genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.303.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  303  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94657159--94657460	42	7.2	42	87	1	417	20	18	24	35	1.96
94658308--94658361	20	2.7	20	71	23	51	38	3	14	42	1.64
94663394--94663462	24	2.9	24	100	0	138	55	11	11	21	1.67
94664562--94664671	28	3.9	28	78	11	107	31	30	12	25	1.93
94664561--94664675	57	2.0	57	83	3	142	31	28	12	27	1.92
94664587--94664674	29	3.1	28	88	4	131	31	27	13	27	1.94
94668611--94668727	41	2.7	45	80	14	145	25	20	24	29	1.99
94674463--94674678	46	4.7	46	79	8	206	24	22	25	26	2.00
94674509--94674679	93	1.8	93	88	0	261	22	22	27	26	1.99
94679209--94679241	2	16.5	2	93	0	57	51	3	0	45	1.16
94685693--94685753	30	2.0	30	83	0	77	29	24	6	39	1.80
94689875--94689900	9	2.9	9	100	0	52	46	11	7	34	1.69
94691529--94691571	11	3.5	12	78	15	52	30	0	6	62	1.21
94696871--94697100	39	5.9	39	89	0	343	22	25	29	22	1.99
94699031--94699078	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
94699117--94699173	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
94699115--94699185	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
94699126--94699180	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
94699232--94699398	23	7.1	23	91	4	271	28	21	20	29	1.98
94699231--94699420	24	8.0	23	88	5	265	28	21	21	28	1.99
94699230--94699398	47	3.6	47	96	0	311	28	21	20	28	1.98
94707180--94707227	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94707266--94707322	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
94707264--94707334	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
94707275--94707329	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
94707380--94707499	23	5.1	23	92	4	204	28	21	20	29	1.98
94707379--94707521	24	6.0	23	88	5	198	28	21	21	27	1.99
94707378--94707499	47	2.6	47	97	0	226	28	22	20	28	1.98
94710131--94710297	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
94718149--94718290	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
94718188--94718316	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
94729553--94729719	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
94729553--94729719	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
94730544--94730589	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
94737559--94737725	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
94737559--94737725	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
94738551--94738596	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
94739358--94739463	56	1.9	56	94	0	185	29	13	10	47	1.75
94739878--94740034	77	2.0	77	81	2	181	22	17	25	34	1.96
94743315--94743345	12	2.6	12	100	0	62	38	0	25	35	1.56
94745486--94745523	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
94758059--94758229	93	1.8	93	96	0	315	27	29	22	20	1.98
94758051--94758231	46	3.9	46	81	9	233	27	29	21	20	1.98
94760607--94760694	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94760607--94760685	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
94760618--94760694	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
94763645--94763815	93	1.8	93	96	0	315	27	29	22	20	1.98
94763637--94763817	46	3.9	46	81	9	233	27	29	21	20	1.98
94766894--94766931	20	1.9	19	89	5	58	31	0	5	63	1.17
94766914--94766960	24	2.0	24	87	8	69	42	0	4	53	1.20
94766939--94766990	19	2.7	20	85	11	72	36	0	5	57	1.23
94770978--94771026	24	2.0	25	84	4	64	46	8	10	34	1.67
94776836--94777019	40	4.6	40	82	4	174	28	22	26	23	1.99
94776878--94777064	80	2.3	80	79	3	189	24	22	29	24	1.99
94784929--94785029	39	2.5	40	85	1	132	30	22	24	21	1.99
94784929--94785111	40	4.6	40	82	3	181	27	22	26	23	1.99
94790290--94790457	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
94793261--94793428	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
94801273--94801440	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
94804588--94804616	15	1.9	15	100	0	58	41	0	0	58	0.98
94806261--94806298	8	4.8	8	93	0	67	55	21	23	0	1.44
94806923--94807059	60	2.3	59	82	9	163	25	19	27	27	1.99
94809110--94809239	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
94809110--94809272	40	4.1	40	78	5	145	22	28	24	25	1.99
94812032--94812239	40	5.2	40	82	1	184	21	26	24	27	1.99
94812058--94812239	80	2.3	80	83	0	220	21	26	23	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94820074--94820281	40	5.2	40	82	1	184	21	26	24	27	1.99
94820100--94820281	80	2.3	80	83	0	220	21	26	23	28	1.99
94822592--94822702	29	3.9	29	88	3	145	29	34	13	22	1.92
94822592--94822702	58	1.9	57	88	1	168	29	34	13	22	1.92
94824861--94824899	18	2.2	18	95	0	69	17	28	0	53	1.44
94824863--94824905	18	2.4	17	88	11	68	20	30	0	48	1.50
94826581--94826649	35	2.0	35	94	0	120	31	13	17	37	1.88
94828901--94829048	42	3.5	42	75	12	124	25	16	27	30	1.96
94835531--94835672	40	3.6	40	78	3	126	23	29	23	23	1.99
94844255--94844299	22	2.0	22	91	0	72	44	20	13	22	1.85
94856196--94856256	22	2.8	22	76	0	59	32	19	26	21	1.97
94856404--94856523	41	2.9	41	88	0	177	26	30	20	22	1.98
94856783--94856962	27	6.6	27	79	10	143	32	11	16	39	1.85
94856783--94857023	54	4.4	54	78	7	170	32	10	17	39	1.83
94856845--94857023	27	6.7	26	74	11	119	31	8	17	41	1.81
94859319--94859365	21	2.2	22	85	11	62	34	51	10	4	1.56
94859681--94859745	22	3.0	22	75	8	60	32	21	24	21	1.98
94859889--94860005	41	2.9	41	93	0	189	24	29	23	23	1.99
94860247--94860510	27	9.7	27	75	8	167	29	9	20	40	1.83
94860267--94860510	54	4.5	54	72	6	188	30	9	19	40	1.82
94862414--94862466	26	2.0	26	100	0	106	49	22	3	24	1.66
94867297--94867399	29	3.6	28	77	5	107	29	32	16	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94873521--94873623	29	3.6	28	77	5	107	29	33	16	20	1.94
94875194--94875431	40	6.1	40	88	7	330	22	22	28	26	1.99
94875194--94875406	77	2.8	78	90	6	319	22	23	28	26	1.99
94875194--94875431	117	2.0	117	85	9	326	22	22	28	26	1.99
94883292--94883455	40	4.1	40	88	3	215	21	23	29	25	1.99
94890909--94890941	17	1.9	17	93	0	57	57	0	0	42	0.98
94891832--94891885	20	2.6	21	77	11	58	29	9	1	59	1.39
94891997--94892029	13	2.4	14	90	5	50	36	27	6	30	1.81
94892095--94892148	27	2.0	27	92	0	90	18	3	37	40	1.69
94892826--94892882	21	2.7	21	75	0	60	54	33	0	12	1.38
94893052--94893112	27	2.2	28	85	5	88	19	8	32	39	1.81
94895289--94895327	15	2.7	14	88	7	60	53	0	2	43	1.14
94895296--94895327	15	2.1	15	100	0	64	50	0	0	50	1.00
94895519--94895609	45	2.0	45	100	0	182	28	6	15	49	1.69
94898773--94898952	40	4.6	40	90	1	274	23	20	30	25	1.98
94906758--94906938	40	4.6	40	90	2	276	23	20	30	25	1.99
94909907--94910036	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
94909907--94910069	40	4.1	40	78	5	145	22	28	24	25	1.99
94917961--94918090	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
94917961--94918123	40	4.1	40	78	5	145	22	28	24	25	1.99
94932260--94932351	48	1.9	48	88	0	139	28	20	22	28	1.99
94937634--94937701	21	3.2	21	79	8	93	47	7	7	38	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94937644--94937716	20	3.5	20	80	7	92	47	10	8	32	1.68
94937634--94937719	42	2.0	42	100	0	172	47	9	6	36	1.63
94943095--94943459	81	4.5	81	76	6	294	41	19	8	30	1.81
94943095--94943465	27	13.8	26	78	8	251	40	20	8	30	1.81
94944195--94944261	22	3.0	22	93	0	116	14	16	20	47	1.82
94946925--94947189	27	9.9	27	74	6	128	39	20	9	30	1.85
94947005--94947083	26	3.0	27	83	3	106	37	20	8	32	1.83
94946919--94947148	107	2.1	107	77	11	238	38	21	10	30	1.86
94947104--94947237	27	5.0	27	76	6	101	41	17	9	32	1.82
94947497--94947613	41	2.9	41	94	0	207	20	20	31	27	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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