genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.315.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  315  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98183974--98184145	93	1.8	93	96	0	317	20	21	30	27	1.98
98187049--98187117	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
98187040--98187127	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
98189512--98189687	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
98189508--98189679	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
98191089--98191141	26	2.0	26	82	7	63	20	16	22	39	1.92
98193600--98193775	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
98193597--98193767	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
98195156--98195260	24	4.3	24	92	1	165	19	39	4	37	1.73
98195610--98195662	26	2.0	26	100	0	106	39	18	18	22	1.92
98205252--98205286	8	4.4	8	92	0	52	28	45	2	22	1.67
98208956--98209098	48	2.9	48	80	4	160	30	19	20	28	1.97
98208991--98209212	48	4.6	48	73	9	166	29	18	23	28	1.98
98217901--98218070	84	2.0	84	100	0	340	45	18	11	23	1.82
98220225--98220264	21	1.9	21	84	0	53	32	22	0	45	1.53
98220390--98220602	43	5.0	43	79	7	211	30	26	19	23	1.98
98220390--98220602	87	2.5	86	79	11	231	30	26	19	23	1.98
98224553--98224738	35	5.3	35	87	1	255	45	18	6	29	1.75
98224550--98224738	70	2.7	70	89	1	288	44	19	6	29	1.76
98231079--98231135	28	2.0	28	96	0	105	22	21	19	36	1.95
98236489--98236513	13	1.9	13	100	0	50	16	44	32	8	1.76
98239771--98239820	25	2.0	25	100	0	100	44	16	16	24	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98250673--98250728	16	3.4	16	69	26	53	32	32	3	32	1.75
98250664--98250733	34	2.1	34	97	0	131	28	34	5	31	1.81
98250671--98250723	18	3.1	18	68	26	51	32	30	3	33	1.76
98250700--98250925	49	4.7	47	90	4	362	30	30	7	32	1.85
98250700--98250925	96	2.4	94	90	5	364	30	30	7	32	1.85
98260609--98260792	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
98260649--98260837	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
98269383--98269420	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
98271047--98271115	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
98277391--98277428	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
98279046--98279104	28	2.1	28	100	0	118	45	25	11	16	1.82
98291041--98291156	40	2.9	40	94	0	205	25	21	28	25	1.99
98291045--98291182	40	3.5	40	90	3	199	24	23	28	23	2.00
98295754--98295805	19	2.4	21	78	21	63	30	17	26	25	1.97
98295768--98295807	19	2.1	19	100	0	80	25	15	32	27	1.95
98298815--98298894	39	2.1	39	100	0	160	33	7	22	36	1.82
98303311--98303359	21	2.3	21	92	0	89	38	46	8	6	1.58
98309538--98309621	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
98309482--98309665	50	3.7	49	85	4	235	25	17	27	29	1.98
98312315--98312348	15	2.2	16	94	5	61	11	8	17	61	1.54
98316487--98316859	49	7.6	49	96	0	665	34	7	27	30	1.84
98316942--98317014	37	2.0	37	97	0	137	23	20	31	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98319259--98319378	51	2.4	51	83	4	145	25	17	26	30	1.97
98319358--98319399	21	2.0	21	100	0	84	23	14	33	28	1.94
98325283--98325321	16	2.4	16	82	4	51	74	5	2	17	1.12
98330022--98330060	16	2.4	16	82	4	51	74	5	2	17	1.12
98334761--98334799	16	2.4	16	82	4	51	74	5	2	17	1.12
98353334--98353369	17	2.1	17	89	5	54	19	41	30	8	1.81
98357092--98357164	35	2.1	35	100	0	146	39	19	5	35	1.75
98361330--98361579	40	6.2	40	91	1	385	22	28	24	25	1.99
98369911--98370018	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
98369870--98370018	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
98377829--98377977	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
98377870--98377977	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
98379757--98379804	25	2.0	24	87	4	69	25	16	25	33	1.96
98381022--98381291	27	10.0	27	86	3	220	39	7	24	29	1.81
98381021--98381290	54	5.0	54	84	2	337	39	6	24	29	1.80
98381023--98381292	81	3.3	80	87	4	382	39	7	24	29	1.81
98381247--98381327	38	2.1	37	84	6	108	38	4	30	25	1.77
98381285--98381336	27	1.9	27	96	0	95	38	3	30	26	1.74
98381256--98381328	38	1.9	38	91	0	119	38	4	31	26	1.75
98386055--98386169	43	2.7	43	81	6	119	21	19	27	31	1.97
98390469--98390639	47	3.7	47	93	0	272	28	32	7	31	1.85
98394376--98394553	43	4.1	43	97	0	329	32	32	22	12	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98394536--98394747	40	5.2	42	82	4	211	25	27	22	24	2.00
98396674--98396845	47	3.7	47	92	0	263	28	32	7	31	1.85
98412837--98412873	19	1.9	19	88	0	56	51	2	13	32	1.55
98414759--98414838	42	2.0	42	82	9	103	16	40	21	22	1.91
98415640--98415702	31	2.0	31	96	0	117	38	33	3	25	1.72
98415864--98416128	48	5.6	47	74	10	184	25	27	18	27	1.98
98415864--98416125	141	1.9	143	80	8	322	25	27	18	27	1.98
98416037--98416139	48	2.1	48	85	0	143	29	27	18	25	1.98
98418044--98418228	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
98418045--98418236	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
98418044--98418261	79	2.7	79	79	6	183	24	23	27	24	2.00
98426952--98427118	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
98426968--98427118	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
98428306--98428411	54	2.0	52	83	10	135	29	16	18	35	1.93
98434946--98435112	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
98436305--98436414	56	2.0	54	82	10	134	28	16	18	37	1.92
98437296--98437487	40	4.8	39	76	5	127	25	23	27	23	2.00
98437296--98437480	79	2.3	82	81	7	211	24	23	27	24	2.00
98443199--98443465	24	11.1	24	97	0	462	35	25	18	20	1.95
98451234--98451524	24	12.1	24	97	0	510	36	25	18	20	1.95
98455743--98455819	39	2.0	39	89	0	118	24	25	22	27	2.00
98458128--98458168	21	1.9	21	85	5	55	31	7	0	60	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98471760--98471912	39	3.9	39	88	0	216	23	30	21	24	1.99
98471729--98471911	78	2.3	79	89	1	269	22	29	22	24	1.99
98482761--98482881	40	3.0	40	86	1	154	21	20	31	26	1.98
98489130--98489165	16	2.2	17	90	5	56	25	11	13	50	1.75
98489547--98489572	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
98490276--98490455	40	4.5	40	83	4	204	26	23	26	23	2.00
98490278--98490455	79	2.2	81	82	5	218	26	23	26	23	2.00
98497022--98497047	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
98497756--98497932	40	4.4	39	80	5	176	26	23	27	23	2.00
98497755--98497932	80	2.2	80	82	4	207	26	23	26	23	2.00
98497805--98497957	80	1.9	80	79	2	173	28	25	24	22	1.99
98500951--98501122	43	4.0	43	73	13	174	24	18	26	30	1.97
98503434--98503607	52	3.4	50	82	7	208	29	29	13	27	1.94
98511347--98511379	16	1.9	18	88	11	52	51	18	12	18	1.76
98511950--98512069	43	2.8	43	91	2	197	25	30	22	21	1.99
98518406--98518472	33	2.0	33	97	0	125	43	5	7	43	1.57
98518897--98518937	7	6.0	7	88	5	66	29	14	41	14	1.86
98519898--98519944	21	2.2	21	85	7	60	17	4	2	76	1.04
98532639--98532679	21	2.0	21	85	4	57	21	24	34	19	1.97
98538551--98538661	29	3.8	29	85	1	114	30	16	31	21	1.95
98546626--98546735	29	3.8	28	83	4	103	30	16	31	21	1.95
98546628--98546707	28	2.8	28	88	1	106	33	15	27	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98549892--98550002	29	3.8	29	85	1	114	30	16	31	21	1.95
98552365--98552736	49	7.7	49	77	5	319	25	28	19	26	1.99
98552466--98552732	97	2.8	96	79	7	290	23	27	21	27	1.99
98552367--98552824	146	3.2	146	83	4	506	24	27	19	27	1.99
98552665--98552782	46	2.5	47	84	5	150	23	29	17	28	1.97
98553163--98553236	29	2.5	30	84	6	96	33	24	8	33	1.85
98553186--98553243	29	2.0	29	89	0	89	32	31	5	31	1.80
98558483--98558616	43	3.1	42	80	7	137	32	26	17	23	1.96
98574578--98574607	13	2.2	14	94	5	53	53	0	0	46	1.00
98574697--98574744	22	2.1	24	85	14	66	41	6	0	52	1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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