genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.56.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  56  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15795243--15795332	43	2.1	43	91	0	144	24	16	30	28	1.97
15795318--15795347	15	2.0	15	93	0	51	16	20	26	36	1.93
15797769--15797831	31	2.0	31	93	0	108	55	14	12	17	1.69
15800840--15800867	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
15803711--15803745	7	5.0	7	92	0	61	57	2	0	40	1.14
15816446--15816472	13	2.1	13	100	0	54	29	0	22	48	1.51
15819045--15819172	64	2.0	64	98	0	247	30	1	27	40	1.66
15819053--15819186	64	2.1	64	90	0	205	34	2	25	38	1.68
15819910--15819971	23	2.7	23	87	0	79	35	17	25	20	1.95
15825363--15825491	43	3.0	43	83	4	129	24	29	19	27	1.98
15825391--15825514	43	2.9	43	86	1	160	22	29	20	26	1.99
15832636--15832661	13	2.0	13	100	0	52	53	15	0	30	1.42
15833925--15833998	15	5.0	14	79	9	60	56	16	12	14	1.67
15835780--15835848	30	2.3	31	92	2	113	20	27	24	27	1.99
15845163--15845187	11	2.3	11	100	0	50	92	0	8	0	0.40
15845316--15845381	32	2.1	32	97	0	123	39	1	27	31	1.66
15845754--15845788	11	3.1	11	88	8	52	2	0	11	85	0.69
15853238--15853949	259	2.7	258	92	0	1199	41	14	10	33	1.80
15858760--15858822	17	3.5	17	77	14	63	34	0	1	63	1.04
15858760--15858829	18	3.8	19	78	12	74	34	0	1	64	1.03
15858776--15858832	28	2.0	29	86	10	82	31	0	1	66	1.02
15858781--15858840	27	2.2	27	79	5	68	35	0	1	63	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15864063--15864105	18	2.4	18	88	7	61	27	16	2	53	1.55
15866977--15867363	176	2.2	175	87	1	560	33	19	19	27	1.96
15869437--15869499	17	3.5	17	77	14	63	34	0	1	63	1.04
15869451--15869498	17	2.5	20	83	12	66	29	0	2	68	1.01
15869437--15869506	18	3.8	18	80	10	79	34	0	1	64	1.03
15869453--15869506	27	2.0	28	82	10	69	29	0	1	68	1.00
15871587--15871665	3	28.0	3	70	12	51	63	1	29	6	1.27
15871606--15871668	25	2.5	25	84	5	83	61	0	31	6	1.21
15871626--15871670	14	3.1	14	80	20	56	66	0	28	4	1.11
15871587--15871665	17	4.5	17	75	12	61	63	1	29	6	1.27
15873750--15873792	20	2.2	20	86	0	59	44	23	23	9	1.82
15876085--15876130	22	2.1	22	100	0	92	19	13	0	67	1.23
15878154--15878589	225	1.9	225	82	1	543	37	12	8	41	1.75
15895200--15895611	206	2.0	206	87	2	587	31	18	11	37	1.87
15896281--15896409	40	3.2	40	79	1	150	20	27	18	33	1.96
15896341--15896400	20	3.0	20	69	9	59	13	30	21	35	1.92
15901886--15901910	11	2.3	11	100	0	50	0	0	8	92	0.40
15903892--15903935	22	1.9	24	86	9	65	18	2	4	75	1.09
15906349--15906389	17	2.4	18	80	12	50	56	0	0	43	0.99
15910619--15910681	27	2.3	26	78	7	72	33	0	11	55	1.35
15910675--15910720	20	2.3	20	85	10	60	26	6	2	65	1.28
15914382--15914438	5	11.4	5	83	12	73	17	1	0	80	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15914382--15914445	16	3.8	16	86	10	92	18	1	0	79	0.81
15914380--15914442	21	3.0	20	88	11	74	19	1	0	79	0.82
15929471--15929674	40	5.1	39	84	3	167	26	27	21	24	1.99
15929458--15929674	80	2.7	79	81	3	229	26	26	21	25	2.00
15931604--15931740	69	2.0	69	92	2	231	41	18	23	16	1.90
15944922--15945011	46	1.9	48	90	4	148	28	18	26	25	1.98
15945883--15945943	32	1.9	32	86	6	88	9	24	36	29	1.88
15948473--15948526	25	2.2	25	100	0	108	20	3	31	44	1.69
15954813--15954874	32	1.9	32	93	0	106	38	22	8	30	1.83
15956557--15956727	46	3.7	46	78	12	179	27	20	29	22	1.98
15956557--15956770	46	4.7	42	76	13	142	27	19	29	22	1.98
15959362--15959408	24	2.0	23	84	16	60	23	8	21	46	1.78
15960296--15960409	42	2.7	41	81	8	140	27	18	26	28	1.98
15967357--15967510	27	5.5	27	82	4	164	31	25	14	28	1.95
15967357--15967510	29	5.5	28	81	6	145	31	25	14	28	1.95
15967357--15967460	55	1.9	55	100	0	208	35	24	13	26	1.92
15975219--15975372	27	5.5	27	82	4	164	31	25	14	28	1.95
15975219--15975372	29	5.5	28	81	6	145	31	25	14	28	1.95
15975219--15975322	55	1.9	55	100	0	208	35	24	13	26	1.92
15983030--15983200	93	1.8	93	94	0	306	28	28	21	22	1.99
15983025--15983197	46	3.7	46	78	13	201	28	27	20	22	1.99
15986439--15986556	43	2.8	42	76	11	116	26	17	25	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15988295--15988338	14	3.1	14	86	0	61	47	15	0	36	1.46
15995359--15995390	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
15998374--15998402	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
16004547--16004709	24	6.7	24	72	8	132	25	13	29	31	1.94
16011933--16012093	24	6.7	24	74	4	144	24	13	31	31	1.93
16013453--16013593	27	5.2	27	84	11	191	34	24	24	17	1.95
16013453--16013593	54	2.6	54	94	2	248	34	24	24	17	1.95
16013697--16013772	26	2.8	26	84	4	89	31	10	22	35	1.88
16015204--16015311	52	2.1	52	98	0	207	36	23	7	33	1.83
16015204--16015311	26	4.2	26	92	0	180	36	23	7	33	1.83
16020299--16020436	27	5.1	27	83	11	185	34	23	23	17	1.96
16020299--16020436	54	2.6	54	94	2	242	34	23	23	17	1.96
16028596--16028762	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
16030291--16030396	26	4.2	26	90	2	162	36	23	8	31	1.85
16030291--16030396	51	2.1	51	92	3	178	36	23	8	31	1.85
16032185--16032241	29	2.0	28	83	6	71	28	28	17	26	1.98
16035267--16035341	26	2.8	26	79	20	75	25	18	22	33	1.97
16037285--16037492	40	5.2	40	81	4	213	25	23	25	25	2.00
16037286--16037492	80	2.6	80	83	3	247	24	23	26	25	2.00
16040294--16040323	13	2.3	13	94	0	51	73	10	10	6	1.25
16053101--16053131	13	2.4	13	88	0	53	51	16	0	32	1.44
16057487--16057632	79	1.8	79	84	5	197	22	21	31	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16057490--16057607	39	3.0	39	91	1	182	22	20	32	24	1.98
16065401--16065554	39	3.9	39	86	0	191	22	21	31	24	1.98
16065401--16065554	79	1.9	79	85	2	211	22	21	31	24	1.98
16072578--16072608	13	2.4	13	88	0	53	51	16	0	32	1.44
16078237--16078637	50	8.0	50	76	5	371	27	19	24	28	1.99
16078242--16078423	101	1.8	101	83	0	247	27	20	23	28	1.99
16078191--16078625	151	2.9	151	87	3	601	26	18	24	29	1.98
16078393--16078574	101	1.8	101	91	0	301	27	20	25	26	1.99
16078835--16078866	16	2.1	16	94	5	57	43	0	18	37	1.51
16082564--16082748	40	4.7	40	85	7	166	25	20	27	27	1.99
16086847--16086884	2	19.0	2	94	0	67	50	2	0	47	1.15
16088051--16088207	43	3.7	43	76	9	151	33	28	15	22	1.95
16088049--16088207	85	1.9	85	87	9	234	33	28	15	22	1.95
16089170--16089222	26	2.0	26	82	13	65	49	13	1	35	1.53
16092532--16092698	40	4.2	40	77	6	144	25	22	28	23	1.99
16097979--16098140	43	3.8	42	79	4	164	32	27	16	24	1.96
16097979--16098140	85	1.9	85	83	8	213	32	27	16	24	1.96
16103731--16103769	20	2.0	20	94	0	69	23	10	30	35	1.88
16103810--16103834	13	1.9	13	100	0	50	32	16	8	44	1.76
16104428--16104465	19	2.0	20	89	5	60	71	2	7	18	1.23
16105732--16105797	24	2.8	24	88	0	87	27	19	25	27	1.99
16105761--16105823	24	2.6	24	84	0	72	30	17	28	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16112196--16112269	12	6.3	11	73	17	60	75	0	10	13	1.04
16112196--16112269	36	2.1	36	100	0	148	75	0	10	13	1.04
16116053--16116082	12	2.5	12	94	0	51	6	23	40	30	1.80
16119834--16120051	40	5.5	40	91	2	334	23	23	27	24	2.00
16123959--16124256	40	7.5	40	91	1	440	25	28	23	23	2.00
16129024--16129090	33	2.0	33	100	0	134	29	5	23	40	1.79
16131577--16131790	40	5.5	40	88	6	298	23	23	27	25	2.00
16131573--16131790	78	2.8	80	86	7	306	24	22	27	25	2.00
16135497--16135669	45	3.9	45	91	1	278	26	28	20	24	1.99
16141632--16141944	46	6.8	46	94	0	502	38	14	24	22	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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