genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.382.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  382  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119432474--119432573	27	3.7	27	90	2	139	40	22	6	32	1.78
119432474--119432586	27	4.2	27	88	2	120	39	19	6	34	1.77
119432581--119432655	27	2.8	27	89	4	107	38	24	10	26	1.88
119432620--119432840	27	8.2	27	84	0	217	31	21	5	40	1.77
119433075--119433126	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
119433159--119433202	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
119433378--119433449	31	2.3	31	86	9	94	18	18	12	51	1.76
119433377--119433458	6	13.3	6	70	23	55	19	17	13	50	1.78
119435629--119435741	54	2.1	54	83	3	138	39	19	6	34	1.77
119435629--119435728	27	3.7	27	90	2	139	40	22	6	32	1.78
119435629--119435741	27	4.2	27	88	2	120	39	19	6	34	1.77
119435736--119435810	27	2.8	27	89	4	107	38	24	10	26	1.88
119435775--119435995	27	8.2	27	83	0	226	31	22	5	40	1.78
119436230--119436281	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
119436505--119436576	31	2.3	31	86	9	94	18	18	12	51	1.76
119436504--119436585	6	13.3	6	70	23	55	19	17	13	50	1.78
119438618--119438692	38	2.0	38	97	0	141	29	10	26	33	1.90
119449945--119449998	16	3.5	16	73	16	60	50	0	5	44	1.25
119450096--119450126	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
119451343--119451375	12	2.8	12	90	0	57	24	24	9	42	1.83
119457342--119457403	19	3.2	19	90	6	90	46	4	11	37	1.61
119466168--119466284	46	2.5	46	90	0	189	37	25	13	23	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119477689--119477805	56	2.1	56	98	0	225	47	18	12	21	1.82
119480338--119480390	19	2.7	20	85	8	72	50	1	0	47	1.12
119481188--119481614	126	3.4	126	89	0	633	38	14	18	28	1.90
119484770--119484799	15	2.0	15	93	0	51	70	0	0	30	0.88
119484661--119485026	131	2.9	128	88	8	517	56	4	4	34	1.39
119484784--119485026	116	2.1	117	89	6	368	57	4	3	34	1.37
119486094--119486119	7	3.7	7	100	0	52	57	15	0	26	1.38
119487265--119487327	21	3.0	22	83	6	67	46	4	25	23	1.72
119487297--119487337	11	3.7	11	83	9	57	41	0	34	24	1.55
119487294--119487337	22	2.0	21	87	12	63	45	0	31	22	1.53
119490054--119490096	20	2.1	21	87	12	63	37	11	9	41	1.74
119490788--119490836	21	2.4	19	80	16	53	65	0	2	32	1.04
119491443--119491486	2	22.0	2	95	0	79	47	0	0	52	1.00
119494660--119494873	60	3.4	61	72	15	184	23	28	15	31	1.96
119494783--119494895	60	1.9	60	81	7	140	23	28	15	32	1.95
119497908--119497944	18	2.1	18	94	0	65	37	13	10	37	1.80
119501815--119502100	136	2.1	137	96	0	520	31	24	18	25	1.98
119503880--119503989	26	4.2	26	97	0	184	36	24	5	33	1.79
119505937--119506095	27	5.9	27	83	11	193	34	22	24	18	1.96
119505955--119506095	54	2.6	54	94	2	248	34	24	24	17	1.95
119507706--119507812	26	4.2	26	92	1	180	36	23	7	32	1.83
119513034--119513192	27	5.9	27	83	11	193	34	22	24	18	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119513052--119513192	54	2.6	54	94	2	248	34	24	24	17	1.95
119514803--119514910	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
119515531--119515563	6	5.7	6	89	3	50	18	0	12	69	1.18
119517434--119517629	10	20.0	10	65	22	60	63	1	4	31	1.22
119517449--119517508	21	2.9	21	87	5	77	63	0	0	36	0.95
119517472--119517555	30	2.9	29	77	12	73	65	1	3	29	1.17
119517813--119517881	9	7.4	9	75	4	57	28	1	4	65	1.21
119517847--119517910	19	3.3	19	72	10	58	39	3	1	56	1.25
119519264--119519312	25	1.9	26	83	4	64	69	8	2	20	1.24
119523613--119523871	110	2.4	110	80	2	306	40	14	10	35	1.79
119523952--119524207	132	1.9	131	81	3	307	38	14	10	36	1.80
119524846--119524898	24	2.2	24	93	0	88	52	0	7	39	1.30
119525010--119525040	11	2.8	11	95	0	53	45	0	22	32	1.53
119529587--119529733	54	2.9	51	81	9	174	37	19	14	27	1.92
119529690--119529900	88	2.4	88	79	7	241	33	20	17	28	1.96
119529959--119530096	71	1.9	71	88	5	208	38	22	14	24	1.92
119530123--119530264	54	2.6	56	87	7	209	33	15	16	34	1.90
119530367--119530713	75	4.9	71	77	11	327	32	22	16	28	1.95
119545045--119545108	31	2.1	31	82	5	76	29	15	23	31	1.95
119546106--119546163	30	1.9	30	96	0	107	10	24	41	24	1.86
119548010--119548216	9	21.6	9	67	23	63	71	4	2	21	1.16
119548016--119548055	3	13.7	3	89	5	64	72	0	0	27	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119548096--119548197	8	14.1	7	81	17	97	80	1	0	17	0.81
119548106--119548194	6	13.8	6	82	13	90	80	1	0	17	0.77
119548107--119548284	12	14.4	12	70	21	63	72	1	1	24	1.01
119551232--119551258	10	2.7	10	100	0	54	51	7	0	40	1.30
119552629--119552658	10	3.1	10	90	9	53	60	0	20	20	1.37
119552733--119552769	18	2.1	18	94	0	65	64	0	18	16	1.29
119552919--119552988	26	2.7	26	88	0	104	37	8	18	35	1.82
119554108--119554310	101	2.0	101	96	0	370	29	19	19	31	1.97
119564550--119564582	17	2.1	16	88	11	50	30	0	0	69	0.88
119564629--119564687	21	2.8	22	85	7	70	23	0	6	69	1.12
119564658--119564717	26	2.4	24	83	8	75	28	0	3	68	1.05
119565819--119565914	28	3.4	28	76	11	79	62	3	6	28	1.34
119571328--119571373	24	1.9	24	86	0	65	34	8	8	47	1.65
119571795--119571959	82	2.0	82	90	0	258	26	13	17	41	1.87
119577307--119577389	18	4.1	20	68	28	52	46	3	27	21	1.68
119577318--119577411	18	4.8	18	74	22	82	48	1	26	23	1.57
119577303--119577388	42	2.0	42	95	0	154	47	3	25	23	1.67
119577384--119577419	12	2.9	12	88	8	54	50	0	25	25	1.50
119580806--119580868	26	2.3	29	83	13	96	33	14	14	38	1.86
119580821--119580878	27	2.2	26	84	3	71	36	15	12	36	1.85
119583364--119583431	5	13.6	5	100	0	136	39	0	0	60	0.97
119583848--119583921	37	2.0	37	97	0	139	45	1	21	31	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119585098--119585160	6	10.5	6	96	0	117	19	17	14	49	1.80
119585140--119585244	45	2.3	45	86	0	147	20	18	18	42	1.89
119585427--119585614	18	10.4	18	75	4	137	36	11	13	38	1.81
119585412--119585560	54	2.8	54	79	6	158	38	11	13	36	1.81
119585631--119585694	18	3.6	18	80	0	74	37	10	14	37	1.81
119586445--119586473	9	3.0	10	90	10	51	58	0	20	20	1.39
119586728--119586800	26	2.8	26	81	4	85	38	9	19	32	1.84
119586758--119586813	26	2.2	26	83	6	69	37	7	21	33	1.81
119588017--119588112	28	3.4	28	72	5	95	28	17	28	26	1.98
119595511--119595539	14	2.0	15	93	6	51	24	0	0	75	0.80
119600656--119600683	2	14.0	2	100	0	56	50	50	0	0	1.00
119603112--119603170	10	5.9	10	84	7	84	67	1	10	20	1.28
119604739--119604790	14	3.7	14	97	0	95	36	7	7	48	1.61
119605251--119605312	27	2.3	26	78	8	70	37	0	11	51	1.38
119611699--119611738	11	3.6	11	90	6	55	20	0	0	80	0.72
119611687--119611753	5	13.0	5	78	12	73	19	0	1	79	0.82
119611691--119611764	15	4.6	16	79	14	73	21	0	1	77	0.85
119611894--119611936	22	2.0	22	90	0	68	34	39	11	13	1.82
119613926--119614144	118	1.9	118	88	1	332	24	18	28	28	1.98
119616556--119616637	31	2.6	31	88	0	128	13	34	29	23	1.93
119618593--119618668	31	2.5	31	82	0	107	39	7	23	28	1.83
119621389--119621506	57	2.1	58	86	1	166	27	20	6	44	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119623401--119623506	52	2.0	52	98	0	203	47	16	13	23	1.81
119633774--119633798	9	2.8	9	100	0	50	44	0	0	56	0.99
119635061--119635102	22	1.9	22	85	9	59	76	0	7	16	1.00
119642138--119642204	30	2.3	30	94	2	118	53	13	2	29	1.54
119643557--119643621	26	2.5	26	82	5	78	29	10	12	47	1.75
119645524--119645550	14	1.9	14	100	0	54	37	0	18	44	1.50
119645847--119645890	22	2.0	22	86	0	61	52	0	0	47	1.00
119645909--119645995	21	3.9	22	69	23	58	49	3	1	45	1.26
119645975--119646026	15	3.2	15	73	19	50	53	1	0	44	1.11
119657823--119657930	44	2.4	44	85	3	135	29	22	13	34	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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