genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  86  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25571861--25572015	43	3.6	43	79	6	120	33	23	14	27	1.94
25581829--25581960	29	4.6	29	93	0	210	27	15	32	25	1.95
25581829--25582017	87	2.2	86	80	5	202	24	15	33	25	1.95
25589751--25589882	29	4.6	29	93	0	210	27	15	32	25	1.95
25589751--25589939	87	2.2	86	80	5	202	24	15	33	25	1.95
25599133--25599178	24	2.0	23	91	4	74	41	26	19	13	1.88
25599240--25599385	65	2.2	65	83	7	172	36	22	18	22	1.95
25602351--25602453	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
25604906--25605110	40	5.2	39	84	4	214	24	26	21	26	2.00
25604906--25605110	80	2.6	81	83	4	238	24	26	21	26	2.00
25607595--25607760	40	4.2	40	85	1	199	24	27	22	25	2.00
25607595--25607763	80	2.1	80	85	4	225	24	26	22	26	2.00
25607616--25607796	40	4.6	40	84	4	192	23	25	23	28	2.00
25615954--25616056	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
25623595--25623799	47	4.3	47	91	1	293	31	8	31	28	1.86
25626845--25626915	24	3.0	24	91	0	115	36	1	36	25	1.65
25626840--25626939	48	2.1	47	81	7	112	37	4	37	22	1.73
25628331--25628443	27	4.2	26	83	8	127	17	23	23	36	1.95
25644979--25645071	18	5.2	18	85	2	125	33	21	10	34	1.88
25654672--25654698	6	4.5	6	100	0	54	81	0	0	18	0.69
25656700--25656729	14	2.1	14	100	0	60	60	26	0	13	1.34
25657010--25657146	40	3.4	40	87	4	204	32	18	29	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25656998--25657146	80	1.9	80	89	0	235	34	17	28	20	1.95
25669314--25669385	31	2.3	31	97	0	135	16	33	30	19	1.94
25678619--25678654	2	18.0	2	94	0	63	52	0	0	47	1.00
25678620--25678659	10	4.0	10	93	0	53	55	2	0	42	1.13
25679089--25679188	29	3.5	28	84	10	130	31	16	24	29	1.96
25679091--25679226	58	2.4	57	82	6	150	33	16	22	28	1.95
25681866--25681902	19	1.9	19	94	0	65	43	27	8	21	1.80
25681917--25681942	13	2.0	13	100	0	52	30	7	23	38	1.83
25683998--25686466	9	275.2	9	89	0	3435	60	0	5	33	1.20
25683998--25686466	15	165.1	15	90	0	3435	60	0	5	33	1.20
25683998--25686466	6	412.8	6	89	0	3435	60	0	5	33	1.20
25686895--25687117	48	4.6	48	87	2	279	22	17	33	26	1.96
25693503--25693773	95	2.8	95	84	5	332	23	19	30	25	1.98
25693503--25693771	48	5.6	48	87	4	337	23	18	31	26	1.98
25693549--25693809	143	1.8	143	81	3	328	23	19	30	26	1.98
25693798--25693838	20	2.0	20	95	0	73	14	17	31	36	1.90
25701550--25701620	34	2.1	34	97	0	133	32	16	19	30	1.95
25735419--25735526	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
25737141--25737284	54	2.7	54	95	2	254	17	25	23	34	1.96
25737144--25737302	27	5.9	27	83	11	193	18	25	22	33	1.96
25737144--25737302	81	2.0	80	85	8	216	18	25	22	33	1.96
25745572--25745632	31	1.9	32	90	9	99	49	9	0	40	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25745742--25745778	3	12.7	3	94	5	67	64	0	0	35	0.94
25749764--25749833	27	2.6	27	90	2	104	28	25	14	31	1.95
25758585--25758681	41	2.4	40	84	1	113	25	22	27	23	2.00
25769861--25770070	24	9.0	23	88	5	293	26	22	21	29	1.99
25769862--25770071	47	4.5	47	90	5	322	26	22	22	29	1.99
25770128--25770184	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
25770116--25770186	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
25770121--25770175	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
25770221--25770268	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
25771412--25771476	27	2.4	27	84	5	87	20	24	20	35	1.96
25771530--25771581	27	1.9	27	88	7	79	36	11	11	40	1.78
25771632--25771712	39	2.0	40	88	2	119	38	13	13	34	1.84
25771672--25771730	27	2.2	27	93	3	102	35	8	15	40	1.77
25771683--25771767	27	3.1	27	82	0	89	36	8	20	35	1.82
25771772--25772051	27	10.5	27	88	6	376	40	8	25	26	1.83
25771772--25772051	132	2.1	134	88	4	406	40	8	25	26	1.83
25772041--25772144	26	4.0	25	77	7	100	31	10	19	38	1.86
25772057--25772153	27	3.6	27	78	8	92	35	10	16	38	1.83
25772057--25772159	26	3.9	27	77	8	79	34	9	16	38	1.82
25775192--25775451	23	11.0	24	86	8	365	26	21	23	28	1.99
25775192--25775451	47	5.5	47	93	3	418	26	21	23	28	1.99
25775507--25775565	9	6.1	9	74	14	55	32	20	13	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25775496--25775566	20	3.5	20	90	0	106	30	22	12	33	1.91
25776798--25776862	27	2.4	27	84	5	87	20	24	20	35	1.96
25776914--25777131	27	8.0	27	80	2	184	32	10	18	38	1.84
25776924--25777199	27	10.1	27	80	5	162	33	9	19	37	1.84
25777004--25777156	81	1.9	81	80	0	180	32	7	21	37	1.82
25777124--25777415	27	10.8	27	87	4	367	38	8	25	27	1.85
25777412--25777510	27	3.7	27	78	5	94	30	10	19	40	1.84
25777439--25777519	27	3.0	27	80	8	76	34	9	17	38	1.83
25781950--25781980	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
25781947--25781986	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
25782196--25782326	55	2.6	49	82	7	154	19	24	17	38	1.93
25794186--25794371	40	4.7	40	84	4	243	24	20	26	27	1.99
25794186--25794394	80	2.7	79	78	7	239	25	21	26	27	1.99
25802163--25802348	40	4.7	40	92	3	306	24	22	27	25	1.99
25808949--25809106	40	4.0	40	91	0	253	30	28	17	23	1.97
25811867--25811979	27	4.2	28	79	11	112	37	20	22	20	1.95
25826870--25826981	27	4.1	27	91	0	170	33	20	22	24	1.97
25827331--25827397	33	2.2	30	78	17	75	28	17	25	28	1.98
25831360--25831548	55	3.5	53	77	2	189	19	23	19	38	1.93
25837428--25837613	55	3.5	52	75	10	151	19	24	19	36	1.95
25841561--25841663	29	3.6	28	82	5	118	28	26	15	30	1.96
25848752--25848809	29	2.0	29	100	0	116	27	41	3	27	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25849888--25849978	45	2.0	45	89	0	137	37	24	12	26	1.90
25852112--25852297	39	4.7	40	90	4	297	24	27	22	24	2.00
25852112--25852297	79	2.4	78	91	0	300	24	27	22	24	2.00
25860079--25860224	40	3.6	40	88	9	208	25	28	22	23	2.00
25861731--25861881	40	3.8	40	78	6	146	22	26	23	27	2.00
25861731--25861879	80	1.9	79	83	6	194	22	26	24	26	2.00
25869711--25869837	40	3.2	39	76	8	121	22	29	24	23	1.99
25869727--25869877	40	3.8	40	77	6	137	23	26	23	26	2.00
25869727--25869876	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	26	2.00
25869898--25869957	21	3.0	21	72	18	74	38	18	6	36	1.77
25879752--25879791	16	2.5	16	95	0	71	47	15	25	12	1.80
25883713--25883850	43	3.2	42	79	2	141	33	26	15	25	1.95
25889526--25889569	20	2.2	20	83	4	52	4	25	15	54	1.60
25892172--25892344	46	3.7	46	79	10	208	21	20	27	29	1.98
25892169--25892339	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.98
25892568--25892605	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
25898646--25898786	40	3.5	40	82	2	124	27	23	26	21	1.99
25898685--25898796	40	2.8	39	86	6	145	24	23	28	24	2.00
25906613--25906779	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
25909031--25909072	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
25909299--25909394	42	2.3	42	76	3	104	34	14	20	30	1.93
25910193--25910221	5	5.8	5	100	0	58	0	41	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25911302--25911330	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
25911569--25911647	33	2.4	33	81	10	81	26	26	24	22	2.00
25911582--25911647	33	2.0	34	82	8	82	28	24	25	21	1.99
25922547--25922578	6	5.3	6	92	0	55	18	0	31	50	1.48
25926289--25926448	43	3.7	43	77	8	148	31	25	17	25	1.97
25932242--25932594	176	2.0	176	98	0	688	30	9	18	41	1.82
25939353--25939392	4	10.2	4	94	5	73	50	0	0	50	1.00
25939504--25939536	17	1.9	18	88	11	52	45	0	12	42	1.41
25939528--25939567	18	2.3	17	86	4	53	37	0	10	52	1.35
25940770--25940814	24	1.9	24	90	4	74	53	22	0	24	1.46

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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