genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.309.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  309  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96391696--96391726	15	2.1	15	93	0	53	58	0	9	32	1.31
96396921--96396960	21	1.9	21	94	0	71	30	10	12	47	1.74
96396926--96396970	21	2.1	21	87	0	63	35	11	8	44	1.71
96400576--96400677	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
96407378--96407581	46	4.5	45	81	11	188	23	30	20	25	1.98
96407421--96407637	92	2.4	91	82	4	249	22	31	19	26	1.98
96407421--96407629	46	4.6	44	79	11	181	22	31	19	27	1.97
96413475--96413678	46	4.5	45	81	11	188	23	30	20	25	1.98
96413518--96413734	92	2.4	91	82	4	249	22	31	19	26	1.98
96413518--96413726	46	4.6	44	79	11	181	22	31	19	27	1.97
96418659--96418724	18	3.7	18	95	0	114	39	13	13	33	1.84
96420919--96420991	29	2.5	29	88	0	83	26	28	16	28	1.97
96423245--96423380	40	3.4	40	85	4	186	27	22	28	21	1.99
96431320--96431510	40	4.8	41	85	3	221	27	24	26	21	1.99
96431363--96431530	40	4.2	40	79	10	157	27	25	27	20	1.99
96431363--96431530	80	2.1	80	85	4	223	27	25	27	20	1.99
96432966--96433050	27	3.3	26	85	4	82	17	23	20	38	1.93
96432974--96433053	26	3.0	26	89	3	115	16	23	22	37	1.93
96432981--96433053	27	2.8	26	89	4	110	17	24	20	36	1.94
96433174--96433237	25	2.6	25	87	0	92	18	20	14	46	1.83
96434622--96434853	49	4.7	48	77	6	230	29	25	16	27	1.97
96448289--96448391	29	3.6	27	78	5	89	30	33	15	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96450325--96450417	29	3.2	29	87	0	123	33	16	27	22	1.95
96450325--96450430	29	3.7	29	82	5	115	30	16	31	22	1.95
96452133--96452262	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
96452149--96452300	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
96452149--96452298	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
96453001--96453038	16	2.2	18	86	9	53	21	0	0	78	0.74
96455233--96455387	29	5.4	29	70	11	122	27	30	18	23	1.98
96455251--96455419	58	2.9	58	92	0	277	28	27	19	24	1.99
96455317--96455416	29	3.4	29	69	10	87	30	24	21	25	1.99
96455585--96455794	43	4.9	43	95	0	384	31	34	23	10	1.88
96459261--96459547	27	10.6	27	83	0	358	40	20	8	31	1.82
96459261--96459547	54	5.3	54	89	0	421	40	20	8	31	1.82
96459505--96459781	54	5.1	55	86	2	341	34	18	20	26	1.96
96459532--96459780	27	9.2	27	88	0	345	34	18	21	26	1.96
96460072--96460112	20	2.0	20	90	0	64	12	12	31	43	1.79
96460129--96460187	22	2.7	22	84	5	75	22	27	20	30	1.98
96460345--96460409	27	2.4	27	82	5	78	18	23	24	33	1.96
96460575--96460662	6	14.3	6	76	13	72	19	18	14	47	1.82
96460565--96460662	31	3.2	31	91	0	151	19	18	14	47	1.82
96466145--96466214	27	2.5	28	90	6	108	28	14	28	28	1.95
96467814--96467921	23	4.5	22	82	12	110	31	21	23	24	1.98
96467807--96467921	46	2.4	47	84	9	137	33	21	22	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96472330--96472436	38	2.8	38	95	0	196	26	22	14	37	1.92
96472352--96472453	31	3.1	31	83	9	105	23	23	15	37	1.93
96472685--96472772	26	3.4	26	91	0	149	25	21	22	30	1.99
96472822--96472908	20	4.3	20	94	2	149	33	19	11	35	1.88
96472822--96472897	11	7.5	11	74	16	83	32	19	11	35	1.88
96472822--96472914	9	9.4	10	73	17	72	34	19	10	35	1.86
96479319--96479406	38	2.3	38	92	1	151	22	21	18	37	1.94
96479628--96479726	26	3.8	26	93	0	162	24	22	25	28	1.99
96479784--96479860	9	7.9	9	72	16	64	35	20	9	35	1.85
96479776--96479882	20	5.3	20	95	2	189	33	19	11	35	1.87
96484718--96484847	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
96492769--96492898	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
96500607--96500757	40	3.8	40	79	6	155	26	23	27	23	2.00
96500643--96500773	40	3.3	40	79	4	149	24	22	26	25	2.00
96505357--96505513	39	4.0	39	86	0	215	21	21	30	26	1.98
96513443--96513566	46	2.7	45	80	12	162	26	17	29	25	1.98
96516116--96516150	18	1.9	18	88	0	52	62	2	8	25	1.38
96517439--96517551	37	3.1	37	94	0	190	28	30	18	22	1.97
96517697--96517881	48	3.8	48	88	4	282	31	25	6	36	1.81
96517697--96517880	98	1.9	97	89	4	291	31	25	6	36	1.82
96517851--96518044	47	4.1	47	90	0	289	26	29	10	32	1.90
96517804--96518044	94	2.6	94	84	4	290	27	29	9	33	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96517944--96518015	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
96520911--96521008	29	3.4	29	85	1	126	27	29	16	26	1.97
96527901--96528120	49	4.5	49	97	2	401	32	8	31	28	1.86
96528000--96528082	27	3.3	27	63	27	72	32	4	30	32	1.79
96530031--96530246	46	4.6	46	78	10	190	26	18	30	24	1.98
96531384--96531423	21	1.9	21	84	0	53	12	35	27	25	1.92
96531806--96531913	44	2.4	43	81	7	128	29	25	17	27	1.97
96537233--96537480	122	2.0	123	95	0	444	40	19	11	28	1.87
96539490--96539537	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
96539576--96539632	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
96539574--96539644	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
96539585--96539639	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
96539691--96539857	23	7.1	23	91	4	271	28	22	20	28	1.99
96539690--96539879	24	8.0	23	88	5	265	28	22	21	27	1.99
96539689--96539857	47	3.6	47	96	0	311	28	23	20	27	1.99
96547622--96547669	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
96547708--96547764	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
96547706--96547776	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
96547717--96547771	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
96547823--96547986	23	7.1	23	91	4	260	28	21	20	29	1.98
96547822--96548008	23	8.0	23	86	8	247	28	21	21	28	1.98
96547821--96547986	47	3.6	47	95	2	293	28	21	20	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96548854--96549001	39	3.8	39	78	11	151	22	27	23	25	2.00
96548854--96549000	79	1.9	78	84	7	199	22	27	23	25	2.00
96556683--96556849	40	4.2	41	80	5	164	24	26	22	26	2.00
96564270--96564320	25	2.0	25	88	0	75	31	25	17	25	1.97
96564341--96564402	21	3.0	21	88	2	90	30	16	17	35	1.92
96564352--96564391	10	3.9	10	93	6	71	32	17	20	30	1.95
96566431--96566487	22	2.6	22	77	0	69	35	17	19	28	1.94
96567814--96567879	33	2.0	33	93	0	114	27	12	18	42	1.85
96575646--96575726	26	3.2	26	65	25	73	28	17	25	28	1.97
96575607--96576069	50	9.3	50	79	2	439	26	19	25	29	1.98
96575607--96576076	150	3.1	150	95	0	832	25	19	25	29	1.98
96577295--96577445	27	5.7	26	78	7	142	39	22	8	29	1.84
96577289--96577461	80	2.1	81	78	3	188	38	21	8	30	1.84
96577289--96577500	27	7.9	27	69	10	94	37	23	8	31	1.85
96577487--96577552	27	2.4	27	94	0	114	39	22	18	19	1.92
96577602--96577757	6	25.3	6	70	19	81	19	16	14	50	1.79
96577605--96577691	25	3.5	25	91	0	138	20	17	13	48	1.81
96577655--96577725	19	3.8	19	72	10	74	16	16	15	50	1.78
96578021--96578056	15	2.4	15	90	0	54	22	5	16	55	1.62
96590041--96590103	31	2.0	31	90	0	99	31	15	12	39	1.85
96601029--96601084	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
96601018--96601084	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96601133--96601253	24	5.0	24	87	7	165	29	21	21	27	1.98
96601133--96601262	49	2.6	48	84	9	165	31	20	21	26	1.98
96601445--96601507	31	2.0	31	93	0	108	36	15	23	23	1.94
96607212--96607387	68	2.6	69	78	12	177	34	15	28	22	1.94
96624893--96625057	47	3.5	46	82	4	206	23	15	27	33	1.95
96627687--96627822	35	3.6	35	76	17	112	33	22	11	32	1.90
96627844--96627955	53	2.2	52	87	7	158	25	27	16	29	1.97
96627856--96627960	53	2.0	53	90	3	167	27	27	18	26	1.98
96635272--96635439	35	4.6	35	84	9	185	33	23	11	31	1.90
96635267--96635439	75	2.4	74	83	9	205	33	23	11	31	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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