genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.285.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  285  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88853724--88853894	39	4.3	39	88	3	195	26	21	27	25	1.99
88862917--88863067	40	3.8	40	91	6	227	23	26	28	21	1.99
88871656--88871809	27	5.7	27	85	0	191	26	22	18	33	1.96
88871656--88871827	54	3.2	53	84	3	209	27	20	16	34	1.94
88871682--88871827	27	5.4	26	75	14	91	26	21	17	34	1.95
88874140--88874185	21	2.1	22	84	4	58	39	52	4	4	1.41
88874467--88874584	27	4.4	26	78	7	85	28	22	16	33	1.95
88874493--88874638	54	2.7	54	78	2	150	28	21	15	34	1.94
88874494--88874638	27	5.4	26	76	12	114	28	22	15	34	1.94
88878944--88878974	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
88880806--88880889	41	2.0	41	88	0	123	38	8	9	44	1.67
88882078--88882120	17	2.5	17	84	3	50	25	2	20	51	1.60
88883757--88883801	23	1.9	24	86	4	65	22	2	28	46	1.63
88888035--88888157	43	2.9	43	81	2	131	26	13	26	33	1.94
88890061--88890326	47	5.6	47	69	14	145	22	26	19	30	1.98
88890112--88890515	47	8.7	46	73	12	224	23	28	20	28	1.99
88890110--88890414	91	3.3	91	77	8	344	23	27	20	28	1.99
88890063--88890509	187	2.4	186	88	1	646	23	27	19	29	1.98
88892324--88892433	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
88892324--88892473	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
88900347--88900456	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
88900347--88900496	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88902846--88903146	90	3.3	91	77	8	333	23	27	20	28	1.99
88902795--88903246	47	9.8	45	70	16	194	22	27	20	29	1.99
88902799--88903240	184	2.4	184	87	3	629	23	27	20	29	1.98
88905061--88905170	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
88905061--88905210	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
88913109--88913218	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
88913109--88913258	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
88921824--88922261	47	9.4	48	70	12	189	23	28	18	29	1.98
88921822--88922258	91	4.7	91	75	8	346	23	28	18	29	1.98
88921822--88922258	187	2.3	187	88	1	610	23	28	18	29	1.98
88931998--88932183	49	3.8	49	86	1	264	30	27	16	25	1.97
88932008--88932194	99	1.9	99	93	0	320	31	28	15	24	1.96
88932838--88932897	30	2.0	30	83	6	77	30	25	8	36	1.85
88935990--88936027	14	2.9	13	81	11	51	57	10	13	18	1.63
88938100--88938164	20	3.6	20	67	26	63	36	15	15	32	1.89
88938097--88938163	33	2.0	33	100	0	134	40	14	14	29	1.87
88938488--88938541	25	2.2	24	83	12	65	66	3	7	22	1.33
88944391--88944428	14	2.9	13	81	11	51	57	10	13	18	1.63
88947876--88947982	42	2.5	42	96	0	196	29	14	33	21	1.94
88947961--88948120	29	5.5	30	85	8	204	33	14	25	26	1.94
88947987--88948119	59	2.3	57	90	5	205	35	14	23	27	1.93
88955949--88956055	42	2.5	42	98	0	205	29	14	33	22	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88956034--88956193	29	5.5	30	88	8	213	33	14	25	26	1.94
88956034--88956193	59	2.8	57	88	4	214	33	14	25	26	1.94
88963329--88963460	29	4.6	29	84	1	149	25	16	32	25	1.96
88971245--88971375	29	4.6	29	82	3	140	25	16	32	25	1.96
88972860--88972971	27	4.2	26	80	7	125	17	23	22	36	1.95
88972860--88972971	54	2.1	54	86	3	154	17	23	22	36	1.95
88974041--88974149	41	2.6	42	88	4	150	36	25	16	21	1.94
88976712--88976840	27	4.8	27	87	0	168	27	15	17	39	1.90
88976712--88976861	27	5.6	27	84	1	158	27	13	18	41	1.87
88976712--88976869	81	2.0	81	85	0	217	27	15	17	40	1.89
88977209--88977250	18	2.3	18	87	0	57	21	21	14	42	1.88
88989664--88989778	24	4.8	24	97	0	212	35	26	17	20	1.94
88989761--88989834	29	2.6	29	97	0	139	28	32	14	24	1.95
88995386--88995624	49	4.8	49	81	3	280	29	27	17	25	1.98
88995391--88995624	100	2.4	99	84	4	292	29	27	17	25	1.97
89005306--89005434	42	3.0	42	77	6	152	31	25	13	29	1.94
89011536--89011603	20	3.4	20	81	0	73	36	20	5	36	1.77
89011775--89011850	23	3.3	23	80	7	75	31	18	23	26	1.97
89011771--89011839	22	3.1	22	83	6	77	36	18	21	23	1.95
89011771--89011885	45	2.5	46	80	8	110	34	20	20	24	1.96
89013706--89013768	29	2.1	30	97	2	119	33	9	19	38	1.84
89015229--89015253	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89017256--89017316	30	2.0	30	87	0	86	31	24	6	37	1.81
89020022--89020128	42	2.5	42	77	5	101	43	19	18	17	1.88
89023670--89023772	29	3.6	29	81	2	118	23	16	32	28	1.96
89031642--89031744	29	3.6	29	81	2	118	23	16	32	28	1.96
89034051--89034138	27	3.1	28	83	8	108	19	25	23	31	1.98
89041828--89041917	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
89041840--89041928	27	3.2	28	82	4	81	23	26	17	31	1.97
89041828--89041942	55	2.1	56	82	8	137	20	24	20	34	1.96
89043834--89043871	18	2.1	19	85	5	51	71	13	2	13	1.26
89051865--89051889	13	1.9	13	100	0	50	16	32	28	24	1.96
89052999--89053113	40	2.9	39	84	6	151	24	29	23	22	1.99
89053023--89053113	40	2.3	40	92	3	157	27	27	23	21	1.99
89059697--89059802	40	2.7	40	89	1	169	25	28	24	21	1.99
89065843--89065952	40	2.8	40	84	0	139	23	25	23	27	2.00
89069648--89069798	40	3.8	40	79	6	155	25	22	27	23	2.00
89081170--89081282	40	2.8	40	86	0	154	23	23	29	23	1.99
89084565--89084787	94	2.4	91	81	11	242	24	28	17	29	1.98
89084515--89084785	46	5.8	44	76	16	203	24	27	18	29	1.98
89084892--89084959	33	2.3	28	73	23	75	44	17	5	32	1.73
89084903--89084969	33	2.0	33	100	0	134	47	17	2	31	1.63
89095722--89095959	50	4.8	49	79	3	253	26	18	26	29	1.98
89095730--89095959	99	2.3	99	80	3	257	26	18	25	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89098812--89098878	29	2.3	29	87	5	91	35	1	0	62	1.04
89098832--89098881	18	2.6	18	81	9	55	32	2	0	66	1.03
89098840--89098881	18	2.2	19	87	8	59	28	2	0	69	1.01
89099655--89099700	9	4.9	9	84	7	56	58	2	2	36	1.22
89100444--89100493	7	6.1	8	76	21	50	32	0	0	68	0.90
89100441--89100498	26	2.2	26	93	0	98	39	0	0	60	0.97
89106044--89106069	7	3.7	7	100	0	52	76	0	0	23	0.78
89106993--89107082	44	2.0	44	95	0	162	32	4	14	48	1.63
89107144--89107189	24	1.9	24	82	8	58	52	2	2	43	1.25
89112441--89112567	40	3.2	40	77	4	132	24	24	28	22	2.00
89120351--89120501	40	3.8	40	77	6	146	27	23	26	22	2.00
89120388--89120517	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
89125439--89125503	33	2.0	33	84	0	85	12	24	18	44	1.84
89129551--89129701	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
89129588--89129717	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
89137567--89137717	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
89137604--89137733	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
89155191--89155238	25	1.9	25	82	0	60	33	22	16	27	1.96
89155282--89155331	20	2.5	20	96	0	91	36	10	20	34	1.86
89155369--89155563	24	8.0	24	91	4	284	29	22	21	26	1.99
89155369--89155549	74	2.5	72	93	2	299	30	22	20	26	1.98
89159983--89160012	15	2.0	15	100	0	60	40	13	0	46	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89160608--89160644	4	9.2	4	100	0	74	24	0	24	51	1.49
89163536--89163631	8	11.5	8	81	17	60	75	1	1	22	0.94
89163562--89163632	4	16.8	4	84	12	81	76	0	1	22	0.87
89170050--89170079	15	2.0	15	100	0	60	40	13	0	46	1.43
89186103--89186251	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
89186144--89186251	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
89194216--89194364	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
89194257--89194364	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
89204030--89204130	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
89211954--89212054	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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