genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.394.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  394  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122393726--122393777	5	10.2	5	76	19	54	73	1	0	25	0.94
122394101--122394158	30	1.9	30	89	0	89	15	36	27	20	1.93
122397456--122397507	26	2.0	26	100	0	104	38	15	7	38	1.76
122398165--122398225	30	2.0	30	83	0	77	13	26	36	24	1.92
122413430--122413481	26	2.0	27	82	10	65	51	5	1	40	1.37
122420478--122420510	17	1.9	18	88	11	52	42	12	0	45	1.41
122422507--122422590	40	2.1	40	84	4	107	23	14	27	34	1.94
122422622--122422700	28	2.8	28	84	0	113	35	10	24	30	1.88
122426252--122426409	61	2.7	58	81	5	169	51	12	7	29	1.66
122426252--122426492	55	4.2	55	77	7	194	50	13	7	28	1.69
122427712--122427746	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
122437764--122437935	40	4.2	40	77	9	184	26	15	27	30	1.96
122437771--122437943	86	2.0	86	97	0	328	27	14	26	31	1.95
122445366--122445732	35	10.5	35	82	2	427	31	25	12	30	1.92
122445367--122445732	105	3.5	105	85	1	477	31	25	12	30	1.92
122460344--122460452	55	2.0	55	82	7	132	27	33	22	16	1.95
122467181--122467210	9	3.3	9	100	0	60	50	10	40	0	1.36
122468376--122468417	6	7.2	6	82	15	52	16	2	2	78	0.96
122468378--122468417	17	2.3	18	87	12	57	15	2	2	80	0.93
122468376--122468422	23	2.0	23	84	8	60	19	2	2	76	0.99
122470823--122470851	5	5.8	5	100	0	58	20	0	0	79	0.74
122470914--122470939	13	2.0	13	100	0	52	30	0	0	69	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122472087--122472112	11	2.4	11	100	0	52	84	0	7	7	0.77
122474520--122474629	26	4.2	26	92	0	175	33	5	23	37	1.78
122477415--122477476	2	31.0	2	100	0	124	50	0	0	50	1.00
122488907--122488982	24	3.2	24	75	0	71	39	17	28	14	1.89
122492960--122493001	22	1.9	22	100	0	84	54	19	4	21	1.62
122493595--122493629	16	2.3	15	90	5	52	45	0	0	54	0.99
122495748--122495774	14	1.9	14	100	0	54	7	55	7	29	1.55
122496142--122496191	25	2.0	24	85	11	66	74	6	0	20	1.03
122497088--122497152	22	2.7	25	77	22	77	29	4	7	58	1.46
122509624--122509926	76	4.0	75	86	7	395	30	17	20	31	1.96
122509886--122510078	89	2.2	87	86	7	257	25	17	21	35	1.95
122509886--122510112	89	2.6	88	81	9	241	25	17	21	36	1.94
122510022--122510408	75	5.0	75	73	13	291	29	15	19	35	1.93
122510115--122510265	78	1.9	77	87	9	218	27	15	20	36	1.93
122509690--122510343	329	2.0	326	82	8	788	28	16	20	34	1.94
122510248--122510282	14	2.5	14	90	0	52	22	11	5	60	1.52
122511136--122511162	14	1.9	14	100	0	54	7	55	7	29	1.55
122512385--122512416	2	16.5	2	93	6	57	46	0	0	53	1.00
122512456--122512524	22	2.9	24	78	22	74	28	5	7	57	1.49
122512565--122512614	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
122518882--122518929	23	2.1	25	85	14	68	39	0	10	50	1.37
122525004--122525030	6	4.5	6	100	0	54	85	0	14	0	0.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122526860--122526893	17	2.0	17	94	0	59	67	2	0	29	1.05
122526896--122526926	16	1.9	16	93	0	53	70	0	0	29	0.87
122527079--122527129	18	2.8	19	80	16	63	33	0	3	62	1.13
122527830--122527857	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
122530870--122530909	18	2.2	19	90	4	64	70	10	5	15	1.32
122530958--122531029	36	2.0	36	97	0	135	48	2	33	15	1.59
122534773--122534798	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
122536553--122536577	13	1.9	13	100	0	50	12	0	0	88	0.53
122537573--122537608	18	2.0	18	88	0	54	22	8	0	69	1.15
122537888--122537937	25	1.9	27	88	8	77	36	0	0	64	0.94
122538095--122538154	26	2.3	25	83	11	75	30	5	3	61	1.33
122540635--122540706	36	2.0	36	97	0	135	25	18	25	31	1.97
122542707--122542839	26	5.2	25	93	3	205	33	5	24	36	1.78
122548492--122548626	26	5.2	26	94	1	227	33	5	24	37	1.78
122552182--122552250	3	23.3	3	94	2	122	33	1	0	65	1.02
122552870--122552959	3	29.7	3	93	2	153	31	2	0	66	1.04
122553260--122553495	129	1.8	129	86	1	339	24	17	21	37	1.94
122561498--122561536	19	2.1	19	100	0	78	23	10	30	35	1.88
122565166--122565293	41	2.8	46	73	14	131	32	16	21	30	1.95
122565119--122565556	90	4.9	88	71	12	309	31	17	21	29	1.96
122565176--122565607	135	3.2	134	72	9	448	31	18	22	28	1.97
122565043--122565421	88	4.3	87	69	12	234	30	17	22	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122565005--122565612	268	2.3	267	92	1	991	30	18	22	27	1.98
122565479--122565557	41	1.9	41	89	0	122	30	21	21	26	1.98
122565567--122565741	89	2.0	89	94	4	309	33	24	19	22	1.97
122565567--122565778	89	2.4	89	87	1	282	33	24	19	23	1.97
122566983--122567054	27	2.7	26	93	4	117	54	0	27	18	1.44
122567963--122568027	3	21.3	3	96	3	121	33	0	0	66	0.92
122568652--122568735	3	27.7	3	93	2	141	32	1	1	65	1.08
122569037--122569276	132	1.8	132	87	1	356	24	17	20	37	1.93
122578504--122578965	174	2.7	171	86	5	646	32	27	11	27	1.92
122582355--122582410	27	2.1	27	100	0	112	41	12	21	25	1.88
122582531--122582637	53	2.0	53	100	0	214	23	22	26	28	1.99
122583032--122583087	25	2.2	25	78	6	60	57	1	1	39	1.20
122585749--122585822	33	2.4	31	84	8	96	54	2	6	36	1.41
122585805--122585859	22	2.5	24	80	11	64	52	3	0	43	1.18
122586038--122586064	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
122586173--122586212	3	13.3	3	94	0	71	67	2	0	30	1.04
122586038--122586359	145	2.2	146	98	1	619	56	8	4	31	1.48
122586320--122586371	3	17.3	3	95	0	95	67	1	0	30	1.02
122587384--122587465	35	2.4	34	91	2	128	19	8	51	20	1.73
122587824--122587886	31	2.0	31	100	0	126	28	19	15	36	1.92
122592614--122592648	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
122602427--122602565	74	1.9	74	98	0	269	34	5	18	41	1.73
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122615184--122615218	17	1.9	18	88	11	54	34	0	2	62	1.10
122616664--122616743	40	2.0	40	92	0	133	18	17	23	40	1.91
122630458--122630534	8	9.1	8	72	16	57	61	3	0	35	1.15
122630478--122630527	17	3.0	17	77	8	50	58	4	0	38	1.17
122631947--122631980	17	2.0	17	94	0	59	50	0	0	50	1.00
122632120--122632153	17	2.0	17	94	0	59	50	0	0	50	1.00
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122641871--122641915	21	2.1	22	88	8	67	22	31	0	46	1.52
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122643594--122643744	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
122651595--122651761	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
122651611--122651761	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
122654070--122654114	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
122656163--122656198	15	2.4	15	90	0	54	61	0	5	33	1.19
122661367--122661405	20	2.0	20	89	0	60	30	5	7	56	1.49
122662358--122662418	25	2.6	22	83	14	86	14	8	18	59	1.60
122666352--122666386	17	2.1	17	94	0	61	40	5	25	28	1.78
122672588--122672662	34	2.2	34	79	18	84	61	0	0	38	0.96
122674356--122674499	56	2.6	56	87	0	189	31	13	21	33	1.93
122680112--122680150	15	2.5	15	87	4	51	64	0	2	33	1.08
122681811--122681918	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
122687956--122688063	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122691077--122691154	19	4.3	18	75	8	70	65	5	0	29	1.14
122692571--122692724	3	50.7	3	69	8	89	29	7	2	59	1.39
122692587--122692718	28	4.8	28	81	10	148	29	8	2	59	1.39
122696537--122696582	19	2.4	19	85	7	58	23	23	13	39	1.90
122698984--122699257	46	6.0	46	88	0	343	41	13	22	21	1.89
122698980--122699257	92	3.0	92	88	0	385	41	13	23	21	1.89
122704222--122704305	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
122710954--122711186	44	5.3	43	64	18	122	32	21	24	21	1.98
122710944--122711899	88	10.8	88	86	2	1179	33	21	23	21	1.97
122710982--122711729	44	17.0	45	64	16	196	32	21	23	22	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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