genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  5  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1382683--1382710	14	2.0	14	100	0	56	50	28	0	21	1.49
1382908--1382939	11	2.9	11	95	0	55	37	40	0	21	1.54
1383144--1383201	31	1.9	31	82	10	75	29	6	3	60	1.39
1383399--1383523	40	3.2	40	84	5	164	29	23	24	23	1.99
1383593--1383700	40	2.7	40	92	0	189	28	23	25	22	1.99
1383686--1383715	12	2.5	12	94	0	51	50	26	13	10	1.73
1383794--1383821	12	2.3	12	100	0	56	46	14	0	39	1.44
1384635--1384688	16	3.2	16	75	10	54	70	0	12	16	1.17
1389259--1389299	21	2.0	21	90	0	64	43	14	12	29	1.82
1389390--1389440	19	2.7	19	78	3	59	45	3	3	47	1.40
1400085--1400131	24	2.0	25	91	8	80	57	14	0	27	1.38
1404668--1404761	47	2.0	47	93	0	161	29	11	14	43	1.81
1405784--1405864	42	2.0	38	84	13	101	33	0	9	56	1.32
1425185--1425280	48	2.0	48	89	0	147	28	7	13	51	1.68
1437782--1437813	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
1440009--1440059	9	5.3	9	76	17	50	21	3	1	72	1.11
1441134--1441167	3	11.3	3	87	0	50	61	0	2	35	1.11
1451694--1451731	16	2.4	17	86	8	53	68	0	0	31	0.90
1451688--1451730	21	2.0	20	86	8	59	67	0	0	32	0.91
1458585--1458627	22	1.9	22	85	4	59	41	2	0	55	1.12
1465467--1465505	18	2.2	18	90	9	62	51	0	2	46	1.14
1468693--1468724	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1470319--1470363	22	2.0	21	87	12	63	35	2	0	62	1.08
1473597--1473675	28	2.8	28	82	0	95	30	25	10	34	1.89
1477137--1477198	34	1.9	32	84	15	83	32	11	11	45	1.76
1480282--1480319	18	2.1	18	90	0	58	42	44	2	10	1.52
1480296--1480320	13	1.9	13	100	0	50	40	48	0	12	1.40
1480345--1480386	6	6.5	6	86	13	57	80	2	2	14	0.90
1480345--1480379	14	2.7	13	91	8	54	82	2	0	14	0.77
1480348--1480387	20	2.0	20	95	0	71	77	5	2	15	1.04
1480405--1480454	9	5.6	9	85	0	64	28	10	18	44	1.81
1482022--1482087	23	2.8	24	82	13	66	48	9	4	37	1.55
1482031--1482087	23	2.4	23	85	11	71	49	10	5	35	1.60
1482392--1482432	9	4.7	9	82	17	59	58	9	0	31	1.31
1482394--1482426	16	2.0	17	94	5	59	63	12	0	24	1.28
1486923--1486990	31	2.2	32	81	2	75	29	10	17	42	1.82
1491893--1491926	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
1498645--1498679	18	1.9	18	88	11	54	42	0	2	54	1.15
1501718--1501750	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
1508136--1508350	105	2.0	105	99	0	421	50	14	11	23	1.76
1518805--1518894	45	2.0	45	100	0	180	42	2	17	37	1.62
1526644--1526753	31	3.6	30	77	11	100	40	8	8	42	1.64
1526690--1526756	29	2.3	27	79	18	73	43	4	5	46	1.48
1527358--1527388	13	2.3	14	94	5	55	0	12	3	83	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1535264--1535328	27	2.6	25	79	11	69	40	1	0	58	1.07
1539867--1539896	6	5.0	6	100	0	60	50	16	0	33	1.46
1540051--1540435	66	5.8	66	93	0	617	36	16	25	21	1.94
1542926--1542991	31	2.2	31	82	12	77	63	1	0	34	1.04
1542926--1542982	28	2.1	28	83	6	73	63	1	0	35	1.05
1544757--1544797	16	2.6	16	81	18	50	14	0	24	60	1.34
1546530--1546571	4	10.5	4	100	0	84	50	0	23	26	1.50
1548401--1548455	24	2.3	24	96	0	101	56	0	10	32	1.34
1548406--1548448	13	3.5	13	75	12	54	55	0	9	34	1.32
1552721--1552779	29	2.0	30	83	3	75	52	15	5	27	1.63
1558357--1558440	42	2.0	42	85	0	114	20	15	16	47	1.82
1560870--1560915	14	3.4	14	73	14	51	32	4	17	45	1.68
1566727--1566785	19	3.1	19	82	4	82	28	23	8	38	1.84
1567487--1567580	30	3.2	31	71	19	94	28	18	4	48	1.66
1567470--1567580	57	1.9	57	87	3	161	28	16	4	50	1.64
1567490--1567571	26	2.9	29	70	20	82	29	19	4	46	1.71
1572861--1572905	16	2.7	16	86	6	54	57	6	26	8	1.54
1576709--1576754	22	2.0	23	87	4	67	65	2	2	30	1.16
1577825--1577864	2	20.5	2	94	5	73	52	0	0	47	1.00
1583708--1583790	40	2.1	40	93	0	139	33	12	20	33	1.89
1598443--1598475	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
1599136--1599172	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1599409--1599467	2	29.5	2	100	0	118	49	0	0	50	1.00
1601395--1601432	13	2.8	14	80	8	51	65	2	0	31	1.06
1603725--1603785	31	2.0	31	86	0	86	40	9	6	42	1.64
1612792--1612841	25	2.0	25	100	0	100	20	8	28	44	1.79
1618172--1618201	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
1624234--1624313	42	1.9	42	89	0	124	37	8	7	46	1.63
1629326--1629421	48	2.0	48	100	0	192	43	8	20	27	1.80
1633061--1633110	25	2.0	25	100	0	100	52	8	12	28	1.66
1636692--1636723	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
1639625--1640765	567	2.0	567	99	0	2255	31	11	19	37	1.87
1642042--1642119	3	26.0	3	100	0	156	66	0	0	33	0.92
1642574--1642623	21	2.4	22	83	10	68	58	0	42	0	0.98
1643566--1643653	44	2.0	44	82	8	108	29	18	17	35	1.93
1643871--1644072	54	3.7	54	84	4	235	38	18	13	29	1.89
1643871--1644072	108	1.9	108	85	6	282	38	18	13	29	1.89
1644040--1644287	71	3.5	71	88	2	327	29	21	15	32	1.95
1661450--1662447	70	13.5	76	85	11	1054	30	16	20	32	1.95
1661450--1662447	217	4.5	218	84	11	1286	30	16	20	32	1.95
1661450--1662038	147	4.1	140	92	4	971	32	15	20	31	1.94
1662161--1662189	14	2.1	14	100	0	58	13	13	6	65	1.45
1662038--1662263	88	2.6	87	83	8	278	24	18	21	35	1.96
1662176--1662526	72	4.7	72	89	5	474	30	16	19	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1661791--1662551	387	2.0	378	85	8	1018	29	16	19	33	1.95
1662841--1662939	44	2.2	45	80	3	103	38	17	15	29	1.90
1663251--1663321	35	2.0	35	94	0	124	18	46	9	25	1.79
1663724--1663810	31	2.9	29	77	14	95	64	17	5	12	1.46
1664055--1664092	11	3.5	11	89	7	51	0	57	0	42	0.98
1664631--1664755	2	65.5	2	70	17	61	38	4	5	52	1.44
1664631--1664713	31	2.8	30	83	8	91	36	2	7	54	1.41
1665964--1665995	16	2.0	17	88	11	50	62	0	3	34	1.11
1666304--1666383	38	2.0	40	85	4	110	65	0	10	25	1.24
1666295--1666386	39	2.3	41	81	9	118	65	0	9	25	1.23
1667599--1667631	12	2.6	13	90	9	59	21	9	18	51	1.73
1670256--1670313	30	1.9	30	85	0	80	43	8	20	27	1.81
1670733--1670907	46	3.8	46	76	14	189	20	20	29	29	1.98
1670730--1670900	92	1.8	93	93	1	299	21	21	29	28	1.98
1677784--1677840	30	1.9	30	85	0	78	43	8	21	26	1.81
1678262--1678437	46	3.8	46	76	12	180	21	21	28	28	1.98
1678259--1678430	93	1.8	93	92	0	290	22	21	28	27	1.99
1680281--1680310	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
1682411--1682476	31	2.1	31	86	5	89	43	9	13	33	1.76
1688809--1688838	4	7.5	4	100	0	60	23	0	0	76	0.78
1688844--1688890	23	2.0	23	100	0	94	42	4	25	27	1.73
1692753--1692792	19	2.1	19	100	0	80	40	10	15	35	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1707707--1707748	8	5.2	8	83	11	59	33	2	0	64	1.07
1708859--1708933	18	4.2	18	84	0	96	30	21	16	32	1.95
1714874--1714899	12	2.2	12	100	0	52	26	26	0	46	1.53
1725408--1725477	33	2.2	30	82	9	86	52	2	5	38	1.40
1725694--1725741	3	16.0	3	100	0	96	66	0	0	33	0.92
1725847--1725922	3	25.3	3	94	0	134	67	2	0	30	1.05
1726396--1726427	11	2.8	12	90	9	50	50	0	50	0	1.00
1726539--1726565	12	2.2	12	100	0	54	14	0	7	77	0.97
1726932--1727013	35	2.4	34	91	2	128	20	9	50	19	1.76
1729854--1730250	76	5.2	75	78	3	352	23	18	14	43	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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