genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.283.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  283  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88199848--88200053	40	5.2	40	81	2	236	26	27	22	23	2.00
88201731--88201938	40	5.2	40	85	0	227	26	22	25	25	2.00
88201733--88201938	80	2.6	80	85	1	252	26	22	26	25	2.00
88209745--88209952	40	5.2	40	85	0	227	26	22	25	25	2.00
88209747--88209952	80	2.6	80	85	1	252	26	22	26	25	2.00
88215971--88216178	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
88215972--88216178	80	2.6	80	83	4	247	25	22	26	25	2.00
88223967--88224174	40	5.2	40	85	0	227	26	22	25	25	2.00
88223969--88224174	80	2.6	80	85	1	252	26	22	26	25	2.00
88230117--88230170	25	2.2	25	96	3	101	31	11	33	24	1.90
88229907--88230145	47	5.1	47	93	0	397	31	9	30	28	1.88
88230074--88230217	72	2.0	72	94	0	252	32	9	30	27	1.89
88230146--88230325	47	3.8	47	89	0	270	33	7	30	28	1.85
88229980--88230311	166	2.0	166	92	0	556	32	8	30	28	1.87
88230033--88230264	119	1.9	119	92	0	383	32	8	30	28	1.86
88229937--88230325	213	1.8	213	94	0	688	33	8	30	28	1.86
88245252--88245333	42	1.9	42	82	7	103	28	24	20	26	1.99
88245252--88245390	43	3.3	43	74	11	108	28	25	20	25	1.99
88255891--88255931	15	2.7	16	85	7	50	80	2	4	12	0.97
88259007--88259059	2	26.5	2	92	0	88	50	3	0	45	1.19
88262404--88262553	43	3.5	41	79	8	142	25	20	27	26	1.99
88271195--88271219	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88273551--88273609	22	2.8	21	80	16	68	25	1	5	67	1.20
88273551--88273609	21	2.8	22	85	7	70	25	1	5	67	1.20
88273580--88273639	26	2.4	24	83	8	75	28	0	3	68	1.05
88281847--88281914	31	2.3	29	80	7	75	39	1	10	48	1.46
88281867--88281946	31	2.6	31	74	4	81	37	6	8	47	1.60
88285692--88285767	40	1.9	40	88	0	116	15	14	34	35	1.88
88288904--88288956	14	3.9	13	79	13	54	39	0	9	50	1.35
88290618--88290671	26	2.1	26	100	0	108	61	0	7	31	1.24
88290955--88291271	150	2.1	150	87	5	464	39	5	11	43	1.64
88292575--88292651	3	25.7	3	100	0	154	67	0	0	32	0.91
88296129--88296304	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
88296125--88296296	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
88299240--88299308	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
88299231--88299318	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
88301695--88301875	46	3.9	46	81	9	233	20	21	29	27	1.98
88301697--88301867	93	1.8	93	96	0	315	20	22	29	27	1.98
88304020--88304219	27	7.4	27	87	0	256	35	17	21	26	1.95
88304220--88304273	27	2.0	26	89	3	81	22	24	20	33	1.97
88304862--88304913	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
88313470--88313520	15	3.4	15	88	0	75	15	17	11	54	1.70
88313470--88313528	30	2.0	30	86	0	82	15	16	11	55	1.68
88316268--88316403	51	2.7	51	83	1	166	26	19	24	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88316258--88316419	51	3.2	50	77	2	162	26	19	24	29	1.98
88321108--88321578	42	11.3	42	83	2	554	21	15	23	38	1.92
88321108--88321578	125	3.8	126	83	4	567	21	15	23	38	1.92
88321108--88321578	167	2.8	166	84	3	588	21	15	23	38	1.92
88322394--88322442	22	2.3	23	75	13	59	42	0	6	51	1.27
88324016--88324093	26	3.0	26	96	0	138	12	35	7	43	1.72
88324636--88324702	29	2.3	28	82	7	89	29	0	20	49	1.50
88325235--88325286	27	1.9	27	88	7	79	36	0	25	38	1.56
88325235--88325303	27	2.8	24	80	12	68	36	0	23	40	1.55
88328429--88328571	60	2.3	62	80	10	161	28	26	19	25	1.99
88328452--88328603	60	2.5	59	80	9	157	28	25	19	26	1.99
88331383--88331416	15	2.2	16	89	5	52	20	20	11	47	1.81
88332480--88332632	60	2.5	60	80	13	181	28	24	18	27	1.98
88332481--88332600	60	2.0	62	88	6	183	29	25	18	26	1.98
88333286--88333316	8	3.9	8	91	0	53	3	22	25	48	1.66
88336622--88336693	22	3.2	22	74	14	67	48	0	12	38	1.41
88337661--88337722	27	2.3	27	91	0	97	33	11	11	43	1.76
88338996--88339054	29	2.0	29	96	0	109	40	33	3	22	1.70
88339343--88339376	17	2.0	17	94	0	59	35	20	5	38	1.77
88343177--88343253	28	2.8	28	85	0	100	29	15	29	24	1.96
88349679--88349790	28	4.0	28	76	9	95	28	16	28	26	1.97
88349716--88349803	28	3.1	28	75	6	88	29	15	30	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88349688--88349803	56	2.1	56	83	3	144	27	15	31	25	1.96
88352591--88352621	16	1.9	16	93	0	53	41	3	6	48	1.45
88361567--88361651	29	2.9	29	98	0	161	24	23	17	34	1.96
88363099--88363131	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
88363417--88363736	46	7.0	46	91	0	417	20	24	14	40	1.90
88369114--88369310	40	4.9	40	88	6	269	24	24	21	29	1.99
88369121--88369310	79	2.4	79	87	9	287	24	24	21	29	1.99
88374754--88374795	22	2.0	22	86	13	61	69	0	7	23	1.13
88374728--88374795	26	2.6	28	84	13	83	66	0	7	26	1.18
88375752--88375891	40	3.5	40	74	6	142	27	17	25	30	1.97
88377900--88378212	46	6.6	45	71	10	137	30	18	26	24	1.98
88385495--88385670	46	3.8	46	82	5	194	28	19	30	21	1.97
88385497--88385713	46	4.7	43	74	13	157	28	19	29	22	1.98
88388116--88388382	6	44.5	6	84	3	232	7	31	40	20	1.81
88389002--88389029	14	2.0	14	100	0	56	35	0	21	42	1.53
88389004--88389037	14	2.4	14	90	0	50	41	2	17	38	1.65
88393464--88393591	40	3.3	39	78	6	143	25	21	28	25	1.99
88395416--88395505	31	2.8	32	83	5	103	21	25	32	21	1.98
88409769--88409795	12	2.2	12	100	0	54	7	33	0	59	1.25
88409901--88409931	15	2.0	16	93	6	55	6	51	0	41	1.27
88410132--88410192	26	2.3	26	76	15	63	14	9	1	73	1.16
88413560--88414018	117	4.1	109	78	12	358	57	13	2	27	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88419667--88419763	40	2.5	40	79	3	108	37	35	12	15	1.85
88423875--88424118	50	4.9	50	89	1	346	28	17	29	24	1.97
88424558--88424604	23	2.0	23	100	0	94	29	8	25	36	1.86
88425001--88425028	13	2.2	13	100	0	56	46	7	0	46	1.30
88429210--88429475	46	6.0	45	85	8	339	21	23	15	39	1.92
88429388--88429463	38	2.0	38	100	0	152	21	26	18	34	1.96
88431613--88431664	11	4.7	11	76	9	52	63	3	0	32	1.12
88434504--88434769	46	6.0	45	85	8	339	21	23	15	39	1.92
88434682--88434757	38	2.0	38	100	0	152	21	26	18	34	1.96
88436907--88436958	11	4.7	11	76	9	52	63	3	0	32	1.12
88442609--88442798	29	6.6	29	90	1	265	25	15	32	26	1.96
88444564--88444663	27	3.5	28	84	5	121	34	28	13	25	1.93
88447891--88447998	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
88457860--88457890	15	2.1	15	93	0	53	64	6	0	29	1.18
88459303--88459350	24	2.0	23	84	4	60	43	18	2	35	1.62
88462717--88462884	40	4.2	40	80	7	162	23	26	23	26	2.00
88462733--88462884	80	1.9	80	83	5	200	23	26	23	26	2.00
88480471--88480519	24	2.0	24	100	0	98	40	20	6	32	1.77
88482415--88482544	23	5.7	23	90	0	199	34	20	22	23	1.97
88485126--88485177	26	2.0	26	96	0	95	40	19	9	30	1.83
88487653--88487847	40	4.8	40	78	6	153	23	23	27	25	2.00
88487653--88487847	80	2.4	80	80	5	232	23	23	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88495789--88495813	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
88501770--88501876	35	3.1	35	79	0	124	27	8	20	43	1.80
88501773--88501904	35	3.7	35	77	5	106	27	8	21	42	1.82
88503485--88503519	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
88510996--88511022	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
88512135--88512178	22	2.0	22	100	0	88	27	9	13	50	1.72
88515738--88515955	46	4.7	46	76	8	185	27	19	30	22	1.98
88515743--88515998	46	5.4	47	73	12	181	28	18	30	23	1.98
88518935--88518978	12	3.7	12	82	11	63	29	36	0	34	1.58
88518933--88518981	24	2.0	24	100	0	98	28	36	0	34	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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