genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.280.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  280  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87166304--87166398	29	3.3	29	75	8	95	22	14	32	30	1.94
87175055--87175311	87	2.9	87	86	4	331	37	20	21	21	1.95
87175071--87175311	44	5.5	44	74	8	190	37	20	21	20	1.95
87175327--87175596	68	4.0	68	91	0	443	24	23	24	28	2.00
87175562--87175647	41	2.1	42	91	2	138	31	17	22	29	1.96
87176028--87176087	13	4.7	13	68	4	50	15	50	15	20	1.79
87176007--87176089	38	2.2	38	100	0	166	16	50	12	20	1.77
87176503--87176585	3	27.3	3	73	20	59	30	3	1	65	1.17
87176507--87176589	18	4.4	18	81	13	87	31	3	1	63	1.19
87178275--87178320	10	4.5	10	84	12	58	76	0	2	21	0.90
87179911--87179956	21	2.2	21	100	0	92	28	4	8	58	1.47
87184423--87184525	38	2.7	38	81	0	116	17	19	29	33	1.95
87190362--87190423	15	4.1	15	73	8	54	22	9	3	64	1.38
87191980--87192027	6	8.0	6	92	0	78	16	2	2	79	0.93
87192229--87192269	22	2.0	21	86	13	59	21	0	14	63	1.30
87200830--87200907	38	2.1	38	95	0	138	42	20	5	32	1.74
87206596--87206665	31	2.3	31	90	7	108	32	22	14	30	1.94
87206877--87206954	25	3.2	25	85	1	86	28	19	20	32	1.97
87206887--87206955	25	2.8	25	88	0	102	26	21	24	27	1.99
87207001--87207051	21	2.4	21	90	0	75	31	19	11	37	1.88
87211577--87211764	49	3.8	48	79	5	214	26	18	25	29	1.98
87211572--87211764	100	1.9	100	90	0	305	26	18	25	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87221092--87221313	40	5.6	40	91	1	331	23	21	26	29	1.99
87227714--87227900	71	2.7	68	90	5	227	19	28	17	34	1.95
87227737--87227900	71	2.3	71	98	0	319	19	27	17	35	1.94
87227737--87227934	71	2.8	70	90	3	249	21	27	17	33	1.95
87235312--87235475	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
87235312--87235509	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
87239857--87240077	40	5.6	40	90	2	322	23	21	25	29	1.99
87239857--87240077	79	2.8	80	90	3	340	23	21	25	29	1.99
87244471--87244524	26	2.1	26	96	0	99	18	22	22	37	1.95
87253408--87253755	49	7.1	49	97	0	653	33	9	27	29	1.88
87253824--87253910	37	2.3	36	94	5	147	20	19	33	26	1.97
87255790--87256098	40	7.8	40	93	2	453	28	19	25	26	1.99
87255790--87256098	79	3.9	80	89	2	453	28	19	25	26	1.99
87259650--87259940	49	6.1	49	89	7	438	35	8	26	30	1.86
87259826--87259901	40	1.9	40	97	0	143	36	2	26	34	1.71
87259865--87259960	51	1.9	49	87	4	138	35	7	28	29	1.84
87259672--87259973	89	3.3	92	79	12	327	34	7	27	30	1.85
87260009--87260095	37	2.3	36	92	5	138	19	20	33	26	1.97
87263032--87263256	38	5.9	38	82	0	261	15	20	28	35	1.93
87264957--87264986	15	2.0	15	93	0	51	63	0	6	30	1.20
87267579--87267621	21	2.0	21	100	0	86	37	0	18	44	1.50
87275631--87275656	7	3.7	7	100	0	52	0	11	46	42	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87277147--87277224	29	2.7	29	82	7	104	32	14	29	24	1.94
87292044--87292151	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
87297253--87297357	27	3.9	26	80	12	113	36	21	22	19	1.95
87297247--87297358	54	2.1	54	85	6	147	36	22	23	17	1.95
87298789--87298865	24	3.2	24	90	0	118	20	41	3	33	1.71
87299449--87299935	137	3.5	137	89	1	742	46	6	7	39	1.57
87304912--87304957	23	1.9	24	82	8	58	30	15	8	45	1.76
87307481--87307628	40	3.7	40	79	3	129	22	29	25	22	1.99
87323257--87323405	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
87323298--87323405	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
87331369--87331517	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
87331410--87331517	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
87344053--87344116	31	2.1	31	81	0	74	26	20	14	39	1.90
87344330--87344444	23	5.0	23	93	2	194	33	21	20	24	1.97
87344500--87344538	20	2.0	20	100	0	78	30	20	12	35	1.90
87344501--87344545	20	2.2	20	92	0	72	31	22	13	33	1.92
87344582--87344634	25	2.2	25	86	3	72	26	18	22	32	1.97
87344686--87344940	27	9.4	27	79	11	139	31	8	19	40	1.81
87344691--87344899	54	3.9	54	82	5	201	30	7	19	42	1.79
87344773--87344916	54	2.7	54	85	6	179	29	9	20	40	1.85
87344750--87344898	80	1.9	80	85	5	212	28	8	20	42	1.80
87344683--87344926	53	4.5	54	79	8	210	31	8	18	41	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87344747--87344926	80	2.2	78	80	6	200	29	7	20	42	1.79
87344926--87345048	27	4.6	27	86	0	156	40	8	22	27	1.84
87348423--87348466	20	2.2	21	80	12	56	43	4	15	36	1.68
87350363--87350454	27	3.4	27	86	3	123	28	22	7	41	1.81
87350446--87350588	27	5.3	26	72	10	92	37	21	12	28	1.90
87350486--87350589	27	3.9	27	78	2	120	39	21	9	29	1.85
87350699--87350768	27	2.6	27	100	0	140	31	20	30	18	1.96
87351484--87351540	9	5.8	10	80	15	66	35	5	21	38	1.76
87351491--87351548	11	5.6	11	78	15	70	36	8	18	36	1.82
87351482--87351548	20	3.3	20	91	4	109	35	8	19	35	1.83
87351893--87351989	38	2.6	38	100	0	194	30	17	26	24	1.97
87370512--87370578	27	2.5	27	92	0	107	28	14	26	29	1.96
87370809--87370941	54	2.4	54	79	8	128	47	13	6	32	1.69
87370675--87370883	81	2.6	81	72	1	186	43	16	8	32	1.77
87370582--87370926	27	12.8	28	75	9	152	42	18	8	30	1.79
87382427--87382486	26	2.3	26	82	5	77	40	5	18	36	1.72
87397457--87397573	44	2.7	44	84	4	157	29	26	17	26	1.98
87399575--87399612	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
87406770--87406863	43	2.2	43	84	0	116	35	28	18	18	1.94
87407843--87407945	43	2.4	42	82	6	109	34	22	14	28	1.93
87407867--87407985	44	2.8	42	78	6	114	33	25	16	24	1.96
87411485--87411543	29	2.0	29	80	6	66	40	3	13	42	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87414276--87414462	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
87414299--87414462	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
87414299--87414496	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
87421846--87422032	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
87421869--87422032	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
87421869--87422066	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
87424366--87424408	19	2.3	19	84	4	61	23	30	32	13	1.93
87430051--87430229	46	3.9	46	78	10	193	20	20	30	29	1.97
87430050--87430222	93	1.9	93	92	0	292	20	20	30	28	1.97
87434551--87434576	13	2.0	13	100	0	52	38	23	7	30	1.83
87441838--87441876	18	2.2	18	85	0	51	25	53	0	20	1.45
87444249--87444288	21	1.9	21	85	10	55	25	20	40	15	1.90
87448852--87449027	46	3.8	46	78	4	201	21	20	28	28	1.98
87448849--87449019	93	1.8	93	92	0	288	21	21	29	28	1.98
87451936--87452015	15	5.4	15	77	7	83	10	18	13	57	1.64
87451927--87452014	30	3.0	30	80	11	92	10	18	15	55	1.68
87454401--87454576	46	3.8	46	78	4	183	22	20	27	28	1.99
87454398--87454568	93	1.8	93	89	0	270	22	21	28	28	1.99
87456863--87456969	38	2.6	41	86	7	139	29	25	20	24	1.99
87460037--87460083	21	2.2	21	80	0	58	25	42	21	10	1.85
87460983--87461050	29	2.4	29	85	11	88	52	27	0	19	1.46
87473947--87474004	29	2.0	29	100	0	116	27	6	13	51	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87478398--87478564	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
87486401--87486567	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
87487925--87488019	43	2.2	43	86	1	129	29	15	23	31	1.95
87499523--87499683	42	3.8	42	76	8	155	32	25	16	25	1.96
87501600--87501633	17	2.0	17	100	0	68	64	11	11	11	1.50
87501885--87502035	43	3.5	44	79	4	164	29	12	23	34	1.92
87506502--87506539	20	1.9	20	89	10	60	36	7	7	47	1.62
87508651--87508899	40	6.2	40	91	2	385	22	28	23	25	1.99
87516822--87517071	40	6.2	40	91	1	385	22	28	24	25	1.99
87519264--87519663	201	2.0	201	98	0	773	27	23	24	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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