genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  90  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27115685--27115791	29	3.8	28	76	7	90	27	14	31	27	1.94
27120804--27120843	16	2.5	16	95	0	71	47	5	20	27	1.70
27121529--27121767	49	4.8	50	83	3	286	25	17	26	29	1.98
27123801--27123854	20	2.9	19	81	8	58	46	12	12	27	1.79
27125934--27125991	17	3.4	17	68	17	57	32	15	18	32	1.93
27125937--27126006	34	2.1	34	97	0	131	34	15	17	32	1.91
27126295--27126523	23	9.8	23	72	8	160	34	19	20	25	1.96
27126295--27126523	46	4.9	45	78	6	181	34	19	20	25	1.96
27134378--27134413	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
27139424--27139555	27	4.9	27	88	3	176	31	20	6	41	1.78
27139424--27139580	54	2.9	55	86	1	192	32	20	7	40	1.79
27139389--27139835	27	16.5	27	75	8	165	38	20	8	33	1.82
27139411--27139595	81	2.3	81	75	1	183	35	21	7	36	1.80
27139546--27139751	80	2.6	80	87	2	261	40	20	9	29	1.84
27139546--27139777	81	2.9	81	83	5	240	41	20	9	28	1.83
27139895--27139985	27	3.4	27	90	3	130	34	19	26	19	1.96
27140788--27140884	26	3.8	26	90	1	144	25	21	23	28	1.99
27141029--27141120	42	2.2	42	92	0	148	29	14	21	34	1.93
27145356--27145475	55	2.2	55	82	5	136	21	30	26	21	1.99
27148661--27148710	3	16.7	3	95	0	91	66	0	0	34	0.92
27164359--27164458	28	3.5	28	87	5	121	30	27	14	29	1.95
27172032--27172132	28	3.5	29	86	6	125	29	26	13	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27172804--27172844	19	2.2	19	100	0	82	31	36	14	17	1.90
27173826--27173879	28	2.0	27	85	3	72	33	20	25	20	1.97
27174610--27174677	27	2.5	27	83	4	84	30	10	20	38	1.86
27180188--27180247	27	2.3	26	85	2	75	35	20	21	23	1.96
27180901--27180972	27	2.7	27	84	0	81	23	23	22	30	1.99
27184245--27184282	12	2.9	13	80	11	51	47	0	15	36	1.46
27184536--27184658	17	6.9	17	72	15	72	64	0	4	30	1.18
27184549--27184577	12	2.4	12	100	0	58	65	0	0	34	0.93
27184510--27184627	31	4.1	28	74	19	93	63	0	4	31	1.19
27184618--27184685	24	2.7	26	81	9	77	61	2	2	32	1.26
27186100--27186424	44	7.4	44	90	0	418	29	29	12	27	1.93
27186548--27186685	44	3.1	45	84	7	140	26	24	15	33	1.95
27186585--27186685	44	2.3	44	89	3	159	29	25	14	29	1.95
27193085--27193127	18	2.4	18	92	0	68	25	34	9	30	1.87
27194676--27194717	22	1.9	22	100	0	84	19	19	38	23	1.93
27198630--27198667	12	2.9	13	80	11	51	47	0	15	36	1.46
27198678--27198728	19	2.8	18	78	21	61	62	0	5	31	1.19
27198941--27199045	20	5.8	17	70	19	63	64	1	3	29	1.21
27198938--27198963	12	2.2	12	100	0	52	65	0	0	34	0.93
27198981--27199034	20	2.7	21	80	13	69	64	1	5	27	1.26
27199009--27199072	24	2.5	25	85	7	76	62	1	3	32	1.20
27200452--27200644	44	4.4	45	84	3	214	30	28	12	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27200778--27200905	44	2.9	44	86	1	175	27	25	15	31	1.96
27206510--27206659	41	3.7	41	79	1	185	28	27	23	20	1.99
27215587--27215611	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
27215812--27215859	21	2.4	19	73	10	51	60	2	6	31	1.33
27215855--27215885	14	2.2	14	94	0	53	54	0	9	35	1.33
27216059--27216094	11	3.3	11	92	7	56	63	0	0	36	0.94
27216053--27216126	30	2.4	32	81	16	95	64	0	2	32	1.07
27216058--27216174	17	6.8	15	70	19	54	63	0	4	31	1.20
27216109--27216163	20	2.7	21	81	13	71	63	1	7	27	1.31
27216138--27216201	24	2.5	25	85	7	76	62	1	3	32	1.20
27217987--27218114	45	2.9	44	86	6	179	24	21	28	26	1.99
27221528--27221577	25	2.0	25	96	0	91	18	12	26	44	1.84
27226205--27226309	45	2.4	45	95	1	185	24	22	25	26	2.00
27230194--27230229	7	5.1	7	86	0	54	58	0	0	41	0.98
27230243--27230291	20	2.5	19	83	12	55	55	0	10	34	1.34
27230427--27230451	12	2.1	12	100	0	50	68	0	0	32	0.90
27234924--27234970	24	2.0	24	91	0	76	36	2	38	23	1.67
27236387--27236499	27	4.2	26	80	8	118	18	23	21	37	1.94
27239993--27240258	46	5.7	46	68	12	168	22	19	28	28	1.98
27240038--27240200	47	3.5	47	74	14	174	23	20	29	26	1.99
27240000--27240251	93	2.7	93	88	0	369	22	19	28	28	1.98
27246196--27246230	17	2.1	17	100	0	70	48	17	0	34	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27251587--27251681	43	2.2	43	92	0	154	25	17	25	31	1.97
27251663--27251986	56	5.8	56	88	4	465	27	14	24	33	1.94
27251627--27252013	112	3.5	111	83	4	472	26	15	24	33	1.95
27251627--27252013	168	2.3	168	82	5	512	26	15	24	33	1.95
27255542--27255721	40	4.5	40	90	2	274	25	22	25	26	2.00
27255542--27255761	80	2.8	80	85	4	223	26	21	25	26	1.99
27255542--27255761	120	1.8	119	81	8	277	26	21	25	26	1.99
27258738--27258782	20	2.3	19	85	7	63	22	0	2	75	0.91
27261662--27261704	23	1.9	22	86	13	61	25	16	13	44	1.85
27265294--27265353	22	2.7	23	87	5	63	28	21	25	25	1.99
27265316--27265391	22	3.4	22	85	5	91	32	17	23	26	1.96
27265350--27265400	23	2.3	22	80	6	57	35	17	23	23	1.95
27272675--27272773	22	4.4	23	85	3	139	32	19	22	26	1.97
27272675--27272773	45	2.2	45	90	0	153	32	19	22	26	1.97
27272675--27272773	23	4.4	21	81	9	108	32	19	22	26	1.97
27277481--27277530	17	2.9	17	78	0	64	18	8	2	72	1.19
27277872--27277926	6	9.0	6	92	4	83	16	3	0	80	0.86
27281529--27281680	40	3.8	40	78	8	132	23	23	27	25	2.00
27283901--27283927	12	2.2	12	100	0	54	44	7	11	37	1.68
27286187--27286224	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
27287853--27287921	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
27294196--27294233	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27295860--27295928	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
27300767--27300805	11	3.6	12	77	22	50	15	5	0	79	0.90
27301949--27301979	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
27305718--27305814	48	2.0	48	95	0	176	32	13	17	36	1.89
27305828--27305866	17	2.3	18	82	13	55	12	7	2	76	1.09
27310287--27310317	13	2.4	13	88	0	53	12	29	35	22	1.91
27322400--27322584	40	4.6	39	84	5	203	25	20	27	25	1.99
27322429--27322607	80	2.2	80	79	8	179	28	19	26	25	1.99
27322507--27322603	40	2.4	40	83	6	108	25	22	26	24	2.00
27327450--27327487	20	2.0	20	89	5	60	13	42	2	42	1.57
27341010--27341234	40	5.7	40	87	5	278	26	28	21	24	1.99
27341012--27341234	119	1.9	120	85	6	310	26	27	21	24	1.99
27345757--27345783	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
27347512--27347613	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
27355352--27355453	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
27358588--27358717	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
27358604--27358753	40	3.8	40	77	6	137	22	26	23	27	2.00
27358604--27358751	80	1.9	78	81	8	183	22	27	23	27	1.99
27366578--27366707	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
27366594--27366745	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
27366594--27366743	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
27368810--27368933	29	4.3	29	85	2	171	29	30	15	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27369153--27369195	16	2.7	16	96	0	77	6	20	23	48	1.73
27369152--27369195	8	5.6	8	81	2	54	9	20	22	47	1.78
27379192--27379229	19	2.0	19	100	0	76	21	15	5	57	1.57
27382114--27382320	53	3.8	53	73	4	164	38	16	24	20	1.93
27391325--27391423	22	4.5	22	75	1	101	35	17	26	21	1.95
27395337--27395458	22	5.3	22	64	24	72	31	12	29	26	1.92
27395328--27395446	25	5.0	25	60	19	65	32	11	28	26	1.92
27395217--27395515	47	6.4	47	95	0	481	33	10	29	26	1.89
27395513--27395619	46	2.3	46	88	0	151	36	7	29	26	1.84
27402820--27402865	17	2.8	17	83	9	51	56	0	4	39	1.19

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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