genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.216.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  216  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67126026--67126197	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	21	1.99
67126018--67126193	46	3.8	46	81	10	223	28	28	21	21	1.98
67128813--67128896	25	3.2	25	76	12	87	27	8	15	48	1.73
67130153--67130205	27	2.0	27	88	0	79	35	16	15	32	1.90
67133379--67133443	28	2.4	27	76	5	76	21	23	21	33	1.97
67135709--67135761	27	2.0	27	84	0	70	35	15	15	33	1.88
67136184--67136242	28	2.1	27	81	9	66	20	16	25	37	1.93
67137408--67137445	19	2.0	20	90	10	62	28	5	0	65	1.14
67142997--67143128	50	2.6	51	85	3	185	34	15	12	37	1.85
67145402--67145457	29	1.9	29	88	0	85	30	3	37	28	1.74
67149719--67149747	12	2.4	12	100	0	58	17	13	6	62	1.52
67158104--67158163	30	2.0	30	100	0	120	36	16	10	36	1.82
67158584--67158775	39	4.9	39	94	0	321	19	25	31	23	1.98
67160757--67160786	12	2.5	12	94	0	51	16	10	6	66	1.41
67160976--67161010	14	2.5	14	86	13	54	20	8	17	54	1.68
67167827--67167851	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
67183977--67184018	14	2.8	16	82	10	52	76	9	7	7	1.17
67185325--67185585	128	2.0	128	94	1	452	35	26	13	24	1.92
67189785--67189896	55	2.0	55	98	0	215	34	11	17	35	1.86
67189921--67189945	10	2.5	10	100	0	50	28	0	32	40	1.57
67190604--67190648	15	2.8	17	80	13	58	80	8	4	6	1.03
67190854--67190899	17	2.6	17	78	21	51	17	19	0	63	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67198783--67198811	11	2.7	11	94	5	51	48	17	13	20	1.81
67205812--67205854	21	2.0	21	100	0	86	51	18	9	20	1.74
67205868--67205932	33	2.0	33	84	0	85	27	24	21	26	1.99
67206087--67206145	27	2.2	26	82	5	73	37	20	20	22	1.95
67206284--67206477	27	7.2	27	86	0	244	23	20	19	36	1.95
67206284--67206477	81	2.4	81	86	0	280	23	20	19	36	1.95
67206465--67206489	12	2.1	12	100	0	50	8	16	24	52	1.70
67206441--67206515	39	1.9	39	89	5	116	20	17	21	41	1.90
67208171--67208201	2	15.5	2	93	0	53	51	3	0	45	1.17
67209472--67209540	25	2.8	25	88	2	104	27	24	23	24	2.00
67209742--67209922	27	7.1	27	81	11	220	24	20	20	34	1.97
67209858--67209893	18	2.0	18	100	0	72	22	22	22	33	1.97
67209831--67209920	45	2.0	45	97	0	171	23	22	21	33	1.97
67209911--67210076	27	6.1	28	77	8	130	28	8	22	39	1.83
67209925--67210078	54	2.8	53	79	3	148	29	8	21	40	1.83
67209910--67210064	81	1.9	80	82	1	193	28	9	21	41	1.83
67210056--67210258	27	7.5	27	86	0	262	39	6	21	31	1.80
67210029--67210240	81	2.6	81	89	0	280	39	6	22	32	1.80
67210056--67210240	81	2.3	81	93	0	316	40	6	22	30	1.79
67212454--67212523	25	2.8	25	88	0	104	24	24	24	27	2.00
67212701--67212951	27	10.0	27	76	15	234	24	20	20	34	1.96
67212719--67212951	45	4.6	54	82	10	189	23	20	20	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67212839--67212922	18	4.2	18	76	24	87	23	23	20	32	1.98
67212812--67212949	45	3.1	45	95	0	258	23	23	21	32	1.98
67212758--67212961	72	2.8	71	73	12	209	25	21	18	34	1.96
67212955--67213067	27	4.2	27	80	0	91	29	7	19	43	1.79
67212996--67213098	27	3.8	27	75	5	91	26	7	23	42	1.81
67213061--67213288	27	8.4	27	80	0	186	40	6	19	33	1.77
67213087--67213270	54	3.4	54	87	0	269	41	5	21	32	1.76
67213115--67213270	81	1.9	81	86	0	222	40	5	21	32	1.75
67213088--67213288	81	2.5	82	79	3	210	41	5	19	33	1.75
67216347--67216522	46	3.8	46	76	12	198	21	20	28	29	1.98
67216344--67216515	93	1.8	93	93	0	299	21	20	29	28	1.98
67223441--67223591	40	3.8	40	80	6	164	26	23	27	23	2.00
67223478--67223607	40	3.2	40	82	2	163	23	23	27	25	2.00
67228582--67228749	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
67234672--67234818	40	3.8	38	76	15	124	27	23	26	21	1.99
67234708--67234837	40	3.3	39	79	4	152	24	23	27	23	2.00
67237890--67238065	46	3.8	46	76	12	198	21	20	28	29	1.98
67237887--67238058	93	1.8	93	93	0	299	21	20	29	28	1.98
67239369--67239478	43	2.5	40	80	12	112	30	28	16	24	1.96
67239422--67239509	43	2.0	43	80	8	99	29	26	20	23	1.99
67243923--67244033	56	2.0	56	96	0	204	53	18	7	20	1.68
67244834--67244922	27	3.3	26	87	6	108	29	15	16	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67244874--67245192	81	4.0	81	83	8	384	32	10	18	38	1.84
67244874--67245192	27	11.9	27	81	10	345	32	10	18	38	1.84
67245532--67245618	28	3.1	28	88	0	129	26	36	16	20	1.93
67249108--67249262	43	3.6	42	72	11	118	29	25	17	27	1.97
67252610--67252644	17	2.1	17	88	0	52	11	5	5	77	1.12
67255698--67255888	40	4.8	40	83	3	215	27	26	20	25	1.99
67255685--67255899	80	2.7	77	80	7	234	26	26	21	25	1.99
67262362--67262529	40	4.2	40	80	3	196	25	22	27	25	2.00
67270385--67270550	40	4.2	40	80	6	187	25	22	27	24	2.00
67270385--67270550	79	2.1	79	83	5	203	25	22	27	24	2.00
67275530--67275759	39	5.8	40	83	6	240	25	29	21	23	1.99
67275530--67275759	79	2.9	79	82	7	218	25	29	21	23	1.99
67283559--67283724	39	4.2	40	89	3	223	25	28	19	25	1.99
67283559--67283724	79	2.1	79	85	6	221	25	28	19	25	1.99
67283586--67283788	79	2.6	79	79	7	207	26	28	20	25	1.99
67285455--67285585	65	2.0	65	98	0	253	42	18	14	24	1.87
67285588--67285644	26	2.2	26	83	3	69	26	19	19	35	1.95
67288007--67288066	27	2.3	26	82	2	66	40	18	20	21	1.92
67298804--67298917	50	2.4	48	80	5	133	26	22	14	35	1.93
67301763--67301822	27	2.3	26	82	2	66	36	20	21	21	1.95
67304952--67305008	26	2.2	26	83	3	69	26	19	19	35	1.95
67308984--67309026	15	2.9	15	80	19	54	72	0	25	2	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67312523--67312884	50	7.2	50	79	4	388	30	26	17	25	1.97
67312517--67312886	151	2.5	151	93	0	623	30	26	17	25	1.97
67312526--67312886	101	3.6	100	79	2	400	31	26	17	24	1.97
67312517--67312936	151	2.8	150	78	10	455	32	26	16	25	1.96
67316046--67316133	30	2.9	30	80	9	99	28	17	25	29	1.97
67322016--67322182	23	7.1	23	89	3	244	27	20	23	28	1.99
67322009--67322184	24	7.4	24	90	4	277	26	21	23	28	1.99
67322009--67322182	47	3.7	47	96	0	312	27	21	22	28	1.99
67322229--67322279	20	2.5	20	96	0	93	33	21	9	35	1.86
67322316--67322365	25	2.0	25	84	0	64	28	20	24	28	1.99
67326583--67326737	39	4.0	39	93	0	256	24	30	23	21	1.99
67342495--67342536	20	2.1	20	82	8	50	45	7	9	38	1.64
67342545--67342615	35	2.0	37	94	5	128	33	29	19	16	1.94
67343745--67343869	64	2.0	64	85	0	169	35	24	20	20	1.96
67346644--67346733	38	2.4	38	100	0	180	24	12	28	34	1.91
67347377--67347538	80	2.0	79	86	8	222	27	17	26	28	1.98
67347330--67347515	40	4.7	40	86	5	234	24	19	27	27	1.99
67349401--67349503	29	3.6	27	78	5	89	28	32	16	23	1.96
67357345--67357447	29	3.6	27	78	5	89	28	32	16	23	1.96
67363382--67363695	27	11.7	27	79	5	179	38	20	8	32	1.84
67363516--67363667	80	1.9	80	86	0	214	42	20	7	28	1.80
67363502--67363778	54	5.1	54	72	9	188	40	20	9	30	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67363775--67363876	27	3.8	27	70	10	73	36	18	21	23	1.95
67364675--67364812	54	2.7	51	87	7	192	29	20	22	27	1.98
67364675--67364812	25	5.3	26	85	6	176	29	20	22	27	1.98
67365018--67365130	31	3.7	31	84	5	144	31	19	23	25	1.98
67365980--67366054	37	2.0	37	82	14	93	42	24	8	25	1.81
67372017--67372041	13	1.9	13	100	0	50	24	24	36	16	1.94
67372458--67372531	37	2.0	37	82	15	91	41	24	8	25	1.82
67376672--67376723	19	2.7	19	84	0	68	28	26	30	13	1.94
67385146--67385335	96	2.0	95	82	3	229	37	12	34	15	1.85
67388758--67388933	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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