Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   

This is table  49  of  433  ( 51894 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
13447891--13447953
20
3.2
20
95
0
117
36
12
19
31
1.89
13448007--13448197
24
8.0
24
89
4
262
29
23
20
26
1.99
13448007--13448197
71
2.7
71
86
5
260
29
23
20
26
1.99
13448007--13448198
47
4.0
47
87
4
251
30
23
20
26
1.98
13448391--13448454
31
2.1
31
87
0
92
35
15
21
26
1.94
13451927--13451984
21
2.8
21
76
10
64
32
20
43
3
1.69
13451956--13451995
21
1.9
21
85
10
55
30
20
47
2
1.63
13452355--13452446
43
2.1
43
86
4
123
26
29
16
28
1.97
13454783--13454831
24
2.0
25
84
7
66
20
4
12
63
1.45
13454816--13454860
23
2.0
23
95
0
81
20
8
22
48
1.76
13456782--13456899
19
6.3
18
67
19
64
68
5
2
23
1.22
13456823--13457007
10
19.6
9
68
14
70
63
3
1
30
1.21
13456852--13456926
19
4.2
18
72
22
61
65
2
0
32
1.07
13456817--13457007
9
20.2
9
71
19
99
63
3
2
30
1.23
13456852--13456969
26
4.2
29
73
23
92
61
3
0
34
1.12
13456935--13456984
21
2.4
22
83
12
70
58
6
0
36
1.23
13456823--13456988
30
5.8
31
72
22
105
63
4
0
31
1.17
13456944--13457016
21
3.7
20
78
8
62
60
5
4
30
1.38
13457507--13457549
10
4.2
10
88
5
59
48
0
11
39
1.40
13457507--13457549
21
2.0
21
90
0
68
48
0
11
39
1.40
13457507--13457539
11
3.1
11
95
4
59
54
0
9
36
1.32
13457568--13457608
15
2.6
16
84
11
57
39
0
0
60
0.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
13457567--13457619
16
3.3
16
81
7
63
32
1
0
66
1.03
13457575--13457636
24
2.7
23
85
5
72
29
1
0
69
0.98
13459280--13459433
28
5.6
27
80
4
148
54
6
15
23
1.64
13459269--13459433
55
3.0
55
81
7
183
53
7
16
23
1.67
13461689--13461763
37
2.0
37
100
0
150
28
32
10
29
1.90
13463494--13463532
19
2.1
19
85
0
51
71
7
5
15
1.26
13463971--13464085
55
2.1
56
83
8
146
34
21
24
19
1.96
13463996--13464085
27
3.2
27
87
7
119
32
23
24
20
1.98
13464194--13464250
27
2.1
27
93
0
96
31
8
26
33
1.87
13471343--13471381
19
2.1
19
85
0
51
71
7
5
15
1.26
13471843--13471933
28
3.2
28
90
4
139
31
23
24
20
1.98
13472039--13472103
28
2.3
28
91
0
103
32
7
26
33
1.85
13475680--13475756
28
2.8
27
75
13
75
59
5
16
18
1.55
13478313--13478342
14
2.1
14
100
0
60
43
0
13
43
1.43
13478762--13478796
17
2.1
17
89
5
54
45
5
8
40
1.58
13479445--13479496
24
2.2
24
82
6
70
50
5
5
38
1.51
13479579--13479637
29
2.0
29
83
0
73
35
30
11
22
1.90
13482598--13482756
43
3.7
42
81
10
189
30
23
19
25
1.98
13490150--13490291
43
3.3
46
76
14
133
30
23
18
26
1.97
13493777--13493828
24
2.2
24
96
0
95
53
7
1
36
1.41
13498099--13498155
26
2.2
26
87
0
87
26
29
22
21
1.99
13498125--13498247
39
3.2
39
97
0
237
28
30
20
20
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
13505159--13505255
39
2.5
39
81
5
108
26
29
23
19
1.98
13505227--13505279
26
2.0
26
88
0
79
26
30
20
22
1.98
13505253--13505375
39
3.2
39
95
0
219
29
28
20
21
1.98
13505840--13505871
2
16.5
2
93
6
57
53
0
0
46
1.00
13510056--13510084
11
2.6
11
100
0
58
37
0
6
55
1.27
13512101--13512160
29
2.0
30
93
3
104
26
6
10
56
1.57
13514467--13514503
9
4.1
9
90
10
58
43
0
0
56
0.99
13531798--13531905
37
2.9
36
80
14
107
39
1
3
54
1.29
13531798--13531873
12
6.8
11
72
19
52
40
1
2
55
1.22
13537911--13537942
15
2.1
15
94
0
55
15
6
9
68
1.36
13539593--13539646
19
2.8
20
83
8
67
38
3
3
53
1.36
13549302--13549335
7
4.9
7
92
0
59
32
0
8
58
1.29
13549728--13549778
23
2.2
23
96
0
93
23
25
5
45
1.75
13550259--13550308
25
2.0
25
100
0
100
24
32
4
40
1.73
13551359--13551396
2
19.0
2
100
0
76
50
0
0
50
1.00
13551892--13552162
146
1.9
144
83
6
361
40
11
9
38
1.73
13552860--13552893
2
17.0
2
100
0
68
50
0
0
50
1.00
13553304--13553333
2
15.0
2
100
0
60
50
0
0
50
1.00
13553925--13553956
2
16.5
2
93
6
57
50
0
0
50
1.00
13554289--13554354
31
2.1
31
88
5
98
50
21
10
18
1.77
13555042--13555070
13
2.1
14
93
6
51
55
10
0
34
1.34
13560141--13560259
9
13.4
9
77
5
118
33
1
18
46
1.59
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
13561313--13561365
24
2.2
24
96
0
97
49
3
3
43
1.38
13564197--13564231
16
2.1
16
89
5
52
65
5
0
28
1.15
13564342--13564395
16
3.8
16
70
27
57
48
3
9
38
1.53
13564504--13564825
7
44.0
7
68
13
85
42
33
0
23
1.57
13564541--13564764
15
15.5
15
69
13
71
43
33
0
23
1.54
13564544--13564662
22
5.6
20
76
12
69
41
36
0
22
1.54
13564541--13564627
15
6.1
15
74
16
78
36
39
0
24
1.56
13564545--13564830
14
20.1
14
69
14
95
45
31
0
23
1.53
13564545--13564685
36
3.9
36
73
14
114
41
34
0
23
1.55
13564658--13564825
22
7.5
22
68
12
67
47
28
0
23
1.52
13568212--13568405
102
1.9
102
98
0
379
36
10
17
36
1.84
13573716--13573810
25
3.8
25
76
8
95
31
23
22
23
1.98
13575479--13575548
27
2.6
27
95
2
122
30
27
14
28
1.95
13583313--13583382
27
2.6
27
95
2
122
30
27
14
28
1.95
13594071--13594107
15
2.4
16
86
8
51
72
0
27
0
0.84
13597427--13597487
30
2.1
29
84
3
77
59
3
1
36
1.24
13601161--13601352
28
6.7
29
85
3
192
28
15
22
33
1.94
13601275--13601371
28
3.4
27
81
9
88
35
17
21
25
1.95
13611451--13611525
35
2.1
36
90
2
116
29
14
5
50
1.65
13613441--13613477
19
1.9
20
88
5
58
45
0
8
45
1.32
13613441--13613505
20
3.0
20
77
20
53
44
0
10
44
1.39
13617683--13617737
28
2.0
28
100
0
110
25
23
3
47
1.68
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
13620726--13620856
48
2.7
48
82
4
156
20
20
23
35
1.96
13621984--13622030
23
2.0
23
100
0
94
46
8
12
31
1.72
13626729--13627083
182
2.0
182
92
0
593
32
13
23
30
1.93
13629125--13629153
14
2.0
15
93
6
51
27
0
20
51
1.47
13630764--13630911
41
3.4
44
75
14
148
25
16
29
28
1.97
13632113--13632140
2
14.0
2
100
0
56
50
0
0
50
1.00
13632956--13632988
11
2.9
12
86
13
52
33
0
0
66
0.92
13633113--13633170
30
1.9
30
89
0
89
56
10
5
27
1.54
13633204--13633246
22
2.0
22
85
0
59
58
11
11
18
1.63
13633211--13633251
11
3.7
11
80
0
55
56
9
14
19
1.66
13635241--13635356
46
2.5
46
90
1
180
16
21
15
46
1.84
13635241--13635384
45
3.2
44
80
14
159
16
21
15
46
1.84
13635364--13635534
90
1.9
90
84
4
229
25
19
18
36
1.94
13635319--13635536
45
4.8
45
80
4
208
23
20
17
38
1.93
13637678--13637753
37
2.1
37
100
0
152
19
18
28
32
1.96
13642237--13642278
21
2.0
21
100
0
84
33
0
9
57
1.31
13643241--13643349
53
2.1
53
100
0
218
47
14
7
30
1.71
13648554--13648651
21
4.8
21
80
7
94
16
41
5
36
1.70
13648557--13648651
15
6.3
15
81
0
73
16
42
4
36
1.68
13654648--13654719
36
2.0
36
94
0
126
45
9
1
43
1.45
13658886--13658959
29
2.6
29
80
0
94
36
22
5
35
1.78
13659003--13659142
65
2.2
64
87
3
192
47
25
0
27
1.57
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
13660326--13660371
25
2.0
24
83
12
60
45
0
8
45
1.34
13661563--13661596
5
6.8
5
96
0
59
2
14
61
20
1.46
13680771--13680829
29
2.0
29
93
0
100
33
8
15
42
1.77
13681132--13681156
13
1.9
13
100
0
50
20
32
40
8
1.81
13689182--13689347
35
4.6
35
82
8
172
31
10
24
33
1.90
13689182--13689352
75
2.4
75
85
7
221
31
11
23
33
1.90
13696677--13696842
35
4.6
35
82
8
172
31
10
24
33
1.90
13696677--13696847
75
2.4
75
85
7
221
31
11
23
33
1.90
13717623--13717674
2
26.0
2
88
0
77
50
44
0
5
1.26
13717623--13717676
14
4.0
14
88
9
85
50
42
0
7
1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433