genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.256.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   

This is table  256  of  433  ( 51894 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79786514--79786565	27	1.9	27	88	7	79	40	11	11	36	1.78
79786628--79786683	27	2.1	27	83	6	69	33	23	21	21	1.97
79787841--79787888	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
79787932--79787990	20	3.0	20	92	0	100	35	11	20	32	1.89
79788041--79788207	24	7.0	24	91	3	248	28	22	22	26	1.99
79788041--79788208	71	2.3	71	89	4	248	29	22	22	26	1.99
79788397--79788491	31	3.1	31	92	0	163	40	14	21	24	1.90
79790793--79790846	26	2.1	26	100	0	108	20	3	22	53	1.61
79795314--79795400	43	2.0	43	93	0	147	25	8	27	39	1.84
79813296--79813359	30	2.2	29	94	2	110	35	23	17	23	1.95
79815428--79815606	27	6.7	27	89	1	254	41	20	7	30	1.79
79815428--79815660	81	2.9	81	83	5	242	40	21	7	30	1.81
79815590--79815664	27	2.8	27	83	4	98	38	25	9	26	1.86
79815602--79816093	81	6.1	81	81	6	221	28	22	9	39	1.85
79815656--79816164	27	18.9	27	85	4	582	28	21	8	41	1.83
79815656--79816227	54	10.6	53	83	4	234	29	22	8	39	1.84
79817404--79817451	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
79817494--79817554	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
79817604--79817721	46	2.5	48	87	6	161	28	21	22	27	1.99
79817604--79817721	24	5.0	24	86	7	161	28	21	22	27	1.99
79817913--79817976	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
79820628--79820806	27	6.7	27	88	0	252	41	20	6	31	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79820628--79820833	81	2.6	81	84	5	256	41	20	7	31	1.79
79820790--79820864	27	2.8	27	85	4	98	38	25	10	25	1.88
79820681--79820860	81	2.2	81	83	3	211	40	22	8	28	1.83
79820856--79821363	27	18.8	27	86	3	630	27	22	9	40	1.84
79820856--79821427	54	10.6	53	84	4	252	29	22	9	39	1.84
79823712--79823879	40	4.2	40	78	7	146	26	21	26	25	1.99
79825722--79825769	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
79825812--79825872	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
79825922--79826064	24	6.0	24	91	4	209	28	22	22	26	1.99
79825922--79826064	47	3.0	47	90	5	207	28	22	22	26	1.99
79825922--79826065	71	2.0	72	89	4	220	29	22	22	26	1.99
79826256--79826319	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
79828579--79828701	48	2.6	48	85	5	167	26	18	27	26	1.98
79828737--79828896	50	3.2	50	88	2	225	28	21	27	22	1.99
79842347--79842497	40	3.8	40	77	11	132	26	23	26	23	2.00
79842387--79842513	40	3.2	40	77	4	132	24	24	28	22	2.00
79846788--79846941	40	3.8	40	82	7	159	24	22	27	25	2.00
79846788--79846982	80	2.4	80	79	5	214	24	22	26	26	2.00
79855617--79855824	40	5.2	40	81	2	202	26	22	25	26	2.00
79863602--79863676	29	2.6	29	78	4	80	21	36	21	21	1.96
79871447--79871521	29	2.6	29	80	0	87	22	36	20	21	1.96
79875528--79875734	40	5.2	39	81	4	193	24	26	23	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79875528--79875733	80	2.6	80	81	4	229	24	26	23	25	2.00
79883571--79883778	40	5.2	39	81	3	193	24	25	24	25	2.00
79883571--79883777	80	2.6	80	81	3	229	24	26	24	25	2.00
79893381--79893549	43	4.0	42	77	7	162	30	28	17	24	1.97
79898133--79898175	15	2.9	15	79	10	52	62	4	6	25	1.40
79910892--79911043	44	3.5	42	79	10	139	23	18	24	34	1.96
79910892--79911037	43	3.4	42	75	16	122	23	17	24	34	1.96
79910939--79911048	42	2.6	42	79	4	123	25	18	24	31	1.97
79918152--79918387	125	1.9	123	85	5	323	29	10	25	33	1.90
79918334--79918540	40	5.2	39	79	3	198	26	22	25	26	2.00
79922882--79923095	40	5.4	40	89	1	324	22	21	26	28	1.99
79931681--79931725	23	1.9	24	90	4	74	22	24	11	42	1.86
79931794--79931994	53	3.8	53	83	6	223	21	26	16	35	1.94
79931833--79931994	53	3.0	55	84	6	224	22	26	16	35	1.94
79934240--79934410	93	1.8	93	89	2	272	28	28	21	22	1.99
79934231--79934405	46	3.8	46	75	14	171	28	28	20	23	1.99
79936800--79936868	30	2.3	30	85	2	95	56	17	17	8	1.65
79936811--79936873	15	4.2	15	74	8	65	55	15	17	11	1.68
79938751--79938887	39	3.5	40	87	3	197	21	27	24	25	1.99
79940302--79940326	13	1.9	13	100	0	50	32	24	32	12	1.91
79943673--79943738	33	2.0	33	100	0	132	21	30	9	39	1.84
79946875--79947052	40	4.5	40	86	0	232	25	26	24	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79951113--79951283	93	1.8	93	93	0	297	27	29	21	21	1.99
79951105--79951280	46	3.8	46	80	10	205	28	28	21	21	1.98
79957984--79958205	108	2.1	108	99	0	435	31	14	28	26	1.95
79981166--79981373	55	3.9	54	81	4	213	22	25	15	36	1.94
79981166--79981380	54	4.0	54	81	4	209	22	25	15	36	1.93
79981180--79981380	109	1.9	108	85	3	278	22	25	15	36	1.93
79981352--79981473	47	2.6	47	94	0	208	26	22	13	37	1.91
79981336--79981607	47	5.8	48	78	8	179	23	24	17	34	1.96
79987383--79987541	55	2.9	54	82	5	187	23	26	15	33	1.95
79987332--79987548	54	4.0	54	79	7	199	22	25	15	37	1.93
79987542--79987615	37	2.0	37	94	0	130	28	27	10	33	1.90
79989749--79989778	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
79990033--79990062	15	2.1	15	93	6	53	30	6	26	36	1.82
79991729--79991894	43	3.9	42	82	7	167	25	22	28	24	1.99
79991840--79991920	41	2.0	42	82	7	103	29	19	29	20	1.97
79991870--79991974	40	2.6	40	73	1	102	27	20	28	23	1.99
79993736--79994013	50	5.5	49	77	3	223	31	25	16	26	1.96
79993736--79994013	101	2.8	99	79	4	279	31	25	16	26	1.96
79993728--79994013	150	1.9	150	83	3	376	31	25	16	26	1.97
79997509--79997623	46	2.5	44	86	6	142	28	15	29	26	1.96
79999519--79999558	15	2.7	15	88	7	55	57	17	10	15	1.64
80002214--80002243	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80002504--80002637	52	2.6	50	83	2	169	33	25	14	26	1.95
80004743--80004909	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
80011225--80011391	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
80015350--80015415	34	2.0	34	93	3	116	28	24	21	25	1.99
80016620--80016692	26	2.8	26	87	0	101	26	23	23	27	2.00
80016742--80016788	20	2.3	20	92	7	78	34	19	10	36	1.86
80025068--80025157	27	3.3	28	81	6	105	38	18	10	32	1.84
80025068--80025171	54	1.9	54	82	7	131	38	21	10	29	1.87
80025092--80025174	27	3.1	26	77	6	85	36	21	10	31	1.88
80025070--80025186	54	2.2	53	79	10	121	37	22	11	29	1.88
80025164--80025562	27	14.8	27	85	3	421	28	23	7	40	1.81
80025460--80025708	27	9.1	27	79	7	119	36	18	8	35	1.82
80025164--80025561	81	4.9	81	88	2	559	28	23	7	40	1.81
80025441--80025600	81	2.0	81	80	2	178	30	18	10	41	1.83
80025665--80025716	27	1.9	27	88	7	79	40	11	11	36	1.78
80025761--80025816	27	2.1	27	86	6	78	32	23	23	21	1.98
80026973--80027020	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
80027064--80027122	20	3.0	20	92	0	100	35	11	20	32	1.89
80027173--80027314	24	6.0	24	90	4	200	28	21	22	26	1.99
80027173--80027314	47	3.0	47	89	6	198	28	21	22	26	1.99
80027506--80027600	31	3.1	31	98	0	181	38	15	22	23	1.92
80029997--80030086	27	3.3	28	81	6	105	38	18	10	32	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80029997--80030100	54	1.9	54	82	7	131	38	21	10	29	1.87
80030021--80030103	27	3.1	26	77	6	85	36	21	10	31	1.88
80029999--80030115	54	2.2	53	79	10	121	37	22	11	29	1.88
80030093--80030491	27	14.8	27	87	4	452	27	23	8	40	1.83
80030362--80030637	27	10.1	27	79	6	119	35	19	8	36	1.82
80030093--80030490	81	4.9	81	91	3	588	27	23	8	40	1.82
80030363--80030535	81	2.1	81	78	4	179	30	19	9	40	1.83
80030594--80030645	27	1.9	27	88	7	79	40	11	11	36	1.78
80030708--80030763	27	2.1	27	86	6	78	32	23	23	21	1.98
80031921--80031968	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433