genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.282.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  282  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87800437--87800489	27	2.0	27	88	0	79	32	16	18	32	1.94
87805339--87805456	40	3.0	40	91	0	182	23	18	27	30	1.98
87807721--87807780	31	2.0	31	90	3	95	48	5	1	45	1.34
87810944--87811032	27	3.3	27	67	0	70	34	17	26	20	1.95
87822431--87822456	12	2.2	12	100	0	52	34	26	7	30	1.85
87824743--87824948	103	2.0	103	100	0	412	27	19	25	28	1.99
87827852--87827923	24	3.0	24	95	0	126	18	20	26	34	1.95
87834200--87834250	21	2.4	21	86	0	75	41	9	25	23	1.85
87841764--87841879	42	2.8	42	80	2	117	29	25	17	27	1.97
87843616--87843652	13	2.8	13	100	0	74	24	29	29	16	1.96
87861795--87861901	34	3.2	33	90	5	160	29	23	19	27	1.98
87869865--87869967	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
87872467--87872505	20	2.1	19	85	9	53	30	5	12	51	1.62
87874797--87874833	18	2.1	18	89	0	56	29	18	24	27	1.98
87876899--87876954	29	1.9	30	89	7	89	30	10	3	55	1.51
87876903--87876965	29	2.2	29	82	2	83	28	7	3	60	1.40
87883232--87883266	16	2.3	15	90	9	54	28	2	28	40	1.71
87886171--87886279	18	6.1	18	84	5	96	35	15	14	33	1.88
87886171--87886279	36	3.1	34	86	4	137	35	15	14	33	1.88
87887605--87887643	19	2.2	18	86	9	53	5	15	2	76	1.06
87899044--87899091	22	2.2	23	81	7	55	20	4	0	75	0.97
87905320--87905421	37	2.8	37	93	1	170	24	31	19	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87905562--87905754	48	4.0	48	91	1	307	31	28	5	35	1.79
87905571--87905754	95	1.9	95	93	0	314	31	27	5	35	1.80
87908391--87908557	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
87912531--87912633	37	2.8	37	95	0	179	24	31	20	24	1.98
87912774--87912967	48	4.0	48	93	0	316	31	28	5	35	1.79
87919746--87919848	37	2.8	37	95	0	179	24	31	20	24	1.98
87919989--87920182	48	4.0	48	93	0	316	31	28	5	35	1.79
87922819--87922985	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
87927625--87927804	89	2.0	89	93	2	308	27	15	19	37	1.91
87935399--87935479	27	3.0	27	87	0	117	30	22	20	25	1.98
87936677--87937054	48	7.9	48	76	0	279	27	17	28	25	1.98
87936677--87937054	96	3.9	95	84	1	432	27	17	28	25	1.98
87943694--87943794	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
87945848--87945949	28	3.5	29	81	6	109	27	27	14	30	1.95
87953717--87953817	29	3.5	29	81	9	116	28	26	13	30	1.94
87953716--87953817	28	3.5	29	81	6	109	28	27	13	30	1.94
87959243--87959291	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
87960112--87960278	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
87964298--87964463	80	2.1	81	82	3	201	26	25	21	26	1.99
87964285--87964464	40	4.5	40	80	8	179	26	25	21	26	2.00
87978059--87978573	99	5.4	98	79	10	401	25	29	17	27	1.97
87978057--87978519	49	9.7	48	76	10	218	25	29	16	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87978160--87978568	46	8.6	47	75	10	261	25	30	17	27	1.97
87979801--87980074	46	6.0	46	92	0	379	21	22	14	41	1.90
87982110--87982157	11	4.2	11	74	10	51	62	0	2	35	1.07
87993588--87993763	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
87993585--87993756	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
87998923--87999098	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
87998920--87999091	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
88002170--88002577	94	4.4	93	76	11	318	23	29	20	27	1.98
88002171--88002577	47	8.7	46	72	14	237	23	29	20	27	1.98
88002171--88002579	141	2.9	140	78	8	368	22	29	20	26	1.99
88003897--88003943	23	2.0	23	91	0	76	48	6	10	34	1.63
88005245--88005361	41	2.8	42	77	6	121	33	22	17	27	1.96
88008679--88008709	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
88008886--88009030	66	2.2	65	83	6	179	32	15	29	22	1.95
88010530--88010555	12	2.2	12	100	0	52	23	38	30	7	1.83
88012655--88012717	24	2.6	24	92	0	99	22	14	33	30	1.93
88012655--88012727	24	3.0	22	83	15	83	21	13	32	31	1.93
88019140--88019201	24	2.7	23	84	2	79	22	12	32	32	1.92
88023356--88023736	194	2.0	194	86	2	532	33	23	12	30	1.92
88026028--88026064	18	2.1	18	100	0	74	10	32	32	24	1.90
88038518--88038582	11	6.5	10	72	13	53	61	1	0	36	1.05
88038823--88038852	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88039087--88039120	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
88039412--88039438	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
88047629--88047726	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
88049741--88049781	15	2.7	15	80	0	55	51	17	14	17	1.77
88050034--88050073	19	2.1	19	100	0	80	42	10	20	27	1.83
88056239--88056279	15	2.7	15	80	0	55	51	17	14	17	1.77
88056532--88056571	19	2.1	19	95	0	71	42	7	20	30	1.79
88063171--88063212	17	2.5	17	84	3	50	42	9	0	47	1.36
88063298--88063337	19	2.1	19	86	9	55	37	12	5	45	1.64
88063464--88063589	65	1.9	65	95	0	225	23	15	13	47	1.80
88068289--88068347	28	2.1	28	100	0	118	16	11	25	45	1.82
88068985--88069135	54	2.8	54	90	0	239	30	7	21	40	1.81
88068982--88069135	81	1.9	81	87	0	227	31	7	21	39	1.82
88068982--88069135	27	5.7	27	81	0	200	31	7	21	39	1.82
88068993--88069162	81	2.1	81	77	2	180	32	7	21	38	1.82
88069130--88069451	27	11.9	27	83	6	411	40	9	22	27	1.84
88069129--88069459	54	6.1	54	91	0	511	39	8	23	28	1.84
88072260--88072542	18	15.3	18	71	12	144	36	15	12	35	1.85
88072247--88072542	36	8.0	36	71	9	193	37	15	11	35	1.85
88072339--88072542	18	11.3	18	78	4	151	37	16	11	34	1.85
88072341--88072542	72	2.8	71	81	5	226	37	16	11	34	1.85
88072700--88072804	45	2.3	45	88	0	156	40	20	20	18	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88073073--88073100	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
88074580--88074614	2	18.0	2	94	5	63	51	0	0	48	1.00
88074729--88074768	15	2.7	15	84	7	55	60	2	0	37	1.11
88075176--88075381	107	1.9	107	83	2	261	30	26	19	23	1.98
88082890--88082945	26	2.2	26	96	0	103	57	12	3	26	1.52
88088041--88088151	56	2.0	55	84	8	145	36	18	17	28	1.93
88089346--88089512	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
88097356--88097522	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
88106928--88106970	16	2.7	15	79	10	50	25	0	4	69	1.07
88108220--88108447	48	4.8	47	83	2	258	27	19	29	23	1.98
88108210--88108447	96	2.5	92	86	5	305	26	18	29	24	1.98
88112370--88112415	24	2.0	23	83	12	58	58	2	2	36	1.22
88114892--88115033	40	3.6	40	75	2	126	19	25	25	29	1.99
88116689--88116795	49	2.1	52	84	5	139	29	38	14	16	1.89
88121173--88121230	29	2.0	29	83	6	73	36	20	5	37	1.75
88123973--88124001	14	2.0	15	93	6	51	20	0	0	79	0.74
88128373--88128410	16	2.4	16	86	8	51	55	2	0	42	1.14
88129710--88130051	111	3.1	111	99	0	675	47	15	13	22	1.80
88136018--88136097	40	2.0	40	100	0	160	37	10	22	30	1.87
88136768--88136812	22	2.0	22	100	0	90	22	17	31	28	1.97
88136948--88137032	40	2.1	40	86	0	116	28	21	22	28	1.99
88141430--88141455	12	2.2	12	100	0	52	34	7	26	30	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88147957--88148047	47	1.9	47	97	0	173	20	6	24	48	1.73
88148259--88148300	15	2.9	14	82	10	50	11	16	23	47	1.80
88148396--88148432	18	2.0	19	89	5	58	37	0	8	54	1.30
88157377--88157411	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
88157769--88157803	14	2.5	14	90	0	52	17	37	14	31	1.89
88159586--88159617	16	1.9	17	93	6	57	68	3	3	25	1.18
88162388--88162439	17	3.0	17	81	10	61	46	3	0	50	1.20
88162404--88162450	17	2.7	17	83	3	58	42	6	0	51	1.27
88185449--88185485	17	2.1	18	90	5	58	27	8	0	64	1.21
88191193--88191289	45	2.2	45	83	5	117	39	6	23	30	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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