genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.284.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  284  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88519285--88519436	38	4.0	39	79	5	141	30	28	25	15	1.95
88531677--88531816	27	5.2	28	88	5	166	36	22	23	17	1.95
88531921--88531994	28	2.7	27	85	4	87	32	8	21	37	1.83
88532232--88532261	16	1.9	15	93	6	51	3	20	23	53	1.60
88533430--88533513	26	3.2	26	96	0	150	35	23	5	34	1.80
88537889--88537934	20	2.3	20	82	14	60	28	28	17	26	1.98
88538185--88538209	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
88539932--88539961	12	2.5	12	94	0	51	73	0	0	26	0.84
88540069--88540096	14	2.0	14	100	0	56	28	28	7	35	1.84
88541753--88541777	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
88543498--88543527	14	2.1	14	100	0	60	80	0	0	20	0.72
88547246--88547289	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
88549084--88549257	59	2.9	59	89	0	276	21	13	32	32	1.93
88554361--88554403	14	3.0	14	75	3	50	30	13	0	55	1.39
88554361--88554436	27	2.7	27	79	15	84	26	13	0	60	1.33
88557675--88557736	29	2.2	28	94	2	106	33	20	4	40	1.74
88557943--88558052	55	2.0	55	98	0	211	33	17	14	34	1.90
88557954--88558041	25	3.2	28	61	20	67	32	19	13	34	1.91
88565075--88565113	20	2.0	20	84	0	51	33	10	7	48	1.66
88576212--88576261	5	9.8	5	76	20	50	24	0	0	76	0.80
88576216--88576261	12	3.8	12	86	11	67	23	0	0	76	0.79
88576226--88576257	7	4.9	7	85	14	50	25	0	0	75	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88576221--88576257	19	1.9	19	100	0	74	24	0	0	75	0.80
88576216--88576264	19	2.7	18	80	20	66	24	0	0	75	0.80
88579433--88579470	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
88579950--88580003	23	2.3	23	73	17	58	46	16	0	37	1.48
88583381--88583463	29	2.8	30	88	3	123	24	27	12	36	1.91
88583413--88583532	29	4.1	29	80	8	120	21	28	15	35	1.93
88585708--88585757	21	2.4	21	89	0	73	20	22	20	38	1.94
88593692--88593768	38	2.0	38	94	0	136	37	15	22	24	1.93
88594469--88594506	15	2.7	15	84	15	55	44	0	0	55	0.99
88594893--88594929	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
88596402--88596432	8	3.9	8	91	0	53	54	0	6	38	1.26
88596402--88596432	16	1.9	16	100	0	62	54	0	6	38	1.26
88603923--88603992	25	2.8	25	80	0	77	32	22	18	25	1.97
88605999--88606080	43	1.9	43	84	0	110	32	28	15	23	1.95
88611448--88611544	28	3.7	26	80	17	103	28	25	14	30	1.95
88611499--88611570	28	2.5	28	88	4	99	31	27	13	26	1.94
88619415--88619512	29	3.5	26	85	13	101	29	26	14	29	1.95
88627418--88627547	29	4.5	29	86	6	165	28	26	13	31	1.94
88633909--88633933	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
88640771--88640802	12	2.8	12	90	9	50	18	0	0	81	0.70
88648667--88648704	11	3.4	11	89	10	51	23	0	0	76	0.79
88648670--88648704	17	2.0	17	88	5	52	22	0	0	77	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88652170--88652213	18	2.4	18	84	0	61	45	20	22	11	1.83
88659220--88659253	12	2.8	12	90	0	50	61	8	11	17	1.54
88669533--88669579	24	2.0	24	86	0	67	29	8	14	46	1.74
88675733--88675800	25	2.7	25	88	0	100	36	17	29	16	1.92
88675733--88675811	25	3.2	25	82	7	97	37	16	29	16	1.91
88683554--88683713	38	4.2	38	86	3	196	22	20	25	32	1.98
88688845--88688938	29	3.2	29	89	5	145	25	27	15	30	1.96
88690098--88690150	20	2.8	20	81	13	58	5	15	1	77	1.04
88696747--88696840	29	3.2	29	95	0	161	25	28	15	29	1.96
88696709--88696840	58	2.3	58	82	2	158	25	33	15	25	1.95
88698008--88698065	19	3.0	19	75	12	55	12	17	1	68	1.28
88702707--88702850	38	3.8	38	84	9	177	20	18	25	34	1.96
88705905--88705980	40	1.9	40	86	5	109	34	18	17	30	1.94
88708231--88708347	42	2.8	42	77	14	116	29	24	20	24	1.99
88709937--88709969	17	1.9	17	100	0	66	39	24	18	18	1.92
88717961--88718180	40	5.6	41	80	10	246	25	23	26	24	2.00
88727392--88727515	40	3.1	40	80	4	108	22	26	25	25	2.00
88727418--88727597	40	4.5	40	79	4	175	24	25	24	25	2.00
88727404--88727596	80	2.4	80	80	4	210	23	25	24	26	2.00
88735483--88735675	40	4.8	39	76	9	140	22	26	24	26	2.00
88735483--88735675	80	2.4	80	82	2	217	22	26	24	26	2.00
88735525--88735676	40	3.8	39	82	4	160	24	26	23	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88737402--88737586	40	4.6	40	82	7	223	24	22	27	25	2.00
88739004--88739171	79	2.2	79	97	2	322	26	21	17	35	1.95
88743809--88743879	3	24.0	3	91	8	119	66	0	1	32	1.01
88749005--88749129	41	3.0	41	80	0	151	35	12	26	25	1.92
88751250--88751289	21	1.9	20	85	10	53	50	7	2	40	1.44
88753099--88753148	25	2.0	25	96	0	91	40	14	12	34	1.82
88764749--88765087	47	7.3	47	93	2	567	32	8	30	28	1.86
88764745--88765087	92	3.7	93	93	1	573	32	8	30	29	1.86
88764746--88765087	139	2.5	139	95	1	605	32	8	30	28	1.86
88766942--88767289	40	8.8	40	91	2	562	21	22	30	25	1.98
88771228--88771571	47	7.4	47	94	1	577	32	8	30	29	1.87
88771228--88771571	185	1.9	187	93	1	593	32	8	30	29	1.87
88773602--88773717	29	4.0	29	82	7	130	29	28	14	27	1.95
88773593--88773704	58	1.9	58	83	3	145	28	28	15	27	1.96
88779324--88779559	64	3.7	64	82	7	289	27	16	30	25	1.97
88781060--88781093	13	2.6	13	90	0	59	29	23	29	17	1.97
88781817--88781930	28	4.0	28	83	8	133	29	28	13	28	1.94
88781808--88781917	56	1.9	57	85	3	150	29	30	13	27	1.94
88782855--88782901	21	2.2	21	100	0	94	27	8	29	34	1.87
88786433--88786614	55	3.4	54	74	3	152	19	24	17	38	1.93
88788991--88789023	16	2.1	16	100	0	66	57	18	12	12	1.64
88793871--88794073	40	5.1	40	87	1	201	26	21	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88793871--88794077	79	2.6	80	79	1	220	26	20	25	27	1.99
88802019--88802222	40	5.1	40	85	4	250	24	21	27	26	1.99
88807912--88807951	20	2.0	20	95	0	71	40	5	17	37	1.72
88813412--88813579	40	4.2	40	77	3	151	22	26	23	27	2.00
88821421--88821587	40	4.2	40	79	2	158	23	26	23	26	2.00
88821437--88821585	80	1.9	79	83	6	194	22	26	24	26	2.00
88823870--88823936	29	2.3	30	97	2	127	49	2	5	41	1.42
88824885--88825051	40	4.2	40	79	2	158	23	26	23	26	2.00
88824901--88825049	80	1.9	79	83	6	194	22	26	24	26	2.00
88826449--88826608	29	5.5	29	82	4	180	25	31	16	26	1.97
88834622--88834694	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
88837349--88837396	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
88837435--88837491	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
88837433--88837503	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
88837444--88837498	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
88837550--88837716	23	7.1	23	92	4	280	28	22	20	28	1.99
88837549--88837723	24	7.4	23	91	3	269	28	21	21	28	1.99
88837548--88837716	47	3.6	47	98	0	320	28	22	20	28	1.99
88838703--88838782	31	2.6	31	97	0	151	26	28	18	26	1.98
88838806--88838939	42	3.2	42	95	0	241	32	19	16	32	1.94
88839087--88839156	25	2.8	25	86	4	88	25	25	24	24	2.00
88839965--88840029	27	2.4	27	82	5	78	21	24	18	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88840061--88840377	27	11.7	27	77	5	280	31	8	18	41	1.81
88840147--88840357	81	2.6	81	90	1	316	31	8	18	42	1.80
88840171--88840377	81	2.6	81	92	1	326	30	8	19	40	1.82
88840146--88840405	54	4.8	53	78	4	252	29	8	19	42	1.81
88840409--88840606	27	7.3	27	80	5	204	40	8	23	28	1.83
88840409--88840594	81	2.3	81	88	1	266	40	7	22	29	1.81
88840452--88840626	81	2.2	81	86	2	235	39	8	21	30	1.83
88844344--88844480	40	3.5	40	91	3	224	23	23	29	23	1.99
88849398--88849518	43	2.8	42	79	6	120	28	15	24	30	1.96
88853724--88853863	39	3.6	39	91	0	208	27	20	27	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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