229--33070270	12	3.6	12	87	3	50	66	0	21	11	1.23
33070240--33070268	6	4.8	6	100	0	58	68	0	17	13	1.20
33071959--33072075	60	2.0	60	91	0	189	35	0	23	41	1.60
33074495--33074653	27	5.9	27	80	11	166	35	23	22	18	1.95
33074537--33074653	54	2.2	54	95	0	207	36	24	22	16	1.94
33076274--33076381	26	4.2	26	87	0	162	36	24	6	33	1.81
33077464--33077514	25	2.0	25	88	0	75	39	13	3	43	1.63
33078287--33078324	19	2.1	19	85	9	53	52	36	0	10	1.36
33079393--33079835	147	3.0	143	78	12	436	29	3	6	59	1.40
33079711--33079751	3	13.7	3	100	0	82	34	0	0	65	0.93
33079889--33080107	3	72.3	3	64	17	53	30	8	3	57	1.45
33080067--33080107	15	2.7	15	88	0	64	31	4	0	63	1.15
33080046--33080103	24	2.4	24	82	0	71	34	6	1	56	1.36
33091198--33091384	88	2.1	88	96	1	347	36	15	24	22	1.93
33093006--33093033	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33094473--33094793	77	4.2	76	82	4	405	27	17	20	34	1.95
33094487--33094793	153	2.0	153	89	3	467	27	17	21	33	1.96
33094728--33094847	64	1.9	64	94	0	213	25	19	25	30	1.98
33095075--33095129	28	2.0	28	92	0	92	41	16	29	12	1.85
33095301--33095338	19	2.1	19	85	9	53	52	36	0	10	1.36
33096376--33096401	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
33096400--33096974	3	189.0	3	66	16	158	29	4	5	60	1.38
33097029--33097247	3	72.3	3	64	17	53	30	8	3	57	1.45
33097207--33097247	15	2.7	15	88	0	64	31	4	0	63	1.15
33097186--33097243	24	2.4	24	82	0	71	34	6	1	56	1.36
33099790--33099857	21	3.2	20	72	15	57	48	2	1	47	1.26
33102342--33102376	17	2.1	17	88	0	52	60	0	0	40	0.97
33103515--33103553	20	2.0	20	89	0	60	30	0	0	69	0.89
33103508--33103570	12	5.1	12	74	12	56	31	0	1	66	1.01
33103509--33103602	49	2.0	46	87	6	134	31	2	1	64	1.12
33103490--33103586	25	4.0	24	75	18	76	30	1	2	65	1.10
33103487--33103601	57	2.0	57	85	8	153	32	1	1	64	1.14
33107013--33107068	21	2.7	21	81	8	62	55	5	1	37	1.33
33109428--33109513	42	2.0	42	97	0	163	30	9	22	38	1.85
33110677--33111072	199	2.0	199	97	1	749	34	19	13	32	1.91
33118769--33119646	44	19.9	43	72	9	432	29	21	16	32	1.95
33118770--33119646	89	9.9	87	71	11	554	29	21	16	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33119117--33119596	133	3.6	133	87	2	669	30	21	16	31	1.95
33121343--33121407	31	2.0	32	91	5	105	36	18	13	30	1.90
33126591--33126722	39	3.6	39	78	15	145	38	21	24	15	1.92
33126609--33126673	21	3.2	21	73	20	75	38	21	26	13	1.91
33126641--33126704	31	2.1	31	90	0	101	43	18	20	17	1.88
33133491--33133541	21	2.4	22	80	6	59	17	1	11	68	1.29
33136476--33136537	31	2.0	31	100	0	124	29	9	35	25	1.88
33145367--33145431	21	3.0	21	78	10	60	26	10	1	61	1.38
33145481--33145527	5	8.6	5	82	17	58	25	17	2	55	1.53
33145481--33145527	11	4.3	10	82	17	58	25	17	2	55	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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