genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.177.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  177  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55327540--55327608	25	2.8	25	86	0	93	24	14	26	34	1.94
55330685--55330791	53	2.0	53	98	0	205	32	22	25	19	1.97
55336442--55336572	22	5.8	22	78	14	108	24	21	17	36	1.94
55336464--55336578	44	2.6	45	83	8	146	21	22	18	37	1.94
55336464--55336591	22	5.7	22	76	11	93	22	22	18	35	1.95
55339879--55339953	29	2.6	29	89	4	107	26	16	32	25	1.96
55347202--55347288	22	3.8	22	75	17	70	25	20	17	36	1.94
55347258--55347376	22	5.3	22	90	1	139	27	22	14	35	1.93
55347210--55347376	23	7.3	23	81	8	148	26	21	14	37	1.93
55350941--55351136	48	4.0	48	84	6	243	32	29	16	20	1.95
55354880--55354949	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
55358322--55358737	206	2.0	207	93	0	717	25	28	25	20	1.99
55359755--55359925	43	4.0	43	79	6	186	33	25	13	26	1.93
55359756--55359912	86	1.8	85	83	4	208	33	26	14	26	1.94
55362341--55362378	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
55364006--55364074	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
55370346--55370383	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
55372011--55372079	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
55373342--55373375	17	2.0	17	100	0	68	35	11	17	35	1.87
55375714--55375782	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
55377410--55377447	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
55379750--55379892	39	3.7	39	88	2	225	22	29	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55382228--55382289	30	2.1	30	90	6	99	24	20	16	38	1.92
55382481--55382599	24	5.0	24	89	5	170	26	22	21	28	1.99
55382481--55382599	47	2.5	48	89	5	170	26	22	21	28	1.99
55382649--55382709	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
55382752--55382799	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
55387478--55387665	40	4.7	40	87	1	243	25	27	21	25	1.99
55399485--55399682	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
55399551--55399668	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
55399519--55399682	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
55407054--55407251	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
55407120--55407237	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
55407088--55407251	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
55410680--55410736	27	2.1	27	96	0	105	22	40	21	15	1.91
55413075--55413109	18	1.9	18	94	0	61	45	0	0	54	0.99
55423101--55423268	45	3.7	45	89	0	255	32	28	15	23	1.95
55428337--55428520	40	4.6	40	80	8	196	26	22	26	24	2.00
55428337--55428520	80	2.3	80	83	3	219	26	22	26	24	2.00
55432860--55433009	40	3.8	39	78	11	128	22	26	24	26	2.00
55434963--55435129	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
55436063--55436174	58	1.9	58	83	7	147	27	16	17	38	1.91
55443814--55444034	45	4.9	45	87	0	289	33	27	13	25	1.93
55443767--55444034	135	2.0	131	83	4	331	33	26	14	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55452426--55452621	54	3.7	52	76	4	169	19	23	18	37	1.94
55454434--55454866	27	16.0	27	83	1	483	27	21	10	41	1.85
55454434--55454866	54	8.0	54	84	2	557	27	21	10	41	1.85
55454883--55455070	27	7.0	27	85	0	223	35	18	20	26	1.95
55455272--55455350	27	3.0	26	87	5	104	21	22	21	34	1.97
55455438--55455496	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
55455653--55455734	27	3.1	27	85	5	96	15	23	24	36	1.94
55455852--55456007	30	5.4	30	81	10	189	21	16	12	49	1.79
55455852--55456007	6	25.8	6	73	13	133	21	16	12	49	1.79
55455852--55456028	30	6.1	30	79	10	161	20	16	12	49	1.79
55467455--55467635	49	3.7	49	84	2	231	26	19	30	22	1.98
55467455--55467765	49	6.7	47	75	10	200	26	18	30	24	1.98
55467651--55467815	42	3.8	42	74	12	152	27	18	27	26	1.98
55467601--55467848	132	1.9	132	84	5	331	28	18	27	25	1.98
55469503--55469561	29	2.1	29	93	3	102	30	11	22	35	1.90
55469720--55469759	20	2.0	20	85	9	55	30	22	2	45	1.66
55472260--55472313	28	1.9	28	96	0	99	57	5	20	16	1.59
55472988--55473018	12	2.6	12	94	0	53	3	16	12	67	1.35
55473132--55473163	12	2.7	12	100	0	64	9	9	15	65	1.46
55490049--55490189	43	3.3	41	78	6	120	24	19	24	31	1.98
55495430--55495587	85	1.9	85	82	0	199	30	17	22	30	1.96
55498509--55498564	11	5.5	11	71	16	57	37	10	19	32	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55498504--55498564	20	3.0	20	95	0	113	36	9	19	34	1.85
55498615--55498708	47	2.0	49	87	8	140	27	21	23	27	1.99
55498614--55498708	24	4.0	24	87	5	131	28	21	23	27	1.99
55498900--55498963	31	2.1	31	90	0	101	35	15	25	23	1.94
55503166--55503341	40	4.4	40	96	0	307	28	28	21	21	1.99
55505067--55505128	28	2.2	28	85	5	81	24	22	22	30	1.99
55512754--55512818	28	2.4	28	85	12	82	26	24	23	26	2.00
55512752--55512847	33	3.1	32	73	22	87	27	23	23	25	2.00
55514713--55514750	19	2.0	19	100	0	76	26	26	10	36	1.89
55517256--55517336	41	2.0	41	100	0	162	32	11	9	46	1.72
55521000--55521069	27	2.5	28	90	2	106	25	14	28	31	1.95
55528535--55528603	26	2.5	28	90	4	106	26	14	28	30	1.95
55531472--55531530	30	2.0	29	83	12	75	52	16	13	16	1.75
55544873--55545027	56	2.8	54	82	3	157	29	32	19	18	1.96
55547422--55547447	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
55557400--55557556	43	3.7	42	79	5	111	28	16	24	29	1.97
55560996--55561131	26	5.2	26	92	0	227	33	5	24	36	1.78
55563966--55564016	24	2.2	24	83	13	63	33	1	23	41	1.66
55570809--55570840	11	2.9	11	90	0	55	34	34	9	21	1.86
55574072--55574252	46	3.9	46	81	9	233	20	21	29	27	1.98
55574074--55574244	93	1.8	93	96	0	315	20	22	29	27	1.98
55577204--55577272	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55577195--55577282	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
55579645--55579825	46	3.9	46	81	9	233	20	21	29	27	1.98
55579647--55579817	93	1.8	93	96	0	315	20	22	29	27	1.98
55581884--55581922	15	2.6	14	84	15	51	79	2	17	0	0.84
55581987--55582018	12	2.7	12	100	0	64	46	12	15	25	1.81
55582068--55582106	18	2.1	19	85	4	53	66	2	23	7	1.30
55586511--55586556	23	2.0	23	100	0	92	39	30	8	21	1.84
55588477--55588526	23	2.2	23	92	0	82	32	32	28	8	1.86
55588477--55588532	23	2.4	23	82	11	78	30	33	28	7	1.84
55597634--55597668	7	5.0	7	100	0	70	28	0	0	71	0.86
55597634--55597675	21	2.0	21	85	0	57	33	0	2	64	1.07
55611843--55611893	25	2.0	25	100	0	102	37	11	15	35	1.84
55612490--55612515	7	3.7	7	100	0	52	15	15	42	26	1.87
55612673--55612723	19	2.6	20	87	9	70	39	3	1	54	1.30
55612692--55612737	9	5.2	9	77	12	51	36	2	0	60	1.09
55613393--55613423	7	4.4	7	100	0	62	41	0	0	58	0.98
55613488--55613539	21	2.5	21	84	3	70	71	0	3	25	1.03
55615861--55615902	21	2.0	21	90	0	66	40	4	9	45	1.58
55616123--55616165	20	2.2	20	91	0	68	39	4	11	44	1.62
55616189--55616227	20	1.9	21	89	5	62	38	7	10	43	1.67
55616422--55616491	27	2.6	27	86	4	97	40	8	12	38	1.74
55621312--55621444	43	2.9	44	78	10	135	30	27	17	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55628841--55628961	43	2.8	45	82	5	142	27	15	23	33	1.95
55631097--55631143	20	2.3	20	85	0	58	29	25	4	40	1.75
55631110--55631169	20	3.0	20	82	0	75	28	23	5	43	1.74
55640967--55641158	40	4.8	40	90	1	287	23	22	28	24	1.99
55644300--55644420	60	2.0	60	100	0	242	30	11	14	42	1.82
55647008--55647055	23	2.1	23	100	0	96	58	4	12	25	1.52
55661753--55661800	20	2.5	20	86	3	62	64	2	6	27	1.28
55662441--55662465	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
55663381--55663432	15	3.3	15	76	21	52	76	0	1	21	0.87
55663389--55663432	22	2.2	19	88	12	61	77	0	2	20	0.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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