genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.389.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  389  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121137639--121137906	90	2.7	102	80	8	283	29	17	17	35	1.93
121137707--121138058	179	2.0	180	84	6	464	27	16	17	38	1.92
121137885--121137919	14	2.5	14	90	0	52	17	20	5	57	1.60
121137707--121138075	90	4.1	89	82	6	388	27	16	18	38	1.92
121139327--121139392	33	2.0	33	96	0	123	30	25	15	28	1.96
121139957--121140020	24	2.7	25	78	9	62	23	7	4	64	1.40
121140175--121140204	2	15.5	2	93	6	53	46	0	0	53	1.00
121147330--121147535	40	5.2	40	84	0	232	25	22	25	25	2.00
121148990--121149063	27	2.9	27	72	10	73	54	2	10	32	1.49
121160885--121160952	33	2.1	33	97	0	127	20	32	4	42	1.72
121176590--121176731	27	5.2	27	82	9	164	35	23	23	18	1.96
121176590--121176731	54	2.6	54	93	3	232	35	23	23	18	1.96
121177694--121177764	24	3.0	24	95	0	124	35	1	38	25	1.65
121177694--121177787	48	1.9	48	81	10	111	36	3	37	23	1.71
121179183--121179294	27	4.2	26	80	7	125	16	23	22	37	1.94
121180350--121180384	10	3.4	10	84	7	52	28	8	8	54	1.60
121182021--121182156	35	3.9	34	87	8	118	38	10	12	38	1.77
121182042--121182156	18	6.5	18	87	7	157	39	10	13	37	1.78
121182042--121182156	35	3.3	35	89	8	155	39	10	13	37	1.78
121182630--121182695	17	3.9	17	73	16	66	34	1	0	63	1.04
121182672--121182721	26	1.9	26	83	0	64	36	4	0	60	1.16
121187992--121188051	16	3.9	15	80	12	68	85	0	13	1	0.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121187995--121188051	19	2.9	19	84	10	62	84	0	14	1	0.71
121187993--121188051	21	2.8	22	84	5	68	84	0	13	1	0.69
121188920--121189099	44	4.1	44	76	8	177	31	15	23	29	1.95
121189088--121189565	119	4.0	119	94	0	812	33	17	19	29	1.95
121189489--121189757	82	3.2	83	91	2	441	31	21	20	26	1.97
121190143--121190237	19	5.3	19	86	9	137	38	9	13	37	1.78
121190143--121190237	37	2.7	35	91	6	147	38	9	13	37	1.78
121190720--121190779	17	3.5	17	74	21	63	33	1	0	65	1.03
121190721--121190779	16	3.5	16	76	23	59	33	1	0	64	1.04
121190756--121190805	26	1.9	26	83	0	64	36	4	0	60	1.16
121196084--121196141	11	4.9	11	83	12	71	84	0	13	1	0.70
121197009--121197188	44	4.1	44	76	8	177	30	15	24	30	1.95
121197177--121197653	119	4.0	119	95	0	821	33	17	19	29	1.95
121197577--121197935	83	4.2	83	89	6	549	31	21	20	27	1.98
121198323--121198432	17	6.5	15	71	26	78	39	10	14	36	1.80
121198321--121198446	19	6.9	19	86	10	183	39	10	13	36	1.79
121198321--121198446	35	3.5	36	90	6	186	39	10	13	36	1.79
121198921--121198986	17	3.9	17	73	16	66	34	1	0	63	1.04
121198963--121199012	26	1.9	26	83	0	64	36	4	0	60	1.16
121203892--121203962	24	3.0	24	95	0	124	35	1	38	25	1.65
121203892--121203985	48	1.9	48	81	10	111	36	3	37	23	1.71
121205372--121205483	27	4.2	26	82	7	116	17	23	21	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121207448--121207529	26	3.2	25	91	3	128	35	26	6	31	1.81
121209460--121209558	17	5.6	17	85	7	135	39	12	12	36	1.80
121209458--121209558	35	2.8	35	95	3	175	38	11	12	36	1.81
121209460--121209558	18	5.6	18	87	4	148	39	12	12	36	1.80
121209863--121209896	12	2.9	11	87	12	50	35	0	0	64	0.94
121209864--121209972	21	5.3	21	66	20	61	36	2	0	59	1.18
121209861--121209891	16	2.0	16	93	6	55	35	0	0	64	0.94
121209912--121210018	7	15.7	7	69	18	50	38	4	0	57	1.20
121210349--121210383	3	11.3	3	87	6	52	31	0	0	68	0.90
121221199--121221267	30	2.3	31	87	2	95	15	39	27	17	1.90
121221914--121221938	10	2.5	10	100	0	50	92	0	0	8	0.40
121222566--121222627	30	2.1	30	93	0	106	56	14	3	25	1.53
121225995--121226058	31	2.1	31	100	0	128	34	6	15	43	1.72
121230144--121230190	2	23.5	2	95	0	85	53	0	46	0	1.00
121230378--121230513	43	3.1	42	76	16	159	36	8	8	47	1.64
121233071--121233111	15	2.6	16	77	14	50	51	2	2	43	1.28
121233906--121233956	21	2.4	21	83	0	57	39	17	3	39	1.68
121235394--121235432	17	2.3	17	90	0	60	35	0	0	64	0.94
121236011--121236051	10	4.0	10	87	3	55	34	0	19	46	1.50
121244288--121244325	8	4.8	8	93	0	58	42	26	26	5	1.76
121244714--121244847	27	5.0	26	83	9	155	18	24	21	35	1.96
121244711--121244845	54	2.5	54	91	2	218	18	25	21	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121245907--121246101	31	6.3	31	86	0	246	18	37	26	17	1.93
121245990--121246045	18	3.4	18	69	23	59	19	41	23	16	1.90
121245907--121246101	93	2.1	93	88	0	282	18	37	26	17	1.93
121246091--121246164	32	2.3	32	90	0	121	21	37	20	20	1.94
121253612--121253706	50	1.9	50	82	4	120	34	5	4	55	1.42
121254626--121254652	13	2.1	13	100	0	54	29	14	33	22	1.94
121256744--121256849	50	2.1	50	92	1	178	29	15	22	33	1.94
121261172--121261197	13	2.0	13	100	0	52	15	30	38	15	1.88
121262577--121262917	175	1.9	175	96	0	637	35	19	15	30	1.93
121272167--121272227	32	1.9	32	100	0	122	36	13	27	22	1.92
121275079--121275106	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
121276622--121276685	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
121276709--121276800	42	2.2	42	86	3	123	40	21	10	27	1.87
121276942--121277108	23	7.1	23	92	2	253	27	20	23	28	1.99
121276940--121277108	47	3.6	47	91	2	268	27	20	23	28	1.99
121276940--121277109	24	7.2	23	90	3	232	27	20	22	29	1.99
121277155--121277225	20	3.5	20	92	0	115	32	21	12	33	1.91
121277262--121277309	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
121278458--121278522	27	2.4	27	84	5	87	20	24	20	35	1.96
121278574--121278791	27	8.0	27	80	2	184	32	10	18	38	1.84
121278553--121278805	27	9.3	27	77	5	179	32	9	20	37	1.85
121278783--121279042	27	9.6	27	83	8	296	41	9	21	27	1.84
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121278666--121278870	54	3.8	54	81	2	169	36	9	20	34	1.84
121278784--121279073	81	3.6	79	81	5	321	39	9	22	27	1.85
121285440--121285687	40	6.2	40	81	3	286	26	27	21	24	1.99
121285431--121285687	80	3.2	80	89	1	356	26	27	21	24	2.00
121285467--121285691	80	2.8	80	93	0	360	24	27	22	25	2.00
121294034--121294096	31	2.0	32	87	9	94	39	15	9	34	1.80
121296393--121296920	273	1.9	276	83	1	695	25	21	24	28	1.99
121297305--121297361	29	1.9	30	89	3	89	26	5	10	57	1.53
121297443--121297485	19	2.3	19	80	15	54	20	0	11	67	1.22
121301741--121301828	21	3.9	22	69	22	58	50	3	1	45	1.26
121303908--121303944	14	2.6	14	91	0	56	27	21	10	40	1.86
121307343--121307383	20	2.0	21	95	4	75	43	21	4	29	1.73
121318286--121318325	21	2.0	20	85	5	53	47	27	0	25	1.52
121321809--121322163	47	7.6	46	74	10	229	26	19	30	23	1.98
121321812--121322172	94	3.9	93	77	11	362	26	19	30	24	1.98
121323626--121323809	40	4.6	39	77	6	147	22	27	23	26	2.00
121323557--121323765	80	2.6	80	78	5	199	24	29	23	22	1.99
121328551--121328578	13	2.2	13	100	0	56	17	25	28	28	1.98
121330694--121330861	40	4.2	40	85	5	207	26	28	22	23	1.99
121330694--121330861	80	2.1	80	87	4	241	26	28	22	23	1.99
121337945--121338112	40	4.2	40	83	5	180	27	27	20	23	1.99
121337961--121338112	80	1.9	80	89	5	236	26	26	21	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121344769--121344938	46	3.7	45	80	4	196	28	28	20	22	1.99
121350283--121350455	46	3.9	44	79	12	217	28	28	19	22	1.98
121350291--121350457	92	1.8	90	93	5	291	28	29	20	22	1.98
121352761--121352877	55	2.1	55	85	3	155	29	22	26	21	1.99
121353789--121353826	18	2.1	18	95	0	67	42	47	2	7	1.46
121353803--121353827	13	1.9	13	100	0	50	40	48	0	12	1.40
121353852--121353898	6	7.5	6	86	9	58	76	6	0	17	0.98
121353917--121353984	9	7.6	9	89	0	91	29	8	17	44	1.79
121365952--121366150	86	2.3	87	84	0	265	32	14	11	42	1.81
121366636--121366751	39	2.9	40	79	3	126	39	18	17	25	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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