genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.248.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  248  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77354224--77354248	11	2.3	11	100	0	50	0	8	16	76	1.02
77355512--77355547	18	2.0	18	94	0	63	38	13	16	30	1.88
77362982--77363058	40	1.9	40	97	0	145	33	20	14	31	1.93
77366810--77366967	46	3.4	46	87	0	199	31	20	18	29	1.96
77366809--77366997	92	2.1	92	81	4	229	33	20	17	28	1.96
77369182--77369246	27	2.4	27	86	0	94	40	6	26	27	1.80
77376544--77376594	20	2.5	20	84	6	59	25	0	11	62	1.29
77378988--77379108	42	2.9	41	78	7	125	29	25	19	25	1.98
77384859--77384909	26	2.0	26	100	0	102	31	23	3	41	1.73
77386868--77386907	20	2.0	20	85	9	55	50	0	0	50	1.00
77389675--77389769	20	4.7	21	76	12	101	20	23	22	34	1.96
77392284--77392486	40	5.1	40	87	3	277	24	28	23	23	2.00
77394586--77394668	43	1.9	43	92	0	139	20	20	31	27	1.97
77397236--77397319	28	3.0	28	92	0	132	35	10	26	27	1.89
77397236--77397336	28	3.6	28	89	0	130	36	10	24	27	1.89
77397506--77397653	40	3.6	41	74	5	138	27	19	29	24	1.99
77400533--77400581	26	1.9	25	84	12	64	36	6	2	55	1.37
77400761--77400820	11	5.2	11	75	16	50	33	3	3	60	1.30
77400762--77400825	25	2.6	25	76	11	69	34	3	3	59	1.29
77400854--77400895	23	1.9	23	85	9	61	35	9	2	52	1.47
77404828--77404863	12	3.0	12	87	0	54	30	27	2	38	1.71
77411449--77411698	40	6.2	40	91	1	385	22	28	24	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77426542--77426628	24	3.6	24	96	0	165	21	17	25	35	1.95
77426542--77426650	48	2.3	48	91	3	175	24	17	23	33	1.96
77426542--77426650	24	4.5	24	90	2	157	24	17	23	33	1.96
77430375--77430417	16	2.5	17	81	7	52	34	2	4	58	1.32
77434119--77434156	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
77435046--77435255	107	2.0	107	91	3	343	25	13	19	41	1.88
77435006--77435255	27	9.4	27	85	2	310	24	14	19	41	1.89
77437392--77437522	6	21.3	6	72	18	101	48	12	18	19	1.80
77437419--77437519	25	3.8	25	75	19	105	47	12	19	19	1.82
77437413--77437522	31	3.7	31	77	14	142	48	12	19	20	1.81
77438138--77438296	80	2.0	81	88	1	239	28	21	16	33	1.95
77438138--77438296	27	5.9	27	88	4	223	28	21	16	33	1.95
77440295--77440406	6	18.3	6	67	20	63	44	15	19	20	1.86
77440328--77440406	24	3.2	25	75	8	83	44	15	18	21	1.87
77440309--77440376	19	3.7	19	75	13	79	44	16	20	19	1.87
77440979--77441110	27	5.0	27	86	1	178	26	21	17	34	1.96
77441007--77441118	53	2.1	54	86	5	156	27	19	15	37	1.92
77441114--77441188	27	2.8	27	79	0	78	32	6	25	36	1.82
77443131--77443243	6	18.3	6	72	18	81	47	14	18	19	1.82
77443131--77443220	37	2.4	37	87	3	119	47	14	17	20	1.82
77443176--77443243	25	2.7	25	88	0	100	45	13	20	20	1.84
77443140--77443243	31	3.4	30	73	15	95	48	13	19	19	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77443839--77443978	27	5.2	27	92	0	201	29	21	15	34	1.94
77446011--77446065	25	2.2	25	86	0	74	20	23	18	38	1.93
77454124--77454333	46	4.6	46	81	8	191	28	20	29	22	1.98
77455488--77455611	43	2.9	43	87	6	171	32	16	21	29	1.95
77455579--77455640	29	2.1	29	96	0	115	27	20	22	29	1.99
77455536--77455683	72	2.1	72	94	0	260	29	18	20	31	1.96
77455608--77455748	43	3.3	43	87	0	201	29	17	19	32	1.95
77455519--77455726	115	1.8	115	91	0	344	30	16	20	32	1.95
77462702--77462757	11	5.5	11	71	16	57	33	12	19	33	1.89
77462691--77462757	20	3.3	20	93	0	116	32	11	20	34	1.90
77462808--77462903	47	2.1	47	94	2	167	29	20	19	30	1.97
77462807--77462924	23	5.0	24	89	5	170	28	21	21	28	1.98
77463118--77463181	31	2.1	31	90	0	101	39	15	21	23	1.92
77468357--77468426	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
77468357--77468438	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
77472740--77472930	40	4.8	39	78	7	172	23	28	24	24	1.99
77472780--77472930	78	1.9	80	85	5	209	23	28	23	25	1.99
77483877--77484124	79	3.1	80	90	3	367	22	29	23	25	1.99
77483877--77484124	40	6.2	40	90	2	367	22	29	23	25	1.99
77488033--77488058	1	26.0	1	100	0	52	100	0	0	0	0.00
77489004--77489137	71	1.9	71	90	0	214	30	16	23	29	1.96
77489164--77489297	71	1.9	71	90	0	214	30	16	23	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77488913--77489781	160	5.4	160	96	0	1578	29	17	20	32	1.95
77489325--77489458	71	1.9	70	87	1	196	31	16	22	29	1.96
77489486--77489619	71	1.9	70	87	1	196	32	16	22	29	1.96
77489646--77489825	71	2.5	72	82	2	220	31	15	21	32	1.94
77489770--77489900	68	1.9	67	86	10	187	28	12	15	43	1.83
77491103--77491130	14	2.0	14	100	0	56	0	57	0	42	0.99
77491596--77491644	26	1.9	25	84	12	64	36	6	2	55	1.37
77491824--77491883	11	5.2	11	75	16	50	33	3	3	60	1.30
77491916--77491957	23	1.9	23	85	9	61	35	9	2	52	1.47
77494054--77494124	20	3.5	20	82	0	88	9	22	23	43	1.83
77496718--77496790	26	2.8	25	78	15	76	34	19	9	36	1.84
77503722--77503820	28	3.5	29	82	6	114	28	15	26	30	1.96
77505300--77505439	48	2.9	48	82	2	183	20	16	32	31	1.94
77530566--77530677	43	2.6	43	77	2	118	29	17	24	28	1.97
77536162--77536313	43	3.5	43	94	0	277	30	34	25	9	1.88
77536316--77536430	38	3.0	38	85	2	140	26	26	24	21	1.99
77544140--77544164	12	2.1	12	100	0	50	32	8	16	44	1.76
77544419--77544517	29	3.5	29	93	5	159	33	27	11	28	1.91
77546962--77547112	78	1.9	80	83	5	200	23	27	23	25	2.00
77546931--77547112	40	4.6	39	77	9	156	23	26	24	25	2.00
77548759--77548796	19	2.1	18	85	9	51	13	18	2	65	1.37
77555335--77555434	28	3.5	29	93	5	161	33	27	11	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77564445--77564483	16	2.5	15	83	8	51	43	0	2	53	1.14
77570030--77570177	40	3.7	39	85	5	163	23	27	22	25	2.00
77578383--77578570	43	4.2	46	70	13	140	30	24	17	27	1.97
77578390--77578588	42	4.6	43	71	13	124	30	23	17	29	1.97
77580606--77580708	36	2.9	35	75	5	98	29	21	23	26	1.99
77582615--77582690	40	1.9	40	100	0	152	36	13	9	40	1.76
77587198--77587240	12	3.6	12	87	0	59	13	20	0	65	1.27
77587338--77587390	13	3.7	13	82	12	52	5	15	5	73	1.21
77587338--77587372	17	2.1	16	89	5	52	5	14	5	74	1.19
77588218--77588266	17	2.8	17	84	3	62	20	8	4	67	1.34
77588217--77588260	17	2.5	18	85	7	63	18	9	4	68	1.34
77588215--77588278	17	3.7	17	71	10	58	15	12	3	68	1.32
77599029--77599346	47	6.8	45	75	12	232	27	19	28	23	1.98
77599983--77600007	13	1.9	13	100	0	50	28	24	32	16	1.96
77606485--77606664	49	3.7	47	80	5	200	26	21	28	23	1.99
77614462--77614595	32	4.1	32	84	6	144	32	11	20	35	1.88
77614472--77614608	65	2.1	67	82	5	172	32	11	21	33	1.90
77616448--77616596	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
77616489--77616596	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
77624563--77624711	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
77624604--77624711	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
77646692--77646725	17	1.9	18	88	5	52	26	0	2	70	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77646838--77647061	83	2.7	82	78	6	209	36	5	9	48	1.58
77646904--77647061	83	1.9	83	84	3	212	38	6	7	46	1.59
77647109--77647137	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
77647402--77647451	25	2.0	25	88	4	73	64	8	4	24	1.38
77647402--77647467	25	2.6	25	80	2	60	60	7	6	25	1.47
77649377--77649432	27	2.1	26	87	9	78	37	17	10	33	1.85
77652691--77652722	13	2.4	14	94	5	57	3	15	0	81	0.82
77654722--77654763	11	3.7	11	90	3	57	11	2	4	80	0.95
77654732--77654763	12	2.8	12	95	4	57	15	3	6	75	1.14
77656092--77656147	27	2.1	26	87	9	78	37	17	10	33	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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