genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.390.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  390  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121366742--121366783	21	2.0	21	85	0	57	40	11	19	28	1.87
121372721--121372780	30	2.0	30	87	6	86	38	6	23	31	1.81
121381311--121381383	5	13.8	5	76	18	60	24	2	0	72	0.98
121381311--121381388	22	3.7	21	76	21	74	25	2	0	71	0.98
121381313--121381382	19	3.9	18	78	12	74	24	2	0	72	0.98
121381314--121381417	54	1.9	54	84	7	140	27	3	0	68	1.07
121383350--121383467	30	3.9	30	77	0	110	26	33	24	15	1.95
121387818--121388148	87	3.8	86	78	9	264	32	14	9	43	1.78
121387887--121388143	87	3.0	86	81	6	286	33	14	9	42	1.79
121395837--121396234	55	7.5	55	76	10	353	36	17	23	23	1.95
121395837--121396234	109	3.7	108	76	7	454	36	17	23	23	1.95
121395776--121396222	209	2.1	209	97	0	831	36	16	23	24	1.94
121395889--121396183	154	1.9	154	80	6	346	35	16	23	24	1.95
121401174--121401332	83	1.9	83	82	3	196	30	9	11	47	1.72
121401207--121401365	83	1.9	83	81	2	194	28	12	11	47	1.76
121404835--121404925	34	2.6	34	79	10	94	28	27	25	18	1.98
121406856--121407338	87	5.7	86	77	6	344	31	13	10	44	1.79
121407114--121407334	83	2.7	81	76	5	223	31	14	12	42	1.82
121407410--121407464	6	9.3	6	98	2	103	14	0	16	69	1.20
121409724--121409828	40	2.6	40	81	0	120	23	18	25	32	1.97
121409815--121409953	56	2.5	56	81	0	161	30	12	25	30	1.93
121409815--121409938	28	4.4	28	84	0	158	29	12	26	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121417217--121417273	6	9.3	6	78	17	64	80	1	3	14	0.92
121417217--121417266	17	2.8	18	87	6	66	80	2	4	14	0.95
121419859--121419915	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
121419857--121419927	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
121419868--121419922	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
121419974--121420163	23	8.1	23	88	2	272	29	23	20	27	1.98
121419972--121420165	47	4.1	47	89	2	291	29	23	20	26	1.98
121421287--121421332	22	2.1	22	84	8	58	50	2	47	0	1.13
121426248--121426277	15	2.0	15	93	0	51	56	6	23	13	1.60
121426721--121426761	17	2.6	16	88	7	57	56	19	0	24	1.42
121435243--121435345	40	2.6	40	84	3	127	21	15	29	33	1.94
121435328--121435444	28	4.2	28	78	2	128	26	12	30	29	1.93
121445178--121445249	36	2.0	36	97	0	135	34	22	9	33	1.87
121448778--121448841	21	3.0	21	79	0	74	18	23	15	42	1.89
121448760--121448873	42	2.7	42	79	5	122	22	21	14	42	1.88
121449831--121449912	27	3.0	27	76	7	85	32	21	24	20	1.98
121450018--121450082	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
121456183--121456345	87	1.9	87	100	0	326	45	4	19	30	1.71
121456493--121456656	71	2.3	71	97	0	310	34	18	28	18	1.95
121464033--121464195	70	2.3	71	97	1	310	34	18	28	19	1.95
121479484--121479659	99	1.8	94	84	8	237	26	17	31	23	1.97
121482047--121482148	21	4.9	21	75	11	102	19	22	15	42	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121486335--121486365	13	2.4	13	88	0	53	51	16	0	32	1.44
121489280--121489335	6	9.8	6	84	7	73	78	1	1	17	0.92
121489283--121489334	16	3.2	16	81	10	61	78	1	1	17	0.93
121489280--121489337	21	2.6	21	86	8	80	77	1	1	18	0.94
121493969--121493999	13	2.4	13	88	0	53	51	16	0	32	1.44
121510572--121510837	27	9.9	27	85	3	304	27	20	8	43	1.81
121510815--121510982	27	6.1	27	72	16	96	42	20	7	29	1.80
121510572--121510837	81	3.3	81	85	4	351	27	20	8	43	1.81
121510629--121510880	81	3.1	81	83	2	177	28	19	9	42	1.83
121510815--121510928	54	2.1	54	79	6	124	42	22	7	28	1.80
121510939--121510990	27	1.9	27	84	7	70	42	11	9	36	1.74
121511044--121511108	27	2.4	27	82	5	78	35	18	24	21	1.96
121512268--121512315	25	1.9	25	86	0	69	35	22	14	27	1.93
121512429--121512571	23	6.1	23	87	3	214	27	22	21	27	1.99
121512427--121512573	47	3.1	47	94	0	249	28	22	21	27	1.99
121512713--121512804	42	2.2	42	86	3	123	27	10	21	40	1.87
121512831--121512891	31	2.0	31	93	0	104	32	18	24	24	1.97
121521203--121521228	13	2.0	13	100	0	52	23	23	38	15	1.92
121523884--121523923	21	2.0	20	85	5	53	25	0	27	47	1.52
121524809--121524864	28	2.0	28	96	0	103	25	7	16	51	1.69
121525734--121525810	38	2.0	38	89	0	118	29	7	20	41	1.81
121538412--121538535	44	2.8	44	74	7	124	25	29	19	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121538476--121538641	84	2.0	84	82	7	203	22	28	19	28	1.98
121538587--121538708	47	2.6	46	83	10	149	22	31	20	25	1.98
121538554--121538711	46	3.4	46	77	11	158	22	29	21	26	1.99
121539050--121539107	30	1.9	30	92	0	98	27	25	13	32	1.94
121539838--121539898	32	1.9	32	100	0	122	55	9	0	34	1.33
121547167--121547389	124	1.8	122	82	3	286	31	11	24	32	1.90
121547390--121547528	40	3.5	39	83	1	152	23	23	30	22	1.99
121547390--121547573	79	2.3	80	82	2	201	20	23	31	23	1.98
121555435--121555572	39	3.5	39	83	3	152	23	23	31	21	1.99
121555435--121555600	39	4.2	40	78	3	147	21	24	31	22	1.98
121560869--121561008	71	2.0	72	85	4	194	20	25	19	34	1.96
121565151--121565212	15	3.8	16	74	17	56	1	32	0	66	1.02
121567878--121567974	21	4.6	21	78	7	90	18	18	16	46	1.84
121567878--121567974	42	2.3	42	82	3	106	18	18	16	46	1.84
121573714--121573898	96	1.9	94	93	4	318	35	4	8	51	1.53
121577231--121577295	33	2.0	33	84	6	87	32	16	20	30	1.95
121577267--121577395	41	3.2	40	90	3	204	34	22	23	19	1.96
121577552--121577605	7	7.7	7	78	0	54	24	0	25	50	1.50
121577560--121577644	21	3.9	21	76	11	89	27	1	25	45	1.61
121577567--121577656	46	2.0	46	95	0	162	27	1	26	44	1.61
121577681--121577733	14	3.8	15	82	9	60	26	0	32	41	1.56
121577704--121577815	14	7.9	14	67	14	52	24	0	39	36	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121577704--121577776	21	3.5	21	76	10	62	23	0	39	36	1.55
121578449--121578574	62	2.0	62	100	0	252	55	3	7	33	1.45
121583414--121583508	47	2.0	49	86	10	135	29	5	5	60	1.41
121586740--121586799	30	2.0	30	90	0	93	28	23	6	41	1.79
121588180--121588239	29	2.0	30	93	3	104	43	0	0	56	0.99
121588180--121588266	29	3.0	28	86	6	102	36	1	1	60	1.11
121589766--121589799	12	2.8	12	86	0	50	8	17	17	55	1.66
121591969--121592018	23	2.2	23	82	7	57	48	0	4	48	1.20
121591979--121592050	23	3.2	22	78	11	83	43	0	4	52	1.20
121591999--121592114	35	3.4	33	79	13	128	39	0	2	57	1.12
121592058--121592097	14	2.9	14	96	0	71	32	0	5	62	1.17
121592091--121592197	56	1.9	58	88	5	166	48	0	0	51	1.00
121592095--121592197	14	7.3	14	74	8	84	47	0	0	52	1.00
121592093--121592195	28	3.5	30	73	23	103	46	0	0	53	1.00
121592244--121592294	23	2.2	23	78	0	57	50	3	0	45	1.20
121592321--121592356	5	7.0	5	93	6	63	77	0	2	19	0.88
121592313--121592356	15	2.9	16	87	12	67	77	0	4	18	0.94
121592651--121592701	27	1.9	27	88	4	77	37	5	9	47	1.61
121593275--121593313	20	2.0	20	84	0	51	28	5	0	66	1.12
121593375--121593399	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
121593891--121593919	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
121594117--121594141	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121594761--121594789	6	5.0	6	91	8	51	51	0	0	48	1.00
121594900--121594940	21	2.0	21	95	0	73	41	0	4	53	1.22
121595177--121595223	15	3.4	14	77	11	53	40	0	2	57	1.11
121598682--121598711	10	3.0	10	100	0	60	30	10	20	40	1.85
121602599--121602667	21	3.2	21	64	15	52	50	8	7	33	1.61
121602580--121602689	42	2.6	42	88	0	166	47	12	11	28	1.77
121605120--121605151	14	2.3	14	94	0	55	6	21	34	37	1.79
121609214--121609246	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
121611927--121612009	37	2.4	35	84	8	98	56	3	4	34	1.38
121613176--121613363	26	7.2	26	92	3	299	34	6	23	35	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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