genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.362.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  362  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113694902--113694991	37	2.5	37	98	1	173	43	17	12	26	1.84
113704758--113704827	27	2.6	27	88	0	95	32	24	15	27	1.95
113704880--113704943	22	2.8	22	80	13	67	28	34	14	23	1.93
113704887--113704943	24	2.5	24	81	13	66	29	31	15	22	1.95
113705722--113705781	21	3.0	20	80	4	75	21	25	23	30	1.99
113710087--113710124	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
113710354--113710571	47	4.7	47	84	10	247	28	28	21	22	1.99
113710400--113710571	93	1.8	92	87	8	258	27	27	21	22	1.99
113717693--113717730	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
113721373--113721539	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
113729379--113729545	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
113731588--113731799	52	4.2	49	78	11	171	30	26	16	26	1.96
113731594--113731733	46	2.9	47	81	7	129	28	26	17	27	1.97
113739030--113739176	46	3.0	46	83	11	161	29	28	15	25	1.96
113739043--113739235	53	3.8	52	80	12	165	30	26	17	25	1.97
113741037--113741170	62	2.2	61	84	11	172	51	8	2	36	1.49
113741892--113741939	24	2.0	24	95	0	87	16	18	27	37	1.92
113745352--113745536	50	3.7	50	80	5	223	27	17	25	29	1.98
113745352--113745552	99	2.0	101	85	3	273	26	17	25	29	1.98
113747466--113747498	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
113758324--113758368	22	2.1	22	84	12	58	48	15	4	31	1.65
113760062--113760096	10	3.5	10	92	7	54	62	8	11	17	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113761933--113762152	40	5.6	40	79	4	214	26	25	21	25	2.00
113768300--113768328	7	4.1	7	100	0	58	27	0	13	58	1.36
113769329--113769574	132	1.9	132	88	1	377	31	19	16	32	1.94
113769358--113769852	133	3.7	131	79	2	443	28	20	17	33	1.95
113771373--113771419	19	2.5	19	86	6	60	19	23	14	42	1.88
113777977--113778129	79	1.9	80	81	6	186	23	22	28	25	1.99
113777978--113778166	40	4.8	40	78	3	168	22	23	29	24	1.99
113781761--113781803	20	2.2	20	95	0	77	16	20	20	41	1.90
113782388--113782520	27	5.0	27	85	6	173	33	21	25	18	1.96
113782380--113782523	54	2.7	54	93	2	236	34	22	24	18	1.96
113786192--113786398	49	4.4	48	73	10	167	24	27	20	27	1.99
113786327--113786495	48	3.6	48	78	7	193	24	27	19	28	1.98
113787146--113787184	20	2.0	20	85	10	53	35	20	0	43	1.52
113789533--113789561	15	1.9	15	100	0	58	41	17	13	27	1.87
113790269--113790321	27	2.0	27	85	7	72	37	5	0	56	1.23
113790892--113790921	15	1.9	16	93	6	53	6	0	6	86	0.70
113794176--113794306	48	2.7	47	89	3	190	25	25	20	28	1.99
113794144--113794315	48	3.7	48	80	6	149	29	27	17	25	1.97
113794929--113794967	20	2.0	20	85	10	53	35	20	0	43	1.52
113796511--113796617	27	4.0	27	82	3	119	37	40	12	10	1.77
113796573--113796617	13	3.4	13	84	6	63	42	40	8	8	1.67
113796572--113796614	14	3.1	14	83	6	61	39	41	9	9	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113796516--113796638	27	4.6	27	76	5	88	36	42	11	9	1.74
113797232--113797265	17	1.9	18	88	5	52	38	0	14	47	1.45
113801325--113801381	22	2.5	23	77	5	62	64	14	8	12	1.48
113801603--113801647	21	2.1	21	83	0	54	22	20	24	33	1.97
113808664--113808719	27	2.1	27	96	0	103	33	12	14	39	1.83
113810468--113810634	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
113818475--113818641	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
113823108--113823144	6	6.2	6	100	0	74	48	0	35	16	1.46
113827663--113827718	28	2.0	28	89	0	85	30	30	14	25	1.95
113829491--113829636	40	3.7	40	84	0	175	24	27	21	26	2.00
113829523--113829674	40	3.8	40	84	5	164	23	25	22	28	1.99
113834498--113834608	56	2.0	55	80	5	125	39	18	14	27	1.89
113835804--113835952	40	3.9	37	81	11	156	26	22	27	23	2.00
113839976--113840158	40	4.6	40	83	3	181	23	26	22	27	1.99
113842369--113842617	40	6.2	40	76	13	244	22	21	28	27	1.99
113842369--113842617	81	3.1	80	91	3	376	22	21	28	27	1.99
113842369--113842617	121	2.1	119	84	5	322	22	21	28	27	1.99
113843999--113844092	39	2.4	40	87	1	127	34	30	17	18	1.93
113849434--113849609	46	3.8	46	81	10	223	19	21	30	28	1.98
113849430--113849602	93	1.9	93	96	0	319	20	21	30	27	1.98
113852526--113852588	14	4.4	15	81	15	80	11	15	12	60	1.59
113854967--113855142	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113854963--113855135	93	1.9	93	96	0	319	20	21	30	27	1.98
113860035--113860096	20	3.1	20	79	9	72	40	20	9	29	1.84
113860254--113860352	23	4.3	23	79	14	87	36	19	21	23	1.95
113860264--113860367	23	4.5	23	79	14	99	40	19	18	22	1.92
113860264--113860359	45	2.2	45	81	9	117	41	18	17	21	1.90
113860498--113860553	23	2.5	24	83	11	66	46	14	0	39	1.44
113865726--113865758	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
113870696--113870813	58	2.0	58	98	0	227	32	16	27	22	1.96
113879116--113879287	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
113879108--113879283	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
113880951--113881039	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
113880951--113881030	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
113880962--113881039	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
113883987--113884159	93	1.9	93	96	0	319	27	30	21	20	1.98
113883980--113884155	46	3.8	46	81	10	223	28	30	21	19	1.98
113885172--113885289	58	2.0	58	98	0	227	32	16	27	22	1.96
113888308--113888387	6	13.5	6	79	7	83	18	2	1	77	0.95
113888306--113888367	9	7.1	9	78	8	58	22	1	0	75	0.88
113891277--113891309	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
113894764--113894791	13	2.2	13	100	0	56	57	0	0	42	0.99
113896779--113896827	25	2.0	25	84	4	64	63	8	0	28	1.23
113896791--113896836	25	1.9	23	86	8	65	63	8	0	28	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113900540--113900610	35	2.0	35	97	0	133	30	8	19	40	1.81
113900555--113900609	17	3.2	17	72	23	60	34	7	20	38	1.80
113903105--113903148	3	14.7	3	100	0	88	34	0	0	65	0.93
113904302--113904373	36	2.0	35	81	13	83	38	2	4	54	1.34
113912198--113912296	27	3.7	27	83	2	119	32	15	23	29	1.95
113912927--113912976	21	2.5	20	73	20	59	48	0	6	46	1.27
113913117--113913165	2	25.0	2	87	4	73	51	4	0	44	1.20
113913174--113913208	9	3.8	9	88	3	52	80	2	17	0	0.84
113914264--113914304	6	6.8	6	85	0	55	19	21	14	43	1.87
113914416--113914514	18	5.6	18	75	3	85	37	13	14	35	1.84
113915688--113915749	27	2.3	27	82	0	70	37	4	30	27	1.78
113918986--113919022	10	3.2	12	85	14	51	70	0	8	21	1.13
113918995--113919052	6	9.5	6	74	10	55	77	0	3	18	0.91
113919010--113919054	7	6.1	7	82	17	56	77	0	2	20	0.87
113932659--113932731	27	2.7	27	95	0	128	34	12	24	28	1.92
113932688--113932776	27	3.3	26	81	6	88	35	15	20	28	1.93
113937837--113937965	36	3.6	36	79	4	129	42	16	16	24	1.88
113939650--113939740	36	2.5	36	80	0	101	48	13	14	24	1.79
113945983--113946008	10	2.6	10	100	0	52	19	38	19	23	1.93
113950186--113950227	22	1.9	22	90	0	66	52	11	9	26	1.68
113950902--113951002	37	2.7	37	84	0	112	29	25	15	28	1.96
113953792--113954306	48	10.6	48	87	3	746	26	28	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113955549--113955624	15	5.3	14	69	21	59	40	1	1	56	1.16
113955548--113955628	29	2.8	30	74	10	80	38	1	1	59	1.13
113967402--113967481	42	1.9	42	94	0	142	32	12	20	35	1.90
113972652--113972692	18	2.1	20	86	13	59	56	0	0	43	0.99
113972682--113972863	99	1.8	100	91	3	305	52	4	2	40	1.36
113972869--113972928	19	2.9	20	87	12	86	56	1	0	41	1.09
113972919--113972985	20	3.2	20	72	15	64	50	7	0	41	1.30
113972849--113972947	41	2.4	42	72	5	103	52	1	0	46	1.07
113986813--113986888	25	3.2	25	61	14	61	22	21	14	42	1.89
113986648--113986910	46	5.7	46	91	1	366	20	23	14	41	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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