genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.212.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  212  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66104687--66104750	27	2.4	27	81	5	76	21	25	17	35	1.95
66104804--66104855	27	1.9	27	84	7	70	36	13	11	38	1.81
66104867--66104937	27	2.7	27	84	2	90	23	5	23	46	1.74
66104867--66104943	26	2.9	27	82	1	102	25	5	23	45	1.73
66104928--66105194	27	9.9	27	86	3	304	40	8	22	28	1.83
66105117--66105422	27	11.4	27	85	2	244	32	8	20	37	1.84
66104905--66105267	54	6.7	54	76	7	164	37	8	21	31	1.84
66105272--66105439	27	6.3	26	87	2	174	31	7	19	41	1.78
66108883--66108908	8	3.2	8	100	0	52	23	0	0	76	0.78
66110094--66110127	7	4.9	7	100	0	68	58	0	14	26	1.36
66110354--66110497	57	2.5	57	80	7	159	30	15	20	33	1.94
66114906--66115061	68	2.2	68	77	13	149	20	28	16	34	1.94
66120708--66120863	68	2.2	68	77	13	149	20	28	16	34	1.94
66121936--66122101	42	3.9	42	77	8	131	23	16	25	33	1.96
66121945--66122050	44	2.5	43	83	9	128	22	16	28	32	1.96
66129466--66129629	40	4.1	40	79	6	179	25	21	28	25	1.99
66141495--66141676	40	4.6	40	87	1	231	27	28	19	24	1.98
66141479--66141670	80	2.4	79	84	6	260	29	29	18	23	1.98
66145838--66145879	22	2.0	21	85	4	57	33	2	4	59	1.31
66148598--66148721	57	2.2	57	81	13	141	29	15	25	29	1.96
66151068--66151115	14	3.4	14	85	0	60	18	31	6	43	1.75
66151488--66151532	13	3.5	13	93	3	74	75	4	6	13	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66151478--66151532	12	4.7	12	82	8	69	76	5	5	12	1.13
66156676--66156715	19	2.1	19	86	9	55	27	35	15	22	1.94
66157956--66158003	14	3.4	14	85	0	60	18	31	6	43	1.75
66168298--66168367	31	2.3	30	87	2	95	4	18	1	75	1.04
66170475--66170510	14	2.6	14	95	4	65	11	5	8	75	1.19
66170474--66170512	13	2.7	15	88	11	64	10	7	7	74	1.22
66172980--66173044	34	2.0	34	84	6	89	30	26	16	26	1.97
66174886--66174967	26	3.2	26	98	0	155	36	26	6	30	1.81
66177110--66177511	183	2.2	184	85	1	529	21	22	14	41	1.89
66177110--66177520	46	9.0	46	89	1	529	21	22	13	41	1.89
66180895--66181064	47	3.6	47	91	0	250	29	15	23	31	1.95
66181041--66181113	38	1.9	38	94	0	128	27	15	28	28	1.96
66183968--66184161	27	7.2	27	86	1	228	28	23	8	39	1.83
66183968--66184160	54	3.6	54	87	1	253	28	23	8	39	1.83
66183968--66184161	81	2.4	81	87	1	264	28	23	8	39	1.83
66184197--66184347	27	5.6	27	81	6	164	41	23	7	27	1.82
66184164--66184315	54	2.8	54	82	4	146	40	19	10	29	1.85
66184197--66184346	81	1.9	81	85	5	214	41	22	8	28	1.82
66184222--66184410	27	6.9	27	74	9	87	40	20	8	30	1.83
66184464--66184528	27	2.4	27	82	5	78	35	18	24	21	1.96
66185268--66185330	31	2.0	31	96	0	117	23	22	15	38	1.93
66185522--66185665	24	6.0	24	89	4	211	26	20	22	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66186957--66187040	27	3.1	27	89	3	125	21	26	21	30	1.98
66187163--66187314	27	5.7	27	81	6	157	30	8	20	40	1.82
66187110--66187314	81	2.5	82	76	7	206	31	8	19	41	1.80
66187189--66187328	54	2.6	54	85	4	192	31	8	21	38	1.83
66187110--66187382	27	10.1	27	80	6	151	34	8	19	37	1.83
66187280--66187509	81	2.9	81	83	4	216	40	9	21	29	1.84
66187306--66187516	27	7.9	27	83	8	243	39	8	24	27	1.84
66187320--66187543	107	2.1	108	81	5	258	37	9	24	28	1.86
66187513--66187611	27	3.7	27	81	5	112	31	10	19	39	1.85
66187505--66187611	54	2.0	54	81	7	128	31	10	20	37	1.86
66187522--66187626	27	3.9	26	77	7	66	35	9	17	38	1.82
66189578--66189669	42	2.2	42	94	3	159	32	14	20	32	1.92
66189693--66189838	31	4.7	31	95	0	258	28	16	26	28	1.97
66197824--66197865	15	2.8	15	88	0	66	16	16	14	52	1.75
66200569--66200862	38	7.0	38	72	20	212	29	15	24	30	1.95
66200599--66200822	47	4.9	48	78	12	256	30	15	23	30	1.95
66200649--66200851	85	2.4	85	97	0	379	29	15	25	30	1.96
66206581--66206624	20	2.2	20	87	0	61	22	27	20	29	1.99
66213490--66213522	17	2.0	17	88	5	50	21	15	0	63	1.30
66215809--66215905	30	3.2	30	70	11	83	27	27	15	28	1.96
66220986--66221033	19	2.4	21	76	13	57	27	2	16	54	1.54
66224437--66224538	42	2.4	43	81	6	118	30	23	17	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66229189--66229447	44	6.0	44	84	5	339	22	31	15	29	1.95
66229189--66229428	128	1.8	129	87	3	356	21	31	15	31	1.95
66229199--66229447	84	2.9	85	86	4	349	22	32	16	28	1.95
66230864--66231034	40	4.3	40	91	1	254	25	27	23	22	2.00
66239026--66239243	40	5.5	40	91	2	316	24	28	24	22	1.99
66241087--66241354	44	6.2	44	90	2	420	22	30	17	29	1.96
66250631--66250715	30	2.9	29	70	13	75	25	24	17	31	1.97
66255310--66255485	46	3.8	46	77	10	196	22	20	27	29	1.99
66255307--66255478	93	1.8	93	92	0	290	23	20	27	28	1.99
66260834--66260964	46	2.8	47	75	14	137	22	19	26	31	1.98
66262641--66262704	31	2.1	31	90	0	101	23	25	15	35	1.94
66262910--66263038	24	5.4	24	94	2	206	26	22	21	29	1.99
66262910--66263037	47	2.7	48	92	3	204	26	22	21	28	1.99
66263088--66263148	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
66263191--66263238	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
66264482--66264881	27	14.8	27	87	2	516	39	8	23	28	1.83
66269065--66269153	3	30.0	3	86	6	128	65	1	2	31	1.12
66269327--66269402	39	1.9	39	86	5	109	57	2	1	38	1.21
66269464--66269505	18	2.3	18	87	0	57	45	7	2	45	1.44
66269464--66269511	16	3.1	16	85	5	55	43	6	2	47	1.40
66269464--66269502	14	2.8	14	88	0	51	46	7	2	43	1.46
66269476--66269514	16	2.4	16	91	0	60	41	2	5	51	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66270485--66270527	16	2.7	15	82	13	50	13	55	20	9	1.66
66271124--66271153	14	2.2	13	94	5	51	30	6	6	56	1.51
66272473--66272570	30	3.3	30	72	9	94	28	15	28	27	1.96
66273005--66273074	27	2.7	26	77	14	65	37	15	12	34	1.86
66273025--66273086	26	2.3	26	78	13	72	32	14	16	37	1.89
66279033--66279071	20	1.9	20	84	5	51	43	20	23	12	1.86
66280198--66280250	21	2.4	23	81	9	65	5	18	0	75	0.99
66285095--66285172	30	2.6	30	72	8	77	28	25	17	28	1.98
66291129--66291155	10	2.7	10	100	0	54	40	29	11	18	1.85
66292880--66292976	30	3.2	30	75	2	97	28	15	27	27	1.96
66295078--66295161	29	2.8	29	82	10	98	13	21	1	64	1.35
66295137--66295161	12	2.1	12	100	0	50	8	16	0	76	1.02
66295230--66295302	5	14.0	5	78	16	69	2	16	2	78	0.99
66297865--66297961	30	3.2	30	72	8	99	28	16	26	27	1.97
66301697--66301744	20	2.4	20	71	0	51	22	29	16	31	1.96
66303715--66303811	30	3.2	30	77	2	106	28	15	26	28	1.96
66306769--66306822	25	2.2	26	77	12	60	61	1	20	16	1.44
66306779--66306850	31	2.3	32	81	9	87	62	1	22	13	1.39
66308927--66309023	30	3.2	31	73	5	101	27	28	15	27	1.96
66309927--66309975	20	2.3	20	82	10	53	32	8	14	44	1.74
66312124--66312220	30	3.2	30	71	8	90	27	15	28	27	1.96
66312233--66312542	155	2.0	154	91	2	505	23	19	30	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66316750--66316776	10	2.7	10	100	0	54	18	11	29	40	1.85
66319364--66319411	14	3.4	14	82	0	51	43	4	31	20	1.71
66325911--66325950	11	3.7	11	96	3	73	7	5	7	80	1.03
66325904--66325950	10	4.8	10	85	10	62	6	4	6	82	0.92
66326327--66326374	14	3.4	14	85	0	60	43	6	31	18	1.75
66332261--66332287	10	2.7	10	100	0	54	18	11	29	40	1.85
66333326--66333383	18	3.2	17	77	15	55	65	1	24	8	1.30
66334041--66334084	14	3.2	14	83	3	54	38	9	43	9	1.68
66334056--66334095	14	2.9	13	88	7	53	47	7	35	10	1.65
66336704--66336752	20	2.3	20	82	10	53	32	8	14	44	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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