genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.184.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  184  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57886370--57886432	32	1.9	33	87	3	92	69	1	6	22	1.19
57886810--57886870	20	3.0	20	69	13	52	32	0	8	59	1.27
57887201--57887246	2	23.0	2	91	8	76	50	2	0	47	1.13
57889070--57889104	18	1.9	18	94	0	61	22	8	2	65	1.34
57893931--57893970	21	1.9	21	89	0	62	32	32	10	25	1.89
57898251--57898319	35	2.0	35	88	5	104	14	18	21	44	1.85
57901408--57901473	20	3.3	20	97	2	125	25	10	16	46	1.79
57904109--57904163	27	2.0	27	100	0	110	25	7	18	49	1.73
57906115--57906270	42	3.7	43	76	10	151	25	16	26	32	1.96
57914894--57915392	249	2.0	249	99	0	980	39	19	5	36	1.74
57917291--57917385	29	3.3	29	83	1	120	33	30	9	26	1.88
57929218--57929272	26	2.1	27	80	16	62	32	12	9	45	1.74
57933613--57933790	50	3.6	49	78	7	171	30	28	17	24	1.97
57943946--57944001	20	2.8	19	81	2	67	73	3	3	19	1.13
57943968--57944015	14	3.3	14	77	11	51	77	4	2	16	1.03
57946025--57946074	24	2.1	24	100	0	100	4	28	32	36	1.76
57946681--57946705	13	1.9	13	100	0	50	0	32	24	44	1.54
57950037--57950108	29	2.6	29	84	4	94	23	31	16	27	1.96
57957849--57957925	29	2.7	29	81	2	93	22	31	18	28	1.97
57965661--57965733	29	2.5	29	84	0	92	21	34	16	27	1.95
57969928--57969952	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
57974456--57974591	35	3.9	35	85	0	173	44	21	8	25	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57974794--57974856	25	2.5	25	94	0	117	38	19	15	26	1.92
57979829--57979906	38	2.1	38	85	0	102	10	17	28	43	1.82
57981168--57981457	27	10.6	27	83	5	341	34	18	23	23	1.97
57981168--57981492	81	4.0	79	80	5	326	33	18	23	24	1.97
57981620--57981674	27	2.0	27	85	0	74	21	21	16	40	1.91
57984572--57984598	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
57986101--57986140	16	2.5	16	95	0	71	42	12	5	40	1.64
57989010--57989105	26	3.8	24	77	12	86	29	21	22	26	1.99
57989010--57989080	26	2.8	25	85	8	90	28	22	22	26	1.99
57989009--57989107	25	4.0	24	76	15	60	29	22	22	26	1.99
57991473--57991643	93	1.8	93	96	0	315	27	29	22	20	1.98
57991465--57991645	46	3.9	46	81	9	233	27	29	21	20	1.98
57994018--57994106	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
57994018--57994097	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
57994029--57994106	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
57997057--57997227	93	1.8	93	96	0	315	27	29	22	20	1.98
57997049--57997229	46	3.9	46	81	9	233	27	29	21	20	1.98
58005251--58005296	5	9.4	5	77	13	51	34	4	19	41	1.71
58005251--58005296	9	4.7	10	79	10	51	34	4	19	41	1.71
58005257--58005304	20	2.3	21	85	3	62	35	8	18	37	1.81
58005351--58005445	25	3.8	25	87	4	120	26	25	23	25	2.00
58005351--58005472	25	5.0	23	81	10	109	27	23	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58028263--58028465	39	5.2	39	85	8	243	25	26	21	26	1.99
58028286--58028468	39	4.6	40	88	4	264	25	27	21	25	2.00
58028279--58028468	79	2.4	79	86	4	276	25	27	21	25	1.99
58029287--58029410	43	2.9	43	90	0	194	26	20	30	21	1.98
58035461--58035546	29	2.8	31	74	13	90	34	0	13	51	1.42
58035490--58035732	9	26.6	9	74	11	154	37	0	13	48	1.48
58035487--58035763	18	15.9	16	72	13	83	37	1	12	48	1.49
58035837--58035890	15	3.7	15	79	20	69	53	0	0	46	1.00
58036066--58036133	24	2.8	24	86	8	102	45	7	19	27	1.76
58036221--58038700	370	6.7	372	98	1	4699	39	9	14	36	1.79
58036221--58038700	739	3.4	742	97	1	4743	39	9	14	36	1.79
58042016--58042202	48	3.7	51	82	11	226	27	24	19	28	1.99
58042016--58042202	102	1.8	102	87	2	277	27	24	19	28	1.99
58043248--58043318	27	2.6	27	75	4	72	36	26	7	29	1.83
58043302--58043425	27	4.6	27	85	2	169	41	20	7	30	1.79
58043286--58043425	54	2.6	53	85	6	138	40	21	7	30	1.80
58043302--58043454	81	1.9	81	86	5	220	40	19	9	30	1.83
58043408--58043469	27	2.3	27	91	0	97	40	16	16	27	1.89
58043302--58043452	54	2.8	54	85	4	162	41	19	9	29	1.83
58044089--58044173	28	3.0	28	94	0	152	45	24	9	20	1.80
58047395--58047465	27	2.6	27	75	4	72	36	26	7	29	1.83
58047449--58047572	27	4.6	27	85	2	169	41	20	7	30	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58047433--58047572	54	2.6	53	85	6	138	40	21	7	30	1.80
58047449--58047601	81	1.9	81	86	5	220	40	19	9	30	1.83
58047555--58047616	27	2.3	27	91	0	97	40	16	16	27	1.89
58047449--58047599	54	2.8	54	85	4	162	41	19	9	29	1.83
58048237--58048333	28	3.5	28	91	4	153	45	25	8	20	1.79
58051543--58051613	27	2.6	27	75	4	72	36	26	7	29	1.83
58051597--58051720	27	4.6	27	85	2	169	41	20	7	30	1.79
58051581--58051720	54	2.6	53	85	6	138	40	21	7	30	1.80
58051597--58051749	81	1.9	81	86	5	220	40	19	9	30	1.83
58051703--58051764	27	2.3	27	91	0	97	40	16	16	27	1.89
58051597--58051747	54	2.8	54	85	4	162	41	19	9	29	1.83
58052384--58052468	28	3.0	28	94	0	152	45	24	9	20	1.80
58055690--58055760	27	2.6	27	75	4	72	36	26	7	29	1.83
58055744--58055867	27	4.6	27	85	2	169	41	20	7	30	1.79
58055728--58055867	54	2.6	53	85	6	138	40	21	7	30	1.80
58055744--58055896	81	1.9	81	86	5	220	40	19	9	30	1.83
58055850--58055911	27	2.3	27	91	0	97	40	16	16	27	1.89
58055744--58055894	54	2.8	54	85	4	162	41	19	9	29	1.83
58056532--58056628	28	3.5	28	91	4	153	45	25	8	20	1.79
58062247--58062411	40	4.2	40	89	3	237	23	21	27	27	1.99
58062235--58062411	79	2.2	79	88	5	250	23	22	27	26	1.99
58070132--58070337	40	5.2	40	89	1	290	24	21	26	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58075183--58075354	93	1.8	93	93	0	299	28	29	20	21	1.98
58075176--58075351	46	3.8	46	77	12	198	29	28	20	21	1.98
58079961--58080061	24	4.2	24	93	0	148	25	39	1	32	1.67
58086257--58086367	27	4.2	26	86	5	141	38	21	23	16	1.92
58087725--58087801	24	3.2	24	88	0	118	23	40	2	33	1.68
58092515--58092602	6	14.3	6	71	17	65	48	14	17	19	1.81
58092524--58092602	31	2.5	31	87	0	113	49	13	17	18	1.80
58093022--58093248	27	8.4	27	87	0	312	25	20	20	33	1.97
58093022--58093248	107	2.1	108	88	4	334	25	20	20	33	1.97
58093076--58093304	107	2.1	107	80	7	243	27	17	20	35	1.94
58093264--58093441	81	2.2	81	83	4	216	30	8	19	41	1.81
58093234--58093414	27	6.7	27	84	3	213	30	8	20	39	1.83
58093264--58093431	27	6.2	27	86	2	158	30	8	20	41	1.81
58093443--58093712	27	10.0	26	86	4	335	41	8	21	28	1.82
58093434--58093710	81	3.4	81	90	1	405	41	8	20	29	1.82
58093715--58093809	27	3.5	26	75	11	75	29	7	21	42	1.80
58095781--58095869	6	14.3	6	71	19	67	47	14	17	20	1.83
58096287--58096509	53	4.2	53	86	6	319	24	19	19	35	1.95
58096283--58096511	79	2.9	80	84	4	313	25	19	19	35	1.95
58096268--58096504	105	2.3	103	86	6	316	25	20	18	35	1.95
58096287--58096504	26	8.3	26	83	8	262	24	20	19	35	1.95
58096297--58096538	79	3.1	77	76	10	238	26	18	18	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58096495--58096674	27	6.7	27	85	3	222	29	8	21	40	1.82
58096703--58096970	27	10.0	27	91	4	366	42	9	20	28	1.83
58096983--58097066	27	3.2	25	80	10	87	30	8	20	40	1.82
58099031--58099118	6	14.3	6	73	17	74	47	14	18	19	1.82
58099040--58099118	31	2.5	31	91	0	122	48	13	18	18	1.81
58099537--58099756	27	8.3	26	84	5	264	24	20	19	35	1.96
58099537--58099761	53	4.2	52	88	4	281	24	20	20	35	1.96
58099747--58099902	27	5.8	27	84	6	176	30	8	21	39	1.84
58099747--58099927	54	3.4	53	83	5	206	29	8	21	40	1.82
58099747--58099902	81	1.9	80	85	6	217	30	8	21	39	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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