genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.406.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  406  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125573955--125574273	132	2.4	132	86	1	440	31	16	24	28	1.96
125574221--125574712	175	2.8	175	89	1	770	33	19	19	27	1.96
125577350--125577457	26	4.2	26	90	7	166	37	22	7	33	1.82
125577350--125577457	52	2.1	52	94	0	189	37	22	7	33	1.82
125578215--125578264	3	16.7	3	100	0	100	68	0	0	32	0.90
125578389--125578426	17	2.5	15	80	19	51	39	10	15	34	1.82
125578389--125578455	19	3.6	19	90	8	111	35	11	16	35	1.86
125587794--125588345	206	2.7	206	91	0	845	29	21	17	30	1.96
125605317--125605384	29	2.3	29	94	0	127	11	22	44	22	1.85
125606076--125606162	26	3.5	25	75	20	67	48	1	2	48	1.21
125606121--125606161	19	2.2	19	95	0	73	51	0	0	48	1.00
125606150--125606192	21	2.0	21	86	8	61	65	2	6	25	1.30
125606523--125606680	80	2.0	82	82	5	196	35	25	22	16	1.95
125606545--125606680	41	3.4	41	91	2	204	36	26	21	15	1.93
125606685--125606816	54	2.6	48	76	15	133	51	29	0	18	1.47
125606750--125606784	17	2.1	17	88	0	52	54	28	0	17	1.43
125607831--125607863	13	2.5	13	100	0	66	36	33	0	30	1.58
125607994--125608033	14	2.9	14	92	0	71	27	35	0	37	1.57
125612289--125612389	43	2.3	43	91	0	166	21	18	29	29	1.97
125619273--125619312	18	2.2	18	90	0	62	25	25	12	37	1.91
125626282--125626324	21	2.0	21	86	8	61	44	0	25	30	1.55
125626950--125627107	65	2.4	63	80	5	163	31	9	22	37	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125626965--125627090	33	3.9	33	85	1	139	30	9	21	38	1.85
125626969--125627111	32	4.4	32	83	2	108	28	10	21	39	1.87
125629062--125629159	19	5.2	19	90	7	155	37	11	16	34	1.84
125629052--125629159	36	2.9	35	75	20	103	37	11	15	35	1.83
125634793--125634859	21	3.2	20	78	16	73	83	0	13	2	0.76
125634789--125634854	19	3.4	19	85	10	89	83	0	12	4	0.79
125634790--125634859	17	4.2	16	75	10	61	84	0	12	2	0.73
125635768--125636735	206	4.7	206	93	0	1470	30	17	22	29	1.97
125636698--125636780	44	1.9	44	82	2	105	30	13	28	27	1.94
125637112--125637168	17	3.5	15	84	15	53	38	10	15	35	1.82
125637112--125637190	36	2.1	38	90	9	126	37	10	16	35	1.82
125637112--125637190	19	4.2	19	90	9	126	37	10	16	35	1.82
125637572--125637597	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
125639139--125639313	53	3.3	53	80	7	214	32	20	19	27	1.97
125639124--125639352	104	2.2	103	81	6	282	27	18	19	34	1.95
125639158--125639374	104	2.1	103	81	5	240	32	17	17	32	1.93
125640522--125640579	30	1.9	31	86	6	84	34	5	18	41	1.73
125641295--125641334	21	1.9	21	89	0	62	40	10	15	35	1.80
125644955--125645112	81	2.0	78	83	5	199	36	10	10	42	1.74
125646549--125646607	22	2.6	23	74	12	59	28	8	1	61	1.35
125647011--125647173	21	8.4	19	73	26	123	26	0	5	67	1.12
125647011--125647176	19	8.6	19	68	23	98	27	0	5	67	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125647007--125647186	59	3.1	59	100	0	360	27	0	7	65	1.18
125648198--125648222	13	1.9	13	100	0	50	32	0	0	68	0.90
125648423--125648495	29	2.5	29	86	0	101	52	21	15	10	1.73
125648781--125648828	14	3.1	14	75	18	51	72	18	0	8	1.08
125658111--125658159	22	2.2	23	82	10	57	61	2	14	22	1.43
125664792--125665117	48	6.8	48	77	3	318	26	28	18	26	1.98
125664799--125665117	144	2.2	144	82	3	383	26	29	18	26	1.98
125664800--125665116	96	3.3	96	91	0	508	26	28	18	26	1.98
125675375--125675481	50	2.2	46	85	6	133	32	14	12	40	1.84
125675880--125675932	2	27.0	2	96	3	99	50	0	0	49	1.00
125678770--125678850	40	2.0	40	83	7	101	22	23	27	27	1.99
125686121--125686158	6	6.3	6	84	9	51	0	13	2	84	0.73
125705309--125705354	21	2.0	23	84	12	60	43	4	23	28	1.73
125706803--125706849	22	2.2	21	88	3	67	36	23	8	31	1.85
125706820--125706917	19	5.2	19	90	7	155	34	17	10	37	1.83
125706820--125706917	36	2.6	37	87	9	144	34	17	10	37	1.83
125707279--125707384	45	2.4	45	87	1	142	25	29	11	33	1.91
125707440--125708358	205	4.5	205	95	0	1601	27	21	20	30	1.98
125708345--125708437	44	2.1	44	91	0	150	25	29	15	30	1.95
125708412--125708599	44	4.3	44	74	10	152	28	25	17	28	1.97
125708381--125708692	132	2.4	132	90	1	473	27	25	17	30	1.97
125708444--125708687	44	5.6	43	72	12	174	27	25	18	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125708520--125708687	88	1.9	87	84	3	221	27	25	17	29	1.97
125709584--125709653	1	70.0	1	73	0	50	0	14	0	85	0.59
125709584--125709653	13	5.2	14	81	6	83	0	14	0	85	0.59
125709592--125709650	20	2.9	19	85	9	82	0	15	0	84	0.62
125709584--125709650	27	2.4	27	85	9	91	0	14	0	85	0.61
125715210--125715256	22	2.2	21	84	3	58	36	21	8	34	1.84
125715227--125715288	19	3.2	19	90	4	97	37	16	9	37	1.81
125717030--125717081	25	2.1	25	88	0	77	40	15	5	38	1.71
125719803--125719827	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
125720042--125720070	14	2.1	14	93	6	51	86	0	0	13	0.58
125729351--125729549	39	5.1	39	91	0	317	24	30	24	20	1.99
125733584--125733641	28	2.1	28	96	0	107	18	22	0	58	1.39
125734158--125734196	19	2.1	19	100	0	78	35	5	33	25	1.78
125734347--125734371	13	1.9	13	100	0	50	32	0	0	68	0.90
125736296--125736334	20	2.0	20	85	5	53	12	15	10	61	1.56
125736462--125736683	22	10.1	22	71	13	122	41	1	1	55	1.17
125736463--125736559	20	4.5	19	82	17	95	42	0	0	57	0.98
125736614--125736658	13	3.8	12	77	22	51	44	0	2	53	1.13
125740929--125740987	13	4.2	13	81	14	64	57	1	0	40	1.09
125740929--125740987	15	4.1	15	81	18	72	57	1	0	40	1.09
125740921--125740987	29	2.4	27	87	9	98	53	2	0	43	1.16
125740966--125741041	22	3.5	22	80	8	75	53	1	0	44	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125740987--125741041	22	2.5	23	82	8	78	56	1	0	41	1.10
125741014--125741075	28	2.2	26	78	13	61	58	3	1	37	1.24
125742885--125742924	21	2.0	19	85	9	53	62	0	0	37	0.95
125744738--125744804	27	2.3	29	82	10	75	53	0	2	43	1.16
125744907--125744973	35	1.9	34	82	14	84	41	0	1	56	1.08
125744929--125744970	16	2.7	16	78	14	52	42	0	0	57	0.99
125745758--125745875	15	8.1	15	68	22	65	27	8	0	63	1.29
125745753--125745863	29	3.8	29	69	9	91	27	8	0	63	1.29
125745752--125745875	29	4.3	29	70	17	89	27	8	0	63	1.28
125745756--125745920	44	3.8	44	73	19	118	27	9	0	62	1.30
125746014--125746057	3	14.7	3	100	0	88	31	0	0	68	0.90
125747088--125747195	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
125750415--125750478	31	2.1	31	82	5	76	45	0	0	54	0.99
125751599--125751659	21	3.0	21	75	15	65	16	24	22	36	1.94
125754040--125754101	27	2.3	26	76	13	63	48	11	1	38	1.49
125754840--125755052	118	1.8	118	93	0	372	28	30	17	22	1.97
125755817--125755932	42	2.7	42	89	4	162	20	13	36	29	1.91
125755850--125755934	42	2.0	42	100	0	170	21	14	36	28	1.92
125756006--125756035	11	2.6	11	94	5	51	80	0	0	20	0.72
125756008--125756074	18	3.8	17	73	16	57	80	0	5	13	0.88
125756030--125756079	23	2.1	24	88	3	75	82	0	10	8	0.86
125756006--125756084	30	2.6	30	86	6	106	81	0	7	11	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125762370--125762431	27	2.3	26	76	13	63	48	11	1	38	1.49
125764685--125764718	16	2.1	16	88	0	50	35	0	0	64	0.94
125764692--125764779	22	4.3	19	71	22	63	28	3	3	64	1.25
125764742--125764967	3	73.7	3	67	21	78	29	6	3	60	1.37
125764750--125764786	19	1.9	19	94	0	65	27	5	5	62	1.39
125765313--125765357	20	2.3	19	82	14	56	37	4	6	51	1.49
125770581--125770614	16	2.0	17	88	11	52	35	14	2	47	1.60
125777608--125777838	75	3.2	71	84	5	291	28	18	20	32	1.97
125777933--125778218	87	3.3	85	77	8	272	31	15	17	36	1.91
125780030--125780132	3	32.3	3	72	14	73	33	5	1	58	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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