genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.328.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  328  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102574452--102574618	49	3.5	47	85	4	185	23	28	19	28	1.98
102581558--102581592	18	2.0	18	88	5	54	34	14	14	37	1.86
102586358--102586384	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
102589121--102589175	28	1.9	29	85	3	76	20	43	20	16	1.88
102589989--102590036	20	2.4	20	100	0	96	8	27	35	29	1.86
102594419--102594654	50	4.7	50	80	3	269	25	17	25	31	1.97
102594424--102594654	101	2.3	101	83	3	279	25	17	25	31	1.97
102597335--102597452	43	2.8	42	84	5	157	27	32	18	21	1.97
102608253--102608282	15	2.1	15	93	6	53	13	6	23	56	1.60
102609128--102609177	24	2.1	24	96	0	91	20	36	22	22	1.96
102610150--102610319	46	3.7	45	85	7	211	21	31	19	27	1.97
102612418--102612445	6	4.7	6	100	0	56	17	0	67	14	1.22
102612788--102612832	22	2.2	22	84	11	60	40	2	2	55	1.24
102614093--102614139	13	3.8	12	81	13	51	78	2	0	19	0.85
102614093--102614139	6	7.7	6	77	13	51	78	2	0	19	0.85
102614093--102614139	19	2.5	19	86	3	60	78	2	0	19	0.85
102618604--102618643	12	3.3	12	78	0	53	32	35	10	22	1.87
102627753--102627870	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
102627721--102627884	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
102635296--102635413	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
102635264--102635427	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
102637717--102637757	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102656768--102656873	43	2.5	43	79	3	115	32	24	16	27	1.96
102659668--102659718	21	2.5	20	83	6	57	70	3	0	25	1.04
102659669--102659717	24	2.1	23	84	3	62	73	4	0	22	1.00
102659976--102660009	18	1.9	18	88	5	52	58	8	0	32	1.29
102661342--102661509	44	3.8	44	74	8	110	25	22	20	31	1.98
102661484--102661638	46	3.3	46	70	13	154	21	25	20	32	1.98
102661466--102661960	94	5.5	91	81	7	498	22	25	19	32	1.97
102661453--102661960	268	1.9	270	81	6	627	22	24	19	32	1.97
102661926--102662092	45	3.7	46	77	7	146	24	26	20	28	1.99
102665248--102665429	40	4.6	40	90	2	278	21	22	26	28	1.99
102671827--102671988	30	5.5	30	92	2	256	26	25	13	34	1.93
102671827--102671988	59	2.7	59	93	0	261	26	25	13	34	1.93
102676549--102676690	40	3.6	41	89	4	220	23	23	26	26	2.00
102695872--102695919	23	2.1	22	84	3	60	72	4	0	22	1.01
102696179--102696212	18	1.9	18	88	5	52	58	8	0	32	1.29
102698747--102698918	93	1.8	93	91	2	283	27	28	21	22	1.99
102698739--102698914	46	3.8	46	78	11	198	28	27	21	22	1.99
102698790--102698933	46	3.1	46	71	18	127	30	27	19	22	1.98
102710055--102710133	38	2.1	39	85	7	108	50	13	1	34	1.50
102713508--102713549	21	1.9	21	81	18	50	47	23	0	28	1.52
102713731--102713793	22	2.7	23	80	7	65	30	17	26	25	1.97
102717526--102717650	62	2.0	62	100	0	250	29	14	33	22	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102717625--102717749	50	2.6	48	78	14	152	29	18	28	24	1.98
102717624--102717804	49	3.8	50	78	11	182	27	18	28	25	1.98
102721924--102721957	15	2.3	15	89	0	50	41	17	0	41	1.50
102736991--102737173	50	3.7	49	78	11	180	25	30	18	25	1.98
102737096--102737257	46	3.5	44	81	8	139	25	29	17	27	1.97
102743417--102743603	46	4.0	46	76	10	168	22	31	17	28	1.96
102745980--102746337	47	7.5	47	94	2	547	30	8	31	29	1.88
102746439--102746523	37	2.3	37	93	0	143	24	18	34	22	1.96
102754160--102754198	20	2.0	20	85	10	53	20	23	41	15	1.90
102754317--102754396	40	2.0	40	85	9	108	16	37	22	23	1.93
102759978--102760224	40	6.2	40	89	2	356	26	28	21	23	1.99
102768811--102769058	40	6.2	40	86	1	329	26	27	20	24	1.99
102772543--102772713	55	3.1	55	83	2	157	23	18	28	29	1.98
102772586--102772717	55	2.4	55	89	0	183	24	19	28	28	1.99
102780044--102780198	55	2.8	56	84	2	215	25	19	28	27	1.99
102780043--102780215	55	3.1	54	80	4	161	26	19	28	26	1.98
102787034--102787198	87	1.9	88	82	3	208	36	19	9	34	1.85
102787327--102787364	19	2.0	20	89	5	60	63	2	0	34	1.09
102787297--102787376	29	2.8	29	83	3	83	63	1	1	33	1.10
102787297--102787440	9	15.4	9	66	14	69	63	2	2	31	1.20
102787327--102787449	27	4.5	26	69	13	77	60	2	3	33	1.25
102787614--102787699	26	3.4	26	90	4	133	26	3	11	58	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102787722--102787796	38	1.9	39	82	12	93	30	4	1	64	1.20
102787754--102787796	10	4.6	9	80	8	50	27	4	0	67	1.10
102787783--102787849	21	3.2	21	72	2	64	29	5	2	61	1.35
102788159--102788248	42	2.1	43	80	10	105	47	15	1	35	1.53
102788226--102788294	19	3.6	19	65	18	52	55	8	0	36	1.31
102788227--102788323	39	2.3	43	84	6	130	56	10	1	31	1.40
102792578--102792615	20	2.0	18	90	10	58	50	0	26	23	1.50
102792582--102792625	19	2.3	18	82	17	54	47	0	25	27	1.52
102793393--102793425	17	1.9	17	100	0	66	36	18	21	24	1.95
102793756--102793804	24	1.9	26	88	12	75	36	4	10	48	1.56
102800254--102800416	43	3.8	43	77	10	156	27	19	23	29	1.98
102800301--102800412	42	2.6	43	80	4	129	29	20	21	28	1.98
102802203--102802350	40	3.7	40	86	0	152	24	26	22	26	2.00
102809761--102809785	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
102809878--102809941	29	2.2	29	88	0	92	28	32	14	25	1.94
102809888--102809950	29	2.2	29	94	0	108	26	28	14	30	1.95
102818802--102818949	50	2.9	50	78	3	145	27	20	24	27	1.99
102819136--102819165	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
102826232--102826497	47	5.7	48	72	18	213	28	19	28	23	1.98
102826230--102826495	94	2.8	93	80	8	265	28	19	28	24	1.98
102827645--102827684	21	2.0	21	90	5	64	15	40	22	22	1.91
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102829193--102829228	19	1.9	18	88	5	54	58	0	0	41	0.98
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102835450--102835616	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
102836442--102836487	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
102837546--102837609	16	4.1	16	69	16	53	28	23	9	39	1.86
102838540--102838657	48	2.5	48	85	0	155	40	22	13	22	1.89
102841133--102841193	16	4.0	16	79	12	65	32	8	13	45	1.72
102841141--102841204	29	2.2	29	85	0	83	34	6	14	45	1.70
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102842654--102842791	71	1.9	72	83	4	181	43	11	16	28	1.83
102857907--102858009	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
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102870629--102870797	46	3.7	45	78	12	175	30	28	18	22	1.98
102870669--102870803	45	2.9	49	77	16	167	29	28	19	22	1.98
102870634--102870803	92	1.8	93	92	1	288	29	28	20	21	1.98
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102888557--102888774	40	5.6	40	89	5	313	22	27	23	27	1.99
102888557--102888774	79	2.8	79	87	5	327	22	27	23	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102896640--102896858	40	5.6	40	91	3	331	21	27	23	26	1.99
102896640--102896858	79	2.8	79	89	3	336	21	27	23	26	1.99
102903660--102903830	93	1.8	93	94	0	306	28	28	21	21	1.99
102903655--102903827	46	3.7	46	80	10	217	28	27	21	21	1.99
102904247--102904306	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
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102913400--102913487	43	2.0	43	88	0	131	36	15	14	32	1.89
102913403--102913500	43	2.3	43	85	0	124	34	15	17	32	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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