genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.408.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  408  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125935986--125936036	24	2.3	22	83	10	59	31	5	5	56	1.47
125936003--125936077	37	2.1	36	85	7	98	30	5	6	57	1.47
125936068--125936173	27	4.1	27	78	8	96	33	7	4	54	1.49
125937462--125937496	16	2.2	16	89	0	52	40	0	5	54	1.24
125937422--125937498	9	8.4	9	72	17	52	32	1	5	61	1.26
125938846--125938910	14	4.6	14	75	16	62	64	6	1	27	1.26
125940373--125940422	24	2.1	24	100	0	100	30	8	12	50	1.68
125941527--125941552	3	8.7	3	100	0	52	0	34	0	65	0.93
125948771--125948875	40	2.6	39	76	20	101	50	0	1	46	1.18
125950031--125950073	10	4.1	10	79	8	50	58	2	0	39	1.11
125950031--125950073	21	2.0	21	86	0	59	58	2	0	39	1.11
125953747--125953796	25	2.0	25	96	0	91	28	10	42	20	1.84
125954844--125954905	27	2.2	28	80	5	72	70	0	12	16	1.16
125956480--125956510	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
125956950--125956979	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
125958342--125958381	12	3.3	12	85	0	53	12	0	27	60	1.33
125958916--125959393	77	5.9	80	79	12	475	34	19	17	28	1.95
125958915--125959411	169	3.1	165	82	11	544	35	19	17	27	1.94
125959084--125959259	92	1.9	92	92	2	300	35	18	19	27	1.95
125959161--125959556	75	5.0	75	74	16	334	33	19	17	30	1.95
125958878--125959561	243	2.8	242	89	5	963	34	19	17	28	1.94
125959326--125959503	93	1.9	92	86	5	252	34	17	17	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125961265--125961325	24	2.5	24	86	5	79	34	29	16	19	1.94
125969361--125969421	24	2.5	24	86	5	79	34	29	16	19	1.94
125983280--125983438	25	6.5	25	66	17	82	52	5	6	35	1.51
125983562--125983655	3	31.0	3	70	12	59	60	3	4	31	1.32
125984237--125984282	23	2.0	23	83	4	58	21	4	0	73	1.00
125984857--125984896	12	3.3	12	85	0	53	12	0	27	60	1.33
125989780--125989887	26	4.2	26	90	4	173	36	23	7	33	1.83
125996375--125996482	26	4.2	26	87	0	162	36	23	8	32	1.84
125996816--125997269	54	8.6	54	82	6	495	42	18	18	20	1.89
125996816--125997265	209	2.1	209	88	4	661	42	18	18	20	1.89
126002345--126002413	13	5.1	13	71	15	50	23	0	2	73	0.96
126002425--126002508	24	3.6	24	73	18	79	32	2	1	64	1.14
126002476--126002509	14	2.5	14	85	4	52	32	5	0	61	1.20
126006293--126006540	40	6.2	40	76	4	250	25	20	26	27	1.99
126006289--126006513	80	2.8	80	90	0	324	26	21	26	25	1.99
126006293--126006540	120	2.1	120	80	3	277	25	20	26	27	1.99
126014494--126014738	40	6.2	40	82	5	302	24	21	27	25	1.99
126014494--126014747	78	3.2	80	89	3	356	25	21	27	25	1.99
126014494--126014738	118	2.1	118	84	4	316	24	21	27	25	1.99
126017342--126017372	16	1.9	16	93	0	53	67	9	6	16	1.39
126017862--126017897	17	2.1	17	100	0	72	66	0	11	22	1.22
126017867--126018116	3	81.3	3	68	13	57	59	2	10	26	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
126035854--126035896	15	3.1	15	77	19	56	20	60	11	6	1.54
126035801--126035947	78	1.9	78	94	0	258	20	48	14	17	1.81
126035881--126035988	45	2.3	47	88	9	157	21	46	13	18	1.84
126046814--126046865	26	2.0	26	88	7	79	51	5	3	38	1.44
126047749--126047865	58	2.0	57	93	1	198	46	13	7	32	1.72
126061273--126061306	12	2.9	12	86	4	52	32	0	0	67	0.91
126061505--126061552	11	4.4	11	78	0	51	60	8	10	20	1.55
126061506--126061548	22	2.0	22	90	0	68	58	9	11	20	1.61
126061513--126061553	11	3.7	11	80	0	55	56	9	14	19	1.66
126067702--126067739	12	3.2	12	88	0	58	23	7	26	42	1.81
126072932--126073010	36	2.2	36	100	0	158	39	18	17	24	1.92
126082330--126082354	7	3.6	7	100	0	50	48	0	0	52	1.00
126091880--126091963	18	4.7	18	86	5	116	36	9	42	10	1.72
126093877--126093964	43	2.0	43	91	4	142	26	20	11	42	1.86
126095288--126095330	13	3.5	13	75	18	56	48	6	0	44	1.29
126095266--126095339	23	3.2	23	88	0	103	50	9	1	39	1.44
126101366--126101414	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
126102236--126102386	40	3.8	40	79	6	155	26	23	27	23	2.00
126102272--126102402	40	3.3	40	79	4	149	24	22	26	25	2.00
126109372--126109420	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
126110236--126110402	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
126112384--126112426	13	3.5	13	75	18	56	46	16	2	34	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
126112382--126112458	23	3.3	23	90	0	100	45	16	1	36	1.56
126121682--126121711	12	2.6	11	90	10	51	63	0	0	36	0.95
126121910--126121940	13	2.3	14	94	5	55	51	6	0	41	1.27
126126729--126126780	17	3.1	17	88	2	79	50	9	11	28	1.70
126126796--126126830	18	1.9	18	88	0	52	51	11	11	25	1.71
126127309--126127362	26	2.0	27	82	10	67	64	5	5	24	1.36
126127371--126127424	18	3.1	17	79	12	56	59	1	3	35	1.26
126127820--126127876	30	1.9	30	85	3	80	59	5	8	26	1.48
126132790--126132867	38	2.1	38	100	0	156	47	7	10	34	1.66
126133392--126133420	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
126138786--126138897	55	2.0	55	98	0	215	29	12	26	31	1.93
126138918--126138953	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
126141428--126141480	3	17.7	3	100	0	106	33	0	0	66	0.92
126142149--126142187	21	2.0	20	90	10	62	28	10	2	58	1.44
126144005--126144054	26	2.0	24	88	7	73	64	6	0	30	1.18
126144033--126144080	21	2.3	20	82	7	51	70	8	0	20	1.12
126144536--126144565	15	2.0	15	93	0	51	30	0	3	66	1.07
126146220--126146404	96	1.9	96	85	2	255	30	18	11	39	1.86
126149716--126149741	13	2.0	13	100	0	52	15	7	23	53	1.67
126152475--126152535	21	2.9	21	92	0	95	19	13	27	39	1.89
126152540--126152581	21	2.0	21	95	0	75	21	14	26	38	1.91
126156781--126156840	17	3.6	17	78	17	65	31	1	1	65	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
126156781--126156840	9	7.2	8	78	16	52	31	1	1	65	1.13
126159111--126159163	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
126160651--126160706	26	2.2	26	100	0	112	35	26	7	30	1.83
126163837--126164244	26	15.5	25	72	15	229	28	4	4	62	1.35
126163837--126164092	53	4.9	51	76	12	202	30	4	4	60	1.37
126163837--126164034	79	2.5	77	81	4	220	30	4	4	61	1.33
126164180--126164239	25	2.3	26	91	2	95	31	6	1	60	1.33
126165512--126165548	17	2.2	17	90	0	56	59	16	10	13	1.61
126167836--126168238	3	133.3	3	72	14	237	28	6	2	62	1.34
126167824--126167874	24	2.1	24	85	0	66	33	11	0	54	1.37
126168206--126168253	18	2.8	17	87	12	64	25	10	0	64	1.25
126174845--126175112	44	5.8	44	75	10	241	29	20	22	27	1.98
126174845--126175239	187	2.1	187	88	3	582	29	19	22	28	1.98
126175032--126175587	143	3.9	143	82	2	618	30	19	21	28	1.97
126175462--126175612	44	3.4	44	79	1	185	28	22	20	28	1.99
126175036--126175587	286	1.9	286	84	0	744	31	19	21	27	1.97
126175457--126175587	45	3.0	44	78	4	156	30	19	21	28	1.98
126175462--126175711	44	5.6	44	75	9	175	31	22	20	26	1.98
126175457--126175626	89	1.9	89	84	4	227	30	22	20	27	1.98
126177213--126177436	3	75.7	3	74	11	153	25	4	2	66	1.23
126177375--126177453	37	2.2	38	81	6	92	30	6	1	62	1.28
126181408--126181460	28	1.9	27	84	3	70	26	26	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
126181422--126181556	60	2.2	59	83	8	157	25	25	20	27	1.99
126181549--126181604	20	2.8	20	83	2	69	33	23	16	26	1.95
126183730--126183773	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
126185477--126185516	20	2.0	20	100	0	80	45	15	10	30	1.78
126185914--126185966	28	1.9	27	84	3	70	26	26	18	28	1.98
126186054--126186109	20	2.8	20	83	2	69	33	23	16	26	1.95
126188240--126188283	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
126190269--126190473	3	67.7	3	74	8	130	30	5	3	60	1.37
126190585--126190623	17	2.3	17	86	0	51	25	15	0	58	1.37
126194792--126194872	19	3.9	19	80	17	90	37	11	17	34	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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