genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 132263754 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132263754

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          433   

This is table  80  of  433  ( 51894 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23500362--23500410	3	17.7	3	76	16	52	38	0	2	59	1.09
23500373--23500418	24	1.9	24	90	0	74	45	0	0	54	0.99
23500647--23500684	18	2.2	17	90	4	58	68	0	31	0	0.90
23507851--23507887	3	13.3	3	83	16	53	37	0	0	62	0.96
23507839--23507887	21	2.4	21	77	16	57	36	0	2	61	1.08
23508754--23508792	18	2.1	18	85	9	51	41	2	20	35	1.66
23509297--23509346	26	2.0	24	88	7	73	64	6	0	30	1.18
23509791--23509828	13	2.9	13	81	14	51	57	0	18	23	1.40
23512461--23512678	40	5.5	40	89	2	289	24	27	24	23	2.00
23532349--23532439	37	2.4	37	96	1	164	25	34	18	21	1.96
23532508--23532709	49	4.1	49	96	0	359	28	25	10	35	1.90
23535349--23535566	40	5.5	40	90	2	289	23	27	25	23	2.00
23544053--23544209	43	3.7	43	77	7	167	29	24	18	26	1.98
23547800--23547899	51	2.0	51	82	4	121	33	25	17	25	1.96
23547858--23547943	43	2.0	43	93	0	145	25	31	19	23	1.98
23548181--23548206	8	3.2	8	100	0	52	61	11	0	26	1.30
23555624--23555723	51	2.0	51	88	4	148	32	27	16	25	1.96
23555718--23555787	24	3.2	24	65	23	71	28	37	20	14	1.91
23555695--23555799	42	2.5	42	96	0	192	28	37	20	14	1.91
23561902--23561926	8	3.1	8	100	0	50	60	12	0	28	1.32
23562204--23562366	43	3.8	42	78	8	125	30	25	18	25	1.98
23562211--23562405	38	4.7	41	78	11	184	29	25	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23564678--23564705	14	2.0	14	100	0	56	50	14	21	14	1.78
23567832--23567864	2	17.0	2	93	6	59	51	0	0	48	1.00
23568109--23568179	36	2.0	36	100	0	142	29	14	14	42	1.84
23574045--23574209	81	2.0	81	100	0	330	45	15	18	20	1.85
23577070--23577138	34	2.0	34	100	0	138	30	17	8	43	1.79
23577399--23577457	29	2.0	30	90	3	93	30	5	11	52	1.59
23578231--23578264	16	2.1	17	88	5	52	73	5	8	11	1.24
23581977--23582015	20	2.0	20	89	0	60	43	17	12	25	1.85
23593464--23593577	43	2.7	44	79	8	128	23	18	24	33	1.97
23597453--23597482	11	2.7	11	94	0	51	26	0	3	70	1.03
23598331--23598373	11	3.8	11	80	17	52	65	0	2	32	1.06
23599590--23599626	18	2.1	18	100	0	74	16	21	24	37	1.93
23608622--23608646	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
23609750--23609796	21	2.4	19	82	10	58	27	2	23	46	1.63
23616334--23616521	40	4.7	40	88	6	274	25	22	26	25	2.00
23616334--23616521	79	2.4	80	90	2	290	25	22	26	25	2.00
23616334--23616553	79	2.8	79	84	8	263	26	22	25	25	2.00
23616779--23616822	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
23617376--23617560	40	4.6	40	80	4	203	24	25	23	25	2.00
23617376--23617560	80	2.3	80	83	4	230	24	25	23	25	2.00
23628226--23628489	40	6.6	40	91	3	417	24	22	27	25	2.00
23628222--23628489	119	2.2	120	92	3	443	25	22	26	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23628222--23628521	119	2.5	119	86	8	423	26	22	26	25	2.00
23628230--23628521	159	1.8	159	86	7	423	25	21	26	26	2.00
23628747--23628790	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
23631181--23631260	40	2.0	40	100	0	160	27	25	7	40	1.82
23632469--23632532	24	2.7	24	95	0	110	39	39	17	4	1.70
23633969--23634027	31	1.9	31	100	0	118	37	0	11	50	1.39
23639490--23639519	15	2.0	15	93	0	51	23	0	0	76	0.78
23640124--23640179	21	2.7	21	77	0	67	16	30	32	21	1.95
23640661--23640710	16	3.3	15	76	15	50	4	20	2	74	1.08
23640674--23640723	16	3.3	15	73	18	50	2	22	0	76	0.89
23648876--23649039	46	3.5	46	80	10	158	23	31	18	26	1.98
23661550--23661743	40	4.9	39	90	3	289	23	27	22	26	1.99
23664944--23665106	46	3.5	46	79	9	136	25	28	17	28	1.98
23668912--23669026	31	3.7	31	90	1	169	29	26	15	28	1.96
23669050--23669141	42	2.2	42	96	0	166	32	19	15	32	1.93
23670253--23670337	27	3.1	27	74	17	84	34	8	16	41	1.78
23670384--23670460	27	2.9	27	86	7	111	33	7	18	40	1.79
23670384--23670487	27	3.9	27	83	2	102	31	9	18	40	1.83
23670492--23670623	54	2.4	54	86	2	167	40	8	21	29	1.82
23670492--23670635	27	5.3	27	79	11	134	40	8	22	28	1.82
23670522--23670635	54	2.1	54	83	3	149	39	7	23	28	1.83
23672804--23673001	71	2.8	70	90	3	276	33	17	27	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23672838--23673001	71	2.3	71	98	0	319	35	17	27	19	1.94
23675653--23675797	31	4.7	31	89	2	213	29	24	15	29	1.96
23675653--23675797	61	2.4	62	87	2	213	29	24	15	29	1.96
23675821--23675912	42	2.2	42	98	0	175	32	20	15	31	1.94
23676060--23676129	25	2.8	25	80	8	79	24	24	25	25	2.00
23677028--23677296	27	9.9	27	78	6	136	30	9	19	40	1.83
23677025--23677301	54	5.1	54	80	3	218	31	10	18	40	1.84
23677089--23677301	81	2.6	81	80	5	225	29	9	20	40	1.84
23677300--23677442	27	5.3	27	83	7	166	39	8	23	28	1.84
23677300--23677420	54	2.3	54	95	1	217	40	7	23	28	1.81
23677304--23677464	81	2.0	80	82	3	198	37	8	22	30	1.85
23685100--23685286	40	4.7	40	94	0	320	19	18	28	33	1.96
23691242--23691408	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
23691258--23691408	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
23698962--23699128	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
23698978--23699128	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
23703773--23703959	40	4.7	40	93	0	320	20	19	27	32	1.97
23708298--23708430	48	2.8	49	80	3	153	28	18	29	24	1.98
23715686--23715844	43	3.7	42	77	13	157	21	18	28	31	1.97
23718173--23718210	2	19.0	2	94	0	67	52	0	0	47	1.00
23720485--23720584	49	2.0	49	90	0	155	36	12	11	41	1.78
23722375--23722556	46	4.0	46	89	1	240	21	23	14	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23724689--23724718	11	2.7	11	94	0	51	70	0	3	26	1.03
23724685--23724767	20	4.0	21	76	12	73	59	6	1	33	1.30
23727643--23727813	46	3.7	46	91	1	254	22	23	12	41	1.88
23729915--23729950	11	3.3	11	92	0	63	69	0	2	27	1.02
23729915--23729954	19	2.1	19	86	9	55	70	0	2	27	1.01
23729924--23729999	20	3.7	21	77	10	68	59	6	1	32	1.32
23736764--23736831	29	2.3	31	80	12	79	41	0	1	57	1.08
23736767--23736831	30	2.2	30	83	5	78	43	0	1	55	1.09
23737050--23737096	3	16.0	3	79	20	55	65	2	0	31	1.04
23737050--23737100	13	3.8	13	79	18	52	66	1	0	31	1.03
23737230--23737311	36	2.2	38	80	13	105	47	4	9	37	1.58
23737244--23737312	36	1.9	36	96	0	129	46	4	11	37	1.60
23738890--23738919	6	4.8	6	95	4	51	30	0	0	70	0.88
23738888--23738919	12	2.5	13	90	10	57	31	0	0	68	0.90
23747112--23747235	46	2.7	46	83	6	153	33	19	25	22	1.97
23747294--23747420	49	2.6	49	83	2	157	28	18	28	24	1.98
23749234--23749266	13	2.6	13	85	4	50	24	30	39	6	1.79
23752494--23752563	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
23760414--23760483	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
23767563--23767702	39	3.6	39	94	0	235	14	25	22	37	1.92
23771985--23772075	37	2.4	37	94	1	155	24	35	18	21	1.96
23772144--23772394	49	5.1	49	96	0	448	28	25	10	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23775650--23775689	19	2.2	19	95	4	73	22	12	0	65	1.26
23779953--23780177	49	4.5	49	83	3	297	29	26	18	25	1.98
23779953--23780184	101	2.3	98	86	4	313	29	27	18	25	1.98
23783632--23783701	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
23783632--23783713	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
23791518--23791564	23	2.0	23	88	8	69	23	14	25	36	1.93
23795428--23795600	46	3.7	46	78	10	190	29	27	21	21	1.99
23796908--23797012	52	2.0	52	98	0	201	25	13	25	35	1.93
23797572--23797603	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
23805185--23805320	49	2.7	50	79	5	150	23	22	25	29	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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