genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.318.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  318  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99268945--99269064	7	16.9	7	74	6	53	45	34	0	20	1.52
99268942--99269079	29	5.1	28	72	12	99	44	34	0	20	1.52
99268936--99269115	22	8.3	21	69	7	74	44	33	0	21	1.56
99269032--99269079	15	3.3	15	77	11	55	50	33	0	16	1.46
99269652--99269728	39	2.0	39	84	0	100	22	22	22	33	1.97
99276169--99276309	39	3.6	39	83	3	158	43	20	5	30	1.75
99281119--99281318	27	7.4	27	84	4	242	35	18	21	25	1.96
99281119--99281319	81	2.5	80	86	4	269	35	18	21	24	1.96
99285159--99285318	29	5.5	30	86	8	204	33	14	25	27	1.94
99285159--99285318	59	2.8	57	86	4	205	33	14	25	27	1.94
99290576--99290764	40	4.8	40	81	7	163	24	28	23	24	2.00
99290611--99290764	79	1.9	80	85	6	215	24	27	22	25	2.00
99297841--99298025	79	2.3	80	81	7	216	24	25	24	24	2.00
99297834--99298025	40	4.8	39	77	11	174	24	26	24	24	2.00
99301604--99301720	27	4.3	27	94	0	171	36	17	21	24	1.94
99309057--99309323	24	11.1	24	96	0	462	20	18	25	35	1.95
99311533--99311634	29	3.5	29	90	0	150	23	33	15	27	1.95
99319390--99319491	29	3.5	29	90	0	150	23	33	15	27	1.95
99322879--99322948	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
99330953--99331022	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
99333385--99333459	30	2.5	30	84	4	89	33	9	29	28	1.88
99333445--99333516	29	2.4	30	88	2	110	41	9	25	23	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99333497--99333576	30	2.7	30	92	0	133	42	8	20	28	1.81
99334001--99334179	52	3.5	52	78	4	161	25	26	17	29	1.98
99334578--99334616	17	2.3	17	95	0	69	35	15	0	48	1.45
99337658--99337812	47	3.2	47	78	4	141	35	24	14	25	1.93
99342199--99342274	23	3.3	23	94	0	116	21	19	21	38	1.94
99348501--99348540	13	3.1	13	96	0	71	17	32	35	15	1.91
99361331--99361360	15	2.0	15	93	0	51	50	33	13	3	1.58
99367691--99367802	23	4.9	24	79	8	92	25	19	16	38	1.93
99367726--99367804	23	3.5	22	84	8	97	22	21	16	39	1.92
99382794--99382885	44	2.2	41	84	9	114	36	23	15	23	1.93
99392424--99392460	12	3.0	13	84	11	51	35	16	13	35	1.88
99392424--99392492	18	3.8	18	73	7	59	27	17	14	40	1.88
99399711--99399735	6	4.2	6	100	0	50	68	0	0	32	0.90
99401371--99401400	12	2.5	12	88	0	51	70	3	0	26	1.03
99404168--99404211	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
99408877--99408970	29	3.2	29	95	0	161	25	28	15	29	1.96
99408839--99408970	58	2.3	58	82	2	158	25	33	15	25	1.95
99411692--99411735	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
99416471--99416580	40	2.8	40	85	0	148	23	26	23	26	2.00
99425986--99426195	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
99429345--99429414	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
99436186--99436255	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99442825--99443034	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
99452433--99452519	42	2.2	41	77	15	96	68	0	9	21	1.17
99452481--99452530	26	1.9	26	84	8	66	72	0	10	18	1.12
99463227--99463436	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
99471292--99471501	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
99479565--99479668	40	2.6	40	86	6	147	28	20	26	24	1.99
99486314--99486415	27	3.8	26	76	14	77	32	13	18	35	1.90
99486368--99486437	27	2.6	27	86	0	95	32	10	21	35	1.87
99489015--99489130	43	2.7	42	79	12	112	25	18	25	31	1.98
99489028--99489133	43	2.5	43	80	6	117	26	18	26	28	1.98
99490392--99490426	13	2.6	14	86	9	54	25	0	11	62	1.28
99494761--99494814	27	2.0	26	85	10	72	31	5	18	44	1.73
99497620--99498031	46	9.0	46	89	1	558	40	13	23	22	1.90
99498317--99498349	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
99504066--99504094	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
99505219--99505388	43	4.0	43	80	7	193	23	16	28	31	1.96
99505219--99505385	86	1.9	86	83	7	214	23	16	28	31	1.96
99507644--99507691	3	16.0	3	100	0	96	33	0	0	66	0.92
99509164--99509280	25	4.6	25	85	1	162	21	19	18	40	1.92
99510915--99510967	23	2.3	23	100	0	106	24	7	22	45	1.78
99513478--99513573	41	2.4	39	83	10	106	47	8	27	16	1.75
99514595--99514629	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99524140--99524254	29	4.0	29	88	4	99	26	21	14	37	1.92
99524152--99524254	29	3.5	29	94	2	179	24	23	14	37	1.92
99524151--99524284	59	2.2	60	88	1	198	25	24	14	35	1.93
99525552--99525587	18	1.9	18	88	5	54	11	25	0	63	1.27
99531813--99531944	29	4.5	29	97	1	246	24	24	14	37	1.92
99531813--99531944	59	2.3	59	97	1	248	24	24	14	37	1.92
99533232--99533267	18	1.9	18	88	5	54	11	25	0	63	1.27
99535558--99535632	30	2.6	29	89	4	114	33	9	25	32	1.88
99538503--99538610	35	3.1	35	98	0	207	36	5	18	39	1.74
99540851--99540891	22	1.9	22	90	5	66	12	43	26	17	1.84
99541606--99541658	22	2.4	22	96	0	97	15	39	26	18	1.90
99544869--99545306	222	2.0	222	99	0	867	32	13	21	32	1.92
99556961--99557054	40	2.3	41	85	7	122	25	15	27	30	1.96
99557570--99557594	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
99559087--99559225	62	2.3	61	83	3	163	28	14	30	26	1.95
99568082--99568195	27	4.2	26	84	5	129	36	22	23	16	1.94
99568082--99568195	54	2.1	54	86	3	158	36	22	23	16	1.94
99568610--99568645	8	4.5	8	92	0	63	2	25	22	50	1.63
99569820--99569929	26	4.2	26	95	0	175	35	24	5	34	1.79
99571102--99571137	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
99573501--99573538	18	2.1	18	95	0	67	36	15	15	31	1.90
99578616--99578689	27	2.8	27	87	2	96	16	25	22	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99579824--99579863	6	6.7	6	88	11	64	50	17	15	17	1.79
99579833--99579867	18	1.9	18	94	0	61	54	14	14	17	1.72
99579935--99580036	27	3.8	26	83	5	114	38	19	22	19	1.94
99580195--99580259	22	3.0	22	75	8	69	33	23	24	18	1.96
99580686--99580872	27	7.0	27	84	6	213	23	21	19	35	1.96
99580686--99580872	54	3.5	54	83	7	247	23	21	19	35	1.96
99580690--99580872	81	2.3	81	92	1	298	23	22	18	35	1.96
99580866--99580961	27	3.6	26	83	10	106	30	9	19	40	1.83
99580893--99580989	27	3.6	27	87	0	113	29	8	19	42	1.80
99580918--99581000	27	3.1	27	85	0	103	30	7	22	39	1.81
99580982--99581273	27	10.8	26	85	5	341	41	7	20	30	1.80
99580982--99581273	54	5.4	54	87	0	388	41	7	20	30	1.80
99580982--99581273	81	3.6	81	89	0	433	41	7	20	30	1.80
99589411--99589473	27	2.4	27	83	2	74	17	26	17	38	1.92
99589531--99589564	17	1.9	17	88	5	50	5	2	50	41	1.42
99590881--99591053	45	3.8	45	79	10	199	28	28	21	21	1.98
99590889--99591057	92	1.8	92	93	2	295	27	28	21	21	1.99
99593308--99593466	36	4.2	39	90	6	245	23	19	32	24	1.97
99593319--99593466	75	2.0	75	91	2	244	23	20	32	23	1.98
99601233--99601392	39	4.2	39	91	5	263	23	20	31	24	1.98
99601244--99601392	75	2.0	76	94	1	264	24	20	31	23	1.98
99601250--99601422	39	4.5	40	86	5	160	23	22	31	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99603714--99603921	40	5.2	40	84	4	233	25	22	26	25	2.00
99611810--99611956	40	3.7	41	81	6	160	26	23	26	23	2.00
99611810--99611975	40	4.2	40	75	10	146	25	22	26	24	2.00
99625810--99625848	14	2.8	14	84	0	60	53	12	7	25	1.65
99626061--99626093	13	2.5	13	100	0	66	18	27	12	42	1.85
99634496--99634875	48	7.9	47	75	9	295	29	18	28	23	1.98
99634497--99634874	96	3.9	96	85	0	488	29	18	28	23	1.98
99634505--99634875	144	2.6	144	80	5	410	29	19	28	23	1.98
99636568--99636624	28	2.0	29	86	3	80	43	3	21	31	1.69
99636568--99636633	28	2.3	28	84	2	78	43	3	21	31	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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