genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.314.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  314  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97916448--97916591	27	5.3	27	90	0	225	34	20	22	22	1.96
97917010--97917080	31	2.3	31	92	0	115	21	15	14	49	1.79
97917044--97917108	25	2.6	25	90	0	94	18	20	15	46	1.84
97917010--97917122	6	18.3	6	67	18	63	20	17	14	47	1.82
97919377--97919432	3	18.7	3	80	10	53	0	23	3	73	0.99
97919380--97919432	14	3.8	13	79	16	54	0	22	3	73	0.99
97919376--97919434	11	5.4	11	73	26	54	0	23	3	72	0.99
97933257--97933362	51	2.1	51	83	3	133	33	25	16	25	1.96
97935157--97935470	47	6.6	47	72	16	208	27	20	28	23	1.99
97935154--97935378	94	2.4	93	79	6	229	27	19	30	22	1.98
97939360--97939478	6	19.3	6	71	17	84	49	13	17	19	1.79
97939381--97939478	25	3.7	25	75	15	97	48	13	18	19	1.80
97939374--97939455	31	2.6	31	86	0	110	48	13	18	19	1.80
97939381--97939478	31	3.4	30	71	16	89	48	13	18	19	1.80
97939600--97939677	27	2.9	27	82	0	93	41	19	20	19	1.91
97939628--97939694	27	2.6	25	81	13	73	38	17	23	19	1.93
97939836--97939894	22	2.7	21	84	5	64	32	23	25	18	1.97
97941656--97941785	40	3.3	39	78	11	147	23	24	26	24	2.00
97949638--97949789	40	3.9	38	80	10	139	26	23	26	23	2.00
97949677--97949788	39	2.8	38	85	9	136	24	24	27	24	2.00
97949676--97949804	40	3.3	39	80	10	154	24	24	26	25	2.00
97951797--97951866	21	3.0	21	85	12	77	30	14	31	24	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97952752--97952785	17	2.1	16	88	5	50	52	0	17	29	1.45
97959701--97959808	57	1.9	57	88	3	164	31	14	27	25	1.95
97959701--97959808	28	3.8	28	91	4	155	31	14	27	25	1.95
97959702--97959832	29	4.6	28	87	4	77	29	16	29	25	1.96
97959699--97959819	57	2.1	57	83	3	163	31	16	27	24	1.96
97966896--97966936	12	3.3	12	81	18	57	63	0	0	36	0.95
97966881--97966940	25	2.4	25	94	0	102	63	1	0	35	1.05
97969399--97969429	2	15.5	2	93	0	53	51	3	0	45	1.17
97971382--97971410	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
97973513--97973551	21	1.9	20	85	15	53	41	15	15	28	1.87
97977786--97977870	44	2.0	44	82	13	106	31	12	21	34	1.91
97988066--97988101	18	1.9	19	88	5	56	63	0	25	11	1.27
97988946--97988974	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
97989452--97989583	29	4.5	29	97	1	237	37	14	23	24	1.92
97989452--97989583	59	2.3	58	95	1	237	37	14	23	24	1.92
97989422--97989583	88	1.8	89	90	1	263	36	14	24	25	1.93
97992157--97992186	15	2.1	15	93	6	53	30	6	26	36	1.82
97997643--97997690	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
97997729--97997785	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
97997727--97997797	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
97997738--97997792	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
97997844--97997962	23	5.1	23	93	2	202	27	21	21	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97997842--97997962	47	2.6	47	94	1	208	28	21	21	28	1.99
97997844--97997983	70	2.0	71	90	4	221	27	21	22	28	1.99
97999724--97999856	49	2.7	49	87	2	187	22	27	21	29	1.99
97999888--97999991	46	2.2	46	84	3	127	24	28	16	30	1.96
98008150--98008357	40	5.2	39	82	6	222	27	26	20	25	1.99
98013348--98013394	24	2.0	24	95	0	85	29	27	17	25	1.97
98016314--98016521	40	5.2	40	82	1	188	26	26	21	25	1.99
98016314--98016521	80	2.6	78	81	5	236	26	26	21	25	1.99
98020835--98020906	21	3.3	21	66	17	56	22	19	16	41	1.90
98020835--98020976	45	3.2	45	83	5	180	23	20	15	40	1.91
98020851--98021002	45	3.4	45	83	2	180	24	20	17	38	1.93
98022426--98022469	19	2.4	19	92	3	72	34	0	0	65	0.93
98022435--98022488	25	2.2	25	89	0	81	37	0	0	62	0.95
98024105--98024134	14	2.1	14	93	0	51	46	36	0	16	1.47
98024180--98024245	6	9.6	7	73	17	50	27	1	30	40	1.65
98024180--98024221	21	2.0	22	90	4	68	26	0	28	45	1.54
98024190--98024245	14	4.1	14	78	10	55	26	1	30	41	1.66
98025557--98025600	21	2.1	21	95	0	79	29	0	25	45	1.54
98025729--98025880	9	16.1	9	70	17	78	63	1	5	29	1.27
98025730--98025798	19	3.7	18	79	9	77	63	2	2	30	1.23
98026107--98026151	19	2.3	20	84	3	56	31	6	4	57	1.44
98026268--98026546	96	3.0	92	78	8	287	35	12	19	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98026265--98026554	92	3.1	91	77	8	280	35	11	20	33	1.89
98028576--98028640	25	2.7	25	83	9	82	33	12	27	26	1.92
98029477--98029513	16	2.3	17	81	13	51	35	5	0	59	1.20
98034457--98034628	93	1.8	93	94	0	308	27	30	21	20	1.98
98034449--98034624	46	3.8	46	81	10	223	28	29	21	20	1.98
98034500--98034643	46	3.1	45	75	11	148	29	29	20	20	1.98
98044222--98044248	14	1.9	14	100	0	54	22	22	18	37	1.95
98054508--98054546	21	1.9	19	90	10	60	12	2	12	71	1.24
98054643--98054681	21	1.9	20	94	5	69	30	0	23	46	1.53
98054643--98054689	21	2.3	21	85	10	62	31	2	21	44	1.64
98054710--98054775	28	2.3	29	70	21	66	50	3	19	27	1.63
98055697--98055761	21	3.1	21	100	0	130	23	13	18	44	1.85
98058975--98059005	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
98058972--98059011	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
98059266--98059452	55	3.5	53	78	10	182	24	22	17	35	1.95
98060986--98061092	54	2.0	55	86	1	153	26	23	13	37	1.91
98061071--98061192	47	2.6	47	92	0	199	26	22	13	36	1.92
98061948--98062005	30	1.9	30	82	3	71	32	22	6	37	1.81
98073220--98073322	29	3.6	29	77	6	102	25	16	31	27	1.97
98081212--98081314	29	3.6	29	77	6	102	25	16	31	27	1.97
98088348--98088395	20	2.4	20	100	0	96	31	4	14	50	1.62
98092713--98092801	42	2.1	42	83	8	110	17	21	16	43	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98092735--98092837	42	2.4	43	83	4	129	15	22	17	44	1.86
98095962--98096050	46	2.0	45	86	2	124	28	30	7	33	1.85
98096025--98096153	47	2.8	47	92	1	206	26	31	12	30	1.93
98096120--98096186	33	2.0	33	97	0	125	20	29	16	32	1.95
98096073--98096233	80	2.0	80	97	0	304	24	31	13	31	1.94
98096153--98096272	47	2.6	47	97	0	222	25	31	12	30	1.92
98096030--98096272	127	1.9	126	94	2	425	25	31	12	30	1.93
98103652--98103681	15	2.0	15	93	0	51	66	3	0	30	1.07
98104763--98104814	28	1.9	27	85	14	72	42	13	1	42	1.55
98104976--98105101	57	2.2	58	84	4	166	27	15	6	50	1.69
98108563--98108713	40	3.8	40	83	0	176	25	22	27	24	2.00
98116362--98116535	38	4.5	39	82	7	178	26	22	27	22	2.00
98117041--98117077	18	2.1	18	95	5	67	16	5	24	54	1.63
98119140--98119290	40	3.8	40	77	13	141	25	24	27	22	2.00
98119177--98119306	40	3.2	40	81	2	163	23	23	28	24	2.00
98127129--98127258	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
98130636--98130803	40	4.2	40	86	2	221	26	25	20	26	1.99
98131515--98131544	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
98135236--98135411	46	3.8	46	78	12	189	22	18	27	30	1.98
98135232--98135404	93	1.9	93	88	0	265	23	19	28	29	1.98
98139040--98139126	37	2.3	36	90	5	138	25	33	20	20	1.97
98139195--98139458	49	5.4	49	96	0	465	29	26	9	34	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98146716--98146775	30	2.0	30	86	0	84	38	10	26	25	1.87
98147174--98147347	93	1.9	93	85	2	242	21	21	27	29	1.99
98147184--98147346	46	3.5	46	74	15	156	21	20	27	30	1.98
98153836--98153895	30	2.0	30	83	0	75	36	10	26	26	1.88
98159317--98159532	38	5.6	40	83	9	270	25	28	23	22	1.99
98164088--98164270	39	4.6	39	87	0	240	22	30	22	24	1.99
98170969--98171188	40	5.6	40	85	4	288	26	28	22	22	1.99
98177863--98178034	93	1.8	93	88	2	265	28	29	20	20	1.98
98177855--98178023	46	3.7	46	77	6	189	29	29	20	20	1.98
98183978--98184153	46	3.8	46	81	10	232	20	21	30	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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