genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.114.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  114  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34750404--34750479	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
34750347--34750479	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
34758211--34758342	29	4.6	29	84	1	140	25	17	32	25	1.97
34765556--34765613	23	2.5	23	91	5	91	24	20	18	36	1.95
34765576--34765620	23	2.0	23	90	0	72	22	24	17	35	1.95
34767138--34767195	23	2.5	23	100	0	116	37	17	22	22	1.93
34769477--34769593	59	2.0	59	96	0	216	23	29	8	39	1.84
34791439--34791544	29	3.7	28	76	10	108	27	15	32	25	1.95
34791431--34791543	58	2.0	57	85	5	156	29	14	30	25	1.95
34795705--34795755	16	3.2	16	88	5	68	49	19	21	9	1.77
34795705--34795755	8	6.4	8	79	0	57	49	19	21	9	1.77
34795705--34795755	24	2.1	24	88	0	75	49	19	21	9	1.77
34795978--34796113	29	4.7	29	80	8	143	29	15	30	24	1.95
34797545--34797627	31	2.7	30	87	7	123	30	26	15	27	1.96
34797835--34797916	25	3.3	25	89	3	103	23	24	21	30	1.99
34798818--34798948	56	2.4	55	78	7	149	31	4	19	44	1.71
34798819--34799027	27	7.7	27	77	8	163	31	5	21	42	1.76
34798905--34799060	81	1.9	81	82	2	197	28	8	20	41	1.82
34798931--34799067	27	5.1	27	74	8	100	27	10	23	37	1.88
34799059--34799150	27	3.4	27	84	0	121	44	8	19	27	1.80
34801487--34801569	31	2.7	31	90	3	125	28	26	15	28	1.96
34801621--34801693	36	2.0	36	100	0	146	28	19	27	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34801813--34801894	25	3.3	25	87	3	94	24	24	20	30	1.99
34802862--34803018	27	5.8	27	77	5	138	27	8	20	43	1.80
34802863--34803018	81	1.9	81	83	5	199	27	8	19	44	1.79
34803017--34803108	27	3.4	27	92	0	148	41	9	22	26	1.85
34813390--34813462	38	1.9	38	94	0	128	31	17	6	43	1.75
34821596--34821724	28	4.6	27	73	7	105	27	28	17	27	1.97
34821594--34821726	57	2.4	57	82	6	173	26	28	16	28	1.97
34826582--34826628	18	2.6	18	93	6	78	23	17	38	21	1.93
34831636--34831670	16	2.2	16	89	0	52	31	22	14	31	1.94
34855339--34855399	30	2.0	30	84	6	79	24	29	31	14	1.95
34856479--34856521	21	2.0	21	90	4	68	16	4	4	74	1.16
34859583--34859639	30	1.9	30	100	0	114	15	29	40	14	1.87
34859767--34859825	22	2.8	21	76	19	59	27	1	1	69	1.07
34859778--34859829	26	2.0	26	81	7	61	30	1	1	65	1.14
34859851--34859896	17	2.7	17	86	6	67	28	4	0	67	1.10
34860001--34860042	3	14.7	3	80	9	52	23	0	0	76	0.79
34860001--34860048	8	6.1	8	81	18	57	22	0	0	77	0.78
34860000--34860048	22	2.2	22	89	7	73	22	0	0	77	0.77
34860004--34860095	6	15.2	6	74	15	55	17	3	3	76	1.06
34860018--34860064	20	2.3	20	82	7	51	17	6	0	76	0.98
34860730--34860754	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
34861471--34861833	47	7.8	45	73	12	241	28	19	28	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34861473--34861833	94	3.8	93	78	9	376	28	19	28	23	1.98
34861471--34861829	141	2.6	139	77	9	318	28	19	28	23	1.98
34863908--34863937	11	2.6	12	94	5	53	83	0	10	6	0.81
34863908--34863937	12	2.5	12	94	0	51	83	0	10	6	0.81
34866032--34866059	8	3.5	8	100	0	56	42	21	25	10	1.85
34866033--34866083	16	3.2	16	85	0	66	50	19	19	9	1.75
34866041--34866085	24	1.9	23	86	4	63	51	17	20	11	1.75
34873767--34873810	16	2.8	16	85	0	52	50	20	20	9	1.75
34874034--34874113	29	2.8	27	75	17	81	28	15	28	27	1.96
34878444--34878470	14	1.9	14	100	0	54	33	14	22	29	1.94
34882478--34882664	40	4.7	40	75	11	143	25	27	22	25	2.00
34889865--34889955	46	2.0	46	82	0	110	30	21	18	28	1.97
34895653--34895713	27	2.3	27	82	0	68	31	16	22	29	1.96
34895934--34895968	17	2.0	17	88	5	52	20	37	22	20	1.95
34905333--34905379	23	2.0	23	100	0	94	27	21	29	21	1.98
34912836--34912992	43	3.7	43	78	0	179	26	16	26	30	1.97
34919507--34919638	47	2.8	48	87	4	169	24	28	20	27	1.99
34919688--34919867	46	3.9	46	82	7	213	22	30	17	29	1.97
34919699--34919867	94	1.8	92	86	7	243	23	29	17	29	1.97
34923272--34923506	118	2.0	118	94	0	407	32	24	12	30	1.92
34927509--34927630	50	2.6	47	86	10	153	22	31	18	26	1.97
34927456--34927675	46	4.7	47	75	10	157	25	30	19	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34932233--34932269	12	3.1	12	92	0	65	48	18	24	8	1.75
34936821--34937063	134	1.8	133	84	2	335	24	20	27	27	1.99
34937000--34937102	44	2.3	45	79	1	109	27	17	25	30	1.97
34937173--34937274	44	2.3	45	79	5	118	28	18	24	28	1.98
34936900--34937285	173	2.2	173	84	5	515	26	18	27	27	1.98
34938290--34938454	39	4.2	39	92	0	258	29	28	21	21	1.98
34938819--34938898	39	2.1	39	100	0	160	33	17	12	36	1.87
34941585--34941654	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
34941585--34941666	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
34944191--34944453	44	6.0	43	69	8	161	29	15	28	26	1.96
34944229--34944510	88	3.2	88	68	4	271	29	16	26	27	1.97
34944148--34944707	177	3.2	177	90	1	856	30	17	26	26	1.97
34944575--34944926	133	2.6	132	83	4	438	29	17	24	28	1.97
34945336--34945368	17	2.0	17	88	5	50	72	12	0	15	1.12
34950999--34951090	40	2.4	39	85	7	116	14	13	35	36	1.84
34960429--34960475	3	15.7	3	100	0	94	34	0	0	65	0.93
34972078--34972104	4	6.8	4	100	0	54	48	25	0	25	1.52
34974223--34974269	22	2.1	23	96	4	87	34	8	4	53	1.51
34976658--34976701	14	3.3	13	81	12	54	27	0	9	63	1.24
34979760--34979805	23	2.0	23	82	4	56	50	0	2	47	1.13
34988631--34988956	158	2.1	158	98	0	634	21	25	29	23	1.99
34992761--34992818	21	2.7	22	76	7	57	24	25	36	13	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34994164--34994251	37	2.4	37	96	0	158	18	15	29	36	1.92
34996054--34996114	13	4.5	13	76	8	59	52	0	14	32	1.42
34996052--34996175	41	3.1	41	87	3	189	46	1	17	33	1.58
34996069--34996175	13	8.1	13	69	17	60	44	1	17	35	1.60
34996109--34996160	26	2.0	27	85	11	72	48	1	15	34	1.56
35003553--35003615	27	2.4	28	78	10	78	34	14	1	49	1.53
35006367--35006405	20	2.1	19	85	9	53	2	28	17	51	1.59
35020197--35020224	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
35020705--35020786	27	3.3	24	74	14	69	30	10	3	54	1.52
35026741--35026873	43	3.1	43	93	2	216	12	24	33	29	1.91
35031937--35031976	19	2.1	19	85	0	53	40	15	0	45	1.46
35039748--35039918	85	2.0	85	90	0	270	33	18	6	42	1.76
35041548--35041615	30	2.3	30	94	0	118	39	8	22	29	1.84
35043591--35043628	19	2.0	19	100	0	76	42	0	10	47	1.38
35045504--35045633	64	2.0	65	96	1	244	23	18	17	40	1.91
35046897--35046933	19	1.9	19	88	0	56	51	5	0	43	1.24
35049342--35049487	79	1.8	79	86	5	215	24	21	18	34	1.96
35049739--35049772	17	1.9	17	88	5	50	23	17	14	44	1.86
35056006--35056056	25	2.0	25	88	0	75	37	15	5	41	1.72
35057559--35057625	29	2.4	27	80	7	82	5	26	0	67	1.14
35060556--35060585	14	2.1	14	93	0	51	50	3	0	46	1.18
35063547--35063604	29	2.0	28	83	3	71	39	27	3	29	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35063432--35063634	112	1.8	112	85	0	289	38	27	7	26	1.83
35063810--35063885	32	2.4	32	100	0	152	61	0	11	26	1.30
35065443--35065482	21	1.9	21	89	0	62	60	0	27	12	1.33
35067706--35067738	4	8.2	4	100	0	66	24	0	24	51	1.48
35068252--35068339	20	4.4	20	80	8	81	44	4	10	40	1.59
35068611--35068673	20	3.2	20	76	13	58	36	4	12	46	1.63
35068575--35068689	40	2.9	39	71	5	95	42	4	13	40	1.63
35068611--35068728	20	5.8	20	72	15	55	38	2	16	43	1.61
35068730--35068772	19	2.3	19	83	0	59	39	6	6	46	1.58
35069311--35069376	29	2.2	31	84	10	84	36	0	3	60	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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