genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.316.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  316  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98575388--98575441	25	2.2	24	83	9	65	35	5	1	57	1.33
98581892--98581929	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
98583555--98583623	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
98589900--98589937	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
98591561--98591629	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
98597468--98597554	39	2.2	39	91	4	140	21	21	26	29	1.99
98616580--98616637	27	2.1	27	81	6	64	46	18	0	34	1.50
98618633--98618854	67	3.4	64	74	11	189	31	15	28	24	1.95
98622860--98623045	40	4.7	40	89	5	261	24	21	27	26	1.99
98622860--98623078	80	2.8	80	83	8	270	25	21	26	26	1.99
98630954--98631137	79	2.3	82	86	5	254	24	21	26	27	1.99
98630954--98631137	40	4.6	39	87	6	237	24	21	26	27	1.99
98631000--98631160	79	2.0	79	85	7	220	26	19	26	27	1.99
98632929--98632953	12	2.1	12	100	0	50	56	0	16	28	1.41
98635535--98635795	39	6.7	39	91	0	432	23	29	20	27	1.99
98635495--98635795	78	3.8	78	92	0	467	23	29	21	25	1.99
98642515--98642615	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
98650067--98650167	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
98654369--98654551	39	4.7	39	93	0	312	23	29	20	26	1.99
98654329--98654551	78	2.8	78	90	1	320	23	29	21	25	1.99
98657492--98657520	15	1.9	15	100	0	58	58	13	13	13	1.63
98658104--98658153	22	2.3	22	96	3	93	40	24	8	28	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98674982--98675097	59	1.9	61	84	6	157	40	3	4	51	1.38
98678619--98678652	5	6.8	5	100	0	68	82	0	0	17	0.67
98684965--98684992	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
98685027--98685078	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
98685676--98685729	27	2.0	27	85	3	74	35	20	22	22	1.96
98685732--98685902	27	6.3	27	87	2	218	25	21	17	35	1.95
98685749--98685901	81	1.9	81	90	0	243	24	20	18	36	1.95
98685732--98685902	54	3.2	54	88	0	243	25	21	17	35	1.95
98691694--98691719	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
98692457--98692575	27	4.4	27	89	0	148	26	20	18	35	1.95
98700750--98700984	93	2.5	93	80	0	263	28	18	22	30	1.98
98717125--98717173	2	24.5	2	100	0	98	51	48	0	0	1.00
98718407--98718541	56	2.4	56	88	0	207	37	24	12	25	1.91
98722045--98722250	31	6.7	31	88	1	274	29	23	17	29	1.97
98722456--98722539	24	3.5	24	84	12	109	23	22	25	28	1.99
98722469--98722537	25	2.8	24	93	2	111	24	23	26	26	2.00
98723346--98723423	27	2.9	27	78	14	81	21	19	21	37	1.95
98723513--98724593	27	40.1	27	80	5	515	32	8	21	37	1.83
98723526--98724593	54	19.8	54	77	4	596	32	8	21	37	1.83
98723547--98724568	404	2.5	404	95	1	1780	32	8	21	37	1.84
98726830--98726975	31	4.7	31	92	0	231	30	23	16	29	1.96
98727181--98727287	25	4.4	24	90	3	126	25	22	23	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98727194--98727287	25	3.8	25	92	1	145	25	22	25	26	2.00
98728080--98728181	27	3.8	27	73	10	82	23	21	19	35	1.96
98728198--98728249	27	1.9	27	85	14	72	34	13	11	40	1.81
98728247--98728924	27	25.1	27	79	6	394	32	8	21	37	1.83
98737181--98737218	19	2.0	19	85	10	51	68	0	10	21	1.19
98761481--98761664	40	4.6	40	82	4	174	28	22	26	23	1.99
98768656--98768756	39	2.5	40	85	1	132	30	22	24	21	1.99
98768656--98768832	40	4.5	40	82	4	180	28	22	25	23	1.99
98776778--98776997	40	5.2	40	80	11	235	22	29	23	25	1.99
98780992--98781126	56	2.4	56	89	0	216	34	25	13	26	1.93
98785524--98785736	92	2.3	93	85	0	284	29	22	24	23	1.99
98785826--98785858	15	2.2	16	89	10	52	30	0	15	54	1.41
98787295--98787499	53	3.8	53	76	5	196	39	17	23	20	1.93
98794743--98794949	53	3.8	54	77	3	202	37	19	23	19	1.94
98797107--98797222	41	2.8	42	80	10	121	26	18	23	31	1.98
98797110--98797223	43	2.7	41	79	12	115	27	18	23	30	1.98
98798673--98798706	17	2.0	17	94	0	59	35	14	23	26	1.94
98802736--98802902	40	4.2	40	80	8	162	23	26	23	26	2.00
98802752--98802902	80	1.9	79	83	6	198	23	27	23	26	2.00
98810734--98810884	40	3.8	40	80	6	155	23	26	23	26	2.00
98813071--98813135	22	3.0	22	79	0	76	32	26	29	12	1.92
98813368--98813423	27	2.1	27	83	6	69	25	16	21	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98817230--98817256	12	2.2	12	100	0	54	85	0	0	14	0.61
98821472--98821631	29	5.5	30	88	8	222	27	25	13	33	1.94
98821472--98821631	59	2.8	57	89	4	223	27	25	13	33	1.94
98824726--98824795	27	2.5	28	86	2	97	32	25	14	27	1.94
98824803--98824909	42	2.5	42	96	0	196	22	33	14	28	1.94
98829480--98829518	21	1.9	21	94	5	71	30	20	15	33	1.94
98832487--98832575	42	2.1	42	87	0	124	31	25	8	33	1.87
98839529--98839567	20	2.0	20	100	0	78	20	15	20	43	1.88
98840472--98840603	66	2.0	66	100	0	264	43	15	12	28	1.82
98849228--98849273	23	2.0	24	82	4	58	41	4	13	41	1.63
98852560--98852687	37	3.5	37	93	0	202	26	31	18	23	1.98
98854319--98854897	47	12.3	47	90	0	899	27	30	8	32	1.88
98854319--98854897	94	6.2	94	95	0	1007	27	30	8	32	1.88
98854770--98854845	22	3.3	22	64	10	62	28	27	10	32	1.90
98858393--98858443	25	2.0	25	85	7	68	29	31	7	31	1.86
98858608--98858701	40	2.3	40	83	0	107	28	25	23	22	1.99
98860095--98860246	40	3.8	40	79	6	157	25	28	23	23	1.99
98861930--98862602	40	16.9	40	91	0	1053	26	27	20	25	1.99
98863865--98864010	37	3.9	37	93	0	229	25	32	19	23	1.97
98864215--98864502	47	6.1	47	88	0	423	26	29	11	32	1.91
98864215--98864503	141	2.0	141	93	0	497	26	29	11	32	1.91
98866019--98866045	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98868636--98868802	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
98880727--98880762	18	2.0	18	100	0	72	38	11	22	27	1.88
98883004--98883173	46	3.7	46	75	13	179	19	20	30	30	1.97
98882994--98883166	93	1.9	93	91	4	287	20	20	30	29	1.97
98886169--98886378	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
98894316--98894564	40	6.2	40	89	2	367	21	29	23	25	1.99
98894316--98894564	119	2.1	120	88	2	367	21	29	23	25	1.99
98904399--98904606	40	5.2	40	81	3	186	25	22	25	25	2.00
98904400--98904606	80	2.6	80	82	4	229	25	22	26	26	2.00
98910879--98910929	6	8.7	6	95	4	95	15	0	0	84	0.63
98917017--98917240	40	5.7	40	87	5	287	24	29	20	26	1.99
98917018--98917240	79	2.8	79	85	4	290	24	29	20	26	1.99
98922658--98922687	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
98925790--98925902	42	2.7	43	78	12	142	24	20	26	28	1.99
98927760--98927964	27	7.6	27	82	4	234	29	21	8	40	1.83
98929203--98929250	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
98929293--98929353	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
98929403--98929569	24	7.0	24	93	3	257	28	22	22	26	1.99
98929403--98929570	71	2.3	71	90	4	257	29	22	22	26	1.99
98929761--98929855	31	3.1	31	96	0	172	38	15	21	24	1.92
98932471--98932513	12	3.6	12	78	12	52	27	4	0	67	1.10
98934249--98934278	2	15.0	2	92	0	51	0	46	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98942056--98942080	12	2.1	12	100	0	50	76	8	0	16	1.02
98942956--98943029	24	3.1	24	68	0	67	48	2	2	45	1.30
98943016--98943286	140	1.9	143	82	7	345	43	5	8	42	1.57
98945064--98945129	34	1.9	34	84	0	87	19	25	21	33	1.97
98949136--98949161	12	2.2	12	100	0	52	34	0	15	50	1.45
98949419--98949486	28	2.4	28	85	9	86	33	26	11	27	1.91
98954574--98954629	25	2.2	25	78	6	60	32	16	7	44	1.74
98962584--98962657	37	2.0	37	100	0	148	32	13	5	48	1.65
98962595--98962659	19	3.5	19	69	12	62	33	13	6	46	1.69
98972670--98972718	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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